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- EMDB-32799: Cryo-EM structure of a human pre-40S ribosomal subunit - State UTP14 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32799
タイトルCryo-EM structure of a human pre-40S ribosomal subunit - State UTP14
マップデータ
試料
  • 複合体: Yeast pre-40S ribosomal subunit
    • RNA: x 1種
    • タンパク質・ペプチド: x 22種
キーワードribosome biogenesis / 40S ribosome / RIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-glutamine methylation / 18S rRNA (adenine1779-N6/adenine1780-N6)-dimethyltransferase / 18S rRNA (adenine(1779)-N(6)/adenine(1780)-N(6))-dimethyltransferase activity / rRNA (guanine-N7)-methylation / tRNA methyltransferase activator activity / rRNA (guanine) methyltransferase activity / rRNA (adenine-N6,N6-)-dimethyltransferase activity / endonucleolytic cleavage of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / tRNA modification in the nucleus and cytosol / Methylation ...peptidyl-glutamine methylation / 18S rRNA (adenine1779-N6/adenine1780-N6)-dimethyltransferase / 18S rRNA (adenine(1779)-N(6)/adenine(1780)-N(6))-dimethyltransferase activity / rRNA (guanine-N7)-methylation / tRNA methyltransferase activator activity / rRNA (guanine) methyltransferase activity / rRNA (adenine-N6,N6-)-dimethyltransferase activity / endonucleolytic cleavage of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / tRNA modification in the nucleus and cytosol / Methylation / protein methyltransferase activity / positive regulation of rRNA processing / tRNA methylation / negative regulation of RNA splicing / rRNA methylation / U3 snoRNA binding / neural crest cell differentiation / rRNA modification in the nucleus and cytosol / erythrocyte homeostasis / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / preribosome, small subunit precursor / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / Ribosomal scanning and start codon recognition / Translation initiation complex formation / mammalian oogenesis stage / activation-induced cell death of T cells / Protein hydroxylation / mTORC1-mediated signalling / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / Peptide chain elongation / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Selenocysteine synthesis / Formation of a pool of free 40S subunits / ubiquitin ligase inhibitor activity / Eukaryotic Translation Termination / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Viral mRNA Translation / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / 90S preribosome / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / TOR signaling / T cell proliferation involved in immune response / positive regulation of cell cycle / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / erythrocyte development / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / translation regulator activity / stress granule assembly / Mitotic Prometaphase / rough endoplasmic reticulum / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / gastrulation / translation initiation factor binding / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / cytosolic ribosome / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / erythrocyte differentiation / maturation of SSU-rRNA / innate immune response in mucosa / positive regulation of translation / methyltransferase activity / neural tube closure / small-subunit processome / mRNA 3'-UTR binding / translational initiation / RHO GTPases Activate Formins / maintenance of translational fidelity / response to virus / placenta development / mRNA 5'-UTR binding / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / G1/S transition of mitotic cell cycle / Separation of Sister Chromatids / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / small ribosomal subunit rRNA binding / antibacterial humoral response / glucose homeostasis / chromatin organization / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / T cell differentiation in thymus / cytosolic small ribosomal subunit / cell body / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / cytoplasmic translation / nuclear membrane / postsynaptic density / cell differentiation / protein stabilization / rRNA binding
類似検索 - 分子機能
