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万見
- EMDB-3454: RNA activation-independent DNA targeting by a Csm complex of the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3454
タイトルRNA activation-independent DNA targeting by a Csm complex of the Type III CRISPR-Cas system
マップデータCsm complex with crRNA from T.onnurineus
試料
  • 複合体: Csm complex with crRNA from T.onnurineus
生物種Thermococcus onnurineus NA1 (古細菌)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å
データ登録者Jung TY / Song JJ / Hebert H / Woo EJ / Oh BH / Park KH / An Y
引用ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2017
タイトル: RNA activation-independent DNA targeting of the Type III CRISPR-Cas system by a Csm complex.
著者: Kwang-Hyun Park / Yan An / Tae-Yang Jung / In-Young Baek / Haemin Noh / Woo-Chan Ahn / Hans Hebert / Ji-Joon Song / Jeong-Hoon Kim / Byung-Ha Oh / Eui-Jeon Woo /
要旨: The CRISPR-Cas system is an adaptive and heritable immune response that destroys invading foreign nucleic acids. The effector complex of the Type III CRISPR-Cas system targets RNA and DNA in a ...The CRISPR-Cas system is an adaptive and heritable immune response that destroys invading foreign nucleic acids. The effector complex of the Type III CRISPR-Cas system targets RNA and DNA in a transcription-coupled manner, but the exact mechanism of DNA targeting by this complex remains elusive. In this study, an effector Csm holocomplex derived from is reconstituted with a minimalistic combination of Csm12345, and shows RNA targeting and RNA-activated single-stranded DNA (ssDNA) targeting activities. Unexpectedly, in the absence of an RNA transcript, it cleaves ssDNA containing a sequence complementary to the bound crRNA guide region in a manner dependent on the HD domain of the Csm1 subunit. This nuclease activity is blocked by a repeat tag found in the host CRISPR loci. The specific cleavage of ssDNA without a target RNA suggests a novel ssDNA targeting mechanism of the Type III system, which could facilitate the efficient and complete degradation of foreign nucleic acids.
履歴
登録2016年11月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年12月7日-
マップ公開2017年4月5日-
更新2017年8月2日-
現状2017年8月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3454.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3454.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 18.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Csm complex with crRNA from T.onnurineus
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.07 Å/pix.
x 170 pix.
= 351.9 Å		2.07 Å/pix.
x 170 pix.
= 351.9 Å		2.07 Å/pix.
x 170 pix.
= 351.9 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5 / ムービー #1: 0.5
最小 - 最大-0.8233378 - 2.4102547
平均 (標準偏差)0.007941852 (±0.1374122)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-85-85-85
サイズ170170170
Spacing170170170
セルA=B=C: 351.9 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.072.072.07
M x/y/z170170170
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z351.900351.900351.900
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-85-85-85
NC/NR/NS170170170
D min/max/mean-0.8232.4100.008

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Csm complex with crRNA from T.onnurineus

全体名称: Csm complex with crRNA from T.onnurineus
要素
  • 複合体: Csm complex with crRNA from T.onnurineus

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超分子 #1: Csm complex with crRNA from T.onnurineus

超分子名称: Csm complex with crRNA from T.onnurineus / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Thermococcus onnurineus NA1 (古細菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pRSFDuet-1, pETDuel-1, pACYCDuet-1
分子量実験値: 280 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.025 mg/mL
緩衝液pH: 8
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl acetate

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2100F
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k)
平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: EMAN (ver. 2.12) / ソフトウェア - 詳細: e2ctf.py
最終 再構成使用したクラス数: 50 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN (ver. 2.12) / ソフトウェア - 詳細: e2refine_easy.py / 使用した粒子像数: 7644
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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