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- EMDB-31569: Cryo-EM structure of VEEV VLP-LDLRAD3-D1 complex at the 5-fold axes -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31569
タイトルCryo-EM structure of VEEV VLP-LDLRAD3-D1 complex at the 5-fold axes
マップデータCryo-EM structure of VEEV VLP-LDLRAD3-D1 complex at the 5-fold axes
試料
  • 複合体: Venezuelan equine encephalitis virus (strain TC-83)
    • 複合体: Venezuelan equine encephalitis virus (strain TC-83)
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
      • タンパク質・ペプチド: assembly protein E3
      • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein E2
      • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein E1
    • 複合体: LDLRAD3
      • タンパク質・ペプチド: Low-density lipoprotein receptor class A domain-containing protein 3
  • リガンド: CALCIUM ION
機能・相同性
機能・相同性情報


togavirin / regulation of protein processing / T=4 icosahedral viral capsid / receptor-mediated endocytosis / symbiont-mediated suppression of host gene expression / amyloid-beta binding / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell cytoplasm / serine-type endopeptidase activity ...togavirin / regulation of protein processing / T=4 icosahedral viral capsid / receptor-mediated endocytosis / symbiont-mediated suppression of host gene expression / amyloid-beta binding / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell cytoplasm / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / RNA binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein ...: / Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus core protein (CP) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural polyprotein / Low-density lipoprotein receptor class A domain-containing protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Venezuelan equine encephalitis virus (strain TC-83) (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Zhang X / Xiang Y / Ma J / Ma B / Huang C
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Structure of Venezuelan equine encephalitis virus with its receptor LDLRAD3.
著者: Bingting Ma / Cuiqing Huang / Jun Ma / Ye Xiang / Xinzheng Zhang /
要旨: Venezuelan equine encephalitis virus (VEEV) is an enveloped RNA virus that causes encephalitis and potentially mortality in infected humans and equines. At present, no vaccines or drugs are available ...Venezuelan equine encephalitis virus (VEEV) is an enveloped RNA virus that causes encephalitis and potentially mortality in infected humans and equines. At present, no vaccines or drugs are available that prevent or cure diseases caused by VEEV. Low-density lipoprotein receptor class A domain-containing 3 (LDLRAD3) was recently identified as a receptor for the entry of VEEV into host cells. Here we present the cryo-electron microscopy structure of the LDLRAD3 extracellular domain 1 (LDLRAD3-D1) in complex with VEEV virus-like particles at a resolution of 3.0 Å. LDLRAD3-D1 has a cork-like structure and is inserted into clefts formed between adjacent VEEV E2-E1 heterodimers in the viral-surface trimer spikes through hydrophobic and polar contacts. Mutagenesis studies of LDLRAD3-D1 identified residues that are involved in the key interactions with VEEV. Of note, some of the LDLRAD3-D1 mutants showed a significantly increased binding affinity for VEEV, suggesting that LDLRAD3-D1 may serve as a potential scaffold for the development of inhibitors of VEEV entry. Our structures provide insights into alphavirus assembly and the binding of receptors to alphaviruses, which may guide the development of therapeutic countermeasures against alphaviruses.
履歴
登録2021年7月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年10月20日-
マップ公開2021年10月20日-
更新2021年11月17日-
現状2021年11月17日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7ffn
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7ffn
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_31569.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31569.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of VEEV VLP-LDLRAD3-D1 complex at the 5-fold axes
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.32 Å/pix.
x 256 pix.
= 337.92 Å		1.32 Å/pix.
x 256 pix.
= 337.92 Å		1.32 Å/pix.
x 256 pix.
= 337.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.32 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.11799869 - 0.18331027
平均 (標準偏差)0.00063249376 (±0.007943713)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-128-128-128
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 337.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.321.321.32
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z337.920337.920337.920
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ336210602
NX/NY/NZ227193139
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-128-128-128
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.1180.1830.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Venezuelan equine encephalitis virus (strain TC-83)

全体名称: Venezuelan equine encephalitis virus (strain TC-83) (ウイルス)
要素
  • 複合体: Venezuelan equine encephalitis virus (strain TC-83)
    • 複合体: Venezuelan equine encephalitis virus (strain TC-83)
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
      • タンパク質・ペプチド: assembly protein E3
      • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein E2
      • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein E1
    • 複合体: LDLRAD3
      • タンパク質・ペプチド: Low-density lipoprotein receptor class A domain-containing protein 3
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: Venezuelan equine encephalitis virus (strain TC-83)

超分子名称: Venezuelan equine encephalitis virus (strain TC-83) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Venezuelan equine encephalitis virus (strain TC-83) (ウイルス)

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超分子 #2: Venezuelan equine encephalitis virus (strain TC-83)

超分子名称: Venezuelan equine encephalitis virus (strain TC-83) / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2, #4-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: LDLRAD3

