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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3330 | |||||||||
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タイトル | Cryo-electron microscopy structure of AcrBA-TolC-MacA hybrid complex | |||||||||
![]() | Cryo-electron microscopy single particle analysis 3D reconstruction of AcrBA-TolC-MacA hybrid complex | |||||||||
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![]() | Multidrug efflux pump / AcrA / AcrB / TolC / MacA / Resistance-nodulation-division transporter | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.2 Å | |||||||||
![]() | Jeong H / Kim J-S / Song S / Shigematsu H / Yokoyama T / Hyun J / Ha N-C | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Pseudoatomic Structure of the Tripartite Multidrug Efflux Pump AcrAB-TolC Reveals the Intermeshing Cogwheel-like Interaction between AcrA and TolC. 著者: Hyeongseop Jeong / Jin-Sik Kim / Saemee Song / Hideki Shigematsu / Takeshi Yokoyama / Jaekyung Hyun / Nam-Chul Ha / ![]() ![]() 要旨: The resistance-nodulation-division type tripartite pump AcrAB-TolC and its homologs are responsible for multidrug resistance in Gram-negative bacteria by expelling a wide variety of toxic substrates. ...The resistance-nodulation-division type tripartite pump AcrAB-TolC and its homologs are responsible for multidrug resistance in Gram-negative bacteria by expelling a wide variety of toxic substrates. The three essential components, AcrA, AcrB, and TolC, must function in concert with each respective binding partner within the complex. In this study, we report an 8.2-Å resolution cryo-electron microscopy (cryo-EM) 3D reconstruction of the complex that consists of an AcrAB fusion protein and a chimeric TolC protein. The pseudoatomic structure derived from the cryo-EM reconstruction clearly demonstrates a model only compatible with the adaptor bridging mechanism, wherein the funnel-like AcrA hexamer forms an intermeshing cogwheel-like interaction with the α-barrel tip region of TolC. These observations provide a structural milestone for understanding multidrug resistance in pathogenic Gram-negative bacteria, and may also lead to the design of new antibacterial drugs. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 4.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 10.3 KB 10.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 919.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 200.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 199.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.2 KB | 表示 | |
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-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
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注釈 | Cryo-electron microscopy single particle analysis 3D reconstruction of AcrBA-TolC-MacA hybrid complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.947 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : AcrBA fusion protein in complex with MacA-TolC hybrid dimer protein
全体 | 名称: AcrBA fusion protein in complex with MacA-TolC hybrid dimer protein |
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要素 |
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-超分子 #1000: AcrBA fusion protein in complex with MacA-TolC hybrid dimer protein
超分子 | 名称: AcrBA fusion protein in complex with MacA-TolC hybrid dimer protein タイプ: sample / ID: 1000 集合状態: AcrBA homotrimer in complex with MacA-TolC homotrimer Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 650 KDa |
-分子 #1: AcrBA-TolC-MacA hybrid complex
分子 | 名称: AcrBA-TolC-MacA hybrid complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: 3 copies of AcrBA fusion protein in complex with 3 copies of TolC-MacA hybrid dimer コピー数: 6 / 集合状態: Hexamer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 650 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.15 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 20 mM HEPES, 150 mM NaCl, and 2 mM b-mercaptoethanol |
グリッド | 詳細: Holey carbon EM grid (Quantifoil R1.2/1.3) |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 手法: Blot force 2, Blot time 4 sec, Wait time 30 sec, No drain time, Chamber temperature 4 degrees Celcius |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | OTHER |
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日付 | 2015年4月4日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 実像数: 595 / 平均電子線量: 24 e/Å2 詳細: Every image is the average of seven frames recorded by direct electron detector |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 倍率(補正後): 71895 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 53000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: OTHER |
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画像解析
詳細 | Image processing was performed using Relion 1.3 software. Particles were semi-automatically selected. From 200 class averages, particles that belong in class averages with sharp structural details were used for subsequent 3D classification and refinement. After refinement, B-factor sharpening and MTF correction was performed. |
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CTF補正 | 詳細: each particle |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.2 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Relion / 使用した粒子像数: 20402 |
最終 2次元分類 | クラス数: 200 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: Chimera, PHENIX, Coot |
詳細 | Experimental and model structures of AcrB timer, AcrA hexamer and MacA-TolC hybrid dimer were docked into cryo-EM reconstruction as separate rigid bodies. Docking was manually performed using UCSF Chimera and PHENIX, followed by manual adjustments using Coot. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |