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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-33649 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Symmetry-expanded and locally refined protomer structure of IPEC-J2 cell-derived PEDV PT52 S with a CTD-open conformation | |||||||||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | PEDV / Spike / Glycoprotein / VIRAL PROTEIN | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Porcine epidemic diarrhea virus (ブタ流行性下痢ウイルス) | |||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Hsu STD / Draczkowski P / Wang YS | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 台湾, 6件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: In situ structure and dynamics of an alphacoronavirus spike protein by cryo-ET and cryo-EM. 著者: Cheng-Yu Huang / Piotr Draczkowski / Yong-Sheng Wang / Chia-Yu Chang / Yu-Chun Chien / Yun-Han Cheng / Yi-Min Wu / Chun-Hsiung Wang / Yuan-Chih Chang / Yen-Chen Chang / Tzu-Jing Yang / Yu-Xi ...著者: Cheng-Yu Huang / Piotr Draczkowski / Yong-Sheng Wang / Chia-Yu Chang / Yu-Chun Chien / Yun-Han Cheng / Yi-Min Wu / Chun-Hsiung Wang / Yuan-Chih Chang / Yen-Chen Chang / Tzu-Jing Yang / Yu-Xi Tsai / Kay-Hooi Khoo / Hui-Wen Chang / Shang-Te Danny Hsu / 要旨: Porcine epidemic diarrhea (PED) is a highly contagious swine disease caused by porcine epidemic diarrhea virus (PEDV). PED causes enteric disorders with an exceptionally high fatality in neonates, ...Porcine epidemic diarrhea (PED) is a highly contagious swine disease caused by porcine epidemic diarrhea virus (PEDV). PED causes enteric disorders with an exceptionally high fatality in neonates, bringing substantial economic losses in the pork industry. The trimeric spike (S) glycoprotein of PEDV is responsible for virus-host recognition, membrane fusion, and is the main target for vaccine development and antigenic analysis. The atomic structures of the recombinant PEDV S proteins of two different strains have been reported, but they reveal distinct N-terminal domain 0 (D0) architectures that may correspond to different functional states. The existence of the D0 is a unique feature of alphacoronavirus. Here we combined cryo-electron tomography (cryo-ET) and cryo-electron microscopy (cryo-EM) to demonstrate in situ the asynchronous S protein D0 motions on intact viral particles of a highly virulent PEDV Pintung 52 strain. We further determined the cryo-EM structure of the recombinant S protein derived from a porcine cell line, which revealed additional domain motions likely associated with receptor binding. By integrating mass spectrometry and cryo-EM, we delineated the complex compositions and spatial distribution of the PEDV S protein N-glycans, and demonstrated the functional role of a key N-glycan in modulating the D0 conformation. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_33649.map.gz | 91.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-33649-v30.xml emd-33649.xml | 20.1 KB 20.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_33649_fsc.xml | 12 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_33649.png | 32.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-33649.cif.gz | 7.3 KB | ||
その他 | emd_33649_half_map_1.map.gz emd_33649_half_map_2.map.gz | 171 MB 171 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33649 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33649 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_33649_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_33649_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_33649_validation.xml.gz | 20.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_33649_validation.cif.gz | 26.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33649 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33649 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_33649.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 184 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_33649_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_33649_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : recombinant Porcine epidemic diarrhea virus (strain Pintung 52) 2...
全体 | 名称: recombinant Porcine epidemic diarrhea virus (strain Pintung 52) 2P Spike |
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要素 |
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-超分子 #1: recombinant Porcine epidemic diarrhea virus (strain Pintung 52) 2...
