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万見
- EMDB-32119: Cryo-EM structure of PYD-deleted human NLRP3 hexamer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32119
タイトルCryo-EM structure of PYD-deleted human NLRP3 hexamer
マップデータcryo-EM map of PYD-deleted human NLRP3 hexamer
試料
  • 複合体: human NLRP3 (PYD-deleted) hexamer
    • タンパク質・ペプチド: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 3
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: 1-[4-(2-oxidanylpropan-2-yl)furan-2-yl]sulfonyl-3-(1,2,3,5-tetrahydro-s-indacen-4-yl)urea
キーワードNLR / NOD-like receptor / NLRP3 / Inflammasome / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


small molecule sensor activity / detection of biotic stimulus / cysteine-type endopeptidase activator activity / phosphatidylinositol phosphate binding / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / NLRP3 inflammasome complex assembly / interphase microtubule organizing center / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / positive regulation of type 2 immune response / NLRP3 inflammasome complex ...small molecule sensor activity / detection of biotic stimulus / cysteine-type endopeptidase activator activity / phosphatidylinositol phosphate binding / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / NLRP3 inflammasome complex assembly / interphase microtubule organizing center / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / positive regulation of type 2 immune response / NLRP3 inflammasome complex / peptidoglycan binding / osmosensory signaling pathway / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / pattern recognition receptor signaling pathway / negative regulation of interleukin-1 beta production / microtubule organizing center / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of interleukin-4 production / pyroptotic inflammatory response / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / negative regulation of acute inflammatory response / The NLRP3 inflammasome / protein maturation / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / signaling adaptor activity / molecular condensate scaffold activity / positive regulation of interleukin-1 beta production / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein homooligomerization / Cytoprotection by HMOX1 / Metalloprotease DUBs / cellular response to virus / ADP binding / defense response / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / protein-macromolecule adaptor activity / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / cellular response to lipopolysaccharide / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / molecular adaptor activity / inflammatory response / Golgi membrane / innate immune response / apoptotic process / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / endoplasmic reticulum / signal transduction / ATP hydrolysis activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
NACHT-associated domain / Fish-specific NACHT associated domain / Fish-specific NACHT associated domain / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain ...NACHT-associated domain / Fish-specific NACHT associated domain / Fish-specific NACHT associated domain / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / NACHT nucleoside triphosphatase / NACHT domain / NACHT-NTPase domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Leucine Rich repeat / Death-like domain superfamily / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.23 Å
データ登録者Ohto U / Shimizu T
資金援助 日本, 4件
OrganizationGrant number国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)19H03164 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)20K16274 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)20K15730 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)19H00976 日本
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: Structural basis for the oligomerization-mediated regulation of NLRP3 inflammasome activation.
著者: Umeharu Ohto / Yukie Kamitsukasa / Hanako Ishida / Zhikuan Zhang / Karin Murakami / Chie Hirama / Sakiko Maekawa / Toshiyuki Shimizu /
要旨: SignificanceThe nucleotide-binding oligomerization domain (NOD)-like receptor pyrin domain containing 3 (NLRP3) is a pattern recognition receptor that forms an inflammasome. The cryo-electron ...SignificanceThe nucleotide-binding oligomerization domain (NOD)-like receptor pyrin domain containing 3 (NLRP3) is a pattern recognition receptor that forms an inflammasome. The cryo-electron microscopy structure of the dodecameric form of full-length NLRP3 bound to the clinically relevant NLRP3-specific inhibitor MCC950 has established the structural basis for the oligomerization-mediated regulation of NLRP3 inflammasome activation and the mechanism of action of the NLRP3 specific inhibitor. The inactive NLRP3 oligomer represents the NLRP3 resting state, capable of binding to membranes and is likely disrupted for its activation. Visualization of the inhibitor binding mode will enable optimization of the activity of NLRP3 inflammasome inhibitor drugs.
履歴
登録2021年10月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月9日-
マップ公開2022年3月9日-
更新2024年6月26日-
現状2024年6月26日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7vtp
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7vtp
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_32119.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32119.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈cryo-EM map of PYD-deleted human NLRP3 hexamer
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.245 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.015 / ムービー #1: 0.015
最小 - 最大-0.026167514 - 0.074191526
平均 (標準偏差)0.00029208345 (±0.004275565)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 249.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.2451.2451.245
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z249.000249.000249.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ330330330
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.0260.0740.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : human NLRP3 (PYD-deleted) hexamer

