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- EMDB-3441: Subtomogram average of the mitochondrial ATP synthase dimer from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3441
タイトルSubtomogram average of the mitochondrial ATP synthase dimer from the ciliate Paramecium tetraurelia
マップデータSubtomogram average of mitochondrial ATP synthase dimer from the ciliate Paramecium tetraurelia
試料
  • 試料: Mitochondrial ATP synthase dimer from Paramecium tetraurelia
  • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial F1FoATPase
キーワードATP synthase dimers / mitochondria / ciliate
生物種Paramecium tetraurelia (ヨツヒメゾウリムシ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 26.0 Å
データ登録者Muehleip AW / Kuehlbrandt W / Davies KM
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2016
タイトル: Helical arrays of U-shaped ATP synthase dimers form tubular cristae in ciliate mitochondria.
著者: Alexander W Mühleip / Friederike Joos / Christoph Wigge / Achilleas S Frangakis / Werner Kühlbrandt / Karen M Davies /
要旨: F1Fo-ATP synthases are universal energy-converting membrane protein complexes that synthesize ATP from ADP and inorganic phosphate. In mitochondria of yeast and mammals, the ATP synthase forms V- ...F1Fo-ATP synthases are universal energy-converting membrane protein complexes that synthesize ATP from ADP and inorganic phosphate. In mitochondria of yeast and mammals, the ATP synthase forms V-shaped dimers, which assemble into rows along the highly curved ridges of lamellar cristae. Using electron cryotomography and subtomogram averaging, we have determined the in situ structure and organization of the mitochondrial ATP synthase dimer of the ciliate Paramecium tetraurelia. The ATP synthase forms U-shaped dimers with parallel monomers. Each complex has a prominent intracrista domain, which links the c-ring of one monomer to the peripheral stalk of the other. Close interaction of intracrista domains in adjacent dimers results in the formation of helical ATP synthase dimer arrays, which differ from the loose dimer rows in all other organisms observed so far. The parameters of the helical arrays match those of the cristae tubes, suggesting the unique features of the P. tetraurelia ATP synthase are directly responsible for generating the helical tubular cristae. We conclude that despite major structural differences between ATP synthase dimers of ciliates and other eukaryotes, the formation of ATP synthase dimer rows is a universal feature of mitochondria and a fundamental determinant of cristae morphology.
履歴
登録2016年6月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年7月6日-
マップ公開2016年7月6日-
更新2016年8月10日-
現状2016年8月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 151
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 151
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3441.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3441.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 10.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Subtomogram average of mitochondrial ATP synthase dimer from the ciliate Paramecium tetraurelia
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.46 Å
密度
表面レベル登録者による: 151.0 / ムービー #1: 151
最小 - 最大134.86489868000001 - 161.085083010000005
平均 (標準偏差)146.916961670000006 (±1.12564516)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ140140140
Spacing140140140
セルA=B=C: 624.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.464.464.46
M x/y/z140140140
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z624.400624.400624.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS140140140
D min/max/mean134.865161.085146.917

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Mitochondrial ATP synthase dimer from Paramecium tetraurelia

全体名称: Mitochondrial ATP synthase dimer from Paramecium tetraurelia
要素
  • 試料: Mitochondrial ATP synthase dimer from Paramecium tetraurelia
  • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial F1FoATPase

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超分子 #1000: Mitochondrial ATP synthase dimer from Paramecium tetraurelia

超分子名称: Mitochondrial ATP synthase dimer from Paramecium tetraurelia
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: dimer / Number unique components: 1
分子量理論値: 1.2 MDa

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分子 #1: Mitochondrial F1FoATPase

分子名称: Mitochondrial F1FoATPase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Mitochondrial ATP synthase dimer / コピー数: 1 / 集合状態: Dimer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Paramecium tetraurelia (ヨツヒメゾウリムシ)
株: d4-2 / 細胞: single-celled organism / Organelle: mitochondrion / 細胞中の位置: crista membrane
分子量理論値: 1.2 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20 mM Tris, 250 mM trehalose
グリッド詳細: 300 mesh Quantifoil copper grid R2/2
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 10 % / チャンバー内温度: 110 K / 装置: OTHER
手法: manual blotting for 5-6 seconds with Whatman paper #4

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 80 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 64,000 times magnification
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum, Gatan
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
日付2013年7月3日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
実像数: 720 / 平均電子線量: 100 e/Å2 / カメラ長: 19.3 / ビット/ピクセル: 32
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 倍率（公称値）: 64000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 ° / Tilt series - Axis1 - Angle increment: 2 °
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細IMOD was used to align tilt series based on the position of gold fiducials, correct CTF on each projection image, and generate a tomographic volume using weighted back-projection. Subtomogram averaging was performed with PEET after initial estimate of rotations were calculated based on the orientation of particles relative to the membrane.
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 26.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD, PEET
詳細: Final subtomogram average was generated from 1244 subvolumes.
使用した粒子像数: 60
CTF補正詳細: each projection, strip-based approach

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3zry


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B / Chain - #2 - Chain ID: C / Chain - #3 - Chain ID: D / Chain - #4 - Chain ID: E / Chain - #5 - Chain ID: F / Chain - #6 - Chain ID: G / Chain - #7 - Chain ID: H / Chain - #8 - Chain ID: I
ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
当てはまり具合の基準: cross correlation coefficient maximization

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

2wss


Chain - #0 - Chain ID: S / Chain - #1 - Chain ID: W
ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
当てはまり具合の基準: cross correlation coefficient maximization

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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