Ribosome biogenesis protein Slx9-like / Ribosome biogenesis protein SLX9 / Uncharacterised domain NUC173 / : / Ribosomal RNA-processing protein 12, HEAT repeats / 18S rRNA (guanine(1575)-N(7))-methyltransferase Bud23, C-terminal / 18S rRNA (guanine(1575)-N(7))-methyltransferase Bud23-like / Methyltransferase involved in Williams-Beuren syndrome / Multifunctional methyltransferase subunit Trm112 / Trm112-like ...Ribosome biogenesis protein Slx9-like / Ribosome biogenesis protein SLX9 / Uncharacterised domain NUC173 / : / Ribosomal RNA-processing protein 12, HEAT repeats / 18S rRNA (guanine(1575)-N(7))-methyltransferase Bud23, C-terminal / 18S rRNA (guanine(1575)-N(7))-methyltransferase Bud23-like / Methyltransferase involved in Williams-Beuren syndrome / Multifunctional methyltransferase subunit Trm112 / Trm112-like / Trm112p-like protein / Tsr1, G-like domain / Methyltransferase type 11 / Small-subunit processome, Utp14 / Utp14 protein / Methyltransferase domain / Ribosomal RNA adenine dimethylase / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, conserved site / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, N-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylases signature. / Ribosomal RNA adenine dimethylases / Eukaryotic type KH-domain (KH-domain type I) (327.11.2) / Ribosomal RNA adenine methyltransferase KsgA/Erm / Ribosomal RNA adenine dimethylase / rRNA adenine N(6)-methyltransferase family profile. / Ribosome biogenesis protein BMS1/TSR1, C-terminal / AARP2CN / Bms1/Tsr1-type G domain / Ribosome biogenesis protein Bms1/Tsr1 / 40S ribosome biogenesis protein Tsr1 and BMS1 C-terminal / AARP2CN (NUC121) domain / Bms1-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / AARP2CN (NUC121) domain / Protein of unknown function (DUF663) / K Homology domain, type 1 superfamily / Ubiquitin-like protein FUBI / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S30 / : / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S8e signature. / : / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e/ribosomal biogenesis NSA2 / Ribosomal protein S8e / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Armadillo-like helical / : / Ribosomal protein S17, conserved site / Ribosomal protein S17 signature. / Ubiquitin family / Ribosomal protein S8 signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
18S rRNA (guanine-N(7))-methyltransferase / Small ribosomal subunit protein eS27 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein eS7 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS15 ...18S rRNA (guanine-N(7))-methyltransferase / Small ribosomal subunit protein eS27 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein eS7 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein eS4, X isoform / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein eS24 / Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein / Pre-rRNA-processing protein TSR1 homolog / RRP12-like protein / U3 small nucleolar RNA-associated protein 14 homolog A / RNA-binding protein PNO1 / Ribosome biogenesis protein SLX9 homolog / Multifunctional methyltransferase subunit TRM112-like protein / Dimethyladenosine transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Cheng J / Lau B / Thoms M / Ameismeier M / Berninghausen O / Hurt E / Beckmann R
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2022
タイトル: The nucleoplasmic phase of pre-40S formation prior to nuclear export.
著者: Jingdong Cheng / Benjamin Lau / Matthias Thoms / Michael Ameismeier / Otto Berninghausen / Ed Hurt / Roland Beckmann /
要旨: Biogenesis of the small ribosomal subunit in eukaryotes starts in the nucleolus with the formation of a 90S precursor and ends in the cytoplasm. Here, we elucidate the enigmatic structural ...Biogenesis of the small ribosomal subunit in eukaryotes starts in the nucleolus with the formation of a 90S precursor and ends in the cytoplasm. Here, we elucidate the enigmatic structural transitions of assembly intermediates from human and yeast cells during the nucleoplasmic maturation phase. After dissociation of all 90S factors, the 40S body adopts a close-to-mature conformation, whereas the 3' major domain, later forming the 40S head, remains entirely immature. A first coordination is facilitated by the assembly factors TSR1 and BUD23-TRMT112, followed by re-positioning of RRP12 that is already recruited early to the 90S for further head rearrangements. Eventually, the uS2 cluster, CK1 (Hrr25 in yeast) and the export factor SLX9 associate with the pre-40S to provide export competence. These exemplary findings reveal the evolutionary conserved mechanism of how yeast and humans assemble the 40S ribosomal subunit, but reveal also a few minor differences.
履歴
登録2022年2月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年10月19日-
マップ公開2022年10月19日-
更新2024年6月26日-
現状2024年6月26日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32799.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32799.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 360 pix.
= 381.24 Å		1.06 Å/pix.
x 360 pix.
= 381.24 Å		1.06 Å/pix.
x 360 pix.
= 381.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.059 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.26343754 - 0.59878737
平均 (標準偏差)0.0008767929 (±0.011256147)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 381.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Yeast pre-40S ribosomal subunit

全体名称: Yeast pre-40S ribosomal subunit
要素
  • 複合体: Yeast pre-40S ribosomal subunit
    • RNA: 18S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S27
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S3a
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S4, X isoform
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S30
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S7
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S6
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S24
    • タンパク質・ペプチド: RNA-binding protein PNO1
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S23
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S15a
    • タンパク質・ペプチド: Pre-rRNA-processing protein TSR1 homolog
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S14
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S13
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S11
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S9
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S8
    • タンパク質・ペプチド: Multifunctional methyltransferase subunit TRM112-like protein
    • タンパク質・ペプチド: Probable 18S rRNA (guanine-N(7))-methyltransferase
    • タンパク質・ペプチド: RRP12-like protein
    • タンパク質・ペプチド: Ribosome biogenesis protein SLX9 homolog
    • タンパク質・ペプチド: U3 small nucleolar RNA-associated protein 14 homolog A
    • タンパク質・ペプチド: Probable dimethyladenosine transferase

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超分子 #1: Yeast pre-40S ribosomal subunit

超分子名称: Yeast pre-40S ribosomal subunit / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: 18S rRNA

分子名称: 18S rRNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 604.10275 KDa
配列文字列: UACCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGCAUAUGC UUGUCUCAAA GAUUAAGCCA UGCAUGUCUA AGUACGCACG GCCGGUACAG UGAAACUGC GAAUGGCUCA UUAAAUCAGU UAUGGUUCCU UUGGUCGCUC GCUCCUCUCC UACUUGGAUA ACUGUGGUAA U UCUAGAGC ...文字列:
UACCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGCAUAUGC UUGUCUCAAA GAUUAAGCCA UGCAUGUCUA AGUACGCACG GCCGGUACAG UGAAACUGC GAAUGGCUCA UUAAAUCAGU UAUGGUUCCU UUGGUCGCUC GCUCCUCUCC UACUUGGAUA ACUGUGGUAA U UCUAGAGC UAAUACAUGC CGACGGGCGC UGACCCCCUU CGCGGGGGGG AUGCGUGCAU UUAUCAGAUC AAAACCAACC CG GUCAGCC CCUCUCCGGC CCCGGCCGGG GGGCGGGCGC CGGCGGCUUU GGUGACUCUA GAUAACCUCG GGCCGAUCGC ACG CCCCCC GUGGCGGCGA CGACCCAUUC GAACGUCUGC CCUAUCAACU UUCGAUGGUA GUCGCCGUGC CUACCAUGGU GACC ACGGG UGACGGGGAA UCAGGGUUCG AUUCCGGAGA GGGAGCCUGA GAAACGGCUA CCACAUCCAA GGAAGGCAGC AGGCG CGCA AAUUACCCAC UCCCGACCCG GGGAGGUAGU GACGAAAAAU AACAAUACAG GACUCUUUCG AGGCCCUGUA AUUGGA AUG AGUCCACUUU AAAUCCUUUA ACGAGGAUCC AUUGGAGGGC AAGUCUGGUG CCAGCAGCCG CGGUAAUUCC AGCUCCA AU AGCGUAUAUU AAAGUUGCUG CAGUUAAAAA GCUCGUAGUU GGAUCUUGGG AGCGGGCGGG CGGUCCGCCG CGAGGCGA G CCACCGCCCG UCCCCGCCCC UUGCCUCUCG GCGCCCCCUC GAUGCUCUUA GCUGAGUGUC CCGCGGGGCC CGAAGCGUU UACUUUGAAA AAAUUAGAGU GUUCAAAGCA GGCCCGAGCC GCCUGGAUAC CGCAGCUAGG AAUAAUGGAA UAGGACCGCG GUUCUAUUU UGUUGGUUUU CGGAACUGAG GCCAUGAUUA AGAGGGACGG CCGGGGGCAU UCGUAUUGCG CCGCUAGAGG U GAAAUUCU UGGACCGGCG CAAGACGGAC CAGAGCGAAA GCAUUUGCCA AGAAUGUUUU CAUUAAUCAA GAACGAAAGU CG GAGGUUC GAAGACGAUC AGAUACCGUC GUAGUUCCGA CCAUAAACGA UGCCGACCGG CGAUGCGGCG GCGUUAUUCC CAU GACCCG CCGGGCAGCU UCCGGGAAAC CAAAGUCUUU GGGUUCCGGG GGGAGUAUGG UUGCAAAGCU GAAACUUAAA GGAA UUGAC GGAAGGGCAC CACCAGGAGU GGAGCCUGCG GCUUAAUUUG ACUCAACACG GGAAACCUCA CCCGGCCCGG ACACG GACA GGAUUGACAG AUUGAUAGCU CUUUCUCGAU UCCGUGGGUG GUGGUGCAUG GCCGUUCUUA GUUGGUGGAG CGAUUU GUC UGGUUAAUUC CGAUAACGAA CGAGACUCUG GCAUGCUAAC UAGUUACGCG ACCCCCGAGC GGUCGGCGUC CCCCAAC UU CUUAGAGGGA CAAGUGGCGU UCAGCCACCC GAGAUUGAGC AAUAACAGGU CUGUGAUGCC CUUAGAUGUC CGGGGCUG C ACGCGCGCUA CACUGACUGG CUCAGCGUGU GCCUACCCUA CGCCGGCAGG CGCGGGUAAC CCGUUGAACC CCAUUCGUG AUGGGGAUCG GGGAUUGCAA UUAUUCCCCA UGAACGAGGA AUUCCCAGUA AGUGCGGGUC AUAAGCUUGC GUUGAUUAAG UCCCUGCCC UUUGUACACA CCGCCCGUCG CUACUACCGA UUGGAUGGUU UAGUGAGGCC CUCGGAUCGG CCCCGCCGGG G UCGGCCCA CGGCCCUGGC GGAGCGCUGA GAAGACGGUC GAACUUGACU AUCUAGAGGA AGUAAAAGUC GUAACAAGGU UU CCGUAGG UGAACCUGCG GAAGGAUCAU UAACGG

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分子 #2: 40S ribosomal protein S27

分子名称: 40S ribosomal protein S27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 9.480186 KDa
配列文字列:
MPLAKDLLHP SPEEEKRKHK KKRLVQSPNS YFMDVKCPGC YKITTVFSHA QTVVLCVGCS TVLCQPTGGK ARLTEGCSFR RKQH

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS27

+
分子 #3: 40S ribosomal protein S3a

分子名称: 40S ribosomal protein S3a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 30.002061 KDa
配列文字列: MAVGKNKRLT KGGKKGAKKK VVDPFSKKDW YDVKAPAMFN IRNIGKTLVT RTQGTKIASD GLKGRVFEVS LADLQNDEVA FRKFKLITE DVQGKNCLTN FHGMDLTRDK MCSMVKKWQT MIEAHVDVKT TDGYLLRLFC VGFTKKRNNQ IRKTSYAQHQ Q VRQIRKKM ...文字列:
MAVGKNKRLT KGGKKGAKKK VVDPFSKKDW YDVKAPAMFN IRNIGKTLVT RTQGTKIASD GLKGRVFEVS LADLQNDEVA FRKFKLITE DVQGKNCLTN FHGMDLTRDK MCSMVKKWQT MIEAHVDVKT TDGYLLRLFC VGFTKKRNNQ IRKTSYAQHQ Q VRQIRKKM MEIMTREVQT NDLKEVVNKL IPDSIGKDIE KACQSIYPLH DVFVRKVKML KKPKFELGKL MELHGEGSSS GK ATGDETG AKVERADGYE PPVQESV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS1

+
分子 #4: 40S ribosomal protein S4, X isoform

分子名称: 40S ribosomal protein S4, X isoform / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.654869 KDa
配列文字列: MARGPKKHLK RVAAPKHWML DKLTGVFAPR PSTGPHKLRE CLPLIIFLRN RLKYALTGDE VKKICMQRFI KIDGKVRTDI TYPAGFMDV ISIDKTGENF RLIYDTKGRF AVHRITPEEA KYKLCKVRKI FVGTKGIPHL VTHDARTIRY PDPLIKVNDT I QIDLETGK ...文字列:
MARGPKKHLK RVAAPKHWML DKLTGVFAPR PSTGPHKLRE CLPLIIFLRN RLKYALTGDE VKKICMQRFI KIDGKVRTDI TYPAGFMDV ISIDKTGENF RLIYDTKGRF AVHRITPEEA KYKLCKVRKI FVGTKGIPHL VTHDARTIRY PDPLIKVNDT I QIDLETGK ITDFIKFDTG NLCMVTGGAN LGRIGVITNR ERHPGSFDVV HVKDANGNSF ATRLSNIFVI GKGNKPWISL PR GKGIRLT IAEERDKRLA AKQSSG

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS4, X isoform

+
分子 #5: 40S ribosomal protein S30

分子名称: 40S ribosomal protein S30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 6.668938 KDa
配列文字列:
KVHGSLARAG KVRGQTPKVA KQEKKKKKTG RAKRRMQYNR RFVNVVPTFG KKKGPNANS

UniProtKB: Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein

+
分子 #6: 40S ribosomal protein S7

分子名称: 40S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.168914 KDa
配列文字列: MFSSSAKIVK PNGEKPDEFE SGISQALLEL EMNSDLKAQL RELNITAAKE IEVGGGRKAI IIFVPVPQLK SFQKIQVRLV RELEKKFSG KHVVFIAQRR ILPKPTRKSR TKNKQKRPRS RTLTAVHDAI LEDLVFPSEI VGKRIRVKLD GSRLIKVHLD K AQQNNVEH ...文字列:
MFSSSAKIVK PNGEKPDEFE SGISQALLEL EMNSDLKAQL RELNITAAKE IEVGGGRKAI IIFVPVPQLK SFQKIQVRLV RELEKKFSG KHVVFIAQRR ILPKPTRKSR TKNKQKRPRS RTLTAVHDAI LEDLVFPSEI VGKRIRVKLD GSRLIKVHLD K AQQNNVEH KVETFSGVYK KLTGKDVNFE FPEFQL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS7

+
分子 #7: 40S ribosomal protein S6

分子名称: 40S ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.751906 KDa
配列文字列: MKLNISFPAT GCQKLIEVDD ERKLRTFYEK RMATEVAADA LGEEWKGYVV RISGGNDKQG FPMKQGVLTH GRVRLLLSKG HSCYRPRRT GERKRKSVRG CIVDANLSVL NLVIVKKGEK DIPGLTDTTV PRRLGPKRAS RIRKLFNLSK EDDVRQYVVR K PLNKEGKK ...文字列:
MKLNISFPAT GCQKLIEVDD ERKLRTFYEK RMATEVAADA LGEEWKGYVV RISGGNDKQG FPMKQGVLTH GRVRLLLSKG HSCYRPRRT GERKRKSVRG CIVDANLSVL NLVIVKKGEK DIPGLTDTTV PRRLGPKRAS RIRKLFNLSK EDDVRQYVVR K PLNKEGKK PRTKAPKIQR LVTPRVLQHK RRRIALKKQR TKKNKEEAAE YAKLLAKRMK EAKEKRQEQI AKRRRLSSLR AS TSKSESS QK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS6

+
分子 #8: 40S ribosomal protein S24

分子名称: 40S ribosomal protein S24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.463333 KDa
配列文字列:
MNDTVTIRTR KFMTNRLLQR KQMVIDVLHP GKATVPKTEI REKLAKMYKT TPDVIFVFGF RTHFGGGKTT GFGMIYDSLD YAKKNEPKH RLARHGLYEK KKTSRKQRKE RKNRMKKVRG TAKANVGAGK KPKE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS24

+
分子 #9: RNA-binding protein PNO1

分子名称: RNA-binding protein PNO1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27.970355 KDa
配列文字列: MESEMETQSA RAEEGFTQVT RKGGRRAKKR QAEQLSAAGE GGDAGRMDTE EARPAKRPVF PPLCGDGLLS GKEETRKIPV PANRYTPLK ENWMKIFTPI VEHLGLQIRF NLKSRNVEIR TCKETKDVSA LTKAADFVKA FILGFQVEDA LALIRLDDLF L ESFEITDV ...文字列:
MESEMETQSA RAEEGFTQVT RKGGRRAKKR QAEQLSAAGE GGDAGRMDTE EARPAKRPVF PPLCGDGLLS GKEETRKIPV PANRYTPLK ENWMKIFTPI VEHLGLQIRF NLKSRNVEIR TCKETKDVSA LTKAADFVKA FILGFQVEDA LALIRLDDLF L ESFEITDV KPLKGDHLSR AIGRIAGKGG KTKFTIENVT RTRIVLADVK VHILGSFQNI KMARTAICNL ILGNPPSKVY GN IRAVASR SADRF

UniProtKB: RNA-binding protein PNO1

+
分子 #10: 40S ribosomal protein S23

分子名称: 40S ribosomal protein S23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.844666 KDa
配列文字列:
MGKCRGLRTA RKLRSHRRDQ KWHDKQYKKA HLGTALKANP FGGASHAKGI VLEKVGVEAK QPNSAIRKCV RVQLIKNGKK ITAFVPNDG CLNFIEENDE VLVAGFGRKG HAVGDIPGVR FKVVKVANVS LLALYKGKKE RPRS

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12

+
分子 #11: 40S ribosomal protein S15a

分子名称: 40S ribosomal protein S15a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.865555 KDa
配列文字列:
MVRMNVLADA LKSINNAEKR GKRQVLIRPC SKVIVRFLTV MMKHGYIGEF EIIDDHRAGK IVVNLTGRLN KCGVISPRFD VQLKDLEKW QNNLLPSRQF GFIVLTTSAG IMDHEEARRK HTGGKILGFF F

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS8

+
分子 #12: Pre-rRNA-processing protein TSR1 homolog

分子名称: Pre-rRNA-processing protein TSR1 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 91.951188 KDa
配列文字列: MAAHRPGPLK QQNKAHKGGR HRGRGSAQRD GKGRLALKTL SKKVRKELSR VDQRHRASQL RKQKKEAVLA EKRQLGGKDG PPHQVLVVP LHSRISLPEA MQLLQDRDTG TVHLNELGNT QNFMLLCPRL KHRWFFTSAR PGDLHVVLDM AKVADTILFL L DPLEGWDS ...文字列:
MAAHRPGPLK QQNKAHKGGR HRGRGSAQRD GKGRLALKTL SKKVRKELSR VDQRHRASQL RKQKKEAVLA EKRQLGGKDG PPHQVLVVP LHSRISLPEA MQLLQDRDTG TVHLNELGNT QNFMLLCPRL KHRWFFTSAR PGDLHVVLDM AKVADTILFL L DPLEGWDS TGDYCLSCLF AQGLPTYTLA VQGISGLPLK KQIDTRKKLS KAVEKRFPHD KLLLLDTQQE AGMLLRQLAN QK QQHLAFR DRRAYLFAHA VDFVPSEENN LVGTLKISGY VRGQTLNVNR LLHIVGYGDF QMKQIDAPGD PFPLNPRGIK PQK DPDMAM EICATDAVDD MEEGLKVLMK ADPGRQESLQ AEVIPDPMEG EQTWPTEEEL SEAKDFLKES SKVVKKVPKG TSSY QAEWI LDGGSQSGGE GDEYEYDDME HEDFMEEESQ DESSEEEEEY ETMTIGESVH DDLYDKKVDE EAEAKMLEKY KQERL EEMF PDEVDTPRDV AARIRFQKYR GLKSFRTSPW DPKENLPQDY ARIFQFQNFT NTRKSIFKEV EEKEVEGAEV GWYVTL HVS EVPVSVVECF RQGTPLIAFS LLPHEQKMSV LNMVVRRDPG NTEPVKAKEE LIFHCGFRRF RASPLFSQHT AADKHKL QR FLTADMALVA TVYAPITFPP ASVLLFKQKS NGMHSLIATG HLMSVDPDRM VIKRVVLSGH PFKIFTKMAV VRYMFFNR E DVLWFKPVEL RTKWGRRGHI KEPLGTHGHM KCSFDGKLKS QDTVLMNLYK RVFPKWTYDP YVPEPVPWLK SEISSTVPQ GGME

UniProtKB: Pre-rRNA-processing protein TSR1 homolog

+
分子 #13: 40S ribosomal protein S14

分子名称: 40S ribosomal protein S14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 16.302772 KDa
配列文字列:
MAPRKGKEKK EEQVISLGPQ VAEGENVFGV CHIFASFNDT FVHVTDLSGK ETICRVTGGM KVKADRDESS PYAAMLAAQD VAQRCKELG ITALHIKLRA TGGNRTKTPG PGAQSALRAL ARSGMKIGRI EDVTPIPSDS TRRKGGRRGR RL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11

+
分子 #14: 40S ribosomal protein S13

分子名称: 40S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 17.259389 KDa
配列文字列:
MGRMHAPGKG LSQSALPYRR SVPTWLKLTS DDVKEQIYKL AKKGLTPSQI GVILRDSHGV AQVRFVTGNK ILRILKSKGL APDLPEDLY HLIKKAVAVR KHLERNRKDK DAKFRLILIE SRIHRLARYY KTKRVLPPNW KYESSTASAL VA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15

+
分子 #15: 40S ribosomal protein S11

分子名称: 40S ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 18.468826 KDa
配列文字列:
MADIQTERAY QKQPTIFQNK KRVLLGETGK EKLPRYYKNI GLGFKTPKEA IEGTYIDKKC PFTGNVSIRG RILSGVVTKM KMQRTIVIR RDYLHYIRKY NRFEKRHKNM SVHLSPCFRD VQIGDIVTVG ECRPLSKTVR FNVLKVTKAA GTKKQFQKF

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17

+
分子 #16: 40S ribosomal protein S9

分子名称: 40S ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.641564 KDa
配列文字列: MPVARSWVCR KTYVTPRRPF EKSRLDQELK LIGEYGLRNK REVWRVKFTL AKIRKAAREL LTLDEKDPRR LFEGNALLRR LVRIGVLDE GKMKLDYILG LKIEDFLERR LQTQVFKLGL AKSIHHARVL IRQRHIRVRK QVVNIPSFIV RLDSQKHIDF S LRSPYGGG ...文字列:
MPVARSWVCR KTYVTPRRPF EKSRLDQELK LIGEYGLRNK REVWRVKFTL AKIRKAAREL LTLDEKDPRR LFEGNALLRR LVRIGVLDE GKMKLDYILG LKIEDFLERR LQTQVFKLGL AKSIHHARVL IRQRHIRVRK QVVNIPSFIV RLDSQKHIDF S LRSPYGGG RPGRVKRKNA KKGQGGAGAG DDEEED

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS4

+
分子 #17: 40S ribosomal protein S8

分子名称: 40S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.263387 KDa
配列文字列: MGISRDNWHK RRKTGGKRKP YHKKRKYELG RPAANTKIGP RRIHTVRVRG GNKKYRALRL DVGNFSWGSE CCTRKTRIID VVYNASNNE LVRTKTLVKN CIVLIDSTPY RQWYESHYAL PLGRKKGAKL TPEEEEILNK KRSKKIQKKY DERKKNAKIS S LLEEQFQQ ...文字列:
MGISRDNWHK RRKTGGKRKP YHKKRKYELG RPAANTKIGP RRIHTVRVRG GNKKYRALRL DVGNFSWGSE CCTRKTRIID VVYNASNNE LVRTKTLVKN CIVLIDSTPY RQWYESHYAL PLGRKKGAKL TPEEEEILNK KRSKKIQKKY DERKKNAKIS S LLEEQFQQ GKLLACIASR PGQCGRADGY VLEGKELEFY LRKIKARKGK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS8

+
分子 #18: Multifunctional methyltransferase subunit TRM112-like protein

分子名称: Multifunctional methyltransferase subunit TRM112-like protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.215359 KDa
配列文字列:
MKLLTHNLLS SHVRGVGSRG FPLRLQATEV RICPVEFNPN FVARMIPKVE WSAFLEAADN LRLIQVPKGP VEGYEENEEF LRTMHHLLL EVEVIEGTLQ CPESGRMFPI SRGIPNMLLS EEETES

