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- EMDB-34416: RNA polymerase II transcribing a chromatosome (type II) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34416
タイトルRNA polymerase II transcribing a chromatosome (type II)
マップデータ
試料
  • 複合体: RNA polymerase II transcribing a chromatosome (type II)
    • 複合体: RNA polymerase II
      • タンパク質・ペプチド: x 12種
    • 複合体: DNA, RNA
      • RNA: x 1種
      • DNA: x 2種
    • 複合体: HIstone
      • タンパク質・ペプチド: x 5種
  • リガンド: x 2種
キーワードchromatin / nucleosome / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of septum digestion after cytokinesis / siRNA-mediated pericentric heterochromatin formation / negative regulation of DNA recombination / RPB4-RPB7 complex / Apoptosis induced DNA fragmentation / chromosome condensation / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / nucleosomal DNA binding / termination of RNA polymerase II transcription / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) ...regulation of septum digestion after cytokinesis / siRNA-mediated pericentric heterochromatin formation / negative regulation of DNA recombination / RPB4-RPB7 complex / Apoptosis induced DNA fragmentation / chromosome condensation / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / nucleosomal DNA binding / termination of RNA polymerase II transcription / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / termination of RNA polymerase III transcription / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of translational initiation / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / RNA polymerase I complex / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / pericentric heterochromatin / transcription-coupled nucleotide-excision repair / Chromatin modifying enzymes / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / RNA polymerase II, core complex / CENP-A containing nucleosome / tRNA transcription by RNA polymerase III / : / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / translation initiation factor binding / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / telomere organization / DNA-directed RNA polymerase activity / Inhibition of DNA recombination at telomere / Meiotic synapsis / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / innate immune response in mucosa / SUMOylation of chromatin organization proteins / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / HCMV Late Events / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / epigenetic regulation of gene expression / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / RNA Polymerase I Promoter Escape / transcription elongation by RNA polymerase II / lipopolysaccharide binding / Transcriptional regulation by small RNAs / P-body / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / euchromatin / G2/M DNA damage checkpoint / HDMs demethylate histones / NoRC negatively regulates rRNA expression / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / chromatin DNA binding / Pre-NOTCH Transcription and Translation / ribonucleoside binding / Metalloprotease DUBs / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / : / : / : / : / : / : / DNA-directed RNA polymerase / Transcriptional regulation of granulopoiesis / HCMV Early Events / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / structural constituent of chromatin / antibacterial humoral response / UCH proteinases / nucleosome / heterochromatin formation / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins
類似検索 - 分子機能
Linker histone H1/H5 / linker histone H1 and H5 family / Linker histone H1/H5, domain H15 / Linker histone H1/H5 globular (H15) domain profile. / Domain in histone families 1 and 5 / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 6 ...Linker histone H1/H5 / linker histone H1 and H5 family / Linker histone H1/H5, domain H15 / Linker histone H1/H5 globular (H15) domain profile. / Domain in histone families 1 and 5 / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / Rpb4/RPC9 superfamily / S1 domain profile. / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / : / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / S1 RNA binding domain / S1 domain / : / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / RNA polymerase II subunit B32 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / RNA polymerase II subunit B12.5 / DNA-directed RNA polymerase subunit / RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core / DNA-directed RNA polymerase subunit ...DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / RNA polymerase II subunit B32 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / RNA polymerase II subunit B12.5 / DNA-directed RNA polymerase subunit / RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core / DNA-directed RNA polymerase subunit / RNA polymerase subunit ABC10-alpha / DNA-directed RNA polymerase subunit / Histone H2A type 1-B/E / Histone H2B type 1-J / Histone H1.2 / Histone H4 / Histone H3.1
類似検索 - 構成要素
生物種Komagataella phaffii (菌類) / Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Hirano R / Ehara H / Tomoya K / Takizawa Y / Sekine S / Kurumizaka H
資金援助 日本, 6件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20H03201 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP18H05534 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20H00449 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20H05690 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP22ama121009 日本
Japan Science and TechnologyJPMJER1901 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural basis of RNA polymerase II transcription on the chromatosome containing linker histone H1.
著者: Rina Hirano / Haruhiko Ehara / Tomoya Kujirai / Tamami Uejima / Yoshimasa Takizawa / Shun-Ichi Sekine / Hitoshi Kurumizaka /
要旨: In chromatin, linker histone H1 binds to nucleosomes, forming chromatosomes, and changes the transcription status. However, the mechanism by which RNA polymerase II (RNAPII) transcribes the DNA in ...In chromatin, linker histone H1 binds to nucleosomes, forming chromatosomes, and changes the transcription status. However, the mechanism by which RNA polymerase II (RNAPII) transcribes the DNA in the chromatosome has remained enigmatic. Here we report the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of transcribing RNAPII-chromatosome complexes (forms I and II), in which RNAPII is paused at the entry linker DNA region of the chromatosome due to H1 binding. In the form I complex, the H1 bound to the nucleosome restricts the linker DNA orientation, and the exit linker DNA is captured by the RNAPII DNA binding cleft. In the form II complex, the RNAPII progresses a few bases ahead by releasing the exit linker DNA from the RNAPII cleft, and directly clashes with the H1 bound to the nucleosome. The transcription elongation factor Spt4/5 masks the RNAPII DNA binding region, and drastically reduces the H1-mediated RNAPII pausing.
履歴
登録2022年9月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月7日-
マップ公開2022年12月7日-
更新2024年7月3日-
現状2024年7月3日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34416.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34416.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.49 Å/pix.
x 240 pix.
= 357.6 Å		1.49 Å/pix.
x 240 pix.
= 357.6 Å		1.49 Å/pix.
x 240 pix.
= 357.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.49 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.016
最小 - 最大-0.02557719 - 0.07645515
平均 (標準偏差)0.0003002704 (±0.0038899188)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 357.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Nucleosome reconstruction

ファイルemd_34416_additional_1.map
注釈Nucleosome reconstruction
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: RNAP reconstruction

ファイルemd_34416_additional_2.map
注釈RNAP reconstruction
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34416_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34416_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RNA polymerase II transcribing a chromatosome (type II)

全体名称: RNA polymerase II transcribing a chromatosome (type II)
要素
  • 複合体: RNA polymerase II transcribing a chromatosome (type II)
    • 複合体: RNA polymerase II
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
      • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core
      • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase II subunit B32
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
      • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III
      • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase II subunit
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit
      • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and III
      • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase II subunit B12.5
      • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase subunit ABC10-alpha
    • 複合体: DNA, RNA
      • RNA: RNA (5'-R(P*CP*AP*AP*UP*AP*GP*GP*AP*GP*CP*UP*UP*AP*C)-3')
      • DNA: DNA (261-MER)
      • DNA: DNA (261-MER)
    • 複合体: HIstone
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3.1
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1-B/E
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 1-J
      • タンパク質・ペプチド: Histone H1.2
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

+
超分子 #1: RNA polymerase II transcribing a chromatosome (type II)

超分子名称: RNA polymerase II transcribing a chromatosome (type II)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#20

+
超分子 #2: RNA polymerase II

超分子名称: RNA polymerase II / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#12
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)

+
超分子 #3: DNA, RNA

超分子名称: DNA, RNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #13-#15

+
超分子 #4: HIstone

超分子名称: HIstone / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #16-#20
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)
分子量理論値: 194.107422 KDa
配列文字列: MSQFPYSSAP LRSVKEVQFG LLSPEEIRAI SVVKIEYPEI MDESRQRPRE GGLNDPKLGS IDRNFKCQTC GEGMAECPGH FGHMELAKP VFHIGFIPKI KKVCECICMN CGKLLLDETN PTMAQAIRIR DPKKRFNAVW QLCKTKMVCE ADAPVDEYSE Q KVVSRGGC ...文字列:
MSQFPYSSAP LRSVKEVQFG LLSPEEIRAI SVVKIEYPEI MDESRQRPRE GGLNDPKLGS IDRNFKCQTC GEGMAECPGH FGHMELAKP VFHIGFIPKI KKVCECICMN CGKLLLDETN PTMAQAIRIR DPKKRFNAVW QLCKTKMVCE ADAPVDEYSE Q KVVSRGGC GNTQPVVRKD GMKLWGTWKK SGFSDRDAQP ERKLLTPGEI LNVFKHISPE DCFRLGFNED YARPEWMIIT VL PVPPPQV RPSIAMDETT QGQDDLTHKL SDILKANINV QKLEMDGSPQ HIINEVEQLL QFHVATYMDN DIAGQPQALQ KSG RPVKAI RARLKGKEGR LRGNLMGKRV DFSARTVISG DPNLELDQVG VPISIAKTLS YPETVTQYNI HRLTEYVRNG PNEH PGAKY VIRDNGDRID LRYHKRAGDI VLQYGWKVER HLMDDDPVLF NRQPSLHKMS MMAHRVKVMP YSTFRLNLSV TSPYN ADFD GDEMNLHVPQ SEETRAELSQ LCAVPLQIVS PQSNKPVMGI VQDTLCGVRK MTLRDTFIEY EQVMNMLFWV PSWDGV VPQ PAILKPKPLW TGKQLLSIAI PSGIHLQRTD GGNSLLSPKD NGMLIVDGKV MFGVVDKKTV GSGGGGLIHT VMREKGP KI CAELFGNIQK VVNYWLLHNG FSIGIGDAIA DASTMKEITH AISSAKEQVQ EIIYKAQHNE LELKPGMTLR ESFEGEVS R TLNDARDSAG RSAEMNLKDL NNVKQMVSAG SKGSFINIAQ MSACVGQQMV EGKRIAFGFA DRSLPHFTKD DFSPESKGF VENSYLRGLT PQEFFFHAMA GREGLIDTAV KTAETGYIQR RLVKALEDIM VHYDGTTRNS LGDIIQFLYG EDGLDGTQVE RQTIDTIPG SDKAFHKRYY VDLMDEKNSI KPDVIEYAAD ILGDVELQKE LNSEYEQLVS DRKFLREIVF VNGDHNWPLP V NLRRIIQN AQQIFHLDRA KASDLTIPEI IHGVRDLCKK LFVLRGENEL IKEAQQNATS LFQCLVRARL ATRRILEEFR LN RDAFEWV LGTIEAQFQR SLVHPGEMVG VIAAQSIGEP ATQMTLNTFH YAGVSSKNVT LGVPRLKEIL NVAKNIKTPA LTV YLDREI ALDIEKAKVI QSSIEYTTLK NVTSATEIYY DPDPTSTVIE EDFDTVEAYF SIPDEKVEET IDKQSPWLLR LELD RARML DKQLTMNQVA DKISEVFSDD LFVMWSEDNA DKLIIRCRVI RDPKAMDEEL EAEEDQMLKR IEAHMLDLIA LRGIP GISK VYMVKHKVSV PDESGEYKNE ELWALETDGI NLAEVMAVPG VDSSRTYSNS FVEILSVLGI EATRSSLYKE ILNVIA FDG SYVNYRHMAL LVDVMTSRGY LMAITRHGIN RADTGALMRC SFEETVEILF EAGAAAELDD CRGVSENVML GQLAPMG TG AFDVMIDEKL LTSLPADYAP TMPLFKGKAT QGSATPYDNN AQYDDEFNHD DVADVMFSPM AETGSGDDRS GGLTEYAG I QSPYQPTSPG LSATSPGFAP TSPGFAPTSP RYSPTSPGYS PTSPSYSPTS PSYSPTSPSY SPTSPSYSPT SPSYSPTSP SYSPTSPSYS PTSPSYSPTS PSYSPTSPQY SPTSPQYSPT SPQYSPTSPQ YSPTSPQYSP TSPQYSPTSP QYSPTSPQYS PTSPQYSPT SPQYSPTSPQ YSPTSPQYSP TSPQYSPTSP QYSPASPQYS PSRHSPNGES KEGE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit

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分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)
分子量理論値: 139.746094 KDa
配列文字列: MSYDPYSIDD TITTEDCWTV ISAFFEEKGL VSQQLDSFDE FMETSIQDLV WEEPRLILDQ PAQHTNEKDN INKRYEIRFG KIYLSRPTM TEADGTTHAM FPQEARLRNL TYSSPVYLDM EKSMFTSIDD EGNPNATLDW QQVHEPIKDG VEEGNKVHIG K VPIMLRSK ...文字列:
MSYDPYSIDD TITTEDCWTV ISAFFEEKGL VSQQLDSFDE FMETSIQDLV WEEPRLILDQ PAQHTNEKDN INKRYEIRFG KIYLSRPTM TEADGTTHAM FPQEARLRNL TYSSPVYLDM EKSMFTSIDD EGNPNATLDW QQVHEPIKDG VEEGNKVHIG K VPIMLRSK FCSLRTLDEV DLYKMKECPY DMGGYFVING SEKVLIAQER SAANIVQVFK KAAPSPISHV AEIRSALEKG SR LISTMQI KLYGREDKGT GRTIKATLPY VKQDIPIVIV FRALGVVPDG EILQHICYDE NDWQMLEMLK PCIEEGFVIQ DKE VALDFI GRRGSAALGI RREKRIQYAK DILQKELLPH ITQEEGFETR KTFFLGYMVN RLLLCALERK DQDDRDHFGK KRLD LAGPL LANLFRILFR KLTREIYRYM QRCIETDRDF NLNLAVKSTT ITSGLKYSLA TGNWGEQKKA MSSRAGVSQV LNRYT YSST LSHLRRTNTP IGRDGKLAKP RQLHNTHWGL VCPAETPEGQ ACGLVKNLSL LSGISIGSPS EPIINFLEEW GMEPLE DYD PAQHTKSTRI FVNGVWTGIH RDPSMLVSTM RDLRRSGAIS PEVSIIRDIR EREFKIFTDV GRVYRPLFIV EDDESKD NK GELRITKEHI RKIQQGYDDD AMNDDSEEQE QDVYGWSSLV TSGVIEYVDG EEEETIMIAM TPEDLQTRSL EQKEIDLN D TAKRIKPEMS TSSHHTFTHC EIHPSMILGV AASIIPFPDH NQSPRNTYQS AMGKQAMGVF LTNYNVRMDT MANILYYPQ KPLAKTQAME YLKFRELPAG QNAIVAIACY SGYNQEDSMI MNQSSIDRGL FRSLFFRSYM DQEKRFGISI VEEFEKPTRA TTLRLKHGT YEKLDEDGLI APGVRVSGDD IIIGKTTPIP PDTEELGQRT KYHTKRDAST PLRSTENGIV DQVLLTTNQE G LKFVKVRM RTTKVPQIGD KFASRHGQKG TIGVTYRHED MPFSAEGIVP DLIINPHAIP SRMTVAHLIE CLLSKVGSIR GY EGDATPF TDLTVDAVSN LLRDNGYQSR GFEVMYNGHT GKKLMAQVFF GPTYYQRLRH MVDDKIHARA RGPVQVLTRQ PVE GRSRDG GLRFGEMERD CMIAHGAAGF LKERLMEASD AFRVHVCGIC GLMSVIANLK KNQFECRSCK NKTNIYQLHI PYAA KLLFQ ELMAMNIAPR LYTERSGVSM RS

