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- EMDB-31628: Structure of the Clade 2 C. difficile TcdB in complex with its re... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31628
タイトルStructure of the Clade 2 C. difficile TcdB in complex with its receptor TFPI
マップデータ
試料
  • 複合体: TFPI-TcdB4 complex
    • 複合体: Toxin B
      • タンパク質・ペプチド: Toxin B
    • 複合体: Isoform Beta of Tissue factor pathway inhibitor
      • タンパク質・ペプチド: Isoform Beta of Tissue factor pathway inhibitor
キーワードTcdB4 / TFPI / receptor / complex / TOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of blood coagulation / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / host cell cytosol / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / cellular response to steroid hormone stimulus / endopeptidase inhibitor activity / glycosyltransferase activity / side of membrane / cysteine-type peptidase activity / host cell endosome membrane ...negative regulation of blood coagulation / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / host cell cytosol / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / cellular response to steroid hormone stimulus / endopeptidase inhibitor activity / glycosyltransferase activity / side of membrane / cysteine-type peptidase activity / host cell endosome membrane / serine-type endopeptidase inhibitor activity / caveola / blood coagulation / toxin activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lipid binding / host cell plasma membrane / cell surface / endoplasmic reticulum / proteolysis / extracellular space / extracellular region / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tissue factor pathway inhibitor-like / Dermonecrotic/RTX toxin, membrane localization domain / Membrane Localization Domain / TcdA/TcdB toxin, N-terminal helical domain / TcdB toxin N-terminal helical domain / TcdA/TcdB toxin, catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB toxin, pore forming domain / TcdA/TcdB pore forming domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain ...Tissue factor pathway inhibitor-like / Dermonecrotic/RTX toxin, membrane localization domain / Membrane Localization Domain / TcdA/TcdB toxin, N-terminal helical domain / TcdB toxin N-terminal helical domain / TcdA/TcdB toxin, catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB toxin, pore forming domain / TcdA/TcdB pore forming domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain superfamily / Peptidase C80 family / CGT/MARTX cysteine protease (CPD) domain profile. / Choline-binding repeat / Putative cell wall binding repeat / Cell wall/choline-binding repeat / Cell wall-binding repeat profile. / : / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / Nucleotide-diphospho-sugar transferases
類似検索 - ドメイン・相同性
Tissue factor pathway inhibitor / Toxin B
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridioides difficile (バクテリア) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Luo J / Yang Q
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31970129 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31800128 中国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2022
タイトル: TFPI is a colonic crypt receptor for TcdB from hypervirulent clade 2 C. difficile.
著者: Jianhua Luo / Qi Yang / Xiaofeng Zhang / Yuanyuan Zhang / Li Wan / Xiechao Zhan / Yao Zhou / Liuqing He / Danyang Li / Dazhi Jin / Ying Zhen / Jing Huang / Yanyan Li / Liang Tao /
要旨: The emergence of hypervirulent clade 2 Clostridioides difficile is associated with severe symptoms and accounts for >20% of global infections. TcdB is a dominant virulence factor of C. difficile, ...The emergence of hypervirulent clade 2 Clostridioides difficile is associated with severe symptoms and accounts for >20% of global infections. TcdB is a dominant virulence factor of C. difficile, and clade 2 strains exclusively express two TcdB variants (TcdB2 and TcdB4) that use unknown receptors distinct from the classic TcdB. Here, we performed CRISPR/Cas9 screens for TcdB4 and identified tissue factor pathway inhibitor (TFPI) as its receptor. Using cryo-EM, we determined a complex structure of the full-length TcdB4 with TFPI, defining a common receptor-binding region for TcdB. Residue variations within this region divide major TcdB variants into 2 classes: one recognizes Frizzled (FZD), and the other recognizes TFPI. TFPI is highly expressed in the intestinal glands, and recombinant TFPI protects the colonic epithelium from TcdB2/4. These findings establish TFPI as a colonic crypt receptor for TcdB from clade 2 C. difficile and reveal new mechanisms for CDI pathogenesis.
履歴
登録2021年8月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年2月23日-
マップ公開2022年2月23日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7v1n
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_31628.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31628.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 320 pix.
= 347.84 Å		1.09 Å/pix.
x 320 pix.
= 347.84 Å		1.09 Å/pix.
x 320 pix.
= 347.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.087 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.108103745 - 0.18961984
平均 (標準偏差)0.000026591724 (±0.003734182)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 347.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0871.0871.087
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z347.840347.840347.840
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.1080.1900.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : TFPI-TcdB4 complex

