[日本語] English
万見
- EMDB-32768: Cryo-EM structure of the N-terminal deletion mutant of human pann... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32768
タイトルCryo-EM structure of the N-terminal deletion mutant of human pannexin-1 in a nanodisc
マップデータ3D map of the N-terminal deletion mutant of human pannexin-1
試料
  • 複合体: Heptamar of N-terminal deleted human pannexin-1 in a nanodisc
    • タンパク質・ペプチド: Pannexin-1
キーワードATP release channel / vertebrate innexin homolog / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP transmembrane transporter activity / ATP transport / leak channel activity / Electric Transmission Across Gap Junctions / positive regulation of interleukin-1 alpha production / wide pore channel activity / bleb / monoatomic anion channel activity / monoatomic anion transmembrane transport / gap junction ...ATP transmembrane transporter activity / ATP transport / leak channel activity / Electric Transmission Across Gap Junctions / positive regulation of interleukin-1 alpha production / wide pore channel activity / bleb / monoatomic anion channel activity / monoatomic anion transmembrane transport / gap junction / gap junction channel activity / positive regulation of macrophage cytokine production / oogenesis / response to ATP / monoatomic cation transport / The NLRP3 inflammasome / positive regulation of interleukin-1 beta production / response to ischemia / calcium channel activity / calcium ion transport / actin filament binding / cell-cell signaling / scaffold protein binding / protease binding / transmembrane transporter binding / signaling receptor binding / endoplasmic reticulum membrane / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Pannexin / Innexin / Innexin / Pannexin family profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Kuzuya M / Hirano H
資金援助 日本, 3件
OrganizationGrant number国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP20ae0101051 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)JP20H03165 日本
New Energy and Industrial Technology Development Organization (NEDO)JP20am0101118 日本
引用ジャーナル: Sci Signal / 年: 2022
タイトル: Structures of human pannexin-1 in nanodiscs reveal gating mediated by dynamic movement of the N terminus and phospholipids.
著者: Maki Kuzuya / Hidemi Hirano / Kenichi Hayashida / Masakatsu Watanabe / Kazumi Kobayashi / Tohru Terada / Md Iqbal Mahmood / Florence Tama / Kazutoshi Tani / Yoshinori Fujiyoshi / Atsunori Oshima /
要旨: Pannexin (PANX) family proteins form large-pore channels that mediate purinergic signaling. We analyzed the cryo-EM structures of human PANX1 in lipid nanodiscs to elucidate the gating mechanism and ...Pannexin (PANX) family proteins form large-pore channels that mediate purinergic signaling. We analyzed the cryo-EM structures of human PANX1 in lipid nanodiscs to elucidate the gating mechanism and its regulation by the amino terminus in phospholipids. The wild-type channel has an amino-terminal funnel in the pore, but in the presence of the inhibitor probenecid, a cytoplasmically oriented amino terminus and phospholipids obstruct the pore. Functional analysis using whole-cell patch-clamp and oocyte voltage clamp showed that PANX1 lacking the amino terminus did not open and had a dominant negative effect on channel activity, thus confirming that the amino-terminal domain played an essential role in channel opening. These observations suggest that dynamic conformational changes in the amino terminus of human PANX1 are associated with lipid movement in and out of the pore. Moreover, the data provide insight into the gating mechanism of PANX1 and, more broadly, other large-pore channels.
履歴
登録2022年2月1日-
置き換え2022年2月16日ID: EMD-31492
ヘッダ(付随情報) 公開2022年2月16日-
マップ公開2022年2月16日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7wsv
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_32768.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32768.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D map of the N-terminal deletion mutant of human pannexin-1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.23 Å/pix.
x 160 pix.
= 197.12 Å		1.23 Å/pix.
x 160 pix.
= 197.12 Å		1.23 Å/pix.
x 160 pix.
= 197.12 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.232 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.10664548 - 0.14792345
平均 (標準偏差)0.000029632942 (±0.008361217)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 197.12 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.2321.2321.232
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z197.120197.120197.120
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-0.1070.1480.000

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_32768_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_32768_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_32768_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Heptamar of N-terminal deleted human pannexin-1 in a nanodisc

全体名称: Heptamar of N-terminal deleted human pannexin-1 in a nanodisc
要素
  • 複合体: Heptamar of N-terminal deleted human pannexin-1 in a nanodisc
    • タンパク質・ペプチド: Pannexin-1

-
超分子 #1: Heptamar of N-terminal deleted human pannexin-1 in a nanodisc

超分子名称: Heptamar of N-terminal deleted human pannexin-1 in a nanodisc
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: Pannexin-1

分子名称: Pannexin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.955438 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MTEPKFKGLR LELAVDKMVT CIAVGLPLLL ISLAFAQEIS IGTQISCFSP SSFSWRQAAF VDSYCWAAVQ QKNSLQSESG NLPLWLHKF FPYILLLFAI LLYLPPLFWR FAAAPHICSD LKFIMEELDK VYNRAIKAAK SARDLDMRDG ACSVPGVTEN L GQSLWEVS ...文字列:
MTEPKFKGLR LELAVDKMVT CIAVGLPLLL ISLAFAQEIS IGTQISCFSP SSFSWRQAAF VDSYCWAAVQ QKNSLQSESG NLPLWLHKF FPYILLLFAI LLYLPPLFWR FAAAPHICSD LKFIMEELDK VYNRAIKAAK SARDLDMRDG ACSVPGVTEN L GQSLWEVS ESHFKYPIVE QYLKTKKNSN NLIIKYISCR LLTLIIILLA CIYLGYYFSL SSLSDEFVCS IKSGILRNDS TV PDQFQCK LIAVGIFQLL SVINLVVYVL LAPVVVYTLF VPFRQKTDVL KVYEILPTFD VLHFKSEGYN DLSLYNLFLE ENI SEVKSY KCLKVLENIK SSGQGIDPML LLTNLGMIKM DVVDGKTPMS AEMREEQGNQ TAELQGMNID SETKANNGEK NARQ RLLDS SC

UniProtKB: Pannexin-1

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度3.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMHEPES2-[4-(2-Hydroxyethyl)-1-piperazinyl]ethanesulfonic acid
300.0 mMNaClsodium chloride

詳細: pH 7.5 was used.
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: MOLYBDENUM / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA KF80
詳細: Blot for 10 seconds at room temperature followed by plunge freezing. Humidity and temperature are not controlled..

-
電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3000SFF
温度最低: 80.0 K / 最高: 100.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3587 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 56.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 3.5 µm
最小 デフォーカス（補正後）: 1.4000000000000001 µm
倍率（補正後）: 40600 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.6 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
倍率（公称値）: 30000
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL / ホルダー冷却材: HELIUM

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 3005895
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 98796
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 344.6
得られたモデル

PDB-7wsv:
Cryo-EM structure of the N-terminal deletion mutant of human pannexin-1 in a nanodisc

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る