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- EMDB-32687: Cryo-EM structure of VWF D'D3 dimer complexed with D1D2 at 2.85 a... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32687
タイトルCryo-EM structure of VWF D'D3 dimer complexed with D1D2 at 2.85 angstron resolution (1 unit)
マップデータ
試料
  • 複合体: VWF D'D3-D1D2 complex (1 unit)
    • タンパク質・ペプチド: von Willebrand factor
  • タンパク質・ペプチド: von Willebrand antigen 2
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective VWF binding to collagen type I / Enhanced cleavage of VWF variant by ADAMTS13 / Defective VWF cleavage by ADAMTS13 variant / Defective F8 binding to von Willebrand factor / Enhanced binding of GP1BA variant to VWF multimer:collagen / Defective binding of VWF variant to GPIb:IX:V / Weibel-Palade body / hemostasis / platelet alpha granule / Platelet Adhesion to exposed collagen ...Defective VWF binding to collagen type I / Enhanced cleavage of VWF variant by ADAMTS13 / Defective VWF cleavage by ADAMTS13 variant / Defective F8 binding to von Willebrand factor / Enhanced binding of GP1BA variant to VWF multimer:collagen / Defective binding of VWF variant to GPIb:IX:V / Weibel-Palade body / hemostasis / platelet alpha granule / Platelet Adhesion to exposed collagen / positive regulation of intracellular signal transduction / GP1b-IX-V activation signalling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / cell-substrate adhesion / Defective F8 cleavage by thrombin / Platelet Aggregation (Plug Formation) / immunoglobulin binding / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / Integrin cell surface interactions / collagen binding / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Integrin signaling / extracellular matrix / platelet alpha granule lumen / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / platelet activation / response to wounding / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / blood coagulation / integrin binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / protease binding / collagen-containing extracellular matrix / cell adhesion / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
von Willebrand factor, VWA N-terminal domain / Von Willebrand factor / VWA N-terminal / : / C8 domain / Uncharacterised domain, cysteine-rich / C8 / von Willebrand factor, type D domain / von Willebrand factor type D domain / VWFD domain profile. ...von Willebrand factor, VWA N-terminal domain / Von Willebrand factor / VWA N-terminal / : / C8 domain / Uncharacterised domain, cysteine-rich / C8 / von Willebrand factor, type D domain / von Willebrand factor type D domain / VWFD domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type D domain / von Willebrand factor (vWF) type C domain / Trypsin Inhibitor-like, cysteine rich domain / Serine protease inhibitor-like superfamily / Trypsin Inhibitor like cysteine rich domain / C-terminal cystine knot signature. / C-terminal cystine knot domain profile. / Cystine knot, C-terminal / C-terminal cystine knot-like domain (CTCK) / von Willebrand factor type C domain / VWFC domain signature. / VWFC domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / VWFC domain / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
von Willebrand factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Zeng JW / Shu ZM / Zhou AW
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2016YFA0501103 中国
引用ジャーナル: Blood / 年: 2022
タイトル: Structural basis of von Willebrand factor multimerization and tubular storage.
著者: Jianwei Zeng / Zimei Shu / Qian Liang / Jing Zhang / Wenman Wu / Xuefeng Wang / Aiwu Zhou /
要旨: The von Willebrand factor (VWF) propeptide (domains D1D2) is essential for the assembly of VWF multimers and its tubular storage in Weibel-Palade bodies. However, detailed molecular mechanism ...The von Willebrand factor (VWF) propeptide (domains D1D2) is essential for the assembly of VWF multimers and its tubular storage in Weibel-Palade bodies. However, detailed molecular mechanism underlying this propeptide dependence is unclear. Here, we prepared Weibel-Palade body-like tubules using the N-terminal fragment of VWF and solved the cryo-electron microscopy structures of the tubule at atomic resolution. Detailed structural and biochemical analysis indicate that the propeptide forms a homodimer at acidic pH through the D2:D2 binding interface and then recruits 2 D'D3 domains, forming an intertwined D1D2D'D3 homodimer in essence. Stacking of these homodimers by the intermolecular D1:D2 interfaces brings 2 D3 domains face-to-face and facilitates their disulfide linkages and multimerization of VWF. Sequential stacking of these homodimers leads to a right-hand helical tubule for VWF storage. The clinically identified VWF mutations in the propeptide disrupted different steps of the assembling process, leading to diminished VWF multimers in von Willebrand diseases (VWD). Overall, these results indicate that the propeptide serves as a pH-sensing template for VWF multimerization and tubular storage. This sheds light on delivering normal propeptide as a template to rectify the defects in multimerization of VWD mutants.
履歴
登録2022年1月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年5月25日-
マップ公開2022年5月25日-
更新2022年6月15日-
現状2022年6月15日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32687.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32687.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 18 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 159 pix.
= 174.566 Å		1.1 Å/pix.
x 173 pix.
= 189.937 Å		1.1 Å/pix.
x 172 pix.
= 188.839 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0979 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.109525256 - 0.19980982
平均 (標準偏差)0.0010137181 (±0.008470715)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ173172159
Spacing172173159
セルA: 188.8388 Å / B: 189.9367 Å / C: 174.5661 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : VWF D'D3-D1D2 complex (1 unit)

