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- EMDB-3233: Volta phase plate cryo-EM of the small protein complex Prx3 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3233
タイトルVolta phase plate cryo-EM of the small protein complex Prx3
マップデータVolta phase plate reconstruction of hPrx3
試料
  • 試料: Human peroxiredoxin 3
  • タンパク質・ペプチド: Peroxiredoxin 3
キーワードPeroxidase / antioxidant
機能・相同性
機能・相同性情報


thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Khoshouei M / Radjainia M / Phillips AJ / Gerrard JA / Mitra AK / Plitzko JM / Baumeister W / Danev R
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Volta phase plate cryo-EM of the small protein complex Prx3.
著者: Maryam Khoshouei / Mazdak Radjainia / Amy J Phillips / Juliet A Gerrard / Alok K Mitra / Jürgen M Plitzko / Wolfgang Baumeister / Radostin Danev /
要旨: Cryo-EM of large, macromolecular assemblies has seen a significant increase in the numbers of high-resolution structures since the arrival of direct electron detectors. However, sub-nanometre ...Cryo-EM of large, macromolecular assemblies has seen a significant increase in the numbers of high-resolution structures since the arrival of direct electron detectors. However, sub-nanometre resolution cryo-EM structures are rare compared with crystal structure depositions, particularly for relatively small particles (<400 kDa). Here we demonstrate the benefits of Volta phase plates for single-particle analysis by time-efficient cryo-EM structure determination of 257 kDa human peroxiredoxin-3 dodecamers at 4.4 Å resolution. The Volta phase plate improves the applicability of cryo-EM for small molecules and accelerates structure determination.
履歴
登録2015年11月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年1月13日-
マップ公開2016年2月3日-
更新2016年2月10日-
現状2016年2月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0368
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0368
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-3233.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3233.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 13.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Volta phase plate reconstruction of hPrx3
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.74 Å/pix.
x 152 pix.
= 264.48 Å		1.74 Å/pix.
x 152 pix.
= 264.48 Å		1.74 Å/pix.
x 152 pix.
= 264.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.74 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0368 / ムービー #1: 0.0368
最小 - 最大-0.04875568 - 0.1705908
平均 (標準偏差)0.00093987 (±0.0076915)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ152152152
Spacing152152152
セルA=B=C: 264.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.741.741.74
M x/y/z152152152
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z264.480264.480264.480
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS152152152
D min/max/mean-0.0490.1710.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human peroxiredoxin 3

全体名称: Human peroxiredoxin 3
要素
  • 試料: Human peroxiredoxin 3
  • タンパク質・ペプチド: Peroxiredoxin 3

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超分子 #1000: Human peroxiredoxin 3

超分子名称: Human peroxiredoxin 3 / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse / 集合状態: Dodecamer / Number unique components: 1
分子量理論値: 257 KDa

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分子 #1: Peroxiredoxin 3

分子名称: Peroxiredoxin 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 集合状態: Dodecamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / Organelle: Mitochondria / 細胞中の位置: Matrix
分子量理論値: 257 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pET
配列UniProtKB: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 150mM NaCl, 20mM Hepes
グリッド詳細: Quantifoil R1.2/1.3
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE MIXTURE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 93 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 手法: Blotting time: 4seconds

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Quantum post-column energy filter
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
詳細Volta Phase Plate
日付2015年7月1日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 20 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 28700 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: D6 (2回x6回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Relion / 使用した粒子像数: 8000
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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