[日本語] English
万見
- EMDB-3391: Negative-stain electron microscopy structure of human cytomegalov... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3391
タイトルNegative-stain electron microscopy structure of human cytomegalovirus gHgLgO trimer
マップデータThe correct handedness for this complex was unknown at the time of deposition
試料
  • 試料: Human cytomegalovirus gHgLgO trimer
  • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein H
  • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein O
  • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein L
キーワードgHgLgO / human cytomegalovirus
機能・相同性
機能・相同性情報


viral process / membrane => GO:0016020 / host cell endosome / host cell Golgi apparatus / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus UL74, glycoprotein / Herpesvirus UL74, glycoprotein / Herpes UL74 glycoproteins / Cytomegalovirus glycoprotein L / Cytomegalovirus glycoprotein L / Cytomegalovirus glycoprotein L / Betaherpesvirus glycoprotein L (gL) domain profile. / Herpesvirus glycoprotein H main domain / Herpesvirus glycoprotein H / Herpesvirus glycoprotein H ...Herpesvirus UL74, glycoprotein / Herpesvirus UL74, glycoprotein / Herpes UL74 glycoproteins / Cytomegalovirus glycoprotein L / Cytomegalovirus glycoprotein L / Cytomegalovirus glycoprotein L / Betaherpesvirus glycoprotein L (gL) domain profile. / Herpesvirus glycoprotein H main domain / Herpesvirus glycoprotein H / Herpesvirus glycoprotein H / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal domain superfamily / Herpesvirus glycoprotein H C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein L / Envelope glycoprotein H / Envelope glycoprotein O
類似検索 - 構成要素
生物種Human herpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 19.3 Å
データ登録者Kabanova A / Marcandalli J / Zhou T / Bianchi S / Baxa U / Tsybovsky Y / Lilleri D / Silacci-Fregni C / Foglierini M / Fernandez-Rodriguez BM ...Kabanova A / Marcandalli J / Zhou T / Bianchi S / Baxa U / Tsybovsky Y / Lilleri D / Silacci-Fregni C / Foglierini M / Fernandez-Rodriguez BM / Druz A / Zhang B / Geiger R / Pagani M / Sallusto F / Kwong PD / Corti D / Lanzavecchia A / Perez L
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2016
タイトル: Platelet-derived growth factor-α receptor is the cellular receptor for human cytomegalovirus gHgLgO trimer.
著者: Anna Kabanova / Jessica Marcandalli / Tongqing Zhou / Siro Bianchi / Ulrich Baxa / Yaroslav Tsybovsky / Daniele Lilleri / Chiara Silacci-Fregni / Mathilde Foglierini / Blanca Maria Fernandez- ...著者: Anna Kabanova / Jessica Marcandalli / Tongqing Zhou / Siro Bianchi / Ulrich Baxa / Yaroslav Tsybovsky / Daniele Lilleri / Chiara Silacci-Fregni / Mathilde Foglierini / Blanca Maria Fernandez-Rodriguez / Aliaksandr Druz / Baoshan Zhang / Roger Geiger / Massimiliano Pagani / Federica Sallusto / Peter D Kwong / Davide Corti / Antonio Lanzavecchia / Laurent Perez /
要旨: Human cytomegalovirus encodes at least 25 membrane glycoproteins that are found in the viral envelope(1). While gB represents the fusion protein, two glycoprotein complexes control the tropism of the ...Human cytomegalovirus encodes at least 25 membrane glycoproteins that are found in the viral envelope(1). While gB represents the fusion protein, two glycoprotein complexes control the tropism of the virus: the gHgLgO trimer is involved in the infection of fibroblasts, and the gHgLpUL128L pentamer is required for infection of endothelial, epithelial and myeloid cells(2-5). Two reports suggested that gB binds to ErbB1 and PDGFRα (refs 6,7); however, these results do not explain the tropism of the virus and were recently challenged(8,9). Here, we provide a 19 Å reconstruction for the gHgLgO trimer and show that it binds with high affinity through the gO subunit to PDGFRα, which is expressed on fibroblasts but not on epithelial cells. We also provide evidence that the trimer is essential for viral entry in both fibroblasts and epithelial cells. Furthermore, we identify the pentamer, which is essential for infection of epithelial cells, as a trigger for the ErbB pathway. These findings help explain the broad tropism of human cytomegalovirus and indicate that PDGFRα and the viral gO subunit could be targeted by novel anti-viral therapies.
履歴
登録2016年3月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年3月23日-
マップ公開2016年7月13日-
更新2018年6月6日-
現状2018年6月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.027
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.027
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-3391.tif