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

+
分子 #3: RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core

分子名称: RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)
分子量理論値: 34.216293 KDa
配列文字列: MSKEPKVNII NAQDDEVELM LSDVNLSLAN SLRRTMLAEV PTLAIDLVEI KMNTSVLADE FISHRLGLIP LVSEDVEEMK YSRDCTCED YCDECSVVLE LSARHEGEEG TTDVYSSSLI KVSGPGNLNV GEPVRRDDYD QGILLCKLRN HQELNIRCIA K KGIAKEHA ...文字列:
MSKEPKVNII NAQDDEVELM LSDVNLSLAN SLRRTMLAEV PTLAIDLVEI KMNTSVLADE FISHRLGLIP LVSEDVEEMK YSRDCTCED YCDECSVVLE LSARHEGEEG TTDVYSSSLI KVSGPGNLNV GEPVRRDDYD QGILLCKLRN HQELNIRCIA K KGIAKEHA KWSPCSAIAF EYDPHNKLKH TDFWFEVDAK KEWPDSKYAT WEEPPKPGEV FDYKAKPNRF YMTVETTGSL KA NQVFSRG IKTLQEKLAN VLFELENSRP ANTTAYGGAT AYGGQTVYGR ETSYGGNTNY GDYNAPY

UniProtKB: RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core

+
分子 #4: RNA polymerase II subunit B32

分子名称: RNA polymerase II subunit B32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)
分子量理論値: 20.62298 KDa
配列文字列:
MNVSTSTVGA RRRRAKQQVD DEENATLLRL GPEFALKQYD HDGNEHDLIA LSLSESRLLI REALKARSRA RNGGVDIESS NGEIDDDEL AKVTSGAVAN GVVKKTLDYL NTFARFKDEE TCTAVDQLLH NSSDCSVLHP FEIAQLSSLG CEDVDEAITL I PSLAAKKE VNLQRILDEL NRLEDPYK

UniProtKB: RNA polymerase II subunit B32

+
分子 #5: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)
分子量理論値: 24.96268 KDa
配列文字列: MEDNNRIISR LWRSFRTVKE MAADRGYFIS QEEMDQSLEE FRSKICDSMG NPQRKLMSFL ANPTPEALEK YSDLGTLWVE FCDEPSVGI KTMRNFCLRI QEKNFSTGIF IYQNNITPSA NKMIPTVSPA IIETFQESDL VVNITHHELV PKHIRLSDGE K SQLLQRYK ...文字列:
MEDNNRIISR LWRSFRTVKE MAADRGYFIS QEEMDQSLEE FRSKICDSMG NPQRKLMSFL ANPTPEALEK YSDLGTLWVE FCDEPSVGI KTMRNFCLRI QEKNFSTGIF IYQNNITPSA NKMIPTVSPA IIETFQESDL VVNITHHELV PKHIRLSDGE K SQLLQRYK LKESQLPRIQ REDPVARYLG LKRGQVVKII RRSETSGRYA SYRICL

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1

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分子 #6: RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III

分子名称: RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)
分子量理論値: 17.803588 KDa
配列文字列:
MSEDEAFNEQ TENFENFEDE HFSDDNFEDR STQPEDYAVG VTADGRQIIN GDGIQEVNGT IKAHRKRSNK ELAILKEERT TTPYLTKYE RARILGTRAL QISMNAPVLV DIEGETDPLQ IAMKELSQRK IPLVIRRYLP DGSYEDWGCD ELIVDN

UniProtKB: RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III

+
分子 #7: RNA polymerase II subunit

分子名称: RNA polymerase II subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)
分子量理論値: 18.802625 KDa
配列文字列:
MFFLKDLSLI LTLHPSYFGP QMNQYLREKL LTDVEGTCTG QFGYIVTVLD GMNIDVGKGR IIPGSGSAEF EVKYRAVVWK PFKGEVVDA IVSNVSPIGF FADVGPLNVF VSTRLIPDNL VYNPSNSPPA YMSNDELITK GSKVRLKVVG TRTDVNEIYA I GSIKEDFL GAI

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit

+
分子 #8: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)
分子量理論値: 16.24922 KDa
配列文字列:
MSSALFDDIF TVQTVDNGRY NKVSRIIGIS TTNSAIKLTL DINNEMFPVS QDDSLTVTLA NSLSLDGEDE SANFSKSWRP PKPTDKSLA DDYDYVMFGT VYKFEEGDED KIKVYVSFGG LLMCLEGGYK SLASLKQDNL YILIRR

