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- EMDB-3245: Density map of the Sec61 channel opened by a signal sequence -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3245
タイトルDensity map of the Sec61 channel opened by a signal sequence
マップデータThis is the final postprocessed, sharpened, and masked map.
試料
  • 試料: The stalled mammalian Sec61 complex opened by the pre-prolactin signal sequence.
  • 複合体: mammalian ribosome
  • タンパク質・ペプチド: Sec61 channel
キーワードribosome / Sec61 / translocation / signal sequence
機能・相同性
機能・相同性情報


long-day photoperiodism / response to external biotic stimulus / prolactin receptor binding / peptide hormone secretion / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / membrane docking / positive regulation of lactation / pronephric nephron development / regulation of meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / response to L-arginine ...long-day photoperiodism / response to external biotic stimulus / prolactin receptor binding / peptide hormone secretion / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / membrane docking / positive regulation of lactation / pronephric nephron development / regulation of meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / response to L-arginine / cotranslational protein targeting to membrane / Ssh1 translocon complex / Sec61 translocon complex / protein targeting to ER / protein insertion into ER membrane / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / mammary gland development / signal sequence binding / blastocyst formation / post-translational protein targeting to membrane, translocation / response to food / biosynthetic process / positive regulation of endocytosis / protein transmembrane transporter activity / response to mechanical stimulus / positive regulation of phagocytosis / lactation / female pregnancy / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / response to nutrient levels / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / hormone activity / phospholipid binding / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / ribosome binding / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cell surface receptor signaling pathway / inflammatory response / endoplasmic reticulum lumen / negative regulation of gene expression / positive regulation of gene expression / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / extracellular region / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Somatotropin/prolactin / Somatotropin hormone, conserved site / Somatotropin hormone family / Somatotropin, prolactin and related hormones signature 1. / Somatotropin, prolactin and related hormones signature 2. / Protein translocase SEC61 complex, gamma subunit / Protein translocase SecE domain superfamily / Translocon Sec61/SecY, plug domain / Plug domain of Sec61p / Protein secE/sec61-gamma signature. ...Somatotropin/prolactin / Somatotropin hormone, conserved site / Somatotropin hormone family / Somatotropin, prolactin and related hormones signature 1. / Somatotropin, prolactin and related hormones signature 2. / Protein translocase SEC61 complex, gamma subunit / Protein translocase SecE domain superfamily / Translocon Sec61/SecY, plug domain / Plug domain of Sec61p / Protein secE/sec61-gamma signature. / Protein secY signature 1. / Protein secY signature 2. / SecE/Sec61-gamma subunits of protein translocation complex / Protein translocase complex, SecE/Sec61-gamma subunit / SecY/SEC61-alpha family / SecY domain superfamily / SecY conserved site / SecY / Four-helical cytokine-like, core
類似検索 - ドメイン・相同性
Prolactin / Protein transport protein Sec61 subunit alpha isoform 1 / Protein transport protein Sec61 subunit gamma / Prolactin
類似検索 - 構成要素
生物種Canis lupus (オオカミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Voorhees RM / Hegde RS
引用ジャーナル: Science / 年: 2016
タイトル: Structure of the Sec61 channel opened by a signal sequence.
著者: Rebecca M Voorhees / Ramanujan S Hegde /
要旨: Secreted and integral membrane proteins compose up to one-third of the biological proteome. These proteins contain hydrophobic signals that direct their translocation across or insertion into the ...Secreted and integral membrane proteins compose up to one-third of the biological proteome. These proteins contain hydrophobic signals that direct their translocation across or insertion into the lipid bilayer by the Sec61 protein-conducting channel. The molecular basis of how hydrophobic signals within a nascent polypeptide trigger channel opening is not understood. Here, we used cryo-electron microscopy to determine the structure of an active Sec61 channel that has been opened by a signal sequence. The signal supplants helix 2 of Sec61α, which triggers a rotation that opens the central pore both axially across the membrane and laterally toward the lipid bilayer. Comparisons with structures of Sec61 in other states suggest a pathway for how hydrophobic signals engage the channel to gain access to the lipid bilayer.
履歴
登録2015年11月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年11月25日-
マップ公開2016年1月13日-
更新2016年1月13日-
現状2016年1月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3jc2
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3jc2
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3jc2
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-3245_ove...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3245.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 276 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is the final postprocessed, sharpened, and masked map.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.34 Å/pix.
x 420 pix.
= 562.8 Å		1.34 Å/pix.
x 420 pix.
= 562.8 Å		1.34 Å/pix.
x 420 pix.
= 562.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.34 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.07 / ムービー #1: 0.07
最小 - 最大-0.40719661 - 0.66735524
平均 (標準偏差)0.00116352 (±0.01930853)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 562.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.341.341.34
M x/y/z420420420
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z562.800562.800562.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-190-190-189
NX/NY/NZ380380380
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS420420420
D min/max/mean-0.4070.6670.001

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添付データ

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添付マップデータ: emd 3245 half map 1.map

ファイルemd_3245_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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添付マップデータ: emd 3245 half map 2.map

ファイルemd_3245_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The stalled mammalian Sec61 complex opened by the pre-prolactin s...

全体名称: The stalled mammalian Sec61 complex opened by the pre-prolactin signal sequence.
要素
  • 試料: The stalled mammalian Sec61 complex opened by the pre-prolactin signal sequence.
  • 複合体: mammalian ribosome
  • タンパク質・ペプチド: Sec61 channel

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超分子 #1000: The stalled mammalian Sec61 complex opened by the pre-prolactin s...

超分子名称: The stalled mammalian Sec61 complex opened by the pre-prolactin signal sequence.
タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse / 集合状態: monomer / Number unique components: 2

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超分子 #1: mammalian ribosome

超分子名称: mammalian ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: 80S ribosome / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: ALL
由来(天然)生物種: Canis lupus (オオカミ) / 別称: Dog / 組織: pancreas / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

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分子 #1: Sec61 channel

分子名称: Sec61 channel / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Sec61 translocon / 詳細: The heterotrimeric mammalian Sec61 channel / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Canis lupus (オオカミ) / 別称: Dog / 組織: pancreas / Organelle: Endoplasmic reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic reticulum

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
詳細: 50 mM HEPES pH 7.5, 200 mM KOAc, 15 mM MgOAc2, 1 mM DTT, 0.25% digitonin
グリッド詳細: 400 mesh holey carbon grid coated with a continuous layer of amorphous carbon
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK II
手法: Incubate for 30 seconds at 4 C and blot for 9 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective astigmatism was corrected at 60,000 times magnification
日付2015年3月9日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
実像数: 1489 / 平均電子線量: 27 e/Å2
詳細: Every image is the average of 17 frames recorded by the direct electron detector.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The particles were selected using the automated particle selection in Relion.
CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Relion / 使用した粒子像数: 101339
最終 2次元分類クラス数: 5

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3jaj

ソフトウェア名称: Chimera and Coot
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-3jc2:
The structure of the mammalian Sec61 channel opened by a signal sequence

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

1rh5

ソフトウェア名称: Chimera, coot, and Refmac
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-3jc2:
The structure of the mammalian Sec61 channel opened by a signal sequence

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原子モデル構築 3

初期モデルPDB ID:

3j7q

ソフトウェア名称: Chimera, coot, and Refmac
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-3jc2:
The structure of the mammalian Sec61 channel opened by a signal sequence

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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