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- EMDB-32074: The cryo-EM structure of the human pre-A complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32074
タイトルThe cryo-EM structure of the human pre-A complex
マップデータThe cryo-EM map for the U2 part of human pre-A complex
試料
  • 複合体: human pre-A complex
    • 複合体: human pre-A
      • タンパク質・ペプチド: x 24種
      • RNA: x 4種
    • 複合体: pre-mRNA, 5SS
  • リガンド: x 2種
キーワードhuman spliceosome / pre-A complex / PRP5 / A complex / U1 snRNP / U2 snRNP / SPLICING
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear body organization / negative regulation of protein refolding / U2AF complex / regulation of steroid biosynthetic process / U11/U12 snRNP / regulation of ATP-dependent activity / U2 snRNP binding / U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding / U7 snRNP ...nuclear body organization / negative regulation of protein refolding / U2AF complex / regulation of steroid biosynthetic process / U11/U12 snRNP / regulation of ATP-dependent activity / U2 snRNP binding / U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding / U7 snRNP / Leydig cell differentiation / histone pre-mRNA 3'end processing complex / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / B-WICH complex / splicing factor binding / male sex determination / protein methylation / U12-type spliceosomal complex / 7-methylguanosine cap hypermethylation / U1 snRNP binding / RNA splicing, via transesterification reactions / methylosome / pICln-Sm protein complex / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / snRNP binding / small nuclear ribonucleoprotein complex / telomerase holoenzyme complex / SMN-Sm protein complex / P granule / telomerase RNA binding / spliceosomal tri-snRNP complex / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type spliceosomal complex / commitment complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type prespliceosome assembly / negative regulation of chaperone-mediated autophagy / U2-type catalytic step 2 spliceosome / SAGA complex / U4 snRNP / U2 snRNP / RNA Polymerase II Transcription Termination / U1 snRNP / U2-type prespliceosome / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / pre-mRNA 5'-splice site binding / precatalytic spliceosome / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / spliceosomal complex assembly / regulation of RNA splicing / mRNA 5'-splice site recognition / mRNA Splicing - Minor Pathway / mRNA 3'-splice site recognition / U5 snRNP / U2 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / regulation of DNA repair / Cajal body / intercellular bridge / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / Hsp70 protein binding / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / stem cell differentiation / spliceosomal complex / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / negative regulation of protein catabolic process / mRNA splicing, via spliceosome / positive regulation of neuron projection development / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / nuclear matrix / fibrillar center / mRNA processing / transcription corepressor activity / snRNP Assembly / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / spermatogenesis / single-stranded RNA binding / RNA helicase activity / nuclear speck / nuclear body / RNA helicase / ribosome / chromatin remodeling / mRNA binding / protein-containing complex binding / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / enzyme binding / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
DnaJ homolog subfamily C member 8 / Splicing factor 1, helix-hairpin domain / : / Splicing factor 1 helix-hairpin domain / snRNP70, RNA recognition motif / : / KH-domain / U1 small nuclear ribonucleoprotein C / : / KHDC4/BBP-like, KH-domain type I ...DnaJ homolog subfamily C member 8 / Splicing factor 1, helix-hairpin domain / : / Splicing factor 1 helix-hairpin domain / snRNP70, RNA recognition motif / : / KH-domain / U1 small nuclear ribonucleoprotein C / : / KHDC4/BBP-like, KH-domain type I / U1 small nuclear ribonucleoprotein of 70kDa N-terminal / U1 small nuclear ribonucleoprotein of 70kDa MW N terminal / KH domain-containing BBP-like / : / U1-C, C2H2-type zinc finger / U1 zinc finger / SF3B4, RNA recognition motif 2 / Splicing factor SF3a60 binding domain / Splicing factor SF3a60 binding domain / Cactus-binding C-terminus of cactin protein / Splicing factor 3A subunit 1, ubiquitin domain / : / Replication stress response SDE2 C-terminal / SF3A2 domain / : / Pre-mRNA-splicing factor SF3a complex subunit 2 (Prp11) / U2 small nuclear ribonucleoprotein B'', RNA recognition motif 2 / U2 small nuclear ribonucleoprotein B'', RNA recognition motif 1 / Splicing factor SF3a60 /Prp9 subunit, C-terminal / SF3A3 domain / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 2 / SF3a60/Prp9 C-terminal / Pre-mRNA-splicing factor SF3A3, of SF3a complex, Prp9 / SF3B4, RNA recognition motif 1 / : / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 1 / Splicing factor 3B, subunit 5 / Splicing factor 3A subunit 1, conserved domain / Splicing factor 3A subunit 1 / Pre-mRNA splicing factor PRP21 like protein / Splicing factor 3B subunit 1 / : / Splicing factor 3B subunit 1 / : / Domain of unknown function DUF382 / Domain of unknown function (DUF382) / SWAP/Surp / SWAP/Surp superfamily / Surp module / SURP motif repeat profile. / Suppressor-of-White-APricot splicing regulator / Zinc-finger of C2H2 type / PHF5-like / PHF5-like protein / PSP, proline-rich / PSP / proline-rich domain in spliceosome associated proteins / Splicing factor 3B subunit 5/RDS3 complex subunit 10 / Splicing factor 3B subunit 10 (SF3b10) / Splicing factor 3B subunit 1-like / Matrin/U1-C, C2H2-type zinc finger / Zinc finger matrin-type profile. / Small ribonucleoprotein associated, SmB/SmN / U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / Small nuclear ribonucleoprotein D1 / U2A'/phosphoprotein 32 family A, C-terminal / occurring C-terminal to leucine-rich repeats / : / PPP2R1A-like HEAT repeat / DnaJ domain / SAP motif profile. / SAP domain / Leucine-rich repeat / Putative DNA-binding (bihelical) motif predicted to be involved in chromosomal organisation / SAP domain / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein F / Matrin/U1-C-like, C2H2-type zinc finger / U1-like zinc finger / Sm-like protein Lsm7/SmG / Like-Sm (LSM) domain containing protein, LSm4/SmD1/SmD3 / Sm-like protein Lsm6/SmF / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / Type-1 KH domain profile. / Chaperone J-domain superfamily / DnaJ domain / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / RSE1/DDB1/CPSF1 second beta-propeller / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / : / CPSF A subunit region
類似検索 - ドメイン・相同性
Splicing factor 3B subunit 1 / DnaJ homolog subfamily C member 8 / U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' / U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa / U1 small nuclear ribonucleoprotein A / U1 small nuclear ribonucleoprotein C / U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein F ...Splicing factor 3B subunit 1 / DnaJ homolog subfamily C member 8 / U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' / U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa / U1 small nuclear ribonucleoprotein A / U1 small nuclear ribonucleoprotein C / U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein F / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Splicing factor 3A subunit 3 / Splicing factor 3B subunit 2 / Splicing factor 3B subunit 3 / Splicing factor 3B subunit 4 / Splicing factor 3A subunit 2 / Splicing factor 3A subunit 1 / Splicing factor 1 / Probable ATP-dependent RNA helicase DDX46 / PHD finger-like domain-containing protein 5A / Splicing factor 3B subunit 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / unidentified adenovirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Zhang X / Zhan X / Shi Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Structural insights into branch site proofreading by human spliceosome.
著者: Xiaofeng Zhang / Xiechao Zhan / Tong Bian / Fenghua Yang / Pan Li / Yichen Lu / Zhihan Xing / Rongyan Fan / Qiangfeng Cliff Zhang / Yigong Shi /
要旨: Selection of the pre-mRNA branch site (BS) by the U2 small nuclear ribonucleoprotein (snRNP) is crucial to prespliceosome (A complex) assembly. The RNA helicase PRP5 proofreads BS selection but the ...Selection of the pre-mRNA branch site (BS) by the U2 small nuclear ribonucleoprotein (snRNP) is crucial to prespliceosome (A complex) assembly. The RNA helicase PRP5 proofreads BS selection but the underlying mechanism remains unclear. Here we report the atomic structures of two sequential complexes leading to prespliceosome assembly: human 17S U2 snRNP and a cross-exon pre-A complex. PRP5 is anchored on 17S U2 snRNP mainly through occupation of the RNA path of SF3B1 by an acidic loop of PRP5; the helicase domain of PRP5 associates with U2 snRNA; the BS-interacting stem-loop (BSL) of U2 snRNA is shielded by TAT-SF1, unable to engage the BS. In the pre-A complex, an initial U2-BS duplex is formed; the translocated helicase domain of PRP5 stays with U2 snRNA and the acidic loop still occupies the RNA path. The pre-A conformation is specifically stabilized by the splicing factors SF1, DNAJC8 and SF3A2. Cancer-derived mutations in SF3B1 damage its association with PRP5, compromising BS proofreading. Together, these findings reveal key insights into prespliceosome assembly and BS selection or proofreading by PRP5.
履歴
登録2021年10月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月3日-
マップ公開2023年5月3日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32074.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32074.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The cryo-EM map for the U2 part of human pre-A complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 480 pix.
= 521.76 Å		1.09 Å/pix.
x 480 pix.
= 521.76 Å		1.09 Å/pix.
x 480 pix.
= 521.76 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.087 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.25
最小 - 最大-2.0839784 - 3.6842577
平均 (標準偏差)0.00009197158 (±0.042679194)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 521.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : human pre-A complex

