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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3384 | |||||||||
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タイトル | A closed conformation of the C. elegans separase-securin complex | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of C. elegans separase-securinn complex | |||||||||
試料 |
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キーワード | chromosome segregation / protease | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Separation of Sister Chromatids / separase-securin complex / eggshell formation / metaphase plate / regulation of nematode larval development / separase / cortical granule exocytosis / maintenance of meiotic sister chromatid cohesion / meiotic chromosome separation / maintenance of mitotic sister chromatid cohesion ...Separation of Sister Chromatids / separase-securin complex / eggshell formation / metaphase plate / regulation of nematode larval development / separase / cortical granule exocytosis / maintenance of meiotic sister chromatid cohesion / meiotic chromosome separation / maintenance of mitotic sister chromatid cohesion / polarity specification of anterior/posterior axis / polar body extrusion after meiotic divisions / cortical granule / mitotic sister chromatid separation / regulation of centriole-centriole cohesion / centrosome duplication / multicellular organismal reproductive process / regulation of exocytosis / meiotic spindle / centrosome localization / regulation of locomotion / condensed chromosome / cleavage furrow / mitotic cytokinesis / condensed nuclear chromosome / spindle microtubule / protein processing / mitotic spindle / spindle / chromosome / nuclear envelope / protein localization / cell cortex / midbody / protease binding / protein stabilization / cysteine-type endopeptidase activity / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Caenorhabditis elegans (センチュウ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 24.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Bachmann G / Morris E / Bayliss R | |||||||||
引用 | ジャーナル: Open Biol / 年: 2016 タイトル: A closed conformation of the Caenorhabditis elegans separase-securin complex. 著者: Gudrun Bachmann / Mark W Richards / Anja Winter / Fabienne Beuron / Edward Morris / Richard Bayliss / 要旨: The protease separase plays a key role in sister chromatid disjunction and centriole disengagement. To maintain genomic stability, separase activity is strictly regulated by binding of an inhibitory ...The protease separase plays a key role in sister chromatid disjunction and centriole disengagement. To maintain genomic stability, separase activity is strictly regulated by binding of an inhibitory protein, securin. Despite its central role in cell division, the separase and securin complex is poorly understood at the structural level. This is partly owing to the difficulty of generating a sufficient quantity of homogeneous, stable protein. Here, we report the production of Caenorhabditis elegans separase-securin complex, and its characterization using biochemical methods and by negative staining electron microscopy. Single particle analysis generated a density map at a resolution of 21-24 Å that reveals a close, globular structure of complex connectivity harbouring two lobes. One lobe matches closely a homology model of the N-terminal HEAT repeat domain of separase, whereas the second lobe readily accommodates homology models of the separase C-terminal death and caspase-like domains. The globular structure of the C. elegans separase-securin complex contrasts with the more elongated structure previously described for the Homo sapiens complex, which could represent a different functional state of the complex, suggesting a mechanism for the regulation of separase activity through conformational change. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3384.map.gz | 3.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3384-v30.xml emd-3384.xml | 9.3 KB 9.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 3384.png | 354.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3384 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3384 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3384_validation.pdf.gz | 215.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3384_full_validation.pdf.gz | 214.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3384_validation.xml.gz | 5.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3384 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3384 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3384.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of C. elegans separase-securinn complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.915 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : separase-securin complex
全体 | 名称: separase-securin complex |
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要素 |
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-超分子 #1000: separase-securin complex
超分子 | 名称: separase-securin complex / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse 集合状態: one monomer of separase bound to one monomer of securin Number unique components: 2 |
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分子量 | 実験値: 174 KDa / 理論値: 171 KDa / 手法: Multi-angle light scattering |
-分子 #1: separase
分子 | 名称: separase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 集合状態: momomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ) |
分子量 | 理論値: 144 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | UniProtKB: Separin homolog sep-1 |
-分子 #2: securin
分子 | 名称: securin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ) |
分子量 | 理論値: 27 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | UniProtKB: Securin-like protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7 / 詳細: 50mM Tris, 0.5M NaCl, 2mM beta-mercaptoethanol |
染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: Grids with adsorbed protein floated on 1% w/v uranyl acetate for 20 seconds. |
グリッド | 詳細: Thin carbon support on Quantifoil R 1.2/1.3 grids glow discharged in residual air |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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日付 | 2010年11月10日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k) デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 平均電子線量: 100 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 0.85 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.7 µm / 倍率(公称値): 62000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 24.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Imagic, Spider / 使用した粒子像数: 5764 |
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