UniProtKB: Multifunctional methyltransferase subunit TRM112-like protein

+
分子 #19: Probable 18S rRNA (guanine-N(7))-methyltransferase

分子名称: Probable 18S rRNA (guanine-N(7))-methyltransferase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 31.925428 KDa
配列文字列: MASRGRRPEH GGPPELFYDE TEARKYVRNS RMIDIQTRMA GRALELLYLP ENKPCYLLDI GCGTGLSGSY LSDEGHYWVG LDISPAMLD EAVDREIEGD LLLGDMGQGI PFKPGTFDGC ISISAVQWLC NANKKSENPA KRLYCFFASL FSVLVRGSRA V LQLYPENS ...文字列:
MASRGRRPEH GGPPELFYDE TEARKYVRNS RMIDIQTRMA GRALELLYLP ENKPCYLLDI GCGTGLSGSY LSDEGHYWVG LDISPAMLD EAVDREIEGD LLLGDMGQGI PFKPGTFDGC ISISAVQWLC NANKKSENPA KRLYCFFASL FSVLVRGSRA V LQLYPENS EQLELITTQA TKAGFSGGMV VDYPNSAKAK KFYLCLFSGP STFIPEGLSE NQDEVEPRES VFTNERFPLR MS RRGMVRK SRAWVLEKKE RHRRQGREVR PDTQYTGRKR KPRF

UniProtKB: 18S rRNA (guanine-N(7))-methyltransferase

+
分子 #20: RRP12-like protein

分子名称: RRP12-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 143.916516 KDa
配列文字列: MGRSGKLPSG VSAKLKRWKK GHSSDSNPAI CRHRQAARSR FFSRPSGRSD LTVDAVKLHN ELQSGSLRLG KSEAPETPME EEAELVLTE KSSGTFLSGL SDCTNVTFSK VQRFWESNSA AHKEICAVLA AVTEVIRSQG GKETETEYFA ALMTTMEAVE S PESLAAVA ...文字列:
MGRSGKLPSG VSAKLKRWKK GHSSDSNPAI CRHRQAARSR FFSRPSGRSD LTVDAVKLHN ELQSGSLRLG KSEAPETPME EEAELVLTE KSSGTFLSGL SDCTNVTFSK VQRFWESNSA AHKEICAVLA AVTEVIRSQG GKETETEYFA ALMTTMEAVE S PESLAAVA YLLNLVLKRV PSPVLIKKFS DTSKAFMDIM SAQASSGSTS VLRWVLSCLA TLLRKQDLEA WGYPVTLQVY HG LLSFTVH PKPKIRKAAQ HGVCSVLKGS EFMFEKAPAH HPAAISTAKF CIQEIEKSGG SKEATTTLHM LTLLKDLLPC FPE GLVKSC SETLLRVMTL SHVLVTACAM QAFHSLFHAR PGLSTLSAEL NAQIITALYD YVPSENDLQP LLAWLKVMEK AHIN LVRLQ WDLGLGHLPR FFGTAVTCLL SPHSQVLTAA TQSLKEILKE CVAPHMADIG SVTSSASGPA QSVAKMFRAV EEGLT YKFH AAWSSVLQLL CVFFEACGRQ AHPVMRKCLQ SLCDLRLSPH FPHTAALDQA VGAAVTSMGP EVVLQAVPLE IDGSEE TLD FPRSWLLPVI RDHVQETRLG FFTTYFLPLA NTLKSKAMDL AQAGSTVESK IYDTLQWQMW TLLPGFCTRP TDVAISF KG LARTLGMAIS ERPDLRVTVC QALRTLITKG CQAEADRAEV SRFAKNFLPI LFNLYGQPVA AGDTPAPRRA VLETIRTY L TITDTQLVNS LLEKASEKVL DPASSDFTRL SVLDLVVALA PCADEAAISK LYSTIRPYLE SKAHGVQKKA YRVLEEVCA SPQGPGALFV QSHLEDLKKT LLDSLRSTSS PAKRPRLKCL LHIVRKLSAE HKEFITALIP EVILCTKEVS VGARKNAFAL LVEMGHAFL RFGSNQEEAL QCYLVLIYPG LVGAVTMVSC SILALTHLLF EFKGLMGTST VEQLLENVCL LLASRTRDVV K SALGFIKV AVTVMDVAHL AKHVQLVMEA IGKLSDDMRR HFRMKLRNLF TKFIRKFGFE LVKRLLPEEY HRVLVNIRKA EA RAKRHRA LSQAAVEEEE EEEEEEEPAQ GKGDSIEEIL ADSEDEEDNE EEERSRGKEQ RKLARQRSRA WLKEGGGDEP LNF LDPKVA QRVLATQPGP GRGRKKDHGF KVSADGRLII REEADGNKME EEEGAKGEDE EMADPMEDVI IRNKKHQKLK HQKE AEEEE LEIPPQYQAG GSGIHRPVAK KAMPGAEYKA KKAKGDVKKK GRPDPYAYIP LNRSKLNRRK KMKLQGQFKG LVKAA RRGS QVGHKNRRKD RRP