全体名称: human pre-A complex
要素
  • 複合体: human pre-A complex
    • 複合体: human pre-A
      • タンパク質・ペプチド: Splicing factor 3A subunit 2
      • タンパク質・ペプチド: PHD finger-like domain-containing protein 5A
      • タンパク質・ペプチド: Splicing factor 1
      • タンパク質・ペプチド: DnaJ homolog subfamily C member 8
      • RNA: U2 snRNA
      • タンパク質・ペプチド: Splicing factor 3B subunit 1
      • タンパク質・ペプチド: Splicing factor 3B subunit 2
      • タンパク質・ペプチド: Splicing factor 3B subunit 3
      • タンパク質・ペプチド: Splicing factor 3B subunit 4
      • タンパク質・ペプチド: Splicing factor 3B subunit 5
      • タンパク質・ペプチド: Splicing factor 3A subunit 1
      • タンパク質・ペプチド: Splicing factor 3A subunit 3
      • タンパク質・ペプチド: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX46
      • タンパク質・ペプチド: U2 small nuclear ribonucleoprotein A'
      • タンパク質・ペプチド: U2 small nuclear ribonucleoprotein B''
      • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
      • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein F
      • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein E
      • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein G
      • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
      • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'
      • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
      • RNA: pre-mRNA
      • RNA: 5SS
      • RNA: U1 snRNA
      • タンパク質・ペプチド: U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa
      • タンパク質・ペプチド: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
      • タンパク質・ペプチド: U1 small nuclear ribonucleoprotein C
    • 複合体: pre-mRNA, 5SS
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: spliceostatin A (form II)

+
超分子 #1: human pre-A complex

超分子名称: human pre-A complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1, #28, #2-#27
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #2: human pre-A

超分子名称: human pre-A / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1, #28, #2-#27
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: pre-mRNA, 5SS

超分子名称: pre-mRNA, 5SS / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #22-#23

