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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34510
タイトルCryo-EM map of SARS-CoV-2 Omicron BA.2 spike trimer in complex with golden hamster ACE2
マップデータ
試料
  • 複合体: SARS-CoV-2 Omicron BA.2 spike trimer in complex with golden hamster ACE2
    • 複合体: Angiotensin-converting enzyme 2
    • 複合体: Spike glycoprotein
キーワードSARS-CoV-2 / Omicron BA.2 / spike protein / VIRAL PROTEIN / HYDROLASE-VIRAL PROTEIN complex
生物種Homo sapiens (ヒト) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.96 Å
データ登録者Zhao ZN / Xie YF / Chai Y / Qi JX / Gao GF
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of Sciences 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural basis for receptor binding and broader interspecies receptor recognition of currently circulating Omicron sub-variants.
著者: Zhennan Zhao / Yufeng Xie / Bin Bai / Chunliang Luo / Jingya Zhou / Weiwei Li / Yumin Meng / Linjie Li / Dedong Li / Xiaomei Li / Xiaoxiong Li / Xiaoyun Wang / Junqing Sun / Zepeng Xu / ...著者: Zhennan Zhao / Yufeng Xie / Bin Bai / Chunliang Luo / Jingya Zhou / Weiwei Li / Yumin Meng / Linjie Li / Dedong Li / Xiaomei Li / Xiaoxiong Li / Xiaoyun Wang / Junqing Sun / Zepeng Xu / Yeping Sun / Wei Zhang / Zheng Fan / Xin Zhao / Linhuan Wu / Juncai Ma / Odel Y Li / Guijun Shang / Yan Chai / Kefang Liu / Peiyi Wang / George F Gao / Jianxun Qi /
要旨: Multiple SARS-CoV-2 Omicron sub-variants, such as BA.2, BA.2.12.1, BA.4, and BA.5, emerge one after another. BA.5 has become the dominant strain worldwide. Additionally, BA.2.75 is significantly ...Multiple SARS-CoV-2 Omicron sub-variants, such as BA.2, BA.2.12.1, BA.4, and BA.5, emerge one after another. BA.5 has become the dominant strain worldwide. Additionally, BA.2.75 is significantly increasing in some countries. Exploring their receptor binding and interspecies transmission risk is urgently needed. Herein, we examine the binding capacities of human and other 28 animal ACE2 orthologs covering nine orders towards S proteins of these sub-variants. The binding affinities between hACE2 and these sub-variants remain in the range as that of previous variants of concerns (VOCs) or interests (VOIs). Notably, R493Q reverse mutation enhances the bindings towards ACE2s from humans and many animals closely related to human life, suggesting an increased risk of cross-species transmission. Structures of S/hACE2 or RBD/hACE2 complexes for these sub-variants and BA.2 S binding to ACE2 of mouse, rat or golden hamster are determined to reveal the molecular basis for receptor binding and broader interspecies recognition.
履歴
登録2022年10月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月19日-
マップ公開2023年7月19日-
更新2023年8月2日-
現状2023年8月2日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34510.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34510.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.88 Å/pix.
x 512 pix.
= 450.56 Å		0.88 Å/pix.
x 512 pix.
= 450.56 Å		0.88 Å/pix.
x 512 pix.
= 450.56 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.88 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0185
最小 - 最大-0.0017139915 - 1.9855365
平均 (標準偏差)0.0009147351 (±0.021284036)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 450.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34510_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34510_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SARS-CoV-2 Omicron BA.2 spike trimer in complex with golden hamst...

全体名称: SARS-CoV-2 Omicron BA.2 spike trimer in complex with golden hamster ACE2
要素
  • 複合体: SARS-CoV-2 Omicron BA.2 spike trimer in complex with golden hamster ACE2
    • 複合体: Angiotensin-converting enzyme 2
    • 複合体: Spike glycoprotein

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超分子 #1: SARS-CoV-2 Omicron BA.2 spike trimer in complex with golden hamst...

超分子名称: SARS-CoV-2 Omicron BA.2 spike trimer in complex with golden hamster ACE2
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0

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超分子 #2: Angiotensin-converting enzyme 2

超分子名称: Angiotensin-converting enzyme 2 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: Spike glycoprotein

超分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 224458
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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