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- EMDB-33942: Cryo-EM structure of MERS-CoV spike protein, Two RBD-up conformation 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33942
タイトルCryo-EM structure of MERS-CoV spike protein, Two RBD-up conformation 2
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: recombinant MERS-CoV (betacoronavirus 2c EMC 2012) fm2P Spike
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードMERS-CoV / Spike / Glycoprotein / Viral protein
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane ...host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human betacoronavirus 2c EMC/2012 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.55 Å
データ登録者Hsu STD / Chang NE / Weng ZW / Yang TJ / Draczkowski P
資金援助 台湾, 1件
OrganizationGrant number国
Academia Sinica (Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: Rapid simulation of glycoprotein structures by grafting and steric exclusion of glycan conformer libraries.
著者: Yu-Xi Tsai / Ning-En Chang / Klaus Reuter / Hao-Ting Chang / Tzu-Jing Yang / Sören von Bülow / Vidhi Sehrawat / Noémie Zerrouki / Matthieu Tuffery / Michael Gecht / Isabell Louise Grothaus ...著者: Yu-Xi Tsai / Ning-En Chang / Klaus Reuter / Hao-Ting Chang / Tzu-Jing Yang / Sören von Bülow / Vidhi Sehrawat / Noémie Zerrouki / Matthieu Tuffery / Michael Gecht / Isabell Louise Grothaus / Lucio Colombi Ciacchi / Yong-Sheng Wang / Min-Feng Hsu / Kay-Hooi Khoo / Gerhard Hummer / Shang-Te Danny Hsu / Cyril Hanus / Mateusz Sikora /
要旨: Most membrane proteins are modified by covalent addition of complex sugars through N- and O-glycosylation. Unlike proteins, glycans do not typically adopt specific secondary structures and remain ...Most membrane proteins are modified by covalent addition of complex sugars through N- and O-glycosylation. Unlike proteins, glycans do not typically adopt specific secondary structures and remain very mobile, shielding potentially large fractions of protein surface. High glycan conformational freedom hinders complete structural elucidation of glycoproteins. Computer simulations may be used to model glycosylated proteins but require hundreds of thousands of computing hours on supercomputers, thus limiting routine use. Here, we describe GlycoSHIELD, a reductionist method that can be implemented on personal computers to graft realistic ensembles of glycan conformers onto static protein structures in minutes. Using molecular dynamics simulation, small-angle X-ray scattering, cryoelectron microscopy, and mass spectrometry, we show that this open-access toolkit provides enhanced models of glycoprotein structures. Focusing on N-cadherin, human coronavirus spike proteins, and gamma-aminobutyric acid receptors, we show that GlycoSHIELD can shed light on the impact of glycans on the conformation and activity of complex glycoproteins.
履歴
登録2022年7月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月9日-
マップ公開2023年8月9日-
更新2024年9月4日-
現状2024年9月4日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33942.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33942.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 281.6 Å		1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 281.6 Å		1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 281.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.25
最小 - 最大-0.46626863 - 1.3626038
平均 (標準偏差)-0.0045614545 (±0.106682085)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 281.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_33942_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_33942_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_33942_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : recombinant MERS-CoV (betacoronavirus 2c EMC 2012) fm2P Spike

全体名称: recombinant MERS-CoV (betacoronavirus 2c EMC 2012) fm2P Spike
要素
  • 細胞器官・細胞要素: recombinant MERS-CoV (betacoronavirus 2c EMC 2012) fm2P Spike
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: recombinant MERS-CoV (betacoronavirus 2c EMC 2012) fm2P Spike

超分子名称: recombinant MERS-CoV (betacoronavirus 2c EMC 2012) fm2P Spike
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Human betacoronavirus 2c EMC/2012 (ウイルス)