+
分子 #1: Splicing factor 3A subunit 2

分子名称: Splicing factor 3A subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 49.327355 KDa
配列文字列: MDFQHRPGGK TGSGGVASSS ESNRDRRERL RQLALETIDI NKDPYFMKNH LGSYECKLCL TLHNNEGSYL AHTQGKKHQT NLARRAAKE AKEAPAQPAP EKVKVEVKKF VKIGRPGYKV TKQRDSEMGQ QSLLFQIDYP EIAEGIMPRH RFMSAYEQRI E PPDRRWQY ...文字列:
MDFQHRPGGK TGSGGVASSS ESNRDRRERL RQLALETIDI NKDPYFMKNH LGSYECKLCL TLHNNEGSYL AHTQGKKHQT NLARRAAKE AKEAPAQPAP EKVKVEVKKF VKIGRPGYKV TKQRDSEMGQ QSLLFQIDYP EIAEGIMPRH RFMSAYEQRI E PPDRRWQY LLMAAEPYET IAFKVPSREI DKAEGKFWTH WNRETKQFFL QFHFKMEKPP APPSLPAGPP GVKRPPPPLM NG LPPRPPL PESLPPPPPG GLPLPPMPPT GPAPSGPPGP PQLPPPAPGV HPPAPVVHPP ASGVHPPAPG VHPPAPGVHP PAP GVHPPT SGVHPPAPGV HPPAPGVHPP APGVHPPAPG VHPPAPGVHP PPSAGVHPQA PGVHPAAPAV HPQAPGVHPP APGM HPQAP GVHPQPPGVH PSAPGVHPQP PGVHPSNPGV HPPTPMPPML RPPLPSEGPG NIPPPPPTN

UniProtKB: Splicing factor 3A subunit 2

+
分子 #2: Splicing factor 1

分子名称: Splicing factor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 68.401742 KDa
配列文字列: MATGANATPL DFPSKKRKRS RWNQDTMEQK TVIPGMPTVI PPGLTREQER AYIVQLQIED LTRKLRTGDL GIPPNPEDRS PSPEPIYNS EGKRLNTREF RTRKKLEEER HNLITEMVAL NPDFKPPADY KPPATRVSDK VMIPQDEYPE INFVGLLIGP R GNTLKNIE ...文字列:
MATGANATPL DFPSKKRKRS RWNQDTMEQK TVIPGMPTVI PPGLTREQER AYIVQLQIED LTRKLRTGDL GIPPNPEDRS PSPEPIYNS EGKRLNTREF RTRKKLEEER HNLITEMVAL NPDFKPPADY KPPATRVSDK VMIPQDEYPE INFVGLLIGP R GNTLKNIE KECNAKIMIR GKGSVKEGKV GRKDGQMLPG EDEPLHALVT ANTMENVKKA VEQIRNILKQ GIETPEDQND LR KMQLREL ARLNGTLRED DNRILRPWQS SETRSITNTT VCTKCGGAGH IASDCKFQRP GDPQSAQDKA RMDKEYLSLM AEL GEAPVP ASVGSTSGPA TTPLASAPRP AAPANNPPPP SLMSTTQSRP PWMNSGPSES RPYHGMHGGG PGGPGGGPHS FPHP LPSLT GGHGGHPMQH NPNGPPPPWM QPPPPPMNQG PHPPGHHGPP PMDQYLGSTP VGSGVYRLHQ GKGMMPPPPM GMMPP PPPP PSGQPPPPPS GPLPPWQQQQ QQPPPPPPPS SSMASSTPLP WQQNTTTTTT SAGTGSIPPW QQQQAAAAAS PGAPQM QGN PTMVPLPPGV QPPLPPGAPP PPPPPPPGSA GMMYAPPPPP PPPMDPSNFV TMMGMGVAGM PPFGMPPAPP PPPPQN

UniProtKB: Splicing factor 1

+
分子 #3: DnaJ homolog subfamily C member 8

分子名称: DnaJ homolog subfamily C member 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.900764 KDa
配列文字列: MAASGESGTS GGGGSTEEAF MTFYSEVKQI EKRDSVLTSK NQIERLTRPG SSYFNLNPFE VLQIDPEVTD EEIKKRFRQL SILVHPDKN QDDADRAQKA FEAVDKAYKL LLDQEQKKRA LDVIQAGKEY VEHTVKERKK QLKKEGKPTI VEEDDPELFK Q AVYKQTMK ...文字列:
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UniProtKB: DnaJ homolog subfamily C member 8

+
分子 #5: Splicing factor 3B subunit 1

分子名称: Splicing factor 3B subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 146.024938 KDa
配列文字列: MAKIAKTHED IEAQIREIQG KKAALDEAQG VGLDSTGYYD QEIYGGSDSR FAGYVTSIAA TELEDDDDDY SSSTSLLGQK KPGYHAPVA LLNDIPQSTE QYDPFAEHRP PKIADREDEY KKHRRTMIIS PERLDPFADG GKTPDPKMNA RTYMDVMREQ H LTKEEREI ...文字列:
MAKIAKTHED IEAQIREIQG KKAALDEAQG VGLDSTGYYD QEIYGGSDSR FAGYVTSIAA TELEDDDDDY SSSTSLLGQK KPGYHAPVA LLNDIPQSTE QYDPFAEHRP PKIADREDEY KKHRRTMIIS PERLDPFADG GKTPDPKMNA RTYMDVMREQ H LTKEEREI RQQLAEKAKA GELKVVNGAA ASQPPSKRKR RWDQTADQTP GATPKKLSSW DQAETPGHTP SLRWDETPGR AK GSETPGA TPGSKIWDPT PSHTPAGAAT PGRGDTPGHA TPGHGGATSS ARKNRWDETP KTERDTPGHG SGWAETPRTD RGG DSIGET PTPGASKRKS RWDETPASQM GGSTPVLTPG KTPIGTPAMN MATPTPGHIM SMTPEQLQAW RWEREIDERN RPLS DEELD AMFPEGYKVL PPPAGYVPIR TPARKLTATP TPLGGMTGFH MQTEDRTMKS VNDQPSGNLP FLKPDDIQYF DKLLV DVDE STLSPEEQKE RKIMKLLLKI KNGTPPMRKA ALRQITDKAR EFGAGPLFNQ ILPLLMSPTL EDQERHLLVK VIDRIL YKL DDLVRPYVHK ILVVIEPLLI DEDYYARVEG REIISNLAKA AGLATMISTM RPDIDNMDEY VRNTTARAFA VVASALG IP SLLPFLKAVC KSKKSWQARH TGIKIVQQIA ILMGCAILPH LRSLVEIIEH GLVDEQQKVR TISALAIAAL AEAATPYG I ESFDSVLKPL WKGIRQHRGK GLAAFLKAIG YLIPLMDAEY ANYYTREVML ILIREFQSPD EEMKKIVLKV VKQCCGTDG VEANYIKTEI LPPFFKHFWQ HRMALDRRNY RQLVDTTVEL ANKVGAAEII SRIVDDLKDE AEQYRKMVME TIEKIMGNLG AADIDHKLE EQLIDGILYA FQEQTTEDSV MLNGFGTVVN ALGKRVKPYL PQICGTVLWR LNNKSAKVRQ QAADLISRTA V VMKTCQEE KLMGHLGVVL YEYLGEEYPE VLGSILGALK AIVNVIGMHK MTPPIKDLLP RLTPILKNRH EKVQENCIDL VG RIADRGA EYVSAREWMR ICFELLELLK AHKKAIRRAT VNTFGYIAKA IGPHDVLATL LNNLKVQERQ NRVCTTVAIA IVA ETCSPF TVLPALMNEY RVPELNVQNG VLKSLSFLFE YIGEMGKDYI YAVTPLLEDA LMDRDLVHRQ TASAVVQHMS LGVY GFGCE DSLNHLLNYV WPNVFETSPH VIQAVMGALE GLRVAIGPCR MLQYCLQGLF HPARKVRDVY WKIYNSIYIG SQDAL IAHY PRIYNDDKNT YIRYELDYIL