全体名称: human NLRP3 (PYD-deleted) hexamer
要素
  • 複合体: human NLRP3 (PYD-deleted) hexamer
    • タンパク質・ペプチド: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 3
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: 1-[4-(2-oxidanylpropan-2-yl)furan-2-yl]sulfonyl-3-(1,2,3,5-tetrahydro-s-indacen-4-yl)urea

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超分子 #1: human NLRP3 (PYD-deleted) hexamer

超分子名称: human NLRP3 (PYD-deleted) hexamer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 3

分子名称: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 106.298539 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: HHHHHHDYKD DDDKLEVLFQ GPEFCKMKKD YRKKYRKYVR SRFQCIEDRN ARLGESVSLN KRYTRLRLIK EHRSQQEREQ ELLAIGKTK TCESPVSPIK MELLFDPDDE HSEPVHTVVF QGAAGIGKTI LARKMMLDWA SGTLYQDRFD YLFYIHCREV S LVTQRSLG ...文字列:
HHHHHHDYKD DDDKLEVLFQ GPEFCKMKKD YRKKYRKYVR SRFQCIEDRN ARLGESVSLN KRYTRLRLIK EHRSQQEREQ ELLAIGKTK TCESPVSPIK MELLFDPDDE HSEPVHTVVF QGAAGIGKTI LARKMMLDWA SGTLYQDRFD YLFYIHCREV S LVTQRSLG DLIMSCCPDP NPPIHKIVRK PSRILFLMDG FDELQGAFDE HIGPLCTDWQ KAERGDILLS SLIRKKLLPE AS LLITTRP VALEKLQHLL DHPRHVEILG FSEAKRKEYF FKYFSDEAQA RAAFSLIQEN EVLFTMCFIP LVCWIVCTGL KQQ MESGKS LAQTSKTTTA VYVFFLSSLL QPRGGSQEHG LCAHLWGLCS LAADGIWNQK ILFEESDLRN HGLQKADVSA FLRM NLFQK EVDCEKFYSF IHMTFQEFFA AMYYLLEEEK EGRTNVPGSR LKLPSRDVTV LLENYGKFEK GYLIFVVRFL FGLVN QERT SYLEKKLSCK ISQQIRLELL KWIEVKAKAK KLQIQPSQLE LFYCLYEMQE EDFVQRAMDY FPKIEINLST RMDHMV SSF CIENCHRVES LSLGFLHNMP KEEEEEEKEG RHLDMVQCVL PSSSHAACSH GLVNSHLTSS FCRGLFSVLS TSQSLTE LD LSDNSLGDPG MRVLCETLQH PGCNIRRLWL GRCGLSHECC FDISLVLSSN QKLVELDLSD NALGDFGIRL LCVGLKHL L CNLKKLWLVS CCLTSACCQD LASVLSTSHS LTRLYVGENA LGDSGVAILC EKAKNPQCNL QKLGLVNSGL TSVCCSALS SVLSTNQNLT HLYLRGNTLG DKGIKLLCEG LLHPDCKLQV LELDNCNLTS HCCWDLSTLL TSSQSLRKLS LGNNDLGDLG VMMFCEVLK QQSCLLQNLG LSEMYFNYET KSALETLQEE KPELTVVFEP SW

UniProtKB: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 3

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分子 #2: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #3: 1-[4-(2-oxidanylpropan-2-yl)furan-2-yl]sulfonyl-3-(1,2,3,5-tetrah...

分子名称: 1-[4-(2-oxidanylpropan-2-yl)furan-2-yl]sulfonyl-3-(1,2,3,5-tetrahydro-s-indacen-4-yl)urea
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: 7YN
分子量理論値: 402.464 Da
Chemical component information

ChemComp-7YN:
1-[4-(2-oxidanylpropan-2-yl)furan-2-yl]sulfonyl-3-(1,2,3,5-tetrahydro-s-indacen-4-yl)urea

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
詳細: 25 mM HEPES-NaOH (pH 7.5), 0.2 M NaCl, 1 mM MgCl2, 0.5 mM TCEP, 1.0 mM ADP, 0.05 mM MCC950
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 68.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D3 (2回x3回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 105139
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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