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万見
- PDB-7vci: Structure of Xenopus laevis NPC nuclear ring asymmetric unit -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vci
タイトルStructure of Xenopus laevis NPC nuclear ring asymmetric unit
要素
  • (Nuclear pore complex protein ...) x 3
  • GATOR complex protein SEC13
  • MGC154553 protein
  • MGC83295 protein
  • MGC83926 protein
  • Nuclear pore complex protein
  • Nucleoporin SEH1-A
  • Nup160
  • Protein ELYS
  • outer Nup133
キーワードNUCLEAR PROTEIN / nuclear pore complex / nuclear ring / asymmetric unit
機能・相同性
機能・相同性情報


system development / nephron development / GATOR2 complex / Seh1-associated complex / nuclear pore inner ring / animal organ development / protein exit from endoplasmic reticulum / COPII-coated vesicle budding / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore complex assembly ...system development / nephron development / GATOR2 complex / Seh1-associated complex / nuclear pore inner ring / animal organ development / protein exit from endoplasmic reticulum / COPII-coated vesicle budding / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore complex assembly / nuclear pore outer ring / nuclear pore organization / COPII vesicle coat / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / structural constituent of nuclear pore / poly(A)+ mRNA export from nucleus / mitotic metaphase chromosome alignment / positive regulation of TOR signaling / mRNA transport / nuclear pore / mRNA export from nucleus / cellular response to nutrient levels / serine-type peptidase activity / positive regulation of TORC1 signaling / nuclear periphery / cellular response to amino acid starvation / chromosome segregation / kinetochore / protein import into nucleus / protein transport / nuclear membrane / lysosomal membrane / cell division / positive regulation of DNA-templated transcription / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding / nucleoplasm / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ELYS, beta-propeller domain / : / beta-propeller of ELYS nucleoporin / ELYS-like domain / Nuclear pore complex assembly / Nucleoporin Nup37 / Nup98, Gle2-binding sequence / Nucleoporin Nup85-like / Nup85 Nucleoporin / Nuclear pore protein 84/107 ...ELYS, beta-propeller domain / : / beta-propeller of ELYS nucleoporin / ELYS-like domain / Nuclear pore complex assembly / Nucleoporin Nup37 / Nup98, Gle2-binding sequence / Nucleoporin Nup85-like / Nup85 Nucleoporin / Nuclear pore protein 84/107 / Nuclear pore protein 84 / 107 / Nuclear pore complex protein Nup133-like / Nucleoporin Nup186/Nup192/Nup205 / Nuclear pore complex scaffold, nucleoporins 186/192/205 / Nucleoporin interacting component Nup93/Nic96 / Nup93/Nic96 / Nucleoporin FG repeat / Nucleoporin FG repeat region / Nucleoporin, Nup133/Nup155-like, N-terminal / Nup133 N terminal like / Nuclear pore complex protein NUP96, C-terminal domain / Nuclear protein 96 / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain superfamily / Sec13/Seh1 family / Nucleoporin peptidase S59-like / Nup98-96 autopeptidase S59 / NUP C-terminal domain profile. / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / WD domain, G-beta repeat / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96 / Nuclear pore complex protein Nup133 / Nuclear pore complex protein / MGC154553 protein / Nucleoporin SEH1-A / Protein ELYS / MGC83295 protein / Nucleoporin Nup37 / Nuclear pore complex protein Nup85 / Nuclear pore complex protein Nup93 / Protein SEC13 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.1 Å
データ登録者Tai, L. / Zhu, Y. / Sun, F.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2022
タイトル: 8 Å structure of the outer rings of the Xenopus laevis nuclear pore complex obtained by cryo-EM and AI.
著者: Linhua Tai / Yun Zhu / He Ren / Xiaojun Huang / Chuanmao Zhang / Fei Sun /
要旨: The nuclear pore complex (NPC), one of the largest protein complexes in eukaryotes, serves as a physical gate to regulate nucleocytoplasmic transport. Here, we determined the 8 Å resolution cryo- ...The nuclear pore complex (NPC), one of the largest protein complexes in eukaryotes, serves as a physical gate to regulate nucleocytoplasmic transport. Here, we determined the 8 Å resolution cryo-electron microscopic (cryo-EM) structure of the outer rings containing nuclear ring (NR) and cytoplasmic ring (CR) from the Xenopus laevis NPC, with local resolutions reaching 4.9 Å. With the aid of AlphaFold2, we managed to build a pseudoatomic model of the outer rings, including the Y complexes and flanking components. In this most comprehensive and accurate model of outer rings to date, the almost complete Y complex structure exhibits much tighter interaction in the hub region. In addition to two copies of Y complexes, each asymmetric subunit in CR contains five copies of Nup358, two copies of the Nup214 complex, two copies of Nup205 and one copy of newly identified Nup93, while that in NR contains one copy of Nup205, one copy of ELYS and one copy of Nup93. These in-depth structural features represent a great advance in understanding the assembly of NPCs.
履歴
登録2021年9月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-31891
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-31891
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear pore complex protein Nup85
B: MGC154553 protein
C: Nucleoporin SEH1-A
D: Nup160
E: MGC83926 protein
F: Nuclear pore complex protein Nup96
G: GATOR complex protein SEC13
H: Nuclear pore complex protein
I: outer Nup133
J: Nuclear pore complex protein Nup85
K: MGC154553 protein
L: Nucleoporin SEH1-A
M: Nup160
N: MGC83926 protein
O: Nuclear pore complex protein Nup96
P: GATOR complex protein SEC13
Q: Nuclear pore complex protein
R: outer Nup133
S: MGC83295 protein
T: Protein ELYS
U: Nuclear pore complex protein Nup93