UniProtKB: RRP12-like protein

+
分子 #21: Ribosome biogenesis protein SLX9 homolog

分子名称: Ribosome biogenesis protein SLX9 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.503346 KDa
配列文字列: MGKVRGLRAR VHQAAVRPKG EAAPGPAPPA PEATPPPASA AGKDWAFINT NIFARTKIDP SALVQKLELD VRSVTSVRRG EAGSSARSV PSIRRGAEAK TVLPKKEKMK LRREQWLQKI EAIKLAEQKH REERRRRATV VVGDLHPLRD ALPELLGLEA G SRRQARSR ...文字列:
MGKVRGLRAR VHQAAVRPKG EAAPGPAPPA PEATPPPASA AGKDWAFINT NIFARTKIDP SALVQKLELD VRSVTSVRRG EAGSSARSV PSIRRGAEAK TVLPKKEKMK LRREQWLQKI EAIKLAEQKH REERRRRATV VVGDLHPLRD ALPELLGLEA G SRRQARSR ESNKPRPSEL SRMSAAQRQQ LLEEERTRFQ ELLASPAYRA SPLVAIGQTL ARQMQLEDGG QL

UniProtKB: Ribosome biogenesis protein SLX9 homolog

+
分子 #22: U3 small nucleolar RNA-associated protein 14 homolog A

分子名称: U3 small nucleolar RNA-associated protein 14 homolog A
タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 88.129125 KDa
配列文字列: MTANRLAESL LALSQQEELA DLPKDYLLSE SEDEGDNDGE RKHQKLLEAI SSLDGKNRRK LAERSEASLK VSEFNVSSEG SGEKLVLAD LLEPVKTSSS LATVKKQLSR VKSKKTVELP LNKEEIERIH REVAFNKTAQ VLSKWDPVVL KNRQAEQLVF P LEKEEPAI ...文字列:
MTANRLAESL LALSQQEELA DLPKDYLLSE SEDEGDNDGE RKHQKLLEAI SSLDGKNRRK LAERSEASLK VSEFNVSSEG SGEKLVLAD LLEPVKTSSS LATVKKQLSR VKSKKTVELP LNKEEIERIH REVAFNKTAQ VLSKWDPVVL KNRQAEQLVF P LEKEEPAI APIEHVLSGW KARTPLEQEI FNLLHKNKQP VTDPLLTPVE KASLRAMSLE EAKMRRAELQ RARALQSYYE AK ARREKKI KSKKYHKVVK KGKAKKALKE FEQLRKVNPA AALEELEKIE KARMMERMSL KHQNSGKWAK SKAIMAKYDL EAR QAMQEQ LSKNKELTQK LQVASESEEE EGGTEDVEEL LVPDVVNEVQ MNADGPNPWM LRSCTSDTKE AATQEDPEQL PELE AHGVS ESEGEERPVA EEEILLREFE ERRSLRKRSE LSQDAEPAGS QETKDSGSQE VLSELRVLSQ KLKENHQSRK QKASS EGTI PQVQREEPAP EEEEPLLLQR PERVQTLEEL EELGKEECFQ NKELPRPVLE GQQSERTPNN RPDAPKEKKK KEQMID LQN LLTTQSPSVK SLAVPTIEEL EDEEERNHRQ MIKEAFAGDD VIRDFLKEKR EAVEASKPKD VDLTLPGWGE WGGVGLK PS AKKRRRFLIK APEGPPRKDK NLPNVIINEK RNIHAAAHQV RVLPYPFTHH WQFERTIQTP IGSTWNTQRA FQKLTTPK V VTKPGHIINP IKAEDVGYRS SSRSDLSVIQ RNPKRITTRH KKQLKKCSVD

UniProtKB: U3 small nucleolar RNA-associated protein 14 homolog A

+
分子 #23: Probable dimethyladenosine transferase

分子名称: Probable dimethyladenosine transferase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 18S rRNA (adenine1779-N6/adenine1780-N6)-dimethyltransferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 35.292434 KDa
配列文字列: MPKVKSGAIG RRRGRQEQRR ELKSAGGLMF NTGIGQHILK NPLIINSIID KAALRPTDVV LEVGPGTGNM TVKLLEKAKK VVACELDPR LVAELHKRVQ GTPVASKLQV LVGDVLKTDL PFFDTCVANL PYQISSPFVF KLLLHRPFFR CAILMFQREF A LRLVAKPG ...文字列:
MPKVKSGAIG RRRGRQEQRR ELKSAGGLMF NTGIGQHILK NPLIINSIID KAALRPTDVV LEVGPGTGNM TVKLLEKAKK VVACELDPR LVAELHKRVQ GTPVASKLQV LVGDVLKTDL PFFDTCVANL PYQISSPFVF KLLLHRPFFR CAILMFQREF A LRLVAKPG DKLYCRLSIN TQLLARVDHL MKVGKNNFRP PPKVESSVVR IEPKNPPPPI NFQEWDGLVR ITFVRKNKTL SA AFKSSAV QQLLEKNYRI HCSVHNIIIP EDFSIADKIQ QILTSTGFSD KRARSMDIDD FIRLLHGFNA EGIHFS

UniProtKB: Dimethyladenosine transferase

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 44.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 8843
初期 角度割当タイプ: OTHER / 詳細: Relion
最終 角度割当タイプ: OTHER / 詳細: Relion
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る