UniProtKB: Splicing factor 3B subunit 1

+
分子 #6: Splicing factor 3B subunit 2

分子名称: Splicing factor 3B subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 100.377812 KDa
配列文字列: MATEHPEPPK AELQLPPPPP PGHYGAWAAQ ELQAKLAEIG APIQGNREEL VERLQSYTRQ TGIVLNRPVL RGEDGDKAAP PPMSAQLPG IPMPPPPLGL PPLQPPPPPP PPPPGLGLGF PMAHPPNLGP PPPLRVGEPV ALSEEERLKL AQQQAALLMQ Q EERAKQQG ...文字列:
MATEHPEPPK AELQLPPPPP PGHYGAWAAQ ELQAKLAEIG APIQGNREEL VERLQSYTRQ TGIVLNRPVL RGEDGDKAAP PPMSAQLPG IPMPPPPLGL PPLQPPPPPP PPPPGLGLGF PMAHPPNLGP PPPLRVGEPV ALSEEERLKL AQQQAALLMQ Q EERAKQQG DHSLKEHELL EQQKRAAVLL EQERQQEIAK MGTPVPRPPQ DMGQIGVRTP LGPRVAAPVG PVGPTPTVLP MG APVPRPR GPPPPPGDEN REMDDPSVGP KIPQALEKIL QLKESRQEEM NSQQEEEEME TDARSSLGQS ASETEEDTVS VSK KEKNRK RRNRKKKKKP QRVRGVSSES SGDREKDSTR SRGSDSPAAD VEIEYVTEEP EIYEPNFIFF KRIFEAFKLT DDVK KEKEK EPEKLDKLEN SAAPKKKGFE EEHKDSDDDS SDDEQEKKPE APKLSKKKLR RMNRFTVAEL KQLVARPDVV EMHDV TAQD PKLLVHLKAT RNSVPVPRHW CFKRKYLQGK RGIEKPPFEL PDFIKRTGIQ EMREALQEKE EQKTMKSKMR EKVRPK MGK IDIDYQKLHD AFFKWQTKPK LTIHGDLYYE GKEFETRLKE KKPGDLSDEL RISLGMPVGP NAHKVPPPWL IAMQRYG PP PSYPNLKIPG LNSPIPESCS FGYHAGGWGK PPVDETGKPL YGDVFGTNAA EFQTKTEEEE IDRTPWGELE PSDEESSE E EEEEESDEDK PDETGFITPA DSGLITPGGF SSVPAGMETP ELIELRKKKI EEAMDGSETP QLFTVLPEKR TATVGGAMM GSTHIYDMST VMSRKGPAPE LQGVEVALAP EELELDPMAM TQKYEEHVRE QQAQVEKEDF SDMVAEHAAK QKQKKRKAQP QDSRGGSKK YKEFKF

UniProtKB: Splicing factor 3B subunit 2

+
分子 #7: Splicing factor 3B subunit 3

分子名称: Splicing factor 3B subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 135.718844 KDa
配列文字列: MFLYNLTLQR ATGISFAIHG NFSGTKQQEI VVSRGKILEL LRPDPNTGKV HTLLTVEVFG VIRSLMAFRL TGGTKDYIVV GSDSGRIVI LEYQPSKNMF EKIHQETFGK SGCRRIVPGQ FLAVDPKGRA VMISAIEKQK LVYILNRDAA ARLTISSPLE A HKANTLVY ...文字列:
MFLYNLTLQR ATGISFAIHG NFSGTKQQEI VVSRGKILEL LRPDPNTGKV HTLLTVEVFG VIRSLMAFRL TGGTKDYIVV GSDSGRIVI LEYQPSKNMF EKIHQETFGK SGCRRIVPGQ FLAVDPKGRA VMISAIEKQK LVYILNRDAA ARLTISSPLE A HKANTLVY HVVGVDVGFE NPMFACLEMD YEEADNDPTG EAAANTQQTL TFYELDLGLN HVVRKYSEPL EEHGNFLITV PG GSDGPSG VLICSENYIT YKNFGDQPDI RCPIPRRRND LDDPERGMIF VCSATHKTKS MFFFLAQTEQ GDIFKITLET DED MVTEIR LKYFDTVPVA AAMCVLKTGF LFVASEFGNH YLYQIAHLGD DDEEPEFSSA MPLEEGDTFF FQPRPLKNLV LVDE LDSLS PILFCQIADL ANEDTPQLYV ACGRGPRSSL RVLRHGLEVS EMAVSELPGN PNAVWTVRRH IEDEFDAYII VSFVN ATLV LSIGETVEEV TDSGFLGTTP TLSCSLLGDD ALVQVYPDGI RHIRADKRVN EWKTPGKKTI VKCAVNQRQV VIALTG GEL VYFEMDPSGQ LNEYTERKEM SADVVCMSLA NVPPGEQRSR FLAVGLVDNT VRIISLDPSD CLQPLSMQAL PAQPESL CI VEMGGTEKQD ELGERGSIGF LYLNIGLQNG VLLRTVLDPV TGDLSDTRTR YLGSRPVKLF RVRMQGQEAV LAMSSRSW L SYSYQSRFHL TPLSYETLEF ASGFASEQCP EGIVAISTNT LRILALEKLG AVFNQVAFPL QYTPRKFVIH PESNNLIII ETDHNAYTEA TKAQRKQQMA EEMVEAAGED ERELAAEMAA AFLNENLPES IFGAPKAGNG QWASVIRVMN PIQGNTLDLV QLEQNEAAF SVAVCRFSNT GEDWYVLVGV AKDLILNPRS VAGGFVYTYK LVNNGEKLEF LHKTPVEEVP AAIAPFQGRV L IGVGKLLR VYDLGKKKLL RKCENKHIAN YISGIQTIGH RVIVSDVQES FIWVRYKRNE NQLIIFADDT YPRWVTTASL LD YDTVAGA DKFGNICVVR LPPNTNDEVD EDPTGNKALW DRGLLNGASQ KAEVIMNYHV GETVLSLQKT TLIPGGSESL VYT TLSGGI GILVPFTSHE DHDFFQHVEM HLRSEHPPLC GRDHLSFRSY YFPVKNVIDG DLCEQFNSME PNKQKNVSEE LDRT PPEVS KKLEDIRTRY AF

UniProtKB: Splicing factor 3B subunit 3

+
分子 #8: Splicing factor 3B subunit 4

分子名称: Splicing factor 3B subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 44.43657 KDa
配列文字列: MAAGPISERN QDATVYVGGL DEKVSEPLLW ELFLQAGPVV NTHMPKDRVT GQHQGYGFVE FLSEEDADYA IKIMNMIKLY GKPIRVNKA SAHNKNLDVG ANIFIGNLDP EIDEKLLYDT FSAFGVILQT PKIMRDPDTG NSKGYAFINF ASFDASDAAI E AMNGQYLC ...文字列:
MAAGPISERN QDATVYVGGL DEKVSEPLLW ELFLQAGPVV NTHMPKDRVT GQHQGYGFVE FLSEEDADYA IKIMNMIKLY GKPIRVNKA SAHNKNLDVG ANIFIGNLDP EIDEKLLYDT FSAFGVILQT PKIMRDPDTG NSKGYAFINF ASFDASDAAI E AMNGQYLC NRPITVSYAF KKDSKGERHG SAAERLLAAQ NPLSQADRPH QLFADAPPPP SAPNPVVSSL GSGLPPPGMP PP GSFPPPV PPPGALPPGI PPAMPPPPMP PGAAGHGPPS AGTPGAGHPG HGHSHPHPFP PGGMPHPGMS QMQLAHHGPH GLG HPHAGP PGSGGQPPPR PPPGMPHPGP PPMGMPPRGP PFGSPMGHPG PMPPHGMRGP PPLMPPHGYT GPPRPPPYGY QRGP LPPPR PTPRPPVPPR GPLRGPLPQ

UniProtKB: Splicing factor 3B subunit 4

+
分子 #9: Splicing factor 3B subunit 5

分子名称: Splicing factor 3B subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.149369 KDa
配列文字列:
MTDRYTIHSQ LEHLQSKYIG TGHADTTKWE WLVNQHRDSY CSYMGHFDLL NYFAIAENES KARVRFNLME KMLQPCGPPA DKPEEN

UniProtKB: Splicing factor 3B subunit 5

+
分子 #10: Splicing factor 3A subunit 1

分子名称: Splicing factor 3A subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 88.991094 KDa
配列文字列: MPAGPVQAVP PPPPVPTEPK QPTEEEASSK EDSAPSKPVV GIIYPPPEVR NIVDKTASFV ARNGPEFEAR IRQNEINNPK FNFLNPNDP YHAYYRHKVS EFKEGKAQEP SAAIPKVMQQ QQQTTQQQLP QKVQAQVIQE TIVPKEPPPE FEFIADPPSI S AFDLDVVK ...文字列:
MPAGPVQAVP PPPPVPTEPK QPTEEEASSK EDSAPSKPVV GIIYPPPEVR NIVDKTASFV ARNGPEFEAR IRQNEINNPK FNFLNPNDP YHAYYRHKVS EFKEGKAQEP SAAIPKVMQQ QQQTTQQQLP QKVQAQVIQE TIVPKEPPPE FEFIADPPSI S AFDLDVVK LTAQFVARNG RQFLTQLMQK EQRNYQFDFL RPQHSLFNYF TKLVEQYTKI LIPPKGLFSK LKKEAENPRE VL DQVCYRV EWAKFQERER KKEEEEKEKE RVAYAQIDWH DFVVVETVDF QPNEQGNFPP PTTPEELGAR ILIQERYEKF GES EEVEME VESDEEDDKQ EKAEEPPSQL DQDTQVQDMD EGSDDEEEGQ KVPPPPETPM PPPLPPTPDQ VIVRKDYDPK ASKP LPPAP APDEYLVSPI TGEKIPASKM QEHMRIGLLD PRWLEQRDRS IREKQSDDEV YAPGLDIESS LKQLAERRTD IFGVE ETAI GKKIGEEEIQ KPEEKVTWDG HSGSMARTQQ AAQANITLQE QIEAIHKAKG LVPEDDTKEK IGPSKPNEIP QQPPPP SSA TNIPSSAPPI TSVPRPPTMP PPVRTTVVSA VPVMPRPPMA SVVRLPPGSV IAPMPPIIHA PRINVVPMPP SAPPIMA PR PPPMIVPTAF VPAPPVAPVP APAPMPPVHP PPPMEDEPTS KKLKTEDSLM PEEEFLRRNK GPVSIKVQVP NMQDKTEW K LNGQVLVFTL PLTDQVSVIK VKIHEATGMP AGKQKLQYEG IFIKDSNSLA YYNMANGAVI HLALKERGGR KK

UniProtKB: Splicing factor 3A subunit 1

+
分子 #11: Splicing factor 3A subunit 3

分子名称: Splicing factor 3A subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 58.934844 KDa
配列文字列: METILEQQRR YHEEKERLMD VMAKEMLTKK STLRDQINSD HRTRAMQDRY MEVSGNLRDL YDDKDGLRKE ELNAISGPNE FAEFYNRLK QIKEFHRKHP NEICVPMSVE FEELLKAREN PSEEAQNLVE FTDEEGYGRY LDLHDCYLKY INLKASEKLD Y ITYLSIFD ...文字列:
METILEQQRR YHEEKERLMD VMAKEMLTKK STLRDQINSD HRTRAMQDRY MEVSGNLRDL YDDKDGLRKE ELNAISGPNE FAEFYNRLK QIKEFHRKHP NEICVPMSVE FEELLKAREN PSEEAQNLVE FTDEEGYGRY LDLHDCYLKY INLKASEKLD Y ITYLSIFD QLFDIPKERK NAEYKRYLEM LLEYLQDYTD RVKPLQDQNE LFGKIQAEFE KKWENGTFPG WPKETSSALT HA GAHLDLS AFSSWEELAS LGLDRLKSAL LALGLKCGGT LEERAQRLFS TKGKSLESLD TSLFAKNPKS KGTKRDTERN KDI AFLEAQ IYEYVEILGE QRHLTHENVQ RKQARTGEER EEEEEEQISE SESEDEENEI IYNPKNLPLG WDGKPIPYWL YKLH GLNIN YNCEICGNYT YRGPKAFQRH FAEWRHAHGM RCLGIPNTAH FANVTQIEDA VSLWAKLKLQ KASERWQPDT EEEYE DSSG NVVNKKTYED LKRQGLL

UniProtKB: Splicing factor 3A subunit 3

+
分子 #12: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX46

分子名称: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX46 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 117.576484 KDa
配列文字列: MGRESRHYRK RSASRGRSGS RSRSRSPSDK RSKRGDDRRS RSRDRDRRRE RSRSRDKRRS RSRDRKRLRR SRSRERDRSR ERRRSRSRD RRRSRSRSRG RRSRSSSPGN KSKKTENRSR SKEKTDGGES SKEKKKDKDD KEDEKEKDAG NFDQNKLEEE M RKRKERVE ...文字列:
MGRESRHYRK RSASRGRSGS RSRSRSPSDK RSKRGDDRRS RSRDRDRRRE RSRSRDKRRS RSRDRKRLRR SRSRERDRSR ERRRSRSRD RRRSRSRSRG RRSRSSSPGN KSKKTENRSR SKEKTDGGES SKEKKKDKDD KEDEKEKDAG NFDQNKLEEE M RKRKERVE KWREEQRKKA MENIGELKKE IEEMKQGKKW SLEDDDDDED DPAEAEKEGN EMEGEELDPL DAYMEEVKEE VK KFNMRSV KGGGGNEKKS GPTVTKVVTV VTTKKAVVDS DKKKGELMEN DQDAMEYSSE EEEVDLQTAL TGYQTKQRKL LEP VDHGKI EYEPFRKNFY VEVPELAKMS QEEVNVFRLE MEGITVKGKG CPKPIKSWVQ CGISMKILNS LKKHGYEKPT PIQT QAIPA IMSGRDLIGI AKTGSGKTIA FLLPMFRHIM DQRSLEEGEG PIAVIMTPTR ELALQITKEC KKFSKTLGLR VVCVY GGTG ISEQIAELKR GAEIIVCTPG RMIDMLAANS GRVTNLRRVT YVVLDEADRM FDMGFEPQVM RIVDNVRPDR QTVMFS ATF PRAMEALARR ILSKPIEVQV GGRSVVCSDV EQQVIVIEEE KKFLKLLELL GHYQESGSVI IFVDKQEHAD GLLKDLM RA SYPCMSLHGG IDQYDRDSII NDFKNGTCKL LVATSVAARG LDVKHLILVV NYSCPNHYED YVHRAGRTGR AGNKGYAY T FITEDQARYA GDIIKALELS GTAVPPDLEK LWSDFKDQQK AEGKIIKKSS GFSGKGFKFD ETEQALANER KKLQKAALG LQDSDDEDAA VDIDEQIESM FNSKKRVKDM AAPGTSSVPA PTAGNAEKLE IAKRLALRIN AQKNLGIESQ DVMQQATNAI LRGGTILAP TVSAKTIAEQ LAEKINAKLN YVPLEKQEEE RQDGGQNESF KRYEEELEIN DFPQTARWKV TSKEALQRIS E YSEAAITI RGTYFPPGKE PKEGERKIYL AIESANELAV QKAKAEITRL IKEELIRLQN SYQPTNKGRY KVL

UniProtKB: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX46

+
分子 #13: U2 small nuclear ribonucleoprotein A'

分子名称: U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.456584 KDa
配列文字列: MVKLTAELIE QAAQYTNAVR DRELDLRGYK IPVIENLGAT LDQFDAIDFS DNEIRKLDGF PLLRRLKTLL VNNNRICRIG EGLDQALPC LTELILTNNS LVELGDLDPL ASLKSLTYLS ILRNPVTNKK HYRLYVIYKV PQVRVLDFQK VKLKERQEAE K MFKGKRGA ...文字列:
MVKLTAELIE QAAQYTNAVR DRELDLRGYK IPVIENLGAT LDQFDAIDFS DNEIRKLDGF PLLRRLKTLL VNNNRICRIG EGLDQALPC LTELILTNNS LVELGDLDPL ASLKSLTYLS ILRNPVTNKK HYRLYVIYKV PQVRVLDFQK VKLKERQEAE K MFKGKRGA QLAKDIARRS KTFNPGAGLP TDKKKGGPSP GDVEAIKNAI ANASTLAEVE RLKGLLQSGQ IPGRERRSGP TD DGEEEME EDTVTNGS

UniProtKB: U2 small nuclear ribonucleoprotein A'

+
分子 #14: U2 small nuclear ribonucleoprotein B''

分子名称: U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.524367 KDa
配列文字列: MDIRPNHTIY INNMNDKIKK EELKRSLYAL FSQFGHVVDI VALKTMKMRG QAFVIFKELG SSTNALRQLQ GFPFYGKPMR IQYAKTDSD IISKMRGTFA DKEKKKEKKK AKTVEQTATT TNKKPGQGTP NSANTQGNST PNPQVPDYPP NYILFLNNLP E ETNEMMLS ...文字列:
MDIRPNHTIY INNMNDKIKK EELKRSLYAL FSQFGHVVDI VALKTMKMRG QAFVIFKELG SSTNALRQLQ GFPFYGKPMR IQYAKTDSD IISKMRGTFA DKEKKKEKKK AKTVEQTATT TNKKPGQGTP NSANTQGNST PNPQVPDYPP NYILFLNNLP E ETNEMMLS MLFNQFPGFK EVRLVPGRHD IAFVEFENDG QAGAARDALQ GFKITPSHAM KITYAKK

UniProtKB: U2 small nuclear ribonucleoprotein B''

+
分子 #15: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.551928 KDa
配列文字列:
MSLLNKPKSE MTPEELQKRE EEEFNTGPLS VLTQSVKNNT QVLINCRNNK KLLGRVKAFD RHCNMVLENV KEMWTEVPKS GKGKKKSKP VNKDRYISKM FLRGDSVIVV LRNPLIAGK

UniProtKB: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2

+
分子 #16: Small nuclear ribonucleoprotein F

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 9.734171 KDa
配列文字列:
MSLPLNPKPF LNGLTGKPVM VKLKWGMEYK GYLVSVDGYM NMQLANTEEY IDGALSGHLG EVLIRCNNVL YIRGVEEEEE DGEMRE

UniProtKB: Small nuclear ribonucleoprotein F

+
分子 #17: Small nuclear ribonucleoprotein E

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.817601 KDa
配列文字列:
MAYRGQGQKV QKVMVQPINL IFRYLQNRSR IQVWLYEQVN MRIEGCIIGF DEYMNLVLDD AEEIHSKTKS RKQLGRIMLK GDNITLLQS VSN

UniProtKB: Small nuclear ribonucleoprotein E

+
分子 #18: Small nuclear ribonucleoprotein G

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.508084 KDa
配列文字列:
MSKAHPPELK KFMDKKLSLK LNGGRHVQGI LRGFDPFMNL VIDECVEMAT SGQQNNIGMV VIRGNSIIML EALERV

UniProtKB: Small nuclear ribonucleoprotein G

+
分子 #19: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.940308 KDa
配列文字列:
MSIGVPIKVL HEAEGHIVTC ETNTGEVYRG KLIEAEDNMN CQMSNITVTY RDGRVAQLEQ VYIRGSKIRF LILPDMLKNA PMLKSMKNK NQGSGAGRGK AAILKAQVAA RGRGRGMGRG NIFQKRR

UniProtKB: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3

+
分子 #20: Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'
タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.642131 KDa
配列文字列: MTVGKSSKML QHIDYRMRCI LQDGRIFIGT FKAFDKHMNL ILCDCDEFRK IKPKNSKQAE REEKRVLGLV LLRGENLVSM TVEGPPPKD TGIARVPLAG AAGGPGIGRA AGRGIPAGVP MPQAPAGLAG PVRGVGGPSQ QVMTPQGRGT VAAAAAAATA S IAGAPTQY ...文字列:
MTVGKSSKML QHIDYRMRCI LQDGRIFIGT FKAFDKHMNL ILCDCDEFRK IKPKNSKQAE REEKRVLGLV LLRGENLVSM TVEGPPPKD TGIARVPLAG AAGGPGIGRA AGRGIPAGVP MPQAPAGLAG PVRGVGGPSQ QVMTPQGRGT VAAAAAAATA S IAGAPTQY PPGRGGPPPP MGRGAPPPGM MGPPPGMRPP MGPPMGIPPG RGTPMGMPPP GMRPPPPGMR GPPPPGMRPP RP

UniProtKB: Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'

+
分子 #21: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.310653 KDa
配列文字列:
MKLVRFLMKL SHETVTIELK NGTQVHGTIT GVDVSMNTHL KAVKMTLKNR EPVQLETLSI RGNNIRYFIL PDSLPLDTLL VDVEPKVKS KKREAVAGRG RGRGRGRGRG RGRGRGGPRR

UniProtKB: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1

+
分子 #25: U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa

分子名称: U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 51.683184 KDa
配列文字列: MTQFLPPNLL ALFAPRDPIP YLPPLEKLPH EKHHNQPYCG IAPYIREFED PRDAPPPTRA ETREERMERK RREKIERRQQ EVETELKMW DPHNDPNAQG DAFKTLFVAR VNYDTTESKL RREFEVYGPI KRIHMVYSKR SGKPRGYAFI EYEHERDMHS A YKHADGKK ...文字列:
MTQFLPPNLL ALFAPRDPIP YLPPLEKLPH EKHHNQPYCG IAPYIREFED PRDAPPPTRA ETREERMERK RREKIERRQQ EVETELKMW DPHNDPNAQG DAFKTLFVAR VNYDTTESKL RREFEVYGPI KRIHMVYSKR SGKPRGYAFI EYEHERDMHS A YKHADGKK IDGRRVLVDV ERGRTVKGWR PRRLGGGLGG TRRGGADVNI RHSGRDDTSR YDERPGPSPL PHRDRDRDRE RE RRERSRE RDKERERRRS RSRDRRRRSR SRDKEERRRS RERSKDKDRD RKRRSSRSRE RARRERERKE ELRGGGGDMA EPS EAGDAP PDDGPPGELG PDGPDGPEEK GRDRDRERRR SHRSERERRR DRDRDRDRDR EHKRGERGSE RGRDEARGGG GGQD NGLEG LGNDSRDMYM ESEGGDGYLA PENGYLMEAA PE

UniProtKB: U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa

+
分子 #26: U1 small nuclear ribonucleoprotein A

分子名称: U1 small nuclear ribonucleoprotein A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 31.319533 KDa
配列文字列: MAVPETRPNH TIYINNLNEK IKKDELKKSL YAIFSQFGQI LDILVSRSLK MRGQAFVIFK EVSSATNALR SMQGFPFYDK PMRIQYAKT DSDIIAKMKG TFVERDRKRE KRKPKSQETP ATKKAVQGGG ATPVVGAVQG PVPGMPPMTQ APRIMHHMPG Q PPYMPPPG ...文字列:
MAVPETRPNH TIYINNLNEK IKKDELKKSL YAIFSQFGQI LDILVSRSLK MRGQAFVIFK EVSSATNALR SMQGFPFYDK PMRIQYAKT DSDIIAKMKG TFVERDRKRE KRKPKSQETP ATKKAVQGGG ATPVVGAVQG PVPGMPPMTQ APRIMHHMPG Q PPYMPPPG MIPPPGLAPG QIPPGAMPPQ QLMPGQMPPA QPLSENPPNH ILFLTNLPEE TNELMLSMLF NQFPGFKEVR LV PGRHDIA FVEFDNEVQA GAARDALQGF KITQNNAMKI SFAKK

UniProtKB: U1 small nuclear ribonucleoprotein A

+
分子 #27: U1 small nuclear ribonucleoprotein C

分子名称: U1 small nuclear ribonucleoprotein C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 17.415727 KDa
配列文字列:
MPKFYCDYCD TYLTHDSPSV RKTHCSGRKH KENVKDYYQK WMEEQAQSLI DKTTAAFQQG KIPPTPFSAP PPAGAMIPPP PSLPGPPRP GMMPAPHMGG PPMMPMMGPP PPGMMPVGPA PGMRPPMGGH MPMMPGPPMM RPPARPMMVP TRPGMTRPDR

UniProtKB: U1 small nuclear ribonucleoprotein C

+
分子 #28: PHD finger-like domain-containing protein 5A

分子名称: PHD finger-like domain-containing protein 5A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.427524 KDa
配列文字列:
MAKHHPDLIF CRKQAGVAIG RLCEKCDGKC VICDSYVRPC TLVRICDECN YGSYQGRCVI CGGPGVSDAY YCKECTIQEK DRDGCPKIV NLGSSKTDLF YERKKYGFKK R

UniProtKB: PHD finger-like domain-containing protein 5A

+
分子 #4: U2 snRNA

分子名称: U2 snRNA / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 60.186445 KDa
配列文字列:
AUCGCUUCUC GGCCUUUUGG CUAAGAUCAA GUGUAGUAUC UGUUCUUAUC AGUUUAAUAU CUGAUACGUC CUCUAUCCGA GGACAAUAU AUUAAAUGGA UUUUUGGAGC AGGGAGAUGG AAUAGGAGCU UGCUCCGUCC ACUCCACGCA UCGACCUGGU A UUGCAGUA CCUCCAGGAA CGGUGCACCC

GENBANK: GENBANK: K02227.1

+
分子 #22: pre-mRNA

分子名称: pre-mRNA / タイプ: rna / ID: 22 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: unidentified adenovirus (ウイルス)
分子量理論値: 83.089961 KDa
配列文字列: GGGAGUGCAG UAGUCCAGGG UUUCCUUGAA GCUUUCAUAC UUAUCCUGUC CCUUUUUUUU CCACAGCUCG CGGUUGAGGA CAAACUCUU CGCGGUCUUU CGAACGGUAA GAGCCUAGCA UGUAGAACCU UGGGAUCCGA AUACGGUACC AUCCGAUAUC C GUACACCA ...文字列:
GGGAGUGCAG UAGUCCAGGG UUUCCUUGAA GCUUUCAUAC UUAUCCUGUC CCUUUUUUUU CCACAGCUCG CGGUUGAGGA CAAACUCUU CGCGGUCUUU CGAACGGUAA GAGCCUAGCA UGUAGAACCU UGGGAUCCGA AUACGGUACC AUCCGAUAUC C GUACACCA UCAGGGUACG AGCUAGCCCA UGGCGUACAC CAUCAGGGUA CGACUAGUAG AUCUCGUACA CCAUCAGGGU AC GGAAUUC UCUAGAGUCG AG

+
分子 #23: 5SS

分子名称: 5SS / タイプ: rna / ID: 23 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: unidentified adenovirus (ウイルス)
分子量理論値: 3.256996 KDa
配列文字列:
GGGUGAGUAC

+
分子 #24: U1 snRNA

分子名称: U1 snRNA / タイプ: rna / ID: 24 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 52.69707 KDa
配列文字列:
AUACUUACCU GGCAGGGGAG AUACCAUGAU CACGAAGGUG GUUUUCCCAG GGCGAGGCUU AUCCAUUGCA CUCCGGAUGU GCUGACCCC UGCGAUUUCC CCAAAUGUGG GAAACUCGAC UGCAUAAUUU GUGGUAGUGG GGGACUGCGU UCGCGCUUUC C CCUG

GENBANK: GENBANK: MN296792.1

+
分子 #29: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 6 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #30: spliceostatin A (form II)

分子名称: spliceostatin A (form II) / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 1 / 式: SJT
分子量理論値: 523.659 Da
Chemical component information

ChemComp-SJT:
spliceostatin A (form II)

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.9
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 419522
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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