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万見
- EMDB-3243: Dodecameric Chaetomium thermophilum Rvb1/Rvb2 complex in stretche... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3243
タイトルDodecameric Chaetomium thermophilum Rvb1/Rvb2 complex in stretched conformation
マップデータCryo-EM reconstruction of Chaetomium thermophilum dodecameric Rvb1/Rvb2 complex in stretched conformation
試料
  • 試料: Full-length Chaetomium thermophilum Rvb1/Rvb2 dodecameric complex in stretched conformation
  • タンパク質・ペプチド: Rvb1
  • タンパク質・ペプチド: Rvb2
キーワードAAA+ proteins / cryo-electron microscopy / Rvb1 / Rvb2 / Chaetomium thermophilum
機能・相同性
機能・相同性情報


Swr1 complex / Ino80 complex / DNA helicase activity / chromatin organization / DNA helicase / DNA repair / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
RuvB-like / RuvB-like / RuvB-like, AAA-lid domain / RuvBL1/2, DNA/RNA binding domain / TIP49 P-loop domain / TIP49 AAA-lid domain / TIP49, P-loop domain / TIP49, P-loop domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain ...RuvB-like / RuvB-like / RuvB-like, AAA-lid domain / RuvBL1/2, DNA/RNA binding domain / TIP49 P-loop domain / TIP49 AAA-lid domain / TIP49, P-loop domain / TIP49, P-loop domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
RuvB-like helicase / RuvB-like helicase
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 21.4 Å
データ登録者Silva-Martin N / Dauden MI / Glatt S / Hoffmann NA / Kastritis P / Bork P / Beck M / Mueller CW
引用ジャーナル: PLoS One / 年: 2016
タイトル: The Combination of X-Ray Crystallography and Cryo-Electron Microscopy Provides Insight into the Overall Architecture of the Dodecameric Rvb1/Rvb2 Complex.
著者: Noella Silva-Martin / María I Daudén / Sebastian Glatt / Niklas A Hoffmann / Panagiotis Kastritis / Peer Bork / Martin Beck / Christoph W Müller /
要旨: The Rvb1/Rvb2 complex is an essential component of many cellular pathways. The Rvb1/Rvb2 complex forms a dodecameric assembly where six copies of each subunit form two heterohexameric rings. However, ...The Rvb1/Rvb2 complex is an essential component of many cellular pathways. The Rvb1/Rvb2 complex forms a dodecameric assembly where six copies of each subunit form two heterohexameric rings. However, due to conformational variability, the way the two rings pack together is still not fully understood. Here, we present the crystal structure and two cryo-electron microscopy reconstructions of the dodecameric, full-length Rvb1/Rvb2 complex, all showing that the interaction between the two heterohexameric rings is mediated through the Rvb1/Rvb2-specific domain II. Two conformations of the Rvb1/Rvb2 dodecamer are present in solution: a stretched conformation also present in the crystal, and a compact conformation. Novel asymmetric features observed in the reconstruction of the compact conformation provide additional insight into the plasticity of the Rvb1/Rvb2 complex.
履歴
登録2015年11月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年11月25日-
マップ公開2016年1月20日-
更新2016年1月20日-
現状2016年1月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0573
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0573
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3243.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3243.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM reconstruction of Chaetomium thermophilum dodecameric Rvb1/Rvb2 complex in stretched conformation
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.34 Å/pix.
x 74 pix.
= 321.16 Å		4.34 Å/pix.
x 74 pix.
= 321.16 Å		4.34 Å/pix.
x 74 pix.
= 321.16 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.34 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0573 / ムービー #1: 0.0573
最小 - 最大-0.12715153 - 0.15276451
平均 (標準偏差)0.00011426 (±0.01710674)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ747474
Spacing747474
セルA=B=C: 321.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.344.344.34
M x/y/z747474
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z321.160321.160321.160
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS747474
D min/max/mean-0.1270.1530.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Full-length Chaetomium thermophilum Rvb1/Rvb2 dodecameric complex...

全体名称: Full-length Chaetomium thermophilum Rvb1/Rvb2 dodecameric complex in stretched conformation
要素
  • 試料: Full-length Chaetomium thermophilum Rvb1/Rvb2 dodecameric complex in stretched conformation
  • タンパク質・ペプチド: Rvb1
  • タンパク質・ペプチド: Rvb2

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超分子 #1000: Full-length Chaetomium thermophilum Rvb1/Rvb2 dodecameric complex...

超分子名称: Full-length Chaetomium thermophilum Rvb1/Rvb2 dodecameric complex in stretched conformation
タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: Dodecamer formed by two hetero-hexamers of Rvb1/Rvb2
Number unique components: 2
分子量理論値: 621 KDa

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分子 #1: Rvb1

分子名称: Rvb1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: RuvBL1, Pontin, TIP49a / コピー数: 6 / 集合状態: Double hetero-hexamer with Rvb2 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (菌類) / 別称: thermophilic filamentous fungus
分子量理論値: 50.384 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21 (DE3) Star pRARE strain / 組換プラスミド: pET-MCN
配列UniProtKB: RuvB-like helicase
InterPro: AAA+ ATPase domain, P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase, RuvB-like, TIP49, P-loop domain

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分子 #2: Rvb2

分子名称: Rvb2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: RuvBL2, Reptin, TIP49b / コピー数: 6 / 集合状態: Double hetero-hexamer with Rvb2 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (菌類) / 別称: thermophilic filamentous fungus
分子量理論値: 53.1458 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21 (DE3) Star pRARE strain / 組換プラスミド: pET-MCN
配列UniProtKB: RuvB-like helicase
InterPro: AAA+ ATPase domain, P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase, RuvB-like, TIP49, P-loop domain

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.35 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM Tris-HCl pH 7.5, 125 mM NaCl, 2 mM 2-mercaptoethanol and 5 mM MgCl2
グリッド詳細: glow-discharged molybdenum grids 400 mesh, 1.2/1.5, Quantifoil
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III
手法: 9 seconds blotting time, 15 seconds waiting time, blot offset -3

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
日付2014年11月3日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
実像数: 1629 / 平均電子線量: 40 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The particles were binned 4.
CTF補正詳細: CTFFIND3
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D3 (2回x3回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 21.4 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION, EMAN, XMIPP, Spider / 使用した粒子像数: 1810
最終 2次元分類クラス数: 200
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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