全体名称: TFPI-TcdB4 complex
要素
  • 複合体: TFPI-TcdB4 complex
    • 複合体: Toxin B
      • タンパク質・ペプチド: Toxin B
    • 複合体: Isoform Beta of Tissue factor pathway inhibitor
      • タンパク質・ペプチド: Isoform Beta of Tissue factor pathway inhibitor

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超分子 #1: TFPI-TcdB4 complex

超分子名称: TFPI-TcdB4 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: Toxin B

超分子名称: Toxin B / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 / 詳細: the sequence comes from CD_8864 reference strain
由来(天然)生物種: Clostridioides difficile (バクテリア) / 株: CD_8864 reference strain

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超分子 #3: Isoform Beta of Tissue factor pathway inhibitor

超分子名称: Isoform Beta of Tissue factor pathway inhibitor / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Toxin B

分子名称: Toxin B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: isoform B4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
由来(天然)生物種: Clostridioides difficile (バクテリア)
分子量理論値: 270.454 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSLVNRKQLE KMANVRFRVQ EDEYVAILDA LEEYHNMSEN TVVEKYLKLK DINSLTDTYI DTYKKSGRNK ALKKFKEYLV TEILELKNS NLTPVEKNLH FIWIGGQIND TAINYINQWK DVNSDYNVNV FYDSNAFLIN TLKKTIIESA SNDTLESFRE N LNDPEFNH ...文字列:
MSLVNRKQLE KMANVRFRVQ EDEYVAILDA LEEYHNMSEN TVVEKYLKLK DINSLTDTYI DTYKKSGRNK ALKKFKEYLV TEILELKNS NLTPVEKNLH FIWIGGQIND TAINYINQWK DVNSDYNVNV FYDSNAFLIN TLKKTIIESA SNDTLESFRE N LNDPEFNH TAFFRKRMQI IYDKQQNFIN YYKAQKEENP DLIIDDIVKT YLSNEYSKDI DELNAYIEES LNKVTENSGN DV RNFEEFK TGEVFNLYEQ ELVERWNLAG ASDILRVAIL KNIGGVYLDV DMLPGIHPDL FKDINKPDSV KTAVDWEEMQ LEA IMKYKE YIPEYTSKHF DTLDEEVQSS FESVLASKSD KSEIFLPLGD IEVSPLEVKV AFAKGSIINQ ALISAKDSYC SDLL IKQIQ NRYKILNDTL GPIISQGNDF NTTMNNFGES LGAIANEENI SFIAKIGSYL RVGFYPEANT TITLSGPTIY AGAYK DLLT FKEMSIDTSI LSSELRNFEF PKVNISQATE QEKNSLWQFN EERAKIQFEE YKKNYFEGAL GEDDNLDFSQ NTVTDK EYL LEKISSSTKS SERGYVHYIV QLQGDKISYE AACNLFAKNP YDSILFQKNI EDSEVAYYYN PTDSEIQEID KYRIPDR IS DRPKIKLTLI GHGKAEFNTD IFAGLDVDSL SSEIETIIDL AKADISPKSI EINLLGCNMF SYSVNVEETY PGKLLLRV K DKVSELMPSI SQDSIIVSAN QYEVRINSEG RRELLDHSGE WINKEESIIK DISSKEYISF NPKENKIIVK SKNLPELST LLQEIRNNSN SSDIELEEKV MLAECEINVI SNIETQVVEE RIEEAKSLTS DSINYIKNEF KLIESISDAL YDLKQQNELE ESHFISFED ISKTDEGFSI RFIDKETGES IFVETEKAIF SEYANHITEE ISKLKDTIFD TVNGKLVKKV TLDATHEVNT L NAAFFIQS LIGYNSSKES LSNLSVAMKV QVYAQLFSTG LNTITDAAKV VELVSTALDE TIDLLPTLSE GLPVIATIID GV SLGASIK ELSETSDPLL RQEIEAKIGI MAVNLTAATT AIITSSLGIA SGFSILLVPL AGISAGIPSL VNNELILRAE AKN VVDYFG HISLAESEGA FTLLDDKIMM PQDDLVISEI DFNNNSITLG KCEIWRMEGG SGHTVTDDID HFFSAPSTTY REPY LSIYD VLDVKKEELD LSKDLMVLPN APDRIFGWER GWTPGLRSLE NDGTKLLDRI RDHYEGQFYW RFFAFIADSV ITKLK PRYE DTNIRISLDS NTRSFIVPVI TTEYIREKLS YSFYGSGGTY ALSLSQYNMN INIELNENDT WVIDVDNVVR DVTIES DKI KKGDLIENIL SKLSIEDNKI ILDNHEINFS GTLNGGNGFV SLTFSILEGI NAVIEVDLLS KSYKVLISGE LKTLMAN SN SVQQKIDYIG LNSELQKNIP YSFMDDEGKE NGFINCFTKE GLFVSELSDV VLIIKVYMDN SKPPFGYYSN DLKDVKVI T KDDVIILTGY YLKDDIKISL SFTIQDKNTI KLNGVYLDEN GVAEILKFMN KKGSTNTSDS LMSFLESMNI KSIFIKSLK SNAKLILDTN FIISGTTSIG QFEFICDKDN NIQPYFIKFN TLETKYTLYV GNRQNMIVEP NYNLDDSGDI SSTVINFSQK YLYGIDSCV NKVIISPNIY TDEINITPVH EANNTYPEVI VLDTNYISEK INININDLSI RYVWSNDGSD FILMSTDEEN K VSQVKIRF TNVFKGNTIS DKISFNFSDK QDISINKIIS TFTPSYYVEG LLNYDLGLIS LYNEKFYINN LGMMVSGLVY IN DSLYYFK PPIKNLITGF TTIGDDKYYF NPDNGGAASV GETIIDGKNY YFSQNGVLQT GVFSTEDGFK YFAPADTLDE NLE GEAIDF TGKLIIDENV YYFGDNYRAA IEWQTLDDEV YYFSTDTGRA FKGLNQIGDD KFYFNSDGIM QKGFVNINDK TFYF DDSGV MKSGYTEIDG KYFYFAENGE MQIGVFNTAD GFKYFAHHDE DLGNEEGEAL SYSGILNFNN KIYYFDDSFT AVVGW KDLE DGSKYYFDEN TAEASIGISI INDGKYYFND SGIMQIGFVT INNEVFYFSD SGIVESGMQN IDDNYFYISE NGLVQI GVF DTSDGYKYFA PANTVNDNIY GQAVEYSGLV RVNEDVYSFG ESYTIETGWI YDSENESDKY YFDPETKKAY KGINVID DI KYYFDENGIM RTGLITFEDN HYYFNEDGEM QYGYLNIEDK MFYFSEDGIM QIGVFNTPDG FKYFAHQNTL DENFEGES I NYTGWLDLDE KRYYFTDEYI AATGSVIIDG EEYYFDPDTA QLVISEHHHH HHHH

