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- EMDB-33410: Deterget-solubilized E. coli RseP(L358C) mutant in complex with Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33410
タイトルDeterget-solubilized E. coli RseP(L358C) mutant in complex with Fab
マップデータ
試料
  • 複合体: Binary complex of E. coli RseP(L358C) mutant with Fab
    • 複合体: RseP
      • タンパク質・ペプチド: E. coli RseP(L358C) mutant
    • 複合体: Fab
      • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of Fab
      • タンパク質・ペプチド: Light chain of Fab
生物種Escherichia coli (大腸菌) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 14.0 Å
データ登録者Aruga R / Hirose M / Hirose T / Katagiri S / Iwasaki K / Kato T / Nogi T
資金援助 日本, 1件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Mechanistic insights into intramembrane proteolysis by site-2 protease homolog RseP.
著者: Yuki Imaizumi / Kazunori Takanuki / Takuya Miyake / Mizuki Takemoto / Kunio Hirata / Mika Hirose / Rika Oi / Tatsuya Kobayashi / Kenichi Miyoshi / Rie Aruga / Tatsuhiko Yokoyama / Shizuka ...著者: Yuki Imaizumi / Kazunori Takanuki / Takuya Miyake / Mizuki Takemoto / Kunio Hirata / Mika Hirose / Rika Oi / Tatsuya Kobayashi / Kenichi Miyoshi / Rie Aruga / Tatsuhiko Yokoyama / Shizuka Katagiri / Hiroaki Matsuura / Kenji Iwasaki / Takayuki Kato / Mika K Kaneko / Yukinari Kato / Michiko Tajiri / Satoko Akashi / Osamu Nureki / Yohei Hizukuri / Yoshinori Akiyama / Terukazu Nogi /
要旨: Site-2 proteases are a conserved family of intramembrane proteases that cleave transmembrane substrates to regulate signal transduction and maintain proteostasis. Here, we elucidated crystal ...Site-2 proteases are a conserved family of intramembrane proteases that cleave transmembrane substrates to regulate signal transduction and maintain proteostasis. Here, we elucidated crystal structures of inhibitor-bound forms of bacterial site-2 proteases including RseP. Structure-based chemical modification and cross-linking experiments indicated that the RseP domains surrounding the active center undergo conformational changes to expose the substrate-binding site, suggesting that RseP has a gating mechanism to regulate substrate entry. Furthermore, mutational analysis suggests that a conserved electrostatic linkage between the transmembrane and peripheral membrane-associated domains mediates the conformational changes. In vivo cleavage assays also support that the substrate transmembrane helix is unwound by strand addition to the intramembrane β sheet of RseP and is clamped by a conserved asparagine residue at the active center for efficient cleavage. This mechanism underlying the substrate binding, i.e., unwinding and clamping, appears common across distinct families of intramembrane proteases that cleave transmembrane segments.
履歴
登録2022年5月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年9月7日-
マップ公開2022年9月7日-
更新2022年9月7日-
現状2022年9月7日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33410.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33410.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.4 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.019
最小 - 最大-0.07837174 - 0.07731751
平均 (標準偏差)-3.895599e-05 (±0.0030235336)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 392.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_33410_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #2

ファイルemd_33410_additional_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #3

ファイルemd_33410_additional_3.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #4

ファイルemd_33410_additional_4.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_33410_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_33410_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Binary complex of E. coli RseP(L358C) mutant with Fab

全体名称: Binary complex of E. coli RseP(L358C) mutant with Fab
要素
  • 複合体: Binary complex of E. coli RseP(L358C) mutant with Fab
    • 複合体: RseP
      • タンパク質・ペプチド: E. coli RseP(L358C) mutant
    • 複合体: Fab
      • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of Fab
      • タンパク質・ペプチド: Light chain of Fab

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超分子 #1: Binary complex of E. coli RseP(L358C) mutant with Fab

超分子名称: Binary complex of E. coli RseP(L358C) mutant with Fab
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: RseP

