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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31670 | |||||||||
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タイトル | cryo-EM structure of yeast THO complex with Sub2 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 nucleoplasmic THO complex / THO complex part of transcription export complex / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase I / transcription export complex / Cdc73/Paf1 complex / : / mRNA 3'-end processing / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / subtelomeric heterochromatin formation / transcription-coupled nucleotide-excision repair ...nucleoplasmic THO complex / THO complex part of transcription export complex / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase I / transcription export complex / Cdc73/Paf1 complex / : / mRNA 3'-end processing / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / subtelomeric heterochromatin formation / transcription-coupled nucleotide-excision repair / mRNA export from nucleus / stress granule assembly / transcription elongation by RNA polymerase II / spliceosomal complex / 転写後修飾 / mRNA splicing, via spliceosome / DNA recombination / chromosome, telomeric region / nucleic acid binding / RNA helicase activity / molecular adaptor activity / ヘリカーゼ / mRNA binding / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Chen C / Tan M / Wu Z / Wu J / Lei M | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Bull (Beijing) / 年: 2021 タイトル: Structural and functional insights into R-loop prevention and mRNA export by budding yeast THO-Sub2 complex. 著者: Cong Chen / Ming Tan / Zhenfang Wu / Yuebin Zhang / Fanyang He / Yanjia Lu / Shaobai Li / Mi Cao / Guohui Li / Jian Wu / Hong Cheng / Ming Lei / | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31670.map.gz | 135.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-31670-v30.xml emd-31670.xml | 21.6 KB 21.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_31670.png | 82.8 KB | ||
その他 | emd_31670_additional_1.map.gz | 136.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31670 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31670 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31670.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 144.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.09 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: #1
ファイル | emd_31670_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : THO-Sub2 Complex
全体 | 名称: THO-Sub2 Complex |
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要素 |
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-超分子 #1: THO-Sub2 Complex
超分子 | 名称: THO-Sub2 Complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) |
-超分子 #2: yeast THO
超分子 | 名称: yeast THO / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#5 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) |
-超分子 #3: Sub2
超分子 | 名称: Sub2 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6 |
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-分子 #1: THO complex subunit HPR1
分子 | 名称: THO complex subunit HPR1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: S288c |