UniProtKB: Toxin B

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分子 #2: Isoform Beta of Tissue factor pathway inhibitor

分子名称: Isoform Beta of Tissue factor pathway inhibitor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.681633 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MIYTMKKVHA LWASVCLLLN LAPAPLNADS EEDEEHTIIT DTELPPLKLM HSFCAFKADD GPCKAIMKRF FFNIFTRQCE EFIYGGCEG NQNRFESLEE CKKMCTRDNA NRIIKTTLQQ EKPDFCFLEE DPGICRGYIT RYFYNNQTKQ CERFKYGGCL G NMNNFETL ...文字列:
MIYTMKKVHA LWASVCLLLN LAPAPLNADS EEDEEHTIIT DTELPPLKLM HSFCAFKADD GPCKAIMKRF FFNIFTRQCE EFIYGGCEG NQNRFESLEE CKKMCTRDNA NRIIKTTLQQ EKPDFCFLEE DPGICRGYIT RYFYNNQTKQ CERFKYGGCL G NMNNFETL EECKNICEDG PNGFQVDNYG TQLNAVNNSL TPQSTKVPSL FVTKEGTNDG WKNAAHIYQV FLNAFCIHAS MF FLGLDSI SCLC

UniProtKB: Tissue factor pathway inhibitor

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 227825
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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