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- EMDB-31669: protomer structure from the dimer of yeast THO complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31669
タイトルprotomer structure from the dimer of yeast THO complex
マップデータ
試料
  • 複合体: THO Complex
    • タンパク質・ペプチド: THO complex subunit HPR1
    • タンパク質・ペプチド: THO complex subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Protein TEX1
    • タンパク質・ペプチド: THO complex subunit MFT1
    • タンパク質・ペプチド: THO complex subunit THP2
キーワードRNA transcription / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoplasmic THO complex / THO complex part of transcription export complex / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase I / transcription export complex / Cdc73/Paf1 complex / mRNA 3'-end processing / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / transcription-coupled nucleotide-excision repair / mRNA export from nucleus / stress granule assembly ...nucleoplasmic THO complex / THO complex part of transcription export complex / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase I / transcription export complex / Cdc73/Paf1 complex / mRNA 3'-end processing / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / transcription-coupled nucleotide-excision repair / mRNA export from nucleus / stress granule assembly / transcription elongation by RNA polymerase II / mRNA processing / DNA recombination / nucleic acid binding / chromosome, telomeric region / molecular adaptor activity / mRNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
THO complex subunit Thp2 / Tho complex subunit THP2 / TREX component Tex1/THOC3 / THO complex subunit 7/Mft1 / THO complex, subunitTHOC2, C-terminal / THO complex, subunitTHOC2, N-terminal / THO complex subunit 2, N-terminal domain / THO complex subunit 2 / Tho complex subunit 7 / Transcription factor/nuclear export subunit protein 2 ...THO complex subunit Thp2 / Tho complex subunit THP2 / TREX component Tex1/THOC3 / THO complex subunit 7/Mft1 / THO complex, subunitTHOC2, C-terminal / THO complex, subunitTHOC2, N-terminal / THO complex subunit 2, N-terminal domain / THO complex subunit 2 / Tho complex subunit 7 / Transcription factor/nuclear export subunit protein 2 / Transcription- and export-related complex subunit / THO complex subunit 2 N-terminus / THO complex, subunit THOC1 / THO complex subunit 1 transcription elongation factor / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
THO complex subunit THP2 / THO complex subunit HPR1 / THO complex subunit MFT1 / THO complex subunit 2 / Protein TEX1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Chen C / Tan M
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Sci Bull (Beijing) / 年: 2021
タイトル: Structural and functional insights into R-loop prevention and mRNA export by budding yeast THO-Sub2 complex.
著者: Cong Chen / Ming Tan / Zhenfang Wu / Yuebin Zhang / Fanyang He / Yanjia Lu / Shaobai Li / Mi Cao / Guohui Li / Jian Wu / Hong Cheng / Ming Lei /
履歴
登録2021年8月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年7月27日-
マップ公開2022年7月27日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_31669.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31669.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 437.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.06369658 - 0.13478668
平均 (標準偏差)0.000001604178 (±0.0017742637)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ486486486
Spacing486486486
セルA=B=C: 534.60004 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : THO Complex

全体名称: THO Complex
要素
  • 複合体: THO Complex
    • タンパク質・ペプチド: THO complex subunit HPR1
    • タンパク質・ペプチド: THO complex subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Protein TEX1
    • タンパク質・ペプチド: THO complex subunit MFT1
    • タンパク質・ペプチド: THO complex subunit THP2

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超分子 #1: THO Complex

超分子名称: THO Complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: S288c

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分子 #1: THO complex subunit HPR1

分子名称: THO complex subunit HPR1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 87.938547 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSNTEELIQN SIGFLQKTFK ALPVSFDSIR HEPLPSSMLH ASVLNFEWEP LEKNISAIHD RDSLIDIILK RFIIDSMTNA IEDEEENNL EKGLLNSCIG LDFVYNSRFN RSNPASWGNT FFELFSTIID LLNSPSTFLK FWPYAESRIE WFKMNTSVEP V SLGESNLI ...文字列:
MSNTEELIQN SIGFLQKTFK ALPVSFDSIR HEPLPSSMLH ASVLNFEWEP LEKNISAIHD RDSLIDIILK RFIIDSMTNA IEDEEENNL EKGLLNSCIG LDFVYNSRFN RSNPASWGNT FFELFSTIID LLNSPSTFLK FWPYAESRIE WFKMNTSVEP V SLGESNLI SYKQPLYEKL RHWNDILAKL ENNDILNTVK HYNMKYKLEN FLSELLPINE ESNFNRSASI SALQESDNEW NR SARERES NRSSDVIFAA DYNFVFYHLI ICPIEFAFSD LEYKNDVDRS LSPLLDAILE IEENFYSKIK MNNRTRYSLE EAL NTEYYA NYDVMTPKLP VYMKHSNAMK MDRNEFWANL QNIKESDDYT LRPTIMDISL SNTTCLYKQL TQEDDDYYRK QFIL QLCFT TNLIRNLISS DETRNFYKSC YLRENPLSDI DFENLDEVNK KRGLNLCSYI CDNRVLKFYK IKDPDFYRVI RKLMS SDEK FTTAKIDGFK EFQNFRISKE KIPPPAFDET FKKFTFIKMG NKLINNVWKI PTGLDKIEQE VKKPEGVYEA AQAKWE SKI SSETSGGEAK DEIIRQWQTL RFLRSRYLFD FDKVNEKTGV DGLFEEPRKV EALDDSFKEK LLYKINQEHR KKLQDAR EY KIGKERKKRA LEEEASFPER EQKIKSQRIN SASQTEGDEL KSEQTQPKGE ISEENTKIKS SEVSSQDPDS GVAGEFAP Q NTTAQLENPK TEDNNAATSN ISNGSSTQDM K

