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- EMDB-32335: CryoEM structure of human KChIP1-Kv4.3-DPP6 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32335
タイトルCryoEM structure of human KChIP1-Kv4.3-DPP6 complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of voltage-gated potassium channel Kv4.3 with auxiliary subunits KChIP1 and DPP6
    • タンパク質・ペプチド: Kv channel-interacting protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 2 of Potassium voltage-gated channel subfamily D member 3
    • タンパク質・ペプチド: Dipeptidyl aminopeptidase-like protein 6
キーワードKv channel-interacting protein 1 Potassium voltage-gated channel Dipeptidyl aminopeptidase-like protein 6 / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ventricular cardiac muscle cell membrane repolarization / Kv4.3-KChIP1 channel complex / A-type (transient outward) potassium channel activity / Phase 1 - inactivation of fast Na+ channels / membrane repolarization during ventricular cardiac muscle cell action potential / membrane repolarization during cardiac muscle cell action potential / potassium ion export across plasma membrane / membrane repolarization / Voltage gated Potassium channels / regulation of potassium ion transmembrane transport ...ventricular cardiac muscle cell membrane repolarization / Kv4.3-KChIP1 channel complex / A-type (transient outward) potassium channel activity / Phase 1 - inactivation of fast Na+ channels / membrane repolarization during ventricular cardiac muscle cell action potential / membrane repolarization during cardiac muscle cell action potential / potassium ion export across plasma membrane / membrane repolarization / Voltage gated Potassium channels / regulation of potassium ion transmembrane transport / postsynaptic specialization membrane / regulation of heart contraction / action potential / regulation of heart rate by cardiac conduction / voltage-gated potassium channel activity / potassium channel activity / potassium channel regulator activity / voltage-gated potassium channel complex / GABA-ergic synapse / muscle contraction / potassium ion transmembrane transport / serine-type peptidase activity / protein tetramerization / potassium ion transport / protein homooligomerization / sarcolemma / cytoplasmic side of plasma membrane / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / transmembrane transporter binding / dendritic spine / neuronal cell body / dendrite / calcium ion binding / synapse / proteolysis / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, voltage dependent, Kv4.3 / Potassium channel, voltage dependent, Kv4 / Potassium channel, voltage dependent, Kv4, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3399) / Shal-type voltage-gated potassium channels, N-terminal / Shal-type voltage-gated potassium channels, N-terminal / Recoverin family / Potassium channel, voltage dependent, Kv / Potassium channel tetramerisation-type BTB domain / BTB/POZ domain ...Potassium channel, voltage dependent, Kv4.3 / Potassium channel, voltage dependent, Kv4 / Potassium channel, voltage dependent, Kv4, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3399) / Shal-type voltage-gated potassium channels, N-terminal / Shal-type voltage-gated potassium channels, N-terminal / Recoverin family / Potassium channel, voltage dependent, Kv / Potassium channel tetramerisation-type BTB domain / BTB/POZ domain / : / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) N-terminal region / EF-hand domain pair / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / Voltage-dependent channel domain superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / Ion transport domain / Ion transport protein / EF-hand domain pair / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
A-type potassium channel modulatory protein DPP6 / A-type potassium channel modulatory protein KCNIP1 / A-type voltage-gated potassium channel KCND3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.85 Å
データ登録者Ma DM / Guo JT
資金援助 中国, 4件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2021FZZX001-28 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)LD21H020001 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)LR19C050002 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)LY19H020007 中国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2022
タイトル: Structural basis for the gating modulation of Kv4.3 by auxiliary subunits.
著者: Demin Ma / Cheng Zhao / Xiaochen Wang / Xiaoxiao Li / Yi Zha / Yan Zhang / Guosheng Fu / Ping Liang / Jiangtao Guo / Dongwu Lai /
履歴
登録2021年12月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月2日-
マップ公開2022年11月2日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32335.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32335.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 75.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.01 Å/pix.
x 270 pix.
= 273.78 Å		1.01 Å/pix.
x 270 pix.
= 273.78 Å		1.01 Å/pix.
x 270 pix.
= 273.78 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.014 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0956
最小 - 最大-0.45715824 - 1.0799412
平均 (標準偏差)-0.0046180715 (±0.058762778)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ270270270
Spacing270270270
セルA=B=C: 273.78003 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of voltage-gated potassium channel Kv4.3 with auxiliary s...

全体名称: Complex of voltage-gated potassium channel Kv4.3 with auxiliary subunits KChIP1 and DPP6
要素
  • 複合体: Complex of voltage-gated potassium channel Kv4.3 with auxiliary subunits KChIP1 and DPP6
    • タンパク質・ペプチド: Kv channel-interacting protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 2 of Potassium voltage-gated channel subfamily D member 3
    • タンパク質・ペプチド: Dipeptidyl aminopeptidase-like protein 6

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超分子 #1: Complex of voltage-gated potassium channel Kv4.3 with auxiliary s...

