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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-32768 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the N-terminal deletion mutant of human pannexin-1 in a nanodisc | ||||||||||||
![]() | 3D map of the N-terminal deletion mutant of human pannexin-1 | ||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() ATP transmembrane transporter activity / ATP transport / Electric Transmission Across Gap Junctions / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Kuzuya M / Hirano H / Hayashida K / Watanabe M / Kobayashi K / Tani K / Fujiyoshi Y / Oshima A | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structures of human pannexin-1 in nanodiscs reveal gating mediated by dynamic movement of the N terminus and phospholipids. 著者: Maki Kuzuya / Hidemi Hirano / Kenichi Hayashida / Masakatsu Watanabe / Kazumi Kobayashi / Tohru Terada / Md Iqbal Mahmood / Florence Tama / Kazutoshi Tani / Yoshinori Fujiyoshi / Atsunori Oshima / ![]() 要旨: Pannexin (PANX) family proteins form large-pore channels that mediate purinergic signaling. We analyzed the cryo-EM structures of human PANX1 in lipid nanodiscs to elucidate the gating mechanism and ...Pannexin (PANX) family proteins form large-pore channels that mediate purinergic signaling. We analyzed the cryo-EM structures of human PANX1 in lipid nanodiscs to elucidate the gating mechanism and its regulation by the amino terminus in phospholipids. The wild-type channel has an amino-terminal funnel in the pore, but in the presence of the inhibitor probenecid, a cytoplasmically oriented amino terminus and phospholipids obstruct the pore. Functional analysis using whole-cell patch-clamp and oocyte voltage clamp showed that PANX1 lacking the amino terminus did not open and had a dominant negative effect on channel activity, thus confirming that the amino-terminal domain played an essential role in channel opening. These observations suggest that dynamic conformational changes in the amino terminus of human PANX1 are associated with lipid movement in and out of the pore. Moreover, the data provide insight into the gating mechanism of PANX1 and, more broadly, other large-pore channels. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 14.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 19.2 KB 19.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 5.8 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 223.6 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 15.6 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() | 11.9 MB 11.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | 3D map of the N-terminal deletion mutant of human pannexin-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.232 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_32768_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_32768_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Heptamar of N-terminal deleted human pannexin-1 in a nanodisc
全体 | 名称: Heptamar of N-terminal deleted human pannexin-1 in a nanodisc |
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要素 |
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-超分子 #1: Heptamar of N-terminal deleted human pannexin-1 in a nanodisc
超分子 | 名称: Heptamar of N-terminal deleted human pannexin-1 in a nanodisc タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Pannexin-1
分子 | 名称: Pannexin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 45.955438 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MTEPKFKGLR LELAVDKMVT CIAVGLPLLL ISLAFAQEIS IGTQISCFSP SSFSWRQAAF VDSYCWAAVQ QKNSLQSESG NLPLWLHKF FPYILLLFAI LLYLPPLFWR FAAAPHICSD LKFIMEELDK VYNRAIKAAK SARDLDMRDG ACSVPGVTEN L GQSLWEVS ...文字列: MTEPKFKGLR LELAVDKMVT CIAVGLPLLL ISLAFAQEIS IGTQISCFSP SSFSWRQAAF VDSYCWAAVQ QKNSLQSESG NLPLWLHKF FPYILLLFAI LLYLPPLFWR FAAAPHICSD LKFIMEELDK VYNRAIKAAK SARDLDMRDG ACSVPGVTEN L GQSLWEVS ESHFKYPIVE QYLKTKKNSN NLIIKYISCR LLTLIIILLA CIYLGYYFSL SSLSDEFVCS IKSGILRNDS TV PDQFQCK LIAVGIFQLL SVINLVVYVL LAPVVVYTLF VPFRQKTDVL KVYEILPTFD VLHFKSEGYN DLSLYNLFLE ENI SEVKSY KCLKVLENIK SSGQGIDPML LLTNLGMIKM DVVDGKTPMS AEMREEQGNQ TAELQGMNID SETKANNGEK NARQ RLLDS SC |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 3.1 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
詳細: pH 7.5 was used. | |||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: MOLYBDENUM / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA KF80 詳細: Blot for 10 seconds at room temperature followed by plunge freezing. Humidity and temperature are not controlled.. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 3000SFF |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 3.5 µm 最小 デフォーカス(補正後): 1.4000000000000001 µm 倍率(補正後): 40600 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD ![]() 最小 デフォーカス(公称値): 1.4000000000000001 µm 倍率(公称値): 30000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: JEOL / ホルダー冷却材: HELIUM |
温度 | 最低: 80.0 K / 最高: 100.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3587 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 56.0 e/Å2 |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 344.6 |
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得られたモデル | ![]() PDB-7wsv: |