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- EMDB-32513: Cryo-EM structure of Dnf1 from Saccharomyces cerevisiae in deterg... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32513
タイトルCryo-EM structure of Dnf1 from Saccharomyces cerevisiae in detergent with AMPPCP (E1-ATP state)
マップデータ
試料
  • 複合体: Dnf1_Lem3 complex
    • タンパク質・ペプチド: Phospholipid-transporting ATPase DNF1
    • タンパク質・ペプチド: Alkylphosphocholine resistance protein LEM3
  • リガンド: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードP4-ATPases / LIPID TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of vacuole organization / glycosylceramide flippase activity / mating projection tip membrane / aminophospholipid translocation / Ion transport by P-type ATPases / phosphatidylcholine flippase activity / phosphatidylserine flippase activity / ceramide translocation / ATPase-coupled intramembrane lipid transporter activity / phospholipid-translocating ATPase complex ...regulation of vacuole organization / glycosylceramide flippase activity / mating projection tip membrane / aminophospholipid translocation / Ion transport by P-type ATPases / phosphatidylcholine flippase activity / phosphatidylserine flippase activity / ceramide translocation / ATPase-coupled intramembrane lipid transporter activity / phospholipid-translocating ATPase complex / phosphatidylserine floppase activity / cell septum / phosphatidylethanolamine flippase activity / phosphatidylcholine floppase activity / cellular bud neck / P-type phospholipid transporter / phospholipid translocation / establishment or maintenance of cell polarity / Neutrophil degranulation / cell periphery / intracellular protein transport / endocytosis / cell surface receptor signaling pathway / endosome membrane / Golgi apparatus / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CDC50/LEM3 family / LEM3 (ligand-effect modulator 3) family / CDC50 family / P-type ATPase, subfamily IV / P-type ATPase, C-terminal / P-type ATPase, N-terminal / Phospholipid-translocating ATPase N-terminal / Phospholipid-translocating P-type ATPase C-terminal / Cation transport ATPase (P-type) / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site ...CDC50/LEM3 family / LEM3 (ligand-effect modulator 3) family / CDC50 family / P-type ATPase, subfamily IV / P-type ATPase, C-terminal / P-type ATPase, N-terminal / Phospholipid-translocating ATPase N-terminal / Phospholipid-translocating P-type ATPase C-terminal / Cation transport ATPase (P-type) / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Phospholipid-transporting ATPase DNF1 / Phospholipid-transporting ATPase accessory subunit LEM3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Xu J / He Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870835 中国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022
タイトル: Conformational changes of a phosphatidylcholine flippase in lipid membranes.
著者: Jinkun Xu / Yilin He / Xiaofei Wu / Long Li /
要旨: Type 4 P-type ATPases (P4-ATPases) actively and selectively translocate phospholipids across membrane bilayers. Driven by ATP hydrolysis, P4-ATPases undergo conformational changes during lipid ...Type 4 P-type ATPases (P4-ATPases) actively and selectively translocate phospholipids across membrane bilayers. Driven by ATP hydrolysis, P4-ATPases undergo conformational changes during lipid flipping. It is unclear how the active flipping states of P4-ATPases are regulated in the lipid membranes, especially for phosphatidylcholine (PC)-flipping P4-ATPases whose substrate, PC, is a substantial component of membranes. Here, we report the cryoelectron microscopy structures of a yeast PC-flipping P4-ATPase, Dnf1, in lipid environments. In native yeast lipids, Dnf1 adopts a conformation in which the lipid flipping pathway is disrupted. Only when the lipid composition is changed can Dnf1 be captured in the active conformations that enable lipid flipping. These results suggest that, in the native membrane, Dnf1 may stay in an idle conformation that is unable to support the trans-membrane movement of lipids. Dnf1 may have altered conformational preferences in membranes with different lipid compositions.
履歴
登録2021年12月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月23日-
マップ公開2022年3月23日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32513.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32513.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 320 pix.
= 342.4 Å		1.07 Å/pix.
x 320 pix.
= 342.4 Å		1.07 Å/pix.
x 320 pix.
= 342.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.015
最小 - 最大-0.1069704 - 0.16902342
平均 (標準偏差)0.00012291018 (±0.0026107978)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 342.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Dnf1_Lem3 complex

全体名称: Dnf1_Lem3 complex
要素
  • 複合体: Dnf1_Lem3 complex
    • タンパク質・ペプチド: Phospholipid-transporting ATPase DNF1
    • タンパク質・ペプチド: Alkylphosphocholine resistance protein LEM3
  • リガンド: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Dnf1_Lem3 complex

超分子名称: Dnf1_Lem3 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)

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分子 #1: Phospholipid-transporting ATPase DNF1

分子名称: Phospholipid-transporting ATPase DNF1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: P-type phospholipid transporter
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 178.000172 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列: MSGTFHGDGH APMSPFEDTF QFEDNSSNED THIAPTHFDD GATSNKYSRP QVSFNDETPK NKREDAEEFT FNDDTEYDNH SFQPTPKLN NGSGTFDDVE LDNDSGEPHT NYDGMKRFRM GTKRNKKGNP IMGRSKTLKW ARKNIPNPFE DFTKDDIDPG A INRAQELR ...文字列:
MSGTFHGDGH APMSPFEDTF QFEDNSSNED THIAPTHFDD GATSNKYSRP QVSFNDETPK NKREDAEEFT FNDDTEYDNH SFQPTPKLN NGSGTFDDVE LDNDSGEPHT NYDGMKRFRM GTKRNKKGNP IMGRSKTLKW ARKNIPNPFE DFTKDDIDPG A INRAQELR TVYYNMPLPK DMIDEEGNPI MQYPRNKIRT TKYTPLTFLP KNILFQFHNF ANVYFLVLII LGAFQIFGVT NP GLSAVPL VVIVIITAIK DAIEDSRRTV LDLEVNNTKT HILEGVENEN VSTDNISLWR RFKKANSRLL FKFIQYCKEH LTE EGKKKR MQRKRHELRV QKTVGTSGPR SSLDSIDSYR VSADYGRPSL DYDNLEQGAG EANIVDRSLP PRTDCKFAKN YWKG VKVGD IVRIHNNDEI PADIILLSTS DTDGACYVET KNLDGETNLK VRQSLKCTNT IRTSKDIART KFWIESEGPH SNLYT YQGN MKWRNLADGE IRNEPITINN VLLRGCTLRN TKWAMGVVMF TGGDTKIMLN SGITPTKKSR ISRELNFSVV INFVLL FIL CFVSGIANGV YYDKKGRSRF SYEFGTIAGS AATNGFVSFW VAVILYQSLV PISLYISVEI IKTAQAAFIY GDVLLYN AK LDYPCTPKSW NISDDLGQVE YIFSDKTGTL TQNVMEFKKC TINGVSYGRA YTEALAGLRK RQGIDVETEG RREKAEIA K DRDTMIDELR ALSGNSQFYP EEVTFVSKEF VRDLKGASGE VQQRCCEHFM LALALCHSVL VEANPDNPKK LDLKAQSPD EAALVATARD VGFSFVGKTK KGLIIEMQGI QKEFEILNIL EFNSSRKRMS CIVKIPGLNP GDEPRALLIC KGADSIIYSR LSRQSGSNS EAILEKTALH LEQYATEGLR TLCIAQRELS WSEYEKWNEK YDIAAASLAN REDELEVVAD SIERELILLG G TAIEDRLQ DGVPDCIELL AEAGIKLWVL TGDKVETAIN IGFSCNLLNN EMELLVIKTT GDDVKEFGSE PSEIVDALLS KY LKEYFNL TGSEEEIFEA KKDHEFPKGN YAIVIDGDAL KLALYGEDIR RKFLLLCKNC RAVLCCRVSP SQKAAVVKLV KDS LDVMTL AIGDGSNDVA MIQSADVGIG IAGEEGRQAV MCSDYAIGQF RYLARLVLVH GRWSYKRLAE MIPEFFYKNM IFAL ALFWY GIYNDFDGSY LYEYTYMMFY NLAFTSLPVI FLGILDQDVN DTISLVVPQL YRVGILRKEW NQRKFLWYML DGLYQ SIIC FFFPYLVYHK NMIVTSNGLG LDHRYFVGVY VTTIAVISCN TYVLLHQYRW DWFSGLFIAL SCLVVFAWTG IWSSAI ASR EFFKAAARIY GAPSFWAVFF VAVLFCLLPR FTYDSFQKFF YPTDVEIVRE MWQHGHFDHY PPGYDPTDPN RPKVTKA GQ HGEKIIEGIA LSDNLGGSNY SRDSVVTEEI PMTFMHGEDG SPSGYQKQET WMTSPKETQD LLQSPQFQQA QTFGRGPS T NVRSSLDRTR EQMIATNQLD NRYSVERART SLDLPGVTNA ASLIGTQQNN

UniProtKB: Phospholipid-transporting ATPase DNF1

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分子 #2: Alkylphosphocholine resistance protein LEM3

分子名称: Alkylphosphocholine resistance protein LEM3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 47.490395 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列: MVNFDLGQVG EVFRRKDKGA IVSGDNPEEE EDVDASEFEE DEVKPVRTKN RRPKEDAFTQ QRLAAINPVL TPRTVLPLYL LIAVVFVIV GGCILAQNSK VDEVTIYYQD CMTNATSSWS DIPSEHWQFV FHKYKTYNTA PQWRFVDDES DDFTKQRGTC Q IRFTTPSD ...文字列:
MVNFDLGQVG EVFRRKDKGA IVSGDNPEEE EDVDASEFEE DEVKPVRTKN RRPKEDAFTQ QRLAAINPVL TPRTVLPLYL LIAVVFVIV GGCILAQNSK VDEVTIYYQD CMTNATSSWS DIPSEHWQFV FHKYKTYNTA PQWRFVDDES DDFTKQRGTC Q IRFTTPSD MKNNVYLNYV LEKFAANHRR YVLSFSEDQI RGEDASYETV HDATGINCKP LSKNADGKIY YPCGLIANSM FN DTFPLQL TNVGDTSNNY SLTNKGINWE SDKKRYKKTK YNYTQIAPPP YWEKMYPDGY NETNIPDIQD WEEFQNWMRP GAF DKITKL IRINKNDTLP AGEYQLDIGL HWPVLEFNGK KGIYLTHGSH LGGRNPFLGI VYLIGGCICA AMALILLTFW LFGG RKIAD ASSLSWNMK

UniProtKB: Phospholipid-transporting ATPase accessory subunit LEM3

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分子 #4: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: ACP
分子量理論値: 505.208 Da
Chemical component information

ChemComp-ACP:
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / β,γ-メチレンATP / AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 8.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6roh

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.33 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 295853
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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