超分子名称: Complex of voltage-gated potassium channel Kv4.3 with auxiliary subunits KChIP1 and DPP6
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Kv channel-interacting protein 1

分子名称: Kv channel-interacting protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.935469 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SMGAVMGTFS SLQTKQRRPS KDIAWWYYQY QRDKIEDELE MTMVCHRPEG LEQLEAQTNF TKRELQVLYR GFKNECPSGV VNEDTFKQI YAQFFPHGDA STYAHYLFNA FDTTQTGSVK FEDFVTALSI LLRGTVHEKL RWTFNLYDIN KDGYINKEEM M DIVKAIYD ...文字列:
SMGAVMGTFS SLQTKQRRPS KDIAWWYYQY QRDKIEDELE MTMVCHRPEG LEQLEAQTNF TKRELQVLYR GFKNECPSGV VNEDTFKQI YAQFFPHGDA STYAHYLFNA FDTTQTGSVK FEDFVTALSI LLRGTVHEKL RWTFNLYDIN KDGYINKEEM M DIVKAIYD MMGKYTYPVL KEDTPRQHVD VFFQKMDKNK DGIVTLDEFL ESCQEDDNIM RSLQLFQNVM

UniProtKB: A-type potassium channel modulatory protein KCNIP1

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分子 #2: Isoform 2 of Potassium voltage-gated channel subfamily D member 3

分子名称: Isoform 2 of Potassium voltage-gated channel subfamily D member 3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 71.472781 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAAGVAAWLP FARAAAIGWM PVANCPMPLA PADKNKRQDE LIVLNVSGRR FQTWRTTLER YPDTLLGSTE KEFFFNEDTK EYFFDRDPE VFRCVLNFYR TGKLHYPRYE CISAYDDELA FYGILPEIIG DCCYEEYKDR KRENAERLMD DNDSENNQES M PSLSFRQT ...文字列:
MAAGVAAWLP FARAAAIGWM PVANCPMPLA PADKNKRQDE LIVLNVSGRR FQTWRTTLER YPDTLLGSTE KEFFFNEDTK EYFFDRDPE VFRCVLNFYR TGKLHYPRYE CISAYDDELA FYGILPEIIG DCCYEEYKDR KRENAERLMD DNDSENNQES M PSLSFRQT MWRAFENPHT STLALVFYYV TGFFIAVSVI TNVVETVPCG TVPGSKELPC GERYSVAFFC LDTACVMIFT VE YLLRLFA APSRYRFIRS VMSIIDVVAI MPYYIGLVMT NNEDVSGAFV TLRVFRVFRI FKFSRHSQGL RILGYTLKSC ASE LGFLLF SLTMAIIIFA TVMFYAEKGS SASKFTSIPA SFWYTIVTMT TLGYGDMVPK TIAGKIFGSI CSLSGVLVIA LPVP VIVSN FSRIYHQNQR ADKRRAQKKA RLARIRVAKT GSSNAYLHSK RNGLLNEALE LTGTPEEEHM GKTTSLIESQ HHHLL HCLE KTTNHEFIDE QMFEQNCMES SMQNYPSTRS PSLSSHPGLT TTCCSRRSKK TTHLPNSNLP ATRLRSMQEL STIHIQ GSE QPSLTTSRSS LNLKADDGLR PNCKTSQITT AIISIPTPPA LTPEGESRPP PASPGPNTNI PSIASNVVKV SAL

UniProtKB: A-type voltage-gated potassium channel KCND3

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分子 #3: Dipeptidyl aminopeptidase-like protein 6

分子名称: Dipeptidyl aminopeptidase-like protein 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 98.874242 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MASLYQRFTG KINTSRSFPA PPEASRLLGG QGPEEDAGPK PLGPQAQAVA PRERGGAGGR PRFQYQARSD CDEEDELVGS NPPQRNWKG IAIALLVILV ICSLIVTSVI LLTPAEDTSL SQKKKVTVED LFSEDFKIHD PEAKWISNKE FIYRERKGSV I LRNVETNN ...文字列:
MASLYQRFTG KINTSRSFPA PPEASRLLGG QGPEEDAGPK PLGPQAQAVA PRERGGAGGR PRFQYQARSD CDEEDELVGS NPPQRNWKG IAIALLVILV ICSLIVTSVI LLTPAEDTSL SQKKKVTVED LFSEDFKIHD PEAKWISNKE FIYRERKGSV I LRNVETNN STVLIEGKKI ESLRAIRYEI SPDKEYVLFS YNVEPVYQHS HTGYYVLSKI PHGDPQSLDP PEVSNAKLQY AG WGPKGQQ LIFIFENNIY YCAHVGKQAI RVVSTGKEGV IYNGLSDWLY EEEILKSHIA HWWSPDGTRL AYATINDSRV PLM ELPTYT GSVYPTVKPY HYPKAGSENP SISLHVIGLN GPTHDLEMMP PDDPRMREYY ITMVKWATST KVAVTWLNRA QNVS ILTLC DATTGVCTKK HEDESEAWLH RQNEEPVFSK DGRKFFFVRA IPQGGRGKFY HITVSSSQPN SSNDNIQSIT SGDWD VTKI LSYDEKRNKI YFLSTEDLPR RRHLYSANTV DDFNRQCLSC DLVENCTYVS ASFSHNMDFF LLKCEGPGVP TVTVHN TTD KRRMFDLEAN EEVQKAINDR QMPKIEYRKI EVEDYSLPMQ ILKPATFTDT AHYPLLLVVD GTPGSQSVTE RFEVTWE TV LVSSHGAVVV KCDGRGSGFQ GTKLLQEVRR RLGFLEEKDQ MEAVRTMLKE QYIDKTRVAV FGKDYGGYLS TYILPAKG E NQGQTFTCGS ALSPITDFKL YASAFSERYL GLHGLDNRAY EMTKLAHRVS ALEDQQFLII HATADEKIHF QHTAELITQ LIKGKANYSL QIYPDESHYF HSVALKQHLS RSIIGFFVEC FRVQDKLPTA TAKEEEEEDL EGGSSDYKDD DDK

UniProtKB: A-type potassium channel modulatory protein DPP6

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均露光時間: 2.8 sec. / 平均電子線量: 65.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -1.3 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1.1 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7w6t

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 263176
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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