超分子名称: LDLRAD3 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3

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分子 #1: Capsid protein

分子名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: togavirin
由来(天然)生物種: Venezuelan equine encephalitis virus (strain TC-83) (ウイルス)
株: TC-83
分子量理論値: 30.980801 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MFPFQPMYPM QPMPYRNPFA APRRPWFPRT DPFLAMQVQE LTRSMANLTF KQRRDAPPEG PSANKPKKEA SQKQKGGGQG KKKKNQGKK KAKTGPPNPK AQNGNKKKTN KKPGKRQRMV MKLESDKTFP IMLEGKINGY ACVVGGKLFR PMHVEGKIDN D VLAALKTK ...文字列:
MFPFQPMYPM QPMPYRNPFA APRRPWFPRT DPFLAMQVQE LTRSMANLTF KQRRDAPPEG PSANKPKKEA SQKQKGGGQG KKKKNQGKK KAKTGPPNPK AQNGNKKKTN KKPGKRQRMV MKLESDKTFP IMLEGKINGY ACVVGGKLFR PMHVEGKIDN D VLAALKTK KASKYDLEYA DVPQNMRADT FKYTHEKPQG YYSWHHGAVQ YENGRFTVPK GVGAKGDSGR PILDNQGRVV AI VLGGVNE GSRTALSVVM WNEKGVTVKY TPENCEQW

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分子 #2: assembly protein E3

分子名称: assembly protein E3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Venezuelan equine encephalitis virus (strain TC-83) (ウイルス)
株: TC-83
分子量理論値: 6.488601 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
SLVTTMCLLA NVTFPCAQPP ICYDRKPAET LAMLSVNVDN PGYDELLEAA VKCPGRKRR

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分子 #3: Low-density lipoprotein receptor class A domain-containing protein 3

分子名称: Low-density lipoprotein receptor class A domain-containing protein 3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.652934 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MWLLGPLCLL LSSAAESQLL PGNNFTNECN IPGNFMCSNG RCIPGAWQCD GLPDCFDKSD EKECPKAKSK GPLEVLFQGP

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分子 #4: Spike glycoprotein E2

分子名称: Spike glycoprotein E2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Venezuelan equine encephalitis virus (strain TC-83) (ウイルス)
株: TC-83
分子量理論値: 47.113746 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: STEELFNEYK LTRPYMARCI RCAVGSCHSP IAIEAVKSDG HDGYVRLQTS SQYGLDSSGN LKGRTMRYDM HGTIKEIPLH QVSLYTSRP CHIVDGHGYF LLARCPAGDS ITMEFKKDSV RHSCSVPYEV KFNPVGRELY THPPEHGVEQ ACQVYAHDAQ N RGAYVEMH ...文字列:
STEELFNEYK LTRPYMARCI RCAVGSCHSP IAIEAVKSDG HDGYVRLQTS SQYGLDSSGN LKGRTMRYDM HGTIKEIPLH QVSLYTSRP CHIVDGHGYF LLARCPAGDS ITMEFKKDSV RHSCSVPYEV KFNPVGRELY THPPEHGVEQ ACQVYAHDAQ N RGAYVEMH LPGSEVDSSL VSLSGSSVTV TPPDGTSALV ECECGGTKIS ETINKTKQFS QCTKKEQCRA YRLQNDKWVY NS DKLPKAA GATLKGKLHV PFLLADGKCT VPLAPEPMIT FGFRSVSLKL HPKNPTYLIT RQLADEPHYT HELISEPAVR NFT VTEKGW EFVWGNHPPK RFWAQETAPG NPHGLPHEVI THYYHRYPMS TILGLSICAA IATVSVAAST WLFCRSRVAC LTPY RLTPN ARIPFCLAVL CCARTARA

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分子 #5: Spike glycoprotein E1

分子名称: Spike glycoprotein E1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Venezuelan equine encephalitis virus (strain TC-83) (ウイルス)
株: TC-83
分子量理論値: 47.952066 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: YEHATTMPSQ AGISYNTIVN RAGYAPLPIS ITPTKIKLIP TVNLEYVTCH YKTGMDSPAI KCCGSQECTP TYRPDEQCKV FTGVYPFMW GGAYCFCDTE NTQVSKAYVM KSDDCLADHA EAYKAHTASV QAFLNITVGE HSIVTTVYVN GETPVNFNGV K ITAGPLST ...文字列:
YEHATTMPSQ AGISYNTIVN RAGYAPLPIS ITPTKIKLIP TVNLEYVTCH YKTGMDSPAI KCCGSQECTP TYRPDEQCKV FTGVYPFMW GGAYCFCDTE NTQVSKAYVM KSDDCLADHA EAYKAHTASV QAFLNITVGE HSIVTTVYVN GETPVNFNGV K ITAGPLST AWTPFDRKIV QYAGEIYNYD FPEYGAGQPG AFGDIQSRTV SSSDLYANTN LVLQRPKAGA IHVPYTQAPS GF EQWKKDK APSLKFTAPF GCEIYTNPIR AENCAVGSIP LAFDIPDALF TRVSETPTLS AAECTLNECV YSSDFGGIAT VKY SASKSG KCAVHVPSGT ATLKEAAVEL TEQGSATIHF STANIHPEFR LQICTSYVTC KGDCHPPKDH IVTHPQYHAQ TFTA AVSKT AWTWLTSLLG GSAVIIIIGL VLATIVAMYV LTNQKHN

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分子 #6: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 726076
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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