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

+
分子 #9: DNA-directed RNA polymerase subunit

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)
分子量理論値: 13.61232 KDa
配列文字列:
MASFRFCLEC NNMLYPKEDK ENQRLLYSCR NCDYTELAED PKVYRHELIT NIGETAGIVD DIGQDPTLPR SDKECPECHS RDCVFFQSQ QRRKDTNMTL FYVCLNCKKT FRDESE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit

+
分子 #10: RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, I...

分子名称: RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and III
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)
分子量理論値: 8.554064 KDa
配列文字列:
MIIPVRCFSC GKVVGDKWDA YLRLLEEGKQ EGDALDELKL KRYCCRRMVL THVDLIEKFL RYNPLEKKDF DS

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

+
分子 #11: RNA polymerase II subunit B12.5

分子名称: RNA polymerase II subunit B12.5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)
分子量理論値: 13.832896 KDa
配列文字列:
MNAPDRFELF ILPDDVPKLK ITPDSRVPNC IIIKFEREDH TLANLLREEL ALYPDVTFVA YKVEHPLFAN FVMRLQTEEG TRPKQALER ACASIINKLK TLDHKFNEEW NIKNFSLND

UniProtKB: RNA polymerase II subunit B12.5

+
分子 #12: RNA polymerase subunit ABC10-alpha

分子名称: RNA polymerase subunit ABC10-alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)
分子量理論値: 7.862048 KDa
配列文字列:
MSREGFVAPS GTDLAAAASG VAPNKHYGVK YTCGACAHNF SLNKSDPVRC KECGHRVIYK ARTKRMIQFD AR

UniProtKB: RNA polymerase subunit ABC10-alpha

+
分子 #16: Histone H3.1

分子名称: Histone H3.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.719445 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GSHMARTKQT ARKSTGGKAP RKQLATKAAR KSAPATGGVK KPHRYRPGTV ALREIRRYQK STELLIRKLP FQRLVREIAQ DFKTDLRFQ SSAVMALQEA CEAYLVGLFE DTNLCAIHAK RVTIMPKDIQ LARRIRGERA

UniProtKB: Histone H3.1

+
分子 #17: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.676703 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GSHMSGRGKG GKGLGKGGAK RHRKVLRDNI QGITKPAIRR LARRGGVKRI SGLIYEETRG VLKVFLENVI RDAVTYTEHA KRKTVTAMD VVYALKRQGR TLYGFGG

UniProtKB: Histone H4

+
分子 #18: Histone H2A type 1-B/E

分子名称: Histone H2A type 1-B/E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.447825 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GSHMSGRGKQ GGKARAKAKT RSSRAGLQFP VGRVHRLLRK GNYSERVGAG APVYLAAVLE YLTAEILELA GNAARDNKKT RIIPRHLQL AIRNDEELNK LLGRVTIAQG GVLPNIQAVL LPKKTESHHK AKGK

UniProtKB: Histone H2A type 1-B/E

+
分子 #19: Histone H2B type 1-J

分子名称: Histone H2B type 1-J / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.217516 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GSHMPEPAKS APAPKKGSKK AVTKAQKKDG KKRKRSRKES YSIYVYKVLK QVHPDTGISS KAMGIMNSFV NDIFERIAGE ASRLAHYNK RSTITSREIQ TAVRLLLPGE LAKHAVSEGT KAVTKYTSAK