全体名称: VWF D'D3-D1D2 complex (1 unit)
要素
  • 複合体: VWF D'D3-D1D2 complex (1 unit)
    • タンパク質・ペプチド: von Willebrand factor
  • タンパク質・ペプチド: von Willebrand antigen 2
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: VWF D'D3-D1D2 complex (1 unit)

超分子名称: VWF D'D3-D1D2 complex (1 unit) / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: von Willebrand antigen 2

分子名称: von Willebrand antigen 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 81.427703 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AEGTRGRSST ARCSLFGSDF VNTFDGSMYS FAGYCSYLLA GGCQKRSFSI IGDFQNGKRV SLSVYLGEFF DIHLFVNGTV TQGDQRVSM PYASKGLYLE TEAGYYKLSG EAYGFVARID GSGNFQVLLS DRYFNKTCGL CGNFNIFAED DFMTQEGTLT S DPYDFANS ...文字列:
AEGTRGRSST ARCSLFGSDF VNTFDGSMYS FAGYCSYLLA GGCQKRSFSI IGDFQNGKRV SLSVYLGEFF DIHLFVNGTV TQGDQRVSM PYASKGLYLE TEAGYYKLSG EAYGFVARID GSGNFQVLLS DRYFNKTCGL CGNFNIFAED DFMTQEGTLT S DPYDFANS WALSSGEQWC ERASPPSSSC NISSGEMQKG LWEQCQLLKS TSVFARCHPL VDPEPFVALC EKTLCECAGG LE CACPALL EYARTCAQEG MVLYGWTDHS ACSPVCPAGM EYRQCVSPCA RTCQSLHINE MCQERCVDGC SCPEGQLLDE GLC VESTEC PCVHSGKRYP PGTSLSRDCN TCICRNSQWI CSNEECPGEC LVTGQSHFKS FDNRYFTFSG ICQYLLARDC QDHS FSIVI ETVQCADDRD AVCTRSVTVR LPGLHNSLVK LKHGAGVAMD GQDVQLPLLK GDLRIQHTVT ASVRLSYGED LQMDW DGRG RLLVKLSPVY AGKTCGLCGN YNGNQGDDFL TPSGLAEPRV EDFGNAWKLH GDCQDLQKQH SDPCALNPRM TRFSEE ACA VLTSPTFEAC HRAVSPLPYL RNCRYDVCSC SDGRECLCGA LASYAAACAG RGVRVAWREP GRCELNCPKG QVYLQCG TP CNLTCRSLSY PDEECNEACL EGCFCPPGLY MDERGDCVPK AQCPCYYDGE IFQPEDIFSD HHTMCYCEDG FMHCTMSG V PGSLLPDAVL SSPLSHRSKR

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分子 #2: von Willebrand factor

分子名称: von Willebrand factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 54.232809 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SLSCRPPMVK LVCPADNLRA EGLECTKTCQ NYDLECMSMG CVSGCLCPPG MVRHENRCVA LERCPCFHQG KEYAPGETVK IGCNTCVCQ DRKWNCTDHV CDATCSTIGM AHYLTFDGLK YLFPGECQYV LVQDYCGSNP GTFRILVGNK GCSHPSVKCK K RVTILVEG ...文字列:
SLSCRPPMVK LVCPADNLRA EGLECTKTCQ NYDLECMSMG CVSGCLCPPG MVRHENRCVA LERCPCFHQG KEYAPGETVK IGCNTCVCQ DRKWNCTDHV CDATCSTIGM AHYLTFDGLK YLFPGECQYV LVQDYCGSNP GTFRILVGNK GCSHPSVKCK K RVTILVEG GEIELFDGEV NVKRPMKDET HFEVVESGRY IILLLGKALS VVWDRHLSIS VVLKQTYQEK VCGLCGNFDG IQ NNDLTSS NLQVEEDPVD FGNSWKVSSQ CADTRKVPLD SSPATCHNNI MKQTMVDSSC RILTSDVFQD CNKLVDPEPY LDV CIYDTC SCESIGDCAC FCDTIAAYAH VCAQHGKVVT WRTATLCPQS CEERNLRENG YECEWRYNSC APACQVTCQH PEPL ACPVQ CVEGCHAHCP PGKILDELLQ TCVDPEDCPV CEVAGRRFAS GKKVTLNPSD PEHCQICHCD VVNLTCEACQ EPGGL VVPP HHHHHH

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分子 #3: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 10 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 732006
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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