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3391.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The correct handedness for this complex was unknown at the time of deposition
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.22 Å/pix.
x 160 pix.
= 355.2 Å		2.22 Å/pix.
x 160 pix.
= 355.2 Å		2.22 Å/pix.
x 160 pix.
= 355.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.22 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.027 / ムービー #1: 0.027
最小 - 最大-0.03685422 - 0.09676909
平均 (標準偏差)-0.00000286 (±0.00604573)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 355.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.222.222.22
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z355.200355.200355.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-0.0370.097-0.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Human cytomegalovirus gHgLgO trimer

全体名称: Human cytomegalovirus gHgLgO trimer
要素
  • 試料: Human cytomegalovirus gHgLgO trimer
  • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein H
  • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein O
  • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein L

-
超分子 #1000: Human cytomegalovirus gHgLgO trimer

超分子名称: Human cytomegalovirus gHgLgO trimer / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Heterotrimer (one gH + one gL + one gO) / Number unique components: 3
分子量実験値: 390 KDa / 理論値: 170 KDa / 手法: Size exclusion chromatography

-
分子 #1: Envelope glycoprotein H

分子名称: Envelope glycoprotein H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: gH, UL75 / コピー数: 1 / 集合状態: Heterotrimeric with gL and gO / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Human herpesvirus 5 (ヘルペスウイルス) / 株: VR1814 / 別称: HCMV
分子量理論値: 85 KDa
組換発現生物種: Chinese Hamster Ovary cells / 組換細胞: CHO K1SV / 組換プラスミド: PEE.12.4 and PEE6.4
配列UniProtKB: Envelope glycoprotein H / GO: membrane, membrane => GO:0016020, viral envelope / InterPro: Herpesvirus glycoprotein H

-
分子 #2: Envelope glycoprotein O

分子名称: Envelope glycoprotein O / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: gO, UL74 / コピー数: 1 / 集合状態: Heterotrimeric with gL and gH / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Human herpesvirus 5 (ヘルペスウイルス) / 株: VR1814 / 別称: HCMV
分子量理論値: 54 KDa
組換発現生物種: Chinese Hamster Ovary cells / 組換細胞: CHO K1SV / 組換プラスミド: PEE.12.4 and PEE6.4
配列UniProtKB: Envelope glycoprotein O / GO: viral envelope / InterPro: Herpesvirus UL74, glycoprotein

-
分子 #3: Envelope glycoprotein L

分子名称: Envelope glycoprotein L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: gL, UL115 / コピー数: 1 / 集合状態: Heterotrimeric with gH and gO / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Human herpesvirus 5 (ヘルペスウイルス) / 株: VR1814 / 別称: HCMV
分子量理論値: 30 KDa
組換発現生物種: Chinese Hamster Ovary cells / 組換細胞: CHO K1SV / 組換プラスミド: PEE.12.4 and PEE6.4
配列UniProtKB: Envelope glycoprotein L / GO: viral process, viral envelope / InterPro: Cytomegalovirus glycoprotein L

-
実験情報

-
構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.01 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20 mM HEPES, 150 mM NaCl
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: The complex was adsorbed to freshly glow-discharged carbon-coated grids for 15 s, washed with a buffer containing 20 mM HEPES, pH 7.5, and 150 mM NaCl, and stained in several drops of 0.7% uranyl formate
グリッド詳細: 200 mesh copper grid with carbon support, glow discharged
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
日付2015年6月18日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (2k x 2k) / 実像数: 304
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.4 µm / 倍率（公称値）: 100000
試料ステージ試料ホルダー: Room temperature / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC

-
画像解析

詳細The dataset was subjected to iterative stable alignment and clustering (ISAC) in SPARX. The ISAC classes were then used to generate an initial 3D map in EMAN2, which was used as the initial model for three-dimensional reconstruction and refinement using reference projections in SPIDER.
CTF補正詳細: Each defocus group
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 19.3 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPARX, EMAN2, SPIDER / 使用した粒子像数: 10356
最終 2次元分類クラス数: 37

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る