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- EMDB-3433: Anaphase-promoting complex/Cyclosome (APC/C)-CDH1-UBE2S-Ubiquitin... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3433
タイトルAnaphase-promoting complex/Cyclosome (APC/C)-CDH1-UBE2S-Ubiquitin (variant)-substrate
マップデータAnaphase-promoting complex/Cyclosome (APC/C)-CDH1-UBE2S-Ubiquitin (variant)-substrate
試料
  • 試料: Anaphase-promoting complex/Cyclosome (APC/C)-CDH1-UBE2S-Ubiquitin (variant)-substrate
  • タンパク質・ペプチド: Anaphase Promoting Complex
キーワードAnaphase Promoting Complex / ubiquitin ligation
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of diacylglycerol biosynthetic process / protein localization to septin ring / mitotic morphogenesis checkpoint signaling / cellular bud neck septin ring / positive regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / protein K27-linked ubiquitination / regulation of meiotic nuclear division / protein K29-linked ubiquitination / free ubiquitin chain polymerization / positive regulation of synapse maturation ...negative regulation of diacylglycerol biosynthetic process / protein localization to septin ring / mitotic morphogenesis checkpoint signaling / cellular bud neck septin ring / positive regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / protein K27-linked ubiquitination / regulation of meiotic nuclear division / protein K29-linked ubiquitination / free ubiquitin chain polymerization / positive regulation of synapse maturation / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / positive regulation of synaptic plasticity / Phosphorylation of Emi1 / anaphase-promoting complex / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / protein branched polyubiquitination / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / regulation of meiotic cell cycle / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / lens fiber cell differentiation / Phosphorylation of the APC/C / regulation of exit from mitosis / anaphase-promoting complex binding / cellular bud neck / protein K6-linked ubiquitination / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of dendrite morphogenesis / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / ubiquitin ligase activator activity / exit from mitosis / protein K11-linked ubiquitination / symbiont entry into host cell via disruption of host cell glycocalyx / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / mitotic metaphase chromosome alignment / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / virus tail / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / ubiquitin conjugating enzyme activity / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / cullin family protein binding / Transcriptional Regulation by VENTX / negative regulation of cellular senescence / protein K63-linked ubiquitination / enzyme-substrate adaptor activity / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / positive regulation of axon extension / protein K48-linked ubiquitination / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / heterochromatin / intercellular bridge / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / nuclear periphery / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / regulation of mitotic cell cycle / Assembly of the pre-replicative complex / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / protein catabolic process / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / protein modification process / brain development / kinetochore / spindle / Separation of Sister Chromatids / protein polyubiquitination / neuron projection development / ubiquitin-protein transferase activity / G2/M transition of mitotic cell cycle / mitotic spindle / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin protein ligase activity / nervous system development / mitotic cell cycle / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / microtubule cytoskeleton / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein phosphatase binding / molecular adaptor activity / nuclear membrane / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / cell differentiation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein ubiquitination / protein kinase activity / regulation of cell cycle / negative regulation of gene expression / cell division / protein serine kinase activity / DNA repair / protein serine/threonine kinase activity / intracellular membrane-bounded organelle
類似検索 - 分子機能
Anaphase-promoting complex subunit 15 / Anaphase-promoting complex subunit 15 / : / CDC20/Fizzy WD40 domain / The WD repeat Cdc20/Fizzy family / : / APC4, WD40 domain C-terminal half / Anaphase-promoting complex subunit 4, metazoa / Anaphase-promoting complex subunit 1, C-terminal / Anaphase-promoting complex subunit 1, middle domain ...Anaphase-promoting complex subunit 15 / Anaphase-promoting complex subunit 15 / : / CDC20/Fizzy WD40 domain / The WD repeat Cdc20/Fizzy family / : / APC4, WD40 domain C-terminal half / Anaphase-promoting complex subunit 4, metazoa / Anaphase-promoting complex subunit 1, C-terminal / Anaphase-promoting complex subunit 1, middle domain / : / : / : / Anaphase-promoting complex subunit 1 WD40 beta-propeller domain / Anaphase-promoting complex sub unit 1 C-terminal domain / Anaphase-promoting complex subunit 1 middle domain / APC1 beta sandwich domain / Anaphase-promoting complex subunit 5, N-terminal domain / Anaphase-promoting complex subunit 16 / Anaphase-promoting complex, subunit 16 / Cdc23 / Apc13 / Anaphase promoting complex subunit 8 / Cdc23 / Apc13p protein / Anaphase-promoting complex subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit 4 long domain / Anaphase-promoting complex subunit 1 / Anaphase-promoting complex subunit 5 domain / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit APC10/Doc1 / Anaphase-promoting complex, subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex APC subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 11, RING-H2 finger / Anaphase-promoting complex subunit 11 RING-H2 finger / Anaphase-promoting complex subunit 2, C-terminal / Anaphase-promoting complex subunit 2 / Anaphase promoting complex (APC) subunit 2 / Anaphase promoting complex (APC) subunit 2 / APC10/DOC domain / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / DOC domain profile. / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 3 / TPR repeat / Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain / Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain / Tetratricopeptide repeat / : / : / Cullin / Tetratricopeptide repeat / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin family / Cullin family profile. / Tetratricopeptide repeat / Pectate lyase superfamily protein / Rhamnogalacturonase A/epimerase, pectate lyase-like / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Tetratricopeptide repeat / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Galactose-binding-like domain superfamily / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Armadillo-like helical / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Winged helix DNA-binding domain superfamily / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tail fiber / Cell division cycle protein 27 homolog / Probable serine/threonine-protein kinase HSL1 / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Cell division cycle protein 16 homolog / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 S / Anaphase-promoting complex subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 16 / Anaphase-promoting complex subunit 13 / Anaphase-promoting complex subunit 1 ...Tail fiber / Cell division cycle protein 27 homolog / Probable serine/threonine-protein kinase HSL1 / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Cell division cycle protein 16 homolog / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 S / Anaphase-promoting complex subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 16 / Anaphase-promoting complex subunit 13 / Anaphase-promoting complex subunit 1 / Anaphase-promoting complex subunit 11 / Cell division cycle protein 23 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 7 / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit 2 / Fizzy-related protein homolog / Anaphase-promoting complex subunit 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.0 Å
データ登録者Brown N / VanderLinden R / Watson E / Weissmann F / Ordureau A / Wu K-P / Yu S / Mercedi P / Harrison J / Davidson I ...Brown N / VanderLinden R / Watson E / Weissmann F / Ordureau A / Wu K-P / Yu S / Mercedi P / Harrison J / Davidson I / Coudevylle R / Lu Y / Dube P / Brunner M / Grace CRR / Miller D / Haselbach D / Jarvis M / Yamaguchi M / Yanishevski D / Petzold G / Sidhu S / Kuhlman B / Kirschner M / Harper JW / Peters J-M / Stark H / Schulman BA
引用ジャーナル: Cell / 年: 2016
タイトル: Dual RING E3 Architectures Regulate Multiubiquitination and Ubiquitin Chain Elongation by APC/C.
著者: Nicholas G Brown / Ryan VanderLinden / Edmond R Watson / Florian Weissmann / Alban Ordureau / Kuen-Phon Wu / Wei Zhang / Shanshan Yu / Peter Y Mercredi / Joseph S Harrison / Iain F Davidson / ...著者: Nicholas G Brown / Ryan VanderLinden / Edmond R Watson / Florian Weissmann / Alban Ordureau / Kuen-Phon Wu / Wei Zhang / Shanshan Yu / Peter Y Mercredi / Joseph S Harrison / Iain F Davidson / Renping Qiao / Ying Lu / Prakash Dube / Michael R Brunner / Christy R R Grace / Darcie J Miller / David Haselbach / Marc A Jarvis / Masaya Yamaguchi / David Yanishevski / Georg Petzold / Sachdev S Sidhu / Brian Kuhlman / Marc W Kirschner / J Wade Harper / Jan-Michael Peters / Holger Stark / Brenda A Schulman /
要旨: Protein ubiquitination involves E1, E2, and E3 trienzyme cascades. E2 and RING E3 enzymes often collaborate to first prime a substrate with a single ubiquitin (UB) and then achieve different forms of ...Protein ubiquitination involves E1, E2, and E3 trienzyme cascades. E2 and RING E3 enzymes often collaborate to first prime a substrate with a single ubiquitin (UB) and then achieve different forms of polyubiquitination: multiubiquitination of several sites and elongation of linkage-specific UB chains. Here, cryo-EM and biochemistry show that the human E3 anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C) and its two partner E2s, UBE2C (aka UBCH10) and UBE2S, adopt specialized catalytic architectures for these two distinct forms of polyubiquitination. The APC/C RING constrains UBE2C proximal to a substrate and simultaneously binds a substrate-linked UB to drive processive multiubiquitination. Alternatively, during UB chain elongation, the RING does not bind UBE2S but rather lures an evolving substrate-linked UB to UBE2S positioned through a cullin interaction to generate a Lys11-linked chain. Our findings define mechanisms of APC/C regulation, and establish principles by which specialized E3-E2-substrate-UB architectures control different forms of polyubiquitination.
履歴
登録2016年5月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年6月15日-
マップ公開2016年7月20日-
更新2016年11月2日-
現状2016年11月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.065
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.065
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5l9t
  • 表面レベル: 0.065
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3433.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3433.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 62.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Anaphase-promoting complex/Cyclosome (APC/C)-CDH1-UBE2S-Ubiquitin (variant)-substrate
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.57 Å/pix.
x 256 pix.
= 401.92 Å		1.57 Å/pix.
x 256 pix.
= 401.92 Å		1.57 Å/pix.
x 256 pix.
= 401.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.57 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.065 / ムービー #1: 0.065
最小 - 最大-0.08904973 - 0.2057582
平均 (標準偏差)0.0002983 (±0.01344598)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 401.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.571.571.57
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z401.920401.920401.920
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0890.2060.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Anaphase-promoting complex/Cyclosome (APC/C)-CDH1-UBE2S-Ubiquitin...

全体名称: Anaphase-promoting complex/Cyclosome (APC/C)-CDH1-UBE2S-Ubiquitin (variant)-substrate
要素
  • 試料: Anaphase-promoting complex/Cyclosome (APC/C)-CDH1-UBE2S-Ubiquitin (variant)-substrate
  • タンパク質・ペプチド: Anaphase Promoting Complex

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超分子 #1000: Anaphase-promoting complex/Cyclosome (APC/C)-CDH1-UBE2S-Ubiquitin...

超分子名称: Anaphase-promoting complex/Cyclosome (APC/C)-CDH1-UBE2S-Ubiquitin (variant)-substrate
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1
分子量実験値: 1.5 MDa

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分子 #1: Anaphase Promoting Complex

分子名称: Anaphase Promoting Complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 50 mM Hepes, 150 mM NaCl, 2 mM MgCl2
グリッド詳細: 200 mesh copper grids, quantifoil with thin carbon support
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
日付2015年7月31日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
実像数: 2070 / 平均電子線量: 40 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 89000 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.0001 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.7 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / 使用した粒子像数: 125390

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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