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分子 #1: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human betacoronavirus 2c EMC/2012 (ウイルス)
分子量理論値: 150.654438 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDSWFILVLL GSGLICVSAS YVDVGPDSVK SACIEVDIQQ TFFDKTWPRP IDVSKADGII YPQGRTYSNI TITYQGLFPY QGDHGDMYV YSAGHATGTT PQKLFVANYS QDVKQFANGF VVRIGAAANS TGTVIISPST SATIRKIYPA FMLGSSVGNF S DGKMGRFF ...文字列:
MDSWFILVLL GSGLICVSAS YVDVGPDSVK SACIEVDIQQ TFFDKTWPRP IDVSKADGII YPQGRTYSNI TITYQGLFPY QGDHGDMYV YSAGHATGTT PQKLFVANYS QDVKQFANGF VVRIGAAANS TGTVIISPST SATIRKIYPA FMLGSSVGNF S DGKMGRFF NHTLVLLPDG CGTLLRAFYC ILEPRSGNHC PAGNSYTSFA TYHTPATDCS DGNYNRNASL NSFKEYFNLR NC TFMYTYN ITEDEILEWF GITQTAQGVH LFSSRYVDLY GGNMFQFATL PVYDTIKYYS IIPHSIRSIQ SDRKAWAAFY VYK LQPLTF LLDFSVDGYI RRAIDCGFND LSQLHCSYES FDVESGVYSV SSFEAKPSGS VVEQAEGVEC DFSPLLSGTP PQVY NFKRL VFTNCNYNLT KLLSLFSVND FTCSQISPAA IASNCYSSLI LDYFSYPLSM KSDLSVSSAG PISQFNYKQS FSNPT CLIL ATVPHNLTTI TKPLKYSYIN KCSRLLSDDR TEVPQLVNAN QYSPCVSIVP STVWEDGDYY RKQLSPLEGG GWLVAS GST VAMTEQLQMG FGITVQYGTD TNSVCPKLEF ANDTKIASQL GNCVEYSLYG VSGRGVFQNC TAVGVRQQRF VYDAYQN LV GYYSDDGNYY CLRACVSVPV SVIYDKETKT HATLFGSVAC EHISSTMSQY SRSTRSMLKR RDSTYGPLQT PVGCVLGL V NSSLFVEDCK LPLGQSLCAL PDTPSTLTPA SVGSVPGEMR LASIAFNHPI QVDQLNSSYF KLSIPTNFSF GVTQEYIQT TIQKVTVDCK QYVCNGFQKC EQLLREYGQF CSKINQALHG ANLRQDDSVR NLFASVKSSQ SSPIIPGFGG DFNLTLLEPV SISTGSRSA RSAIEDLLFD KVTIADPGYM QGYDDCMQQG PASARDLICA QYVAGYKVLP PLMDVNMEAA YTSSLLGSIA G VGWTAGLS SFAAIPFAQS IFYRLNGVGI TQQVLSENQK LIANKFNQAL GAMQTGFTTT NEAFQKVQDA VNNNAQALSK LA SELSNTF GAISASIGDI IQRLDPPEQD AQIDRLINGR LTTLNAFVAQ QLVRSESAAL SAQLAKDKVN ECVKAQSKRS GFC GQGTHI VSFVVNAPNG LYFMHVGYYP SNHIEVVSAY GLCDAANPTN CIAPVNGYFI KTNNTRIVDE WSYTGSSFYA PEPI TSLNT KYVAPQVTYQ NISTNLPPPL LGNSTGIDFQ DELDEFFKNV STSIPNFGSL TQINTTLLDL TYEMLSLQQV VKALN ESYI DLKELGNYTY EFGSGGYIPE APRDGQAYVR KDGEWVLLST FLKGQDNSAD IQHSGRPLES RGPFEQKLIS EEDLNM HTG HHHHHH

UniProtKB: Spike glycoprotein

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分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 17 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMTristris(hydroxymethyl)aminomethane
150.0 mMNaClsodium chloride
0.02 %NaN3sodium azide
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: -1; waiting time: 30s..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2886 / 平均電子線量: 40.6 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 92000
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1679870
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.55 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2) / 使用した粒子像数: 17461
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7ymt:
Cryo-EM structure of MERS-CoV spike protein, Two RBD-up conformation 2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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