超分子名称: RseP / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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超分子 #3: Fab

超分子名称: Fab / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: E. coli RseP(L358C) mutant

分子名称: E. coli RseP(L358C) mutant / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MLSFLWDLAS FIVALGVLIT VHGFGHFWV ARRCGVRVER F SIGFGKAL WRRTDKLGTE YV IALIPLG GYVKMLDERA EPV VPELRH HAFNNKSVGQ RAAI IAAGP VANFIFAIFA YWLVF IIGV PGVRPVVGEI AANSIA AEA QIAPGTELKA VDGIETP DW ...文字列:
MLSFLWDLAS FIVALGVLIT VHGFGHFWV ARRCGVRVER F SIGFGKAL WRRTDKLGTE YV IALIPLG GYVKMLDERA EPV VPELRH HAFNNKSVGQ RAAI IAAGP VANFIFAIFA YWLVF IIGV PGVRPVVGEI AANSIA AEA QIAPGTELKA VDGIETP DW DAVRLQLVDK IGDESTTI T VAPFGSDQRR DVKLDLRHW AFEPDKEDPV SSLGIRPRGP QIEPVLENV QPNSAASKAG L QAGDRIVK VDGQPLTQWV TF VMLVRDN PGKSLALEIE RQG SPLSLT LIPESKPGNG KAIG FVGIE PKVIPLPDEY KVVRQ YGPF NAIVEATDKT WQLMKL TVS MLGKLITGDV KLNNCSG PI SIAKGAGMTA ELGVVYYL P FLALISVNLG IINLFPLPV LDGGHLLFLA IEKIKGGPVS ERVQDFCYR IGSILLVLLM G LALFNDFS RLGTENLYFQ

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分子 #2: Heavy chain of Fab

分子名称: Heavy chain of Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: QVQLQQSRAE LARPGASVKM SCKASGYTFT TYTMQWVKQR P GQALEWIG YINPGSGYAK NNQKFKDKAT LTADKSSSTA YMQLSSLTSD DSAVYYCARS GS FFDYWGQ GTTLTVSSAK TTPPSVYPLA PGSAAQTNSM VTLGCLVKGY FPEPVTVTWN SGS LSSGVH ...文字列:
QVQLQQSRAE LARPGASVKM SCKASGYTFT TYTMQWVKQR P GQALEWIG YINPGSGYAK NNQKFKDKAT LTADKSSSTA YMQLSSLTSD DSAVYYCARS GS FFDYWGQ GTTLTVSSAK TTPPSVYPLA PGSAAQTNSM VTLGCLVKGY FPEPVTVTWN SGS LSSGVH TFPAVLQSDL YTLSSSVTVP SSTWPSETVT CNVAHPASST KVDKKIVPRD C

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分子 #3: Light chain of Fab

分子名称: Light chain of Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: DIVLTQSPAI LSVTPGDSVS LSCRASQSVS SNLHWYQQRS HESPRLLIT YAFQSISGIP SRFSGNGSGT DFTLNINSVE TEDFGMYFCQ QSNSWPYTFG G GTKLEIKR ADAAPTVSIF PPSSEQLTSG GASVVCFLNN FYPKDINVKW KIDGSERQNG VL NSWTDQD ...文字列:
DIVLTQSPAI LSVTPGDSVS LSCRASQSVS SNLHWYQQRS HESPRLLIT YAFQSISGIP SRFSGNGSGT DFTLNINSVE TEDFGMYFCQ QSNSWPYTFG G GTKLEIKR ADAAPTVSIF PPSSEQLTSG GASVVCFLNN FYPKDINVKW KIDGSERQNG VL NSWTDQD SKDSTYSMSS TLTLTKDEYE RHNSYTCEAT HKTSTSPIVK SFNRNEC

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8.5
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranium accetate
グリッド材質: COPPER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3279209
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1)
最終 再構成使用したクラス数: 5 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 14.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 71271
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 5 / 平均メンバー数/クラス: 73152 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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