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万見- EMDB-32797: Cryo-EM structure of a yeast pre-40S ribosomal subunit - State Rrp12-A -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-32797 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of a yeast pre-40S ribosomal subunit - State Rrp12-A | |||||||||
マップデータ | local resolution filtered | |||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Cheng J / Lau B / Thoms M / Ameismeier M / Berninghausen O / Hurt E / Beckmann R | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2022 タイトル: The nucleoplasmic phase of pre-40S formation prior to nuclear export. 著者: Jingdong Cheng / Benjamin Lau / Matthias Thoms / Michael Ameismeier / Otto Berninghausen / Ed Hurt / Roland Beckmann / 要旨: Biogenesis of the small ribosomal subunit in eukaryotes starts in the nucleolus with the formation of a 90S precursor and ends in the cytoplasm. Here, we elucidate the enigmatic structural ...Biogenesis of the small ribosomal subunit in eukaryotes starts in the nucleolus with the formation of a 90S precursor and ends in the cytoplasm. Here, we elucidate the enigmatic structural transitions of assembly intermediates from human and yeast cells during the nucleoplasmic maturation phase. After dissociation of all 90S factors, the 40S body adopts a close-to-mature conformation, whereas the 3' major domain, later forming the 40S head, remains entirely immature. A first coordination is facilitated by the assembly factors TSR1 and BUD23-TRMT112, followed by re-positioning of RRP12 that is already recruited early to the 90S for further head rearrangements. Eventually, the uS2 cluster, CK1 (Hrr25 in yeast) and the export factor SLX9 associate with the pre-40S to provide export competence. These exemplary findings reveal the evolutionary conserved mechanism of how yeast and humans assemble the 40S ribosomal subunit, but reveal also a few minor differences. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_32797.map.gz | 105.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-32797-v30.xml emd-32797.xml | 7.8 KB 7.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_32797_fsc.xml | 12.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_32797.png | 155.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32797 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32797 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_32797_validation.pdf.gz | 383 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_32797_full_validation.pdf.gz | 382.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_32797_validation.xml.gz | 13 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_32797_validation.cif.gz | 17.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32797 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32797 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_32797.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | local resolution filtered | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.059 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Human pre-40S ribosomal subunit
全体 | 名称: Human pre-40S ribosomal subunit |
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要素 |
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-超分子 #1: Human pre-40S ribosomal subunit
超分子 | 名称: Human pre-40S ribosomal subunit / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 44.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |