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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3207 | |||||||||
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タイトル | Negative stain structure of the Rix1-Ipi1dN50-Ipi3 complex | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of mutant Rix1-Ipi1dN50-Ipi3 complex | |||||||||
試料 |
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キーワード | ribosome / ribosome biogenesis / ribosome assembly / pre-60S / 5S RNP / assembly intermediate / negative-stain / Rix1 complex / Rix1 / Ipi1 / Ipi3 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 18.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Barrio-Garcia C / Thoms M / Flemming D / Kater L / Berninghausen O / Bassler J / Beckmann R / Hurt E | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2016 タイトル: Architecture of the Rix1-Rea1 checkpoint machinery during pre-60S-ribosome remodeling. 著者: Clara Barrio-Garcia / Matthias Thoms / Dirk Flemming / Lukas Kater / Otto Berninghausen / Jochen Baßler / Roland Beckmann / Ed Hurt / 要旨: Ribosome synthesis is catalyzed by ∼200 assembly factors, which facilitate efficient production of mature ribosomes. Here, we determined the cryo-EM structure of a Saccharomyces cerevisiae ...Ribosome synthesis is catalyzed by ∼200 assembly factors, which facilitate efficient production of mature ribosomes. Here, we determined the cryo-EM structure of a Saccharomyces cerevisiae nucleoplasmic pre-60S particle containing the dynein-related 550-kDa Rea1 AAA(+) ATPase and the Rix1 subcomplex. This particle differs from its preceding state, the early Arx1 particle, by two massive structural rearrangements: an ∼180° rotation of the 5S ribonucleoprotein complex and the central protuberance (CP) rRNA helices, and the removal of the 'foot' structure from the 3' end of the 5.8S rRNA. Progression from the Arx1 to the Rix1 particle was blocked by mutational perturbation of the Rix1-Rea1 interaction but not by a dominant-lethal Rea1 AAA(+) ATPase-ring mutant. After remodeling, the Rix1 subcomplex and Rea1 become suitably positioned to sense correct structural maturation of the CP, which allows unidirectional progression toward mature ribosomes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3207.map.gz | 6.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3207-v30.xml emd-3207.xml | 9.7 KB 9.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD-3207_Rix1-subcomplex.png | 393.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3207 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3207 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3207_validation.pdf.gz | 200.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3207_full_validation.pdf.gz | 199.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3207_validation.xml.gz | 5.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3207 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3207 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3207.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 21.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of mutant Rix1-Ipi1dN50-Ipi3 complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.65 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Rix1-Ipi1dN50-Ipi3 complex
全体 | 名称: Rix1-Ipi1dN50-Ipi3 complex |
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要素 |
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-超分子 #1000: Rix1-Ipi1dN50-Ipi3 complex
超分子 | 名称: Rix1-Ipi1dN50-Ipi3 complex / タイプ: sample / ID: 1000 集合状態: 2 copies of Rix1, 1 copy of Ipi1 and 2 copies of Ipi3 Number unique components: 3 |
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分子量 | 実験値: 330 KDa / 理論値: 334 KDa 手法: size-exclusion chromatography coupled to multi-angle light scattering (SEC-MALS) |
-分子 #1: Rix1
分子 | 名称: Rix1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Rix1 complex / コピー数: 2 / 集合状態: heterotrimer / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: baker's yeast |
分子量 | 理論値: 867.5 KDa |
-分子 #2: Ipi3
分子 | 名称: Ipi3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 集合状態: heterotrimer / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: baker's yeast |
分子量 | 実験値: 61.78 KDa |
-分子 #3: Ipi1dN50
分子 | 名称: Ipi1dN50 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 集合状態: heterotrimer / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: baker's yeast |
分子量 | 理論値: 37.87 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 20 mM Hepes, 200 mM NaCl, 10 mM KCl, 10 mM MgCl2 and 1 mM DTT |
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: stained with 2% (w/v) uranyl acetate |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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日付 | 2013年3月6日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / 実像数: 25 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.2 mm / 倍率(公称値): 62000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | The particles were selected using the interactive selection program BOXER |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMAGIC-4D, BOXER / 使用した粒子像数: 4267 |