UniProtKB: Histone H2B type 1-J

+
分子 #20: Histone H1.2

分子名称: Histone H1.2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.15684 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSETAPAAPA AAPPAEKAPV KKKAAKKAGG TPRKASGPPV SELITKAVAA SKERSGVSLA ALKKALAAAG YDVEKNNSRI KLGLKSLVS KGTLVQTKGT GASGSFKLNK KAASGEAKPK VKKAGGTKPK KPVGAAKKPK KAAGGATPKK SAKKTPKKAK K PAAATVTK ...文字列:
MSETAPAAPA AAPPAEKAPV KKKAAKKAGG TPRKASGPPV SELITKAVAA SKERSGVSLA ALKKALAAAG YDVEKNNSRI KLGLKSLVS KGTLVQTKGT GASGSFKLNK KAASGEAKPK VKKAGGTKPK KPVGAAKKPK KAAGGATPKK SAKKTPKKAK K PAAATVTK KVAKSPKKAK VAKPKKAAKS AAKAVKPKAA KPKVVKPKKA APKKKLEVLF Q

UniProtKB: Histone H1.2

+
分子 #13: RNA (5'-R(P*CP*AP*AP*UP*AP*GP*GP*AP*GP*CP*UP*UP*AP*C)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*CP*AP*AP*UP*AP*GP*GP*AP*GP*CP*UP*UP*AP*C)-3')
タイプ: rna / ID: 13 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 4.470731 KDa
配列文字列:
CAAUAGGAGC UUAC

+
分子 #14: DNA (261-MER)

分子名称: DNA (261-MER) / タイプ: dna / ID: 14 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 80.851555 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DT)(DA)(DT)(DG)(DA)(DA)(DT) (DT)(DT)(DC)(DG)(DC)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC) (DA)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG) (DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DC) (DT)(DG)(DA)(DC)(DA) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DT)(DA)(DT)(DG)(DA)(DA)(DT) (DT)(DT)(DC)(DG)(DC)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC) (DA)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG) (DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DC) (DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT) (DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC) (DT)(DA) (DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA) (DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG) (DC)(DG)(DG) (DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA) (DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC) (DA)(DG)(DC)(DG) (DC)(DG)(DT)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA) (DG)(DC)(DG)(DG)(DT) (DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA) (DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT) (DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC) (DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG) (DG)(DA) (DT)(DT)(DC)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA) (DC)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DC) (DA) (DC)(DA)(DA)(DG)(DT)(DG)(DG)(DA)(DC)(DC) (DG)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DC) (DT)(DA)(DT)(DT)(DG)(DC)(DT)(DT)(DT)(DA) (DA)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DG)(DG) (DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG) (DT)(DC)(DC)(DG)(DG)(DA)(DA)(DT)(DG)(DA) (DG) (DA)(DG)(DC)(DT)(DA)(DA)(DT)(DT) (DT)(DG)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA) (DG)(DA) (DA)

+
分子 #15: DNA (261-MER)

分子名称: DNA (261-MER) / タイプ: dna / ID: 15 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 80.329078 KDa
配列文字列: (DT)(DT)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA) (DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DT)(DT)(DA)(DG)(DC) (DT)(DC)(DT)(DC)(DA)(DT)(DT)(DC)(DC) (DG)(DG)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT) (DG) (DT)(DC)(DC)(DT)(DC) ...文字列:
(DT)(DT)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA) (DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DT)(DT)(DA)(DG)(DC) (DT)(DC)(DT)(DC)(DA)(DT)(DT)(DC)(DC) (DG)(DG)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT) (DG) (DT)(DC)(DC)(DT)(DC)(DT)(DG)(DC) (DC)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DG)(DC)(DA) (DA)(DT) (DA)(DG)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT) (DT)(DA)(DC)(DG)(DG)(DT)(DC)(DC)(DA)(DC) (DT)(DT)(DG) (DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DG) (DG)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DG)(DG) (DG)(DA)(DA)(DT) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT) (DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG) (DC)(DT)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DG) (DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG) (DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG) (DC)(DA)(DC) (DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG) (DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC) (DG)(DC) (DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC) (DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA) (DA) (DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC) (DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA) (DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC) (DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC) (DT) (DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DG)(DC) (DG)(DA)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC)(DA)(DT)(DA) (DG)(DA) (DT)

+
分子 #21: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 8 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #22: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 56.2 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 16916
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る