超分子 | 名称: recombinant Porcine epidemic diarrhea virus (strain Pintung 52) 2P Spike タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Porcine epidemic diarrhea virus (ブタ流行性下痢ウイルス) 株: Pintung 52 |
-分子 #1: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Porcine epidemic diarrhea virus (ブタ流行性下痢ウイルス) |
分子量 | 理論値: 153.739625 KDa |
組換発現 | 生物種: Sus scrofa (ブタ) |
配列 | 文字列: MKSLTYFWLF LPVLSTLSLP QDVTRCSAKT NFRRFFSKFN VQAPAVVVLG GYLPIGENQG VNSTWYCAGQ HPTASGVHGI FVSHIRGGH GFEIGISQEP FDPSGYQLYL HKATNGNTNA TARLRICQFP SIKTLGPTAN NDVTIGRNCL FNKAIPAHMS E HSVVGITW ...文字列: MKSLTYFWLF LPVLSTLSLP QDVTRCSAKT NFRRFFSKFN VQAPAVVVLG GYLPIGENQG VNSTWYCAGQ HPTASGVHGI FVSHIRGGH GFEIGISQEP FDPSGYQLYL HKATNGNTNA TARLRICQFP SIKTLGPTAN NDVTIGRNCL FNKAIPAHMS E HSVVGITW DNDRVTVFSD KIYYFYFKND WSRVATKCYN SGGCAMQYVY EPTYYMLNVT SAGEDGISYQ PCTANCIGYA AN VFATEPN GHIPEGFSFN NWFLLSNDST LVHGKVVSNQ PLLVNCLLAI PKIYGLGQFF SFNQTIDGVC NGAAVQRAPE ALR FNINDT SVILAEGSIV LHTALGTNFS FVCSNSSNPH LATFAIPLGA TQVPYYCFFK VDTYNSTVYK FLAVLPPTVR EIVI TKYGD VYVNGFGYLH LGLLDAVTIN FTGHGTDDDV SGFWTIASTN FVDALIEVQG TAIQRILYCD DPVSQLKCSQ VAFDL DDGF YPFSSRNLLS HEQPISFVTL PSFNAHSFVN ITVSASFGGH SGANLIASDT TINGFSSFCV DTRQFTISLS YNVTNS YGY VSNSQDSNCP FTLQSVNDYL SFSKFCVSTS LLASACTIDL FGYPEFGSGV KFTSLYFQFT KGELITGTPK PLEGVTD VS FMTLDVCTKY TIYGFKGEGI ITLTNSSFLA GVYYTSDSGQ LLAFKNVTSG AVYSVTPCSF SEQAAYVDDD IVGVISSL S SSTFNSTREL PGFFYHSNDG SNCTEPVLVY SNIGVCKSGS IGYVPSQSGQ VKIAPTVTGN ISIPTNFSMS IRTEYLQLY NTPVSVDCAT YVCNGNSRCK QLLTQYTAAC KTIESALQLS ARLESVEVNS MLTISEEALQ LATISSFNGD GYNFTNVLGV SVYDPARGR VVQKRSFIED LLFNKVVTNG LGTVDEDYKR CSNGRSVADL VCAQYYSGVM VLPGVVDAEK LHMYSASLIG G MVLGGFTA AAALPFSYAV QARLNYLALQ TDVLQRNQQL LAESFNSAIG NITSAFESVK EASSQTSRGL NTVAHALTKV QE VVNSQGA ALTQLTVQLQ HNFQAISSSI DDIYSRLDPP SADVQVDRLI TGRLSALNAF VAQTLTKYTE VQASRKLAQQ KVN ECVKSQ SQRYGFCGGD GEHIFSLVQA APQGLLFLHT VLVPSDFVDV IAIAGLCVND EIALTLREPG LVLFTHELQN HTAT EYFVS SRRMFEPRKP TVSDFVQIES CVVTYVNLTR DQLPDVIPDY IDVNKTRDEI LASLPNRTGP SLPLDVFNAT YLNLT GEIA DLEQRSESLR NTTEELQSLI YNINNTLVDL EWLNRVETYI KWPEFGSGGY IPEAPRDGQA YVRKDGEWVL LSTFLK GQD NSADIQHSGR PLESRGPFEQ KLISEEDLNM HTGHHHHHH UniProtKB: Spike glycoprotein |
-分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 7 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 構成要素:
詳細: Blot for 3 seconds before plunging. Force 0. | ||||||||||||
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | ||||||||||||
詳細 | Symmetry-expanded and locally refined protomer structure of IPEC-J2 cell-derived PEDV PT52 S with a CTD-open conformation |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3701 / 平均電子線量: 55.4 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 64000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | PDB-7y6v: |