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万見
- EMDB-32060: Cryo-EM structure of Xenopus laevis nuclear pore complex cytoplas... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32060
タイトルCryo-EM structure of Xenopus laevis nuclear pore complex cytoplasmic ring subunit core region
マップデータ
試料
  • 複合体: nuclear pore complex cytoplasmic ring
キーワードcytoplasmic ring / cryo-EM / nuclear pore complex / Xenopus laevis / NUCLEAR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


macromolecule localization / GATOR2 complex / nephron development / nuclear pore organization / nuclear pore outer ring / nuclear pore complex assembly / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / structural constituent of nuclear pore / nucleocytoplasmic transport / mitotic metaphase chromosome alignment ...macromolecule localization / GATOR2 complex / nephron development / nuclear pore organization / nuclear pore outer ring / nuclear pore complex assembly / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / structural constituent of nuclear pore / nucleocytoplasmic transport / mitotic metaphase chromosome alignment / ribosomal large subunit export from nucleus / intracellular transport / mRNA transport / cellular response to nutrient levels / nuclear pore / ribosomal small subunit export from nucleus / positive regulation of TORC1 signaling / nuclear periphery / kinetochore / protein transport / nuclear membrane / lysosomal membrane / cell division / structural molecule activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nucleoporin Nup88 / Nuclear pore component / Nucleoporin NUP88/NUP82 / Nucleoporin Nup120/160 / Nucleoporin Nup37 / Nucleoporin, NSP1-like, C-terminal / Nucleoporin NSP1/NUP62 / Nsp1-like C-terminal region / Nucleoporin Nup85-like / Nucleoporin Nup120/160 ...Nucleoporin Nup88 / Nuclear pore component / Nucleoporin NUP88/NUP82 / Nucleoporin Nup120/160 / Nucleoporin Nup37 / Nucleoporin, NSP1-like, C-terminal / Nucleoporin NSP1/NUP62 / Nsp1-like C-terminal region / Nucleoporin Nup85-like / Nucleoporin Nup120/160 / Nup85 Nucleoporin / Nuclear pore protein 84/107 / Nuclear pore protein 84 / 107 / Nuclear pore complex protein Nup133-like / Nup98, Gle2-binding sequence / Nucleoporin Nup186/Nup192/Nup205 / Nuclear pore complex protein / Nuclear pore complex scaffold, nucleoporins 186/192/205 / Nucleoporin interacting component Nup93/Nic96 / Nup358/RanBP2 E3 ligase domain / Nup93/Nic96 / Nup358/RanBP2 E3 ligase domain / Nucleoporin FG repeat / Nucleoporin FG repeat region / Nucleoporin, Nup133/Nup155-like, N-terminal / Nup133 N terminal like / Sec13/Seh1 family / Nuclear pore complex protein NUP96, C-terminal domain / Nuclear protein 96 / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain superfamily / Nucleoporin peptidase S59-like / Nucleoporin autopeptidase / NUP C-terminal domain profile. / Ran binding domain / Ran binding protein RanBP1-like / RanBP1 domain / Ran binding domain type 1 profile. / Ran-binding domain / Zinc finger domain / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger, RanBP2-type / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / PH-like domain superfamily / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96 / Nuclear pore complex protein Nup133 / RANBP2-like and GRIP domain-containing protein 3 isoform X2 / Nucleoporin 160kDa / Nuclear pore complex protein / MGC154553 protein / Nucleoporin SEH1-A / Nucleoporin 88kDa L homeolog / MGC83295 protein / MGC83926 protein ...Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96 / Nuclear pore complex protein Nup133 / RANBP2-like and GRIP domain-containing protein 3 isoform X2 / Nucleoporin 160kDa / Nuclear pore complex protein / MGC154553 protein / Nucleoporin SEH1-A / Nucleoporin 88kDa L homeolog / MGC83295 protein / MGC83926 protein / Nuclear pore complex protein Nup85 / Nuclear pore complex protein Nup93 / Protein SEC13 homolog / IL4I1 protein / Nucleoporin 214 L homeolog
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.9 Å
データ登録者Tai L / Zhu Y / Sun F
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2022
タイトル: 8 Å structure of the outer rings of the Xenopus laevis nuclear pore complex obtained by cryo-EM and AI.
著者: Linhua Tai / Yun Zhu / He Ren / Xiaojun Huang / Chuanmao Zhang / Fei Sun /
要旨: The nuclear pore complex (NPC), one of the largest protein complexes in eukaryotes, serves as a physical gate to regulate nucleocytoplasmic transport. Here, we determined the 8 Å resolution cryo- ...The nuclear pore complex (NPC), one of the largest protein complexes in eukaryotes, serves as a physical gate to regulate nucleocytoplasmic transport. Here, we determined the 8 Å resolution cryo-electron microscopic (cryo-EM) structure of the outer rings containing nuclear ring (NR) and cytoplasmic ring (CR) from the Xenopus laevis NPC, with local resolutions reaching 4.9 Å. With the aid of AlphaFold2, we managed to build a pseudoatomic model of the outer rings, including the Y complexes and flanking components. In this most comprehensive and accurate model of outer rings to date, the almost complete Y complex structure exhibits much tighter interaction in the hub region. In addition to two copies of Y complexes, each asymmetric subunit in CR contains five copies of Nup358, two copies of the Nup214 complex, two copies of Nup205 and one copy of newly identified Nup93, while that in NR contains one copy of Nup205, one copy of ELYS and one copy of Nup93. These in-depth structural features represent a great advance in understanding the assembly of NPCs.
履歴
登録2021年10月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年2月2日-
マップ公開2022年2月2日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_32060.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32060.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.24 Å/pix.
x 320 pix.
= 716.8 Å		2.24 Å/pix.
x 320 pix.
= 716.8 Å		2.24 Å/pix.
x 320 pix.
= 716.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.24 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.1 / ムービー #1: 1.1
最小 - 最大-5.514912 - 7.7472906
平均 (標準偏差)0.009554906 (±0.1733721)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 716.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.242.242.24
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z716.800716.800716.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-5.5157.7470.010

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_32060_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_32060_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_32060_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : nuclear pore complex cytoplasmic ring

全体名称: nuclear pore complex cytoplasmic ring
要素
  • 複合体: nuclear pore complex cytoplasmic ring

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超分子 #1: nuclear pore complex cytoplasmic ring

超分子名称: nuclear pore complex cytoplasmic ring / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#25
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

3103

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 354457
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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