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,048,95521
ポリマ－2,048,95521
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Nuclear pore complex protein ... , 3種, 5分子 AJFOU

#1: タンパク質 Nuclear pore complex protein Nup85 / 85 kDa nucleoporin / Nucleoporin Nup85


分子量: 75160.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
参照: UniProt: Q68FJ0
#6: タンパク質 Nuclear pore complex protein Nup96 / Nuclear pore complex protein Nup98 / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96 / Nucleoporin Nup96 / ...Nuclear pore complex protein Nup98 / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96 / Nucleoporin Nup96 / Nucleoporin Nup98


分子量: 104742.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
参照: UniProt: A0A1B8XZT4
#12: タンパク質 Nuclear pore complex protein Nup93 / 93 kDa nucleoporin / An4a / Nucleoporin Nup93


分子量: 93565.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
参照: UniProt: Q7ZX96

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タンパク質 , 9種, 16分子 BKCLDMENGPHQIRST

#2: タンパク質 MGC154553 protein / outer Nup43


分子量: 41744.512 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
参照: UniProt: Q05AW3
#3: タンパク質 Nucleoporin SEH1-A / GATOR complex protein SEH1-A / Nup107-160 subcomplex subunit seh1-A


分子量: 39777.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
参照: UniProt: Q4FZW5
#4: タンパク質 Nup160


分子量: 163103.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
#5: タンパク質 MGC83926 protein


分子量: 36588.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
参照: UniProt: Q66IZ6
#7: タンパク質 GATOR complex protein SEC13 / Protein SEC13 homolog


分子量: 35315.285 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
参照: UniProt: Q7ZYJ8
#8: タンパク質 Nuclear pore complex protein


分子量: 105398.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
参照: UniProt: A2RV69
#9: タンパク質 outer Nup133


分子量: 127551.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
参照: UniProt: A0A1L8H1I9
#10: タンパク質 MGC83295 protein


分子量: 227854.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
参照: UniProt: Q642R6
#11: タンパク質 Protein ELYS / Protein MEL-28 / xELYS


分子量: 268771.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
参照: UniProt: Q5U249

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: nuclear pore complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 6000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 8.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 417490 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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