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- EMDB-32333: Subtomogram averaging of PEDV (Pintung 52) S protein with one pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32333
タイトルSubtomogram averaging of PEDV (Pintung 52) S protein with one protomer in the D0-up conformation and two protomers in the D0-down conformation, determined in situ on intact viral particles
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Intact Porcine epidemic diarrhea virus (strain Pintung 52)
キーワードPEDV / Spike / Glycoprotein (糖タンパク質) / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質)
生物種Porcine epidemic diarrhea virus (ブタ流行性下痢ウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 27.0 Å
データ登録者Hsu STD / Draczkowski P / Wang YS / Huang CY
資金援助 台湾, 6件
OrganizationGrant number国
Academia Sinica (Taiwan)AS-CDA-109- L08 台湾
Academia Sinica (Taiwan)AS-IDR- 110-08 台湾
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)109-3114-Y-001-001 台湾
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)110-2113-M-001- 050-MY3 台湾
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)110-2311-B-001-013-MY3 台湾
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)110-2811-B-001-560 台湾
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: In situ structure and dynamics of an alphacoronavirus spike protein by cryo-ET and cryo-EM.
著者: Cheng-Yu Huang / Piotr Draczkowski / Yong-Sheng Wang / Chia-Yu Chang / Yu-Chun Chien / Yun-Han Cheng / Yi-Min Wu / Chun-Hsiung Wang / Yuan-Chih Chang / Yen-Chen Chang / Tzu-Jing Yang / Yu-Xi ...著者: Cheng-Yu Huang / Piotr Draczkowski / Yong-Sheng Wang / Chia-Yu Chang / Yu-Chun Chien / Yun-Han Cheng / Yi-Min Wu / Chun-Hsiung Wang / Yuan-Chih Chang / Yen-Chen Chang / Tzu-Jing Yang / Yu-Xi Tsai / Kay-Hooi Khoo / Hui-Wen Chang / Shang-Te Danny Hsu /
要旨: Porcine epidemic diarrhea (PED) is a highly contagious swine disease caused by porcine epidemic diarrhea virus (PEDV). PED causes enteric disorders with an exceptionally high fatality in neonates, ...Porcine epidemic diarrhea (PED) is a highly contagious swine disease caused by porcine epidemic diarrhea virus (PEDV). PED causes enteric disorders with an exceptionally high fatality in neonates, bringing substantial economic losses in the pork industry. The trimeric spike (S) glycoprotein of PEDV is responsible for virus-host recognition, membrane fusion, and is the main target for vaccine development and antigenic analysis. The atomic structures of the recombinant PEDV S proteins of two different strains have been reported, but they reveal distinct N-terminal domain 0 (D0) architectures that may correspond to different functional states. The existence of the D0 is a unique feature of alphacoronavirus. Here we combined cryo-electron tomography (cryo-ET) and cryo-electron microscopy (cryo-EM) to demonstrate in situ the asynchronous S protein D0 motions on intact viral particles of a highly virulent PEDV Pintung 52 strain. We further determined the cryo-EM structure of the recombinant S protein derived from a porcine cell line, which revealed additional domain motions likely associated with receptor binding. By integrating mass spectrometry and cryo-EM, we delineated the complex compositions and spatial distribution of the PEDV S protein N-glycans, and demonstrated the functional role of a key N-glycan in modulating the D0 conformation.
履歴
登録2021年12月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月3日-
マップ公開2022年8月3日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32333.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32333.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.558 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.903
最小 - 最大-3.2610343 - 9.769012
平均 (標準偏差)0.008740292 (±0.46290872)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ646464
Spacing646464
セルA=B=C: 355.712 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Intact Porcine epidemic diarrhea virus (strain Pintung 52)

全体名称: Intact Porcine epidemic diarrhea virus (strain Pintung 52)
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Intact Porcine epidemic diarrhea virus (strain Pintung 52)

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超分子 #1: Intact Porcine epidemic diarrhea virus (strain Pintung 52)

超分子名称: Intact Porcine epidemic diarrhea virus (strain Pintung 52)
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: The PEDV PT52 virus was propagated in Vero C1008 cells (ATCC No. CRL-1586) and then inactivated by 2% formaldehyde.
由来(天然)生物種: Porcine epidemic diarrhea virus (ブタ流行性下痢ウイルス)
株: Pintung 52

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタンtris(hydroxymethyl)aminomethane -
100.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
0.1 mMEDTAエチレンジアミン四酢酸ethylenediaminetetraacetic acidエチレンジアミン四酢酸

詳細: Blot for 3 seconds before plunging. Force 0.
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細The PEDV PT52 virus was propagated in Vero C1008 cells (ATCC No. CRL-1586) and then inactivated by 2% formaldehyde.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 64000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
詳細Tomography 4 Software (Thermo Fisher Scientific) was used for tilt series acquisition
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 2.7 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

抽出トモグラム数: 90 / 使用した粒子像数: 15065
ソフトウェア: (名称: Dynamo (ver. 1.1.514), UCSF Chimera (ver. 1.13), MATLAB (ver. R2020a))
最終 角度割当タイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 27.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
ソフトウェア: (名称: Dynamo (ver. 1.1.514), RELION (ver. 3.1))
使用したサブトモグラム数: 2747
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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