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- EMDB-33691: Structure of the auxin exporter PIN1 in Arabidopsis thaliana in t... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33691
タイトルStructure of the auxin exporter PIN1 in Arabidopsis thaliana in the apo state
マップデータEM map
試料
  • 複合体: AtPIN1 in complex with a nanobody
    • 複合体: AtPIN1
      • タンパク質・ペプチド: Auxin efflux carrier component 1
    • 複合体: nanobody
      • タンパク質・ペプチド: nanobody
キーワードTRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cotyledon morphogenesis / leaf formation / cotyledon development / shoot system development / leaf shaping / xylem and phloem pattern formation / inflorescence development / auxin export across the plasma membrane / auxin efflux transmembrane transporter activity / auxin polar transport ...cotyledon morphogenesis / leaf formation / cotyledon development / shoot system development / leaf shaping / xylem and phloem pattern formation / inflorescence development / auxin export across the plasma membrane / auxin efflux transmembrane transporter activity / auxin polar transport / gravitropism / photomorphogenesis / plant-type cell wall / root development / flower development / auxin-activated signaling pathway / embryo development ending in seed dormancy / plasmodesma / basal plasma membrane / cell periphery / apical part of cell / apical plasma membrane / protein homodimerization activity / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Auxin efflux carrier, plant type / : / Membrane transport protein / Membrane transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Auxin efflux carrier component 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Sun L / Liu X / Yang Z / Xia J
資金援助 中国, 4件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of SciencesXDB37020103 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31900885 and 31870732 中国
Other government2008085MC90 and 2008085J15
Other governmentWK9100000031 and YD9100002004 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Structural insights into auxin recognition and efflux by Arabidopsis PIN1.
著者: Zhisen Yang / Jing Xia / Jingjing Hong / Chenxi Zhang / Hong Wei / Wei Ying / Chunqiao Sun / Lianghanxiao Sun / Yanbo Mao / Yongxiang Gao / Shutang Tan / Jiří Friml / Dianfan Li / Xin Liu / Linfeng Sun /
要旨: Polar auxin transport is unique to plants and coordinates their growth and development. The PIN-FORMED (PIN) auxin transporters exhibit highly asymmetrical localizations at the plasma membrane and ...Polar auxin transport is unique to plants and coordinates their growth and development. The PIN-FORMED (PIN) auxin transporters exhibit highly asymmetrical localizations at the plasma membrane and drive polar auxin transport; however, their structures and transport mechanisms remain largely unknown. Here, we report three inward-facing conformation structures of Arabidopsis thaliana PIN1: the apo state, bound to the natural auxin indole-3-acetic acid (IAA), and in complex with the polar auxin transport inhibitor N-1-naphthylphthalamic acid (NPA). The transmembrane domain of PIN1 shares a conserved NhaA fold. In the substrate-bound structure, IAA is coordinated by both hydrophobic stacking and hydrogen bonding. NPA competes with IAA for the same site at the intracellular pocket, but with a much higher affinity. These findings inform our understanding of the substrate recognition and transport mechanisms of PINs and set up a framework for future research on directional auxin transport, one of the most crucial processes underlying plant development.
履歴
登録2022年6月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年9月7日-
マップ公開2022年9月7日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33691.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33691.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈EM map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 281.6 Å		1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 281.6 Å		1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 281.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.6
最小 - 最大-3.469643 - 6.425463
平均 (標準偏差)0.004524704 (±0.12237275)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 281.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_33691_half_map_1.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_33691_half_map_2.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : AtPIN1 in complex with a nanobody

全体名称: AtPIN1 in complex with a nanobody
要素
  • 複合体: AtPIN1 in complex with a nanobody
    • 複合体: AtPIN1
      • タンパク質・ペプチド: Auxin efflux carrier component 1
    • 複合体: nanobody
      • タンパク質・ペプチド: nanobody

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超分子 #1: AtPIN1 in complex with a nanobody

超分子名称: AtPIN1 in complex with a nanobody / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

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超分子 #2: AtPIN1

超分子名称: AtPIN1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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超分子 #3: nanobody

超分子名称: nanobody / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2

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分子 #1: Auxin efflux carrier component 1

分子名称: Auxin efflux carrier component 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 67.080781 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MITAADFYHV MTAMVPLYVA MILAYGSVKW WKIFTPDQCS GINRFVALFA VPLLSFHFIA ANNPYAMNLR FLAADSLQKV IVLSLLFLW CKLSRNGSLD WTITLFSLST LPNTLVMGIP LLKGMYGNFS GDLMVQIVVL QCIIWYTLML FLFEYRGAKL L ISEQFPDT ...文字列:
MITAADFYHV MTAMVPLYVA MILAYGSVKW WKIFTPDQCS GINRFVALFA VPLLSFHFIA ANNPYAMNLR FLAADSLQKV IVLSLLFLW CKLSRNGSLD WTITLFSLST LPNTLVMGIP LLKGMYGNFS GDLMVQIVVL QCIIWYTLML FLFEYRGAKL L ISEQFPDT AGSIVSIHVD SDIMSLDGRQ PLETEAEIKE DGKLHVTVRR SNASRSDIYS RRSQGLSATP RPSNLTNAEI YS LQSSRNP TPRGSSFNHT DFYSMMASGG GRNSNFGPGE AVFGSKGPTP RPSNYEEDGG PAKPTAAGTA AGAGRFHYQS GGS GGGGGA HYPAPNPGMF SPNTGGGGGT AAKGNAPVVG GKRQDGNGRD LHMFVWSSSA SPVSDVFGGG GGNHHADYST ATND HQKDV KISVPQGNSN DNQYVEREEF SFGNKDDDSK VLATDGGNNI SNKTTQAKVM PPTSVMTRLI LIMVWRKLIR NPNSY SSLF GITWSLISFK WNIEMPALIA KSISILSDAG LGMAMFSLGL FMALNPRIIA CGNRRAAFAA AMRFVVGPAV MLVASY AVG LRGVLLHVAI IQAALPQGIV PFVFAKEYNV HPDILSTAVI FGMLIALPIT LLYYILLGL

UniProtKB: Auxin efflux carrier component 1

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分子 #2: nanobody

分子名称: nanobody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 13.36991 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GSSSQVQLVE SGGGLVQAGG SLRLSCAASG FPVNISWMEW YRQVPGKERE WVAAIQSTGS YTWYADSVKG RFTISRDNAK NTVYLQMNS LKPEDTAVYY CRVKVGAYYR GQGTQVTVSA GRAG

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: DIFFRACTION
最大 デフォーカス（公称値）: 2.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 210597
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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