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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7w71 | |||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of the PDZ-C domain of E. coli RseP in complex with 12C7 Fab | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/IMMUNE SYSTEM / Intramembrane protease / HYDROLASE / HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 anti-sigma factor antagonist activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / cellular response to cell envelope stress / metalloendopeptidase activity / positive regulation of DNA-templated transcription / proteolysis / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Hirose, T. / Katagiri, S. / Nogi, T. | |||||||||||||||
資金援助 | 日本, 4件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022 タイトル: Mechanistic insights into intramembrane proteolysis by site-2 protease homolog RseP. 著者: Yuki Imaizumi / Kazunori Takanuki / Takuya Miyake / Mizuki Takemoto / Kunio Hirata / Mika Hirose / Rika Oi / Tatsuya Kobayashi / Kenichi Miyoshi / Rie Aruga / Tatsuhiko Yokoyama / Shizuka ...著者: Yuki Imaizumi / Kazunori Takanuki / Takuya Miyake / Mizuki Takemoto / Kunio Hirata / Mika Hirose / Rika Oi / Tatsuya Kobayashi / Kenichi Miyoshi / Rie Aruga / Tatsuhiko Yokoyama / Shizuka Katagiri / Hiroaki Matsuura / Kenji Iwasaki / Takayuki Kato / Mika K Kaneko / Yukinari Kato / Michiko Tajiri / Satoko Akashi / Osamu Nureki / Yohei Hizukuri / Yoshinori Akiyama / Terukazu Nogi / 要旨: Site-2 proteases are a conserved family of intramembrane proteases that cleave transmembrane substrates to regulate signal transduction and maintain proteostasis. Here, we elucidated crystal ...Site-2 proteases are a conserved family of intramembrane proteases that cleave transmembrane substrates to regulate signal transduction and maintain proteostasis. Here, we elucidated crystal structures of inhibitor-bound forms of bacterial site-2 proteases including RseP. Structure-based chemical modification and cross-linking experiments indicated that the RseP domains surrounding the active center undergo conformational changes to expose the substrate-binding site, suggesting that RseP has a gating mechanism to regulate substrate entry. Furthermore, mutational analysis suggests that a conserved electrostatic linkage between the transmembrane and peripheral membrane-associated domains mediates the conformational changes. In vivo cleavage assays also support that the substrate transmembrane helix is unwound by strand addition to the intramembrane β sheet of RseP and is clamped by a conserved asparagine residue at the active center for efficient cleavage. This mechanism underlying the substrate binding, i.e., unwinding and clamping, appears common across distinct families of intramembrane proteases that cleave transmembrane segments. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7w71.cif.gz | 250.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7w71.ent.gz | 162.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7w71.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7w71_validation.pdf.gz | 464.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7w71_full_validation.pdf.gz | 474.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7w71_validation.xml.gz | 34.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7w71_validation.cif.gz | 47.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/7w71 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/7w71 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9765.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rseP, ecfE, yaeL, b0176, JW0171 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P0AEH1, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ #2: 抗体 | 分子量: 23427.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) #3: 抗体 | 分子量: 23668.957 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.06 % 解説: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 25% (wt./vol.) Polyethylene glycol 10000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris-HCl (pH 5.5) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→49.5 Å / Num. obs: 21990 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 64.8 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rpim(I) all: 0.105 / Net I/σ(I): 7.5 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.42 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 3909 / CC1/2: 0.738 / Rpim(I) all: 0.447 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2ZPM, 3WKM 解像度: 3.2→49.5 Å / SU ML: 0.5509 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.11 / 位相誤差: 33.6419 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 詳細: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 65.06 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→49.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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