分子量 | 理論値: 87.938547 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MSNTEELIQN SIGFLQKTFK ALPVSFDSIR HEPLPSSMLH ASVLNFEWEP LEKNISAIHD RDSLIDIILK RFIIDSMTNA IEDEEENNL EKGLLNSCIG LDFVYNSRFN RSNPASWGNT FFELFSTIID LLNSPSTFLK FWPYAESRIE WFKMNTSVEP V SLGESNLI ...文字列: MSNTEELIQN SIGFLQKTFK ALPVSFDSIR HEPLPSSMLH ASVLNFEWEP LEKNISAIHD RDSLIDIILK RFIIDSMTNA IEDEEENNL EKGLLNSCIG LDFVYNSRFN RSNPASWGNT FFELFSTIID LLNSPSTFLK FWPYAESRIE WFKMNTSVEP V SLGESNLI SYKQPLYEKL RHWNDILAKL ENNDILNTVK HYNMKYKLEN FLSELLPINE ESNFNRSASI SALQESDNEW NR SARERES NRSSDVIFAA DYNFVFYHLI ICPIEFAFSD LEYKNDVDRS LSPLLDAILE IEENFYSKIK MNNRTRYSLE EAL NTEYYA NYDVMTPKLP VYMKHSNAMK MDRNEFWANL QNIKESDDYT LRPTIMDISL SNTTCLYKQL TQEDDDYYRK QFIL QLCFT TNLIRNLISS DETRNFYKSC YLRENPLSDI DFENLDEVNK KRGLNLCSYI CDNRVLKFYK IKDPDFYRVI RKLMS SDEK FTTAKIDGFK EFQNFRISKE KIPPPAFDET FKKFTFIKMG NKLINNVWKI PTGLDKIEQE VKKPEGVYEA AQAKWE SKI SSETSGGEAK DEIIRQWQTL RFLRSRYLFD FDKVNEKTGV DGLFEEPRKV EALDDSFKEK LLYKINQEHR KKLQDAR EY KIGKERKKRA LEEEASFPER EQKIKSQRIN SASQTEGDEL KSEQTQPKGE ISEENTKIKS SEVSSQDPDS GVAGEFAP Q NTTAQLENPK TEDNNAATSN ISNGSSTQDM K |
-分子 #2: THO complex subunit 2
分子 | 名称: THO complex subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: S288c |
分子量 | 理論値: 184.163734 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MAEQTLLSKL NALSQKVIPP ASPSQASILT EEVIRNWPER SKTLCSDFTA LESNDEKEDW LRTLFIELFD FINKNDENSP LKLSDVASF TNELVNHERQ VSQASIVGKM FIAVSSTVPN INDLTTISLC KLIPSLHEEL FKFSWISSKL LNKEQTTLLR H LLKKSKYE ...文字列: MAEQTLLSKL NALSQKVIPP ASPSQASILT EEVIRNWPER SKTLCSDFTA LESNDEKEDW LRTLFIELFD FINKNDENSP LKLSDVASF TNELVNHERQ VSQASIVGKM FIAVSSTVPN INDLTTISLC KLIPSLHEEL FKFSWISSKL LNKEQTTLLR H LLKKSKYE LKKYNLLVEN SVGYGQLVAL LILAYYDPDN FSKVSAYLKE IYHIMGKYSL DSIRTLDVIL NVSSQFITEG YK FFIALLR KSDSWPSSHV ANNSNYSSLN EGGNMIAANI ISFNLSQYNE EVDKENYERY MDMCCILLKN GFVNFYSIWD NVK PEMEFL QEYIQNLETE LEEESTKGVE NPLAMAAALS TENETDEDNA LVVNDDVNMK DKISEETNAD IESKGKQKTQ QDIL LFGKI KLLERLLIHG CVIPVIHVLK QYPKVLYVSE SLSRYLGRVF EYLLNPLYTS MTSSGESKDM ATALMITRID NGILA HKPR LIHKYKTHEP FESLELNSSY VFYYSEWNSN LTPFASVNDL FENSHIYLSI IGPYLGRIPT LLSKISRIGV ADIQKN HGS ESLHVTIDKW IDYVRKFIFP ATSLLQNNPI ATSEVYELMK FFPFEKRYFI YNEMMTKLSQ DILPLKVSFN KAEREAK SI LKALSIDTIA KESRRFAKLI STNPLASLVP AVKQIENYDK VSELVVYTTK YFNDFAYDVL QFVLLLRLTY NRPAVQFD G VNQAMWVQRL SIFIAGLAKN CPNMDISNII TYILKTLHNG NIIAVSILKE LIITVGGIRD LNEVNMKQLL MLNSGSPLK QYARHLIYDF RDDNSVISSR LTSFFTDQSA ISEIILLLYT LNLKANTQNS HYKILSTRCD EMNTLLWSFI ELIKHCLKGK AFEENVLPF VELNNRFHLS TPWTFHIWRD YLDNQLNSNE NFSIDELIEG AEFSDVDLTK ISKDLFTTFW RLSLYDIHFD K SLYDERKN ALSGENTGHM SNRKKHLIQN QIKDILVTGI SHQRAFKKTS EFISEKSNVW NKDCGEDQIK IFLQNCVVPR VL FSPSDAL FSSFFIFMAF RTENLMSILN TCITSNILKT LLFCCTSSEA GNLGLFFTDV LKKLEKMRLN GDFNDQASRK LYE WHSVIT EQVIDLLSEK NYMSIRNGIE FMKHVTSVFP VVKAHIQLVY TTLEENLINE EREDIKLPSS ALIGHLKARL KDAL ELDEF CTLTEEEAEQ KRIREMELEE IKNYETACQN EQKQVALRKQ LELNKSQRLQ NDPPKSVASG SAGLNSKDRY TYSRN EPVI PTKPSSSQWS YSKVTRHVDD INHYLATNHL QKAISLVEND DETRNLRKLS KQNMPIFDFR NSTLEIFERY FRTLIQ NPQ NPDFAEKIDS LKRYIKNISR EPYPDTTSSY SEAAAPEYTK RSSRYSGNAG GKDGYGSSNY RGPSNDRSAP KNIKPIS SY AHKRSELPTR PSKSKTYNDR SRALRPTGPD RGDGFDQRDN RLREEYKKNS SQRSQLRFPE KPFQEGKDSS KANPYQAS S YKRDSPSENE EKPNKRFKKD ETIRNKFQTQ DYRNTRDSGA AHRANENQRY NGNRKSNTQA LPQGPKGGNY VSRYQR |
-分子 #3: Protein TEX1
分子 | 名称: Protein TEX1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: S288c |
分子量 | 理論値: 47.229652 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MSTIGAVDIL NQKTITSEVA ASVTSKYLQS TFSKGNTSHI EDKRFIHVSS RSHSRFTSTP ITPNEILSLK FHVSGSSMAY SRMDGSLTV WFIKDASFDK SVEVYIPDCC GSDKLATDLS WNPTSLNQIA VVSNSSEISL LLINEKSLTA SKLRTLSLGS K TKVNTCLY ...文字列: MSTIGAVDIL NQKTITSEVA ASVTSKYLQS TFSKGNTSHI EDKRFIHVSS RSHSRFTSTP ITPNEILSLK FHVSGSSMAY SRMDGSLTV WFIKDASFDK SVEVYIPDCC GSDKLATDLS WNPTSLNQIA VVSNSSEISL LLINEKSLTA SKLRTLSLGS K TKVNTCLY DPLGNWLLAA TKSEKIYLFD VKKDHSSVCS LNISDISQED NDVVYSLAWS NGGSHIFIGF KSGYLAILKA KH GILEVCT KIKAHTGPIT EIKMDPWGRN FITGSIDGNC YVWNMKSLCC ELIINDLNSA VTTLDVCHLG KILGICTEDE MVY FYDLNS GNLLHSKSLA NYKTDPVLKF YPDKSWYIMS GKNDTLSNHF VKNEKNLITY WKDMFDNTMI EKRRKNNGGG NNHN KRTSK NTDRIGKDRP SRFNSKK |
-分子 #4: THO complex subunit MFT1
分子 | 名称: THO complex subunit MFT1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: S288c |
分子量 | 理論値: 45.055012 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MPLSQKQIDQ VRTKVHYSEV DTPFNKYLDI LGKVTKLTGS IINGTLSNDD SKIEKLTEQN ISQLKESAHL RFLDLQSSID TKKVADENW ETCQQETLAK LENLKDKLPD IKSIHSKLLL RIGKLQGLYD SVQVINREVE GLSEGRTSLV VTRAEWEKEL G TDLVKFLI ...文字列: MPLSQKQIDQ VRTKVHYSEV DTPFNKYLDI LGKVTKLTGS IINGTLSNDD SKIEKLTEQN ISQLKESAHL RFLDLQSSID TKKVADENW ETCQQETLAK LENLKDKLPD IKSIHSKLLL RIGKLQGLYD SVQVINREVE GLSEGRTSLV VTRAEWEKEL G TDLVKFLI EKNYLKLVDP GLKKDSSEER YRIYDDFSKG PKELESINAS MKSDIENVRQ EVSSYKEKWL RDAEIFGKIT SI FKEELLK RDGLLNEAEG DNIDEDYESD EDEERKERFK RQRSMVEVNT IENVDEKEES DHEYDDQEDE ENEEEDDMEV DVE DIKEDN EVDGESSQQE DNSRQGNNEE TDKETGVIEE PDAVNDAEEA DSDHSSRKLG GTTSDFSASS SVEEVK |
-分子 #5: THO complex subunit THP2
分子 | 名称: THO complex subunit THP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: S288c |
分子量 | 理論値: 30.340264 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MTKEEGRTYF ESLCEEEQSL QESQTHLLNI LDILSVLADP RSSDDLLTES LKKLPDLHRE LINSSIRLRY DKYQTREAQL LEDTKTGRD VAAGVQNPKS ISEYYSTFEH LNRDTLRYIN LLKRLSVDLA KQVEVSDPSV TVYEMDKWVP SEKLQGILEQ Y CAPDTDIR ...文字列: MTKEEGRTYF ESLCEEEQSL QESQTHLLNI LDILSVLADP RSSDDLLTES LKKLPDLHRE LINSSIRLRY DKYQTREAQL LEDTKTGRD VAAGVQNPKS ISEYYSTFEH LNRDTLRYIN LLKRLSVDLA KQVEVSDPSV TVYEMDKWVP SEKLQGILEQ Y CAPDTDIR GVDAQIKNYL DQIKMARAKF GLENKYSLKE RLSTLTKELN HWRKEWDDIE MLMFGDDAHS MKKMIQKIDS LK SEINAPS ESYPVDKEGD IVLE |
-分子 #6: ATP-dependent RNA helicase SUB2
分子 | 名称: ATP-dependent RNA helicase SUB2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヘリカーゼ |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: S288c |
分子量 | 理論値: 50.375859 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSHEGEEDLL EYSDNEQEIQ IDASKAAEAG ETGAATSATE GDNNNNTAAG DKKGSYVGIH STGFKDFLLK PELSRAIIDC GFEHPSEVQ QHTIPQSIHG TDVLCQAKSG LGKTAVFVLS TLQQLDPVPG EVAVVVICNA RELAYQIRNE YLRFSKYMPD V KTAVFYGG ...文字列: MSHEGEEDLL EYSDNEQEIQ IDASKAAEAG ETGAATSATE GDNNNNTAAG DKKGSYVGIH STGFKDFLLK PELSRAIIDC GFEHPSEVQ QHTIPQSIHG TDVLCQAKSG LGKTAVFVLS TLQQLDPVPG EVAVVVICNA RELAYQIRNE YLRFSKYMPD V KTAVFYGG TPISKDAELL KNKDTAPHIV VATPGRLKAL VREKYIDLSH VKNFVIDECD KVLEELDMRR DVQEIFRATP RD KQVMMFS ATLSQEIRPI CRRFLQNPLE IFVDDEAKLT LHGLQQYYIK LEEREKNRKL AQLLDDLEFN QVIIFVKSTT RAN ELTKLL NASNFPAITV HGHMKQEERI ARYKAFKDFE KRICVSTDVF GRGIDIERIN LAINYDLTNE ADQYLHRVGR AGRF GTKGL AISFVSSKED EEVLAKIQER FDVKIAEFPE EGIDPSTYLN N |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |
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最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 284361 |