UniProtKB: THO complex subunit HPR1

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分子 #2: THO complex subunit 2

分子名称: THO complex subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 184.163734 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAEQTLLSKL NALSQKVIPP ASPSQASILT EEVIRNWPER SKTLCSDFTA LESNDEKEDW LRTLFIELFD FINKNDENSP LKLSDVASF TNELVNHERQ VSQASIVGKM FIAVSSTVPN INDLTTISLC KLIPSLHEEL FKFSWISSKL LNKEQTTLLR H LLKKSKYE ...文字列:
MAEQTLLSKL NALSQKVIPP ASPSQASILT EEVIRNWPER SKTLCSDFTA LESNDEKEDW LRTLFIELFD FINKNDENSP LKLSDVASF TNELVNHERQ VSQASIVGKM FIAVSSTVPN INDLTTISLC KLIPSLHEEL FKFSWISSKL LNKEQTTLLR H LLKKSKYE LKKYNLLVEN SVGYGQLVAL LILAYYDPDN FSKVSAYLKE IYHIMGKYSL DSIRTLDVIL NVSSQFITEG YK FFIALLR KSDSWPSSHV ANNSNYSSLN EGGNMIAANI ISFNLSQYNE EVDKENYERY MDMCCILLKN GFVNFYSIWD NVK PEMEFL QEYIQNLETE LEEESTKGVE NPLAMAAALS TENETDEDNA LVVNDDVNMK DKISEETNAD IESKGKQKTQ QDIL LFGKI KLLERLLIHG CVIPVIHVLK QYPKVLYVSE SLSRYLGRVF EYLLNPLYTS MTSSGESKDM ATALMITRID NGILA HKPR LIHKYKTHEP FESLELNSSY VFYYSEWNSN LTPFASVNDL FENSHIYLSI IGPYLGRIPT LLSKISRIGV ADIQKN HGS ESLHVTIDKW IDYVRKFIFP ATSLLQNNPI ATSEVYELMK FFPFEKRYFI YNEMMTKLSQ DILPLKVSFN KAEREAK SI LKALSIDTIA KESRRFAKLI STNPLASLVP AVKQIENYDK VSELVVYTTK YFNDFAYDVL QFVLLLRLTY NRPAVQFD G VNQAMWVQRL SIFIAGLAKN CPNMDISNII TYILKTLHNG NIIAVSILKE LIITVGGIRD LNEVNMKQLL MLNSGSPLK QYARHLIYDF RDDNSVISSR LTSFFTDQSA ISEIILLLYT LNLKANTQNS HYKILSTRCD EMNTLLWSFI ELIKHCLKGK AFEENVLPF VELNNRFHLS TPWTFHIWRD YLDNQLNSNE NFSIDELIEG AEFSDVDLTK ISKDLFTTFW RLSLYDIHFD K SLYDERKN ALSGENTGHM SNRKKHLIQN QIKDILVTGI SHQRAFKKTS EFISEKSNVW NKDCGEDQIK IFLQNCVVPR VL FSPSDAL FSSFFIFMAF RTENLMSILN TCITSNILKT LLFCCTSSEA GNLGLFFTDV LKKLEKMRLN GDFNDQASRK LYE WHSVIT EQVIDLLSEK NYMSIRNGIE FMKHVTSVFP VVKAHIQLVY TTLEENLINE EREDIKLPSS ALIGHLKARL KDAL ELDEF CTLTEEEAEQ KRIREMELEE IKNYETACQN EQKQVALRKQ LELNKSQRLQ NDPPKSVASG SAGLNSKDRY TYSRN EPVI PTKPSSSQWS YSKVTRHVDD INHYLATNHL QKAISLVEND DETRNLRKLS KQNMPIFDFR NSTLEIFERY FRTLIQ NPQ NPDFAEKIDS LKRYIKNISR EPYPDTTSSY SEAAAPEYTK RSSRYSGNAG GKDGYGSSNY RGPSNDRSAP KNIKPIS SY AHKRSELPTR PSKSKTYNDR SRALRPTGPD RGDGFDQRDN RLREEYKKNS SQRSQLRFPE KPFQEGKDSS KANPYQAS S YKRDSPSENE EKPNKRFKKD ETIRNKFQTQ DYRNTRDSGA AHRANENQRY NGNRKSNTQA LPQGPKGGNY VSRYQR

UniProtKB: THO complex subunit 2

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分子 #3: Protein TEX1

分子名称: Protein TEX1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 47.229652 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSTIGAVDIL NQKTITSEVA ASVTSKYLQS TFSKGNTSHI EDKRFIHVSS RSHSRFTSTP ITPNEILSLK FHVSGSSMAY SRMDGSLTV WFIKDASFDK SVEVYIPDCC GSDKLATDLS WNPTSLNQIA VVSNSSEISL LLINEKSLTA SKLRTLSLGS K TKVNTCLY ...文字列:
MSTIGAVDIL NQKTITSEVA ASVTSKYLQS TFSKGNTSHI EDKRFIHVSS RSHSRFTSTP ITPNEILSLK FHVSGSSMAY SRMDGSLTV WFIKDASFDK SVEVYIPDCC GSDKLATDLS WNPTSLNQIA VVSNSSEISL LLINEKSLTA SKLRTLSLGS K TKVNTCLY DPLGNWLLAA TKSEKIYLFD VKKDHSSVCS LNISDISQED NDVVYSLAWS NGGSHIFIGF KSGYLAILKA KH GILEVCT KIKAHTGPIT EIKMDPWGRN FITGSIDGNC YVWNMKSLCC ELIINDLNSA VTTLDVCHLG KILGICTEDE MVY FYDLNS GNLLHSKSLA NYKTDPVLKF YPDKSWYIMS GKNDTLSNHF VKNEKNLITY WKDMFDNTMI EKRRKNNGGG NNHN KRTSK NTDRIGKDRP SRFNSKK

UniProtKB: Protein TEX1

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分子 #4: THO complex subunit MFT1

分子名称: THO complex subunit MFT1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 45.055012 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MPLSQKQIDQ VRTKVHYSEV DTPFNKYLDI LGKVTKLTGS IINGTLSNDD SKIEKLTEQN ISQLKESAHL RFLDLQSSID TKKVADENW ETCQQETLAK LENLKDKLPD IKSIHSKLLL RIGKLQGLYD SVQVINREVE GLSEGRTSLV VTRAEWEKEL G TDLVKFLI ...文字列:
MPLSQKQIDQ VRTKVHYSEV DTPFNKYLDI LGKVTKLTGS IINGTLSNDD SKIEKLTEQN ISQLKESAHL RFLDLQSSID TKKVADENW ETCQQETLAK LENLKDKLPD IKSIHSKLLL RIGKLQGLYD SVQVINREVE GLSEGRTSLV VTRAEWEKEL G TDLVKFLI EKNYLKLVDP GLKKDSSEER YRIYDDFSKG PKELESINAS MKSDIENVRQ EVSSYKEKWL RDAEIFGKIT SI FKEELLK RDGLLNEAEG DNIDEDYESD EDEERKERFK RQRSMVEVNT IENVDEKEES DHEYDDQEDE ENEEEDDMEV DVE DIKEDN EVDGESSQQE DNSRQGNNEE TDKETGVIEE PDAVNDAEEA DSDHSSRKLG GTTSDFSASS SVEEVK

UniProtKB: THO complex subunit MFT1

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分子 #5: THO complex subunit THP2

分子名称: THO complex subunit THP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 30.340264 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MTKEEGRTYF ESLCEEEQSL QESQTHLLNI LDILSVLADP RSSDDLLTES LKKLPDLHRE LINSSIRLRY DKYQTREAQL LEDTKTGRD VAAGVQNPKS ISEYYSTFEH LNRDTLRYIN LLKRLSVDLA KQVEVSDPSV TVYEMDKWVP SEKLQGILEQ Y CAPDTDIR ...文字列:
MTKEEGRTYF ESLCEEEQSL QESQTHLLNI LDILSVLADP RSSDDLLTES LKKLPDLHRE LINSSIRLRY DKYQTREAQL LEDTKTGRD VAAGVQNPKS ISEYYSTFEH LNRDTLRYIN LLKRLSVDLA KQVEVSDPSV TVYEMDKWVP SEKLQGILEQ Y CAPDTDIR GVDAQIKNYL DQIKMARAKF GLENKYSLKE RLSTLTKELN HWRKEWDDIE MLMFGDDAHS MKKMIQKIDS LK SEINAPS ESYPVDKEGD IVLE

UniProtKB: THO complex subunit THP2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 393530
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る