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- EMDB-33407: Structure of human excitatory amino acid transporter 2 (EAAT2) in... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33407
タイトルStructure of human excitatory amino acid transporter 2 (EAAT2) in complex with glutamate
マップデータEAAT2_Glu.mrc
試料
  • 複合体: transporter
    • タンパク質・ペプチド: Excitatory amino acid transporter 2
  • リガンド: GLUTAMIC ACID
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
キーワードGlutamate transport / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


neurotransmitter reuptake / membrane protein complex / Astrocytic Glutamate-Glutamine Uptake And Metabolism / cysteine transmembrane transporter activity / high-affinity L-glutamate transmembrane transporter activity / glutamate:sodium symporter activity / visual behavior / Transport of inorganic cations/anions and amino acids/oligopeptides / L-glutamate transmembrane transporter activity / L-glutamate transmembrane transport ...neurotransmitter reuptake / membrane protein complex / Astrocytic Glutamate-Glutamine Uptake And Metabolism / cysteine transmembrane transporter activity / high-affinity L-glutamate transmembrane transporter activity / glutamate:sodium symporter activity / visual behavior / Transport of inorganic cations/anions and amino acids/oligopeptides / L-glutamate transmembrane transporter activity / L-glutamate transmembrane transport / glutathione biosynthetic process / D-aspartate import across plasma membrane / L-aspartate transmembrane transport / telencephalon development / monoatomic anion transmembrane transporter activity / L-aspartate import across plasma membrane / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / neutral L-amino acid transmembrane transporter activity / L-glutamate import across plasma membrane / transepithelial transport / neuron projection terminus / cellular response to cocaine / astrocyte projection / neurotransmitter transport / protein homotrimerization / adult behavior / axolemma / response to amino acid / transport across blood-brain barrier / monoatomic ion transport / positive regulation of D-glucose import / response to wounding / multicellular organism growth / cell body / presynaptic membrane / vesicle / chemical synaptic transmission / membrane raft / response to xenobiotic stimulus / glutamatergic synapse / cell surface / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Sodium:dicarboxylate symporter family signature 2. / Sodium:dicarboxylate symporter / Sodium:dicarboxylate symporter, conserved site / Sodium:dicarboxylate symporter superfamily / Sodium:dicarboxylate symporter family / Sodium:dicarboxylate symporter family signature 1.
類似検索 - ドメイン・相同性
Excitatory amino acid transporter 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Zhao Y / Zhang Z
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural basis of ligand binding modes of human EAAT2.
著者: Zhenglai Zhang / Huiwen Chen / Ze Geng / Zhuoya Yu / Hang Li / Yanli Dong / Hongwei Zhang / Zhuo Huang / Juquan Jiang / Yan Zhao /
要旨: In the central nervous system (CNS), excitatory amino acid transporters (EAATs) mediate the uptake of excitatory neurotransmitter glutamate and maintain its low concentrations in the synaptic cleft ...In the central nervous system (CNS), excitatory amino acid transporters (EAATs) mediate the uptake of excitatory neurotransmitter glutamate and maintain its low concentrations in the synaptic cleft for avoiding neuronal cytotoxicity. Dysfunction of EAATs can lead to many psychiatric diseases. Here we report cryo-EM structures of human EAAT2 in an inward-facing conformation, in the presence of substrate glutamate or selective inhibitor WAY-213613. The glutamate is coordinated by extensive hydrogen bonds and further stabilized by HP2. The inhibitor WAY-213613 occupies a similar binding pocket to that of the substrate glutamate. Upon association with the WAY-213613, the HP2 undergoes a substantial conformational change, and in turn stabilizes the inhibitor binding by forming hydrophobic interactions. Electrophysiological experiments elucidate that the unique S441 plays pivotal roles in the binding of hEAAT2 with glutamate or WAY-213613, and the I464-L467-V468 cluster acts as a key structural determinant for the selective inhibition of this transporter by WAY-213613.
履歴
登録2022年5月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月22日-
マップ公開2022年6月22日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33407.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33407.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈EAAT2_Glu.mrc
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å		1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å		1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.045
最小 - 最大-0.14393435 - 0.2366031
平均 (標準偏差)0.00023566137 (±0.0051627485)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 266.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: map half A.mrc

ファイルemd_33407_half_map_1.map
注釈map_half_A.mrc
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: map half B.mrc

ファイルemd_33407_half_map_2.map
注釈map_half_B.mrc
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : transporter

全体名称: transporter
要素
  • 複合体: transporter
    • タンパク質・ペプチド: Excitatory amino acid transporter 2
  • リガンド: GLUTAMIC ACID
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

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超分子 #1: transporter

超分子名称: transporter / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Excitatory amino acid transporter 2

分子名称: Excitatory amino acid transporter 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 62.164977 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MASTEGANNM PKQVEVRMHD SHLGSEEPKH RHLGLRLCDK LGKNLLLTLT VFGVILGAVC GGLLRLASPI HPDVVMLIAF PGDILMRML KMLILPLIIS SLITGLSGLD AKASGRLGTR AMVYYMSTTI IAAVLGVILV LAIHPGNPKL KKQLGPGKKN D EVSSLDAF ...文字列:
MASTEGANNM PKQVEVRMHD SHLGSEEPKH RHLGLRLCDK LGKNLLLTLT VFGVILGAVC GGLLRLASPI HPDVVMLIAF PGDILMRML KMLILPLIIS SLITGLSGLD AKASGRLGTR AMVYYMSTTI IAAVLGVILV LAIHPGNPKL KKQLGPGKKN D EVSSLDAF LDLIRNLFPE NLVQACFQQI QTVTKKVLVA PPPDEEANAT SAVVSLLNET VTEVPEETKM VIKKGLEFKD GM NVLGLIG FFIAFGIAMG KMGDQAKLMV DFFNILNEIV MKLVIMIMWY SPLGIACLIC GKIIAIKDLE VVARQLGMYM VTV IIGLII HGGIFLPLIY FVVTRKNPFS FFAGIFQAWI TALGTASSAG TLPVTFRCLE ENLGIDKRVT RFVLPVGATI NMDG TALYE AVAAIFIAQM NGVVLDGGQI VTVSLTATLA SVGAASIPSA GLVTMLLILT AVGLPTEDIS LLVAVDWLLD RMRTS VNVV GDSFGAGIVY HLSKSELDTI DSQHRVHEDI EMTKTQSIYD DMKNHRESNS NQCVYAAHNS VIVDECKVTL AANGKS ADC SVEEEPWKRE K

UniProtKB: Excitatory amino acid transporter 2

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分子 #2: GLUTAMIC ACID

分子名称: GLUTAMIC ACID / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 3 / 式: GLU
分子量理論値: 147.129 Da
Chemical component information

ChemComp-GLU:
GLUTAMIC ACID / グルタミン酸

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分子 #3: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

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分子 #4: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 24 / 式: PC1
分子量理論値: 790.145 Da
Chemical component information

ChemComp-PC1:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 2108
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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