[日本語] English
万見
- EMDB-31520: Negative stain map of chained F1-like ATPase complex of Mycoplasm... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31520
タイトルNegative stain map of chained F1-like ATPase complex of Mycoplasma mobile
マップデータ
試料
  • 複合体: Negative stain map of chained F1-like ATPase complex of MYcoplasma mobile
生物種Mycoplasma mobile (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 29.7 Å
データ登録者Toyonaga T / Miyata M
資金援助 日本, 1件
OrganizationGrant number国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)24117002 日本
引用
ジャーナル: mBio / 年: 2021
タイトル: Chained Structure of Dimeric F-like ATPase in Mycoplasma mobile Gliding Machinery.
著者: Takuma Toyonaga / Takayuki Kato / Akihiro Kawamoto / Noriyuki Kodera / Tasuku Hamaguchi / Yuhei O Tahara / Toshio Ando / Keiichi Namba / Makoto Miyata /
要旨: Mycoplasma mobile, a fish pathogen, exhibits gliding motility using ATP hydrolysis on solid surfaces, including animal cells. The gliding machinery can be divided into surface and internal structures. ...Mycoplasma mobile, a fish pathogen, exhibits gliding motility using ATP hydrolysis on solid surfaces, including animal cells. The gliding machinery can be divided into surface and internal structures. The internal structure of the motor is composed of 28 so-called "chains" that are each composed of 17 repeating protein units called "particles." These proteins include homologs of the catalytic α and β subunits of F-ATPase. In this study, we isolated the particles and determined their structures using negative-staining electron microscopy and high-speed atomic force microscopy. The isolated particles were composed of five proteins, MMOB1660 (α-subunit homolog), -1670 (β-subunit homolog), -1630, -1620, and -4530, and showed ATP hydrolyzing activity. The two-dimensional (2D) structure, with dimensions of 35 and 26 nm, showed a dimer of hexameric ring approximately 12 nm in diameter, resembling F-ATPase catalytic (αβ). We isolated the F-like ATPase unit, which is composed of MMOB1660, -1670, and -1630. Furthermore, we isolated the chain and analyzed the three-dimensional (3D) structure, showing that dimers of mushroom-like structures resembling F-ATPase were connected and aligned along the dimer axis at 31-nm intervals. An atomic model of F-ATPase catalytic (αβ) from PS3 was successfully fitted to each hexameric ring of the mushroom-like structure. These results suggest that the motor for gliding shares an evolutionary origin with F-ATPase. Based on the obtained structure, we propose possible force transmission processes in the gliding mechanism. FF-ATPase, a rotary ATPase, is widespread in the membranes of mitochondria, chloroplasts, and bacteria and converts ATP energy with a proton motive force across the membrane by its physical rotation. Homologous protein complexes play roles in ion and protein transport. Mycoplasma mobile, a pathogenic bacterium, was recently suggested to have a special motility system evolutionarily derived from F-ATPase. The present study isolated the protein complex from cells and supported this conclusion by clarifying the detailed structures containing common and novel features as F-ATPase relatives.
#1: ジャーナル: mBio / 年: 2021
タイトル: Chained structure of dimeric F1-like ATPase in Mycoplasma mobile gliding machinery
著者: Toyonaga T / Kato T / Kawamoto A / Kodera K / Hamaguchi T / Tahara YO / Ando T / Namba K / Miyata M
履歴
登録2021年7月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年8月11日-
マップ公開2021年8月11日-
更新2021年9月15日-
現状2021年9月15日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.026
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.026
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_31520.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31520.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 10 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
5.16 Å/pix.
x 138 pix.
= 712.08 Å		5.16 Å/pix.
x 138 pix.
= 712.08 Å		5.16 Å/pix.
x 138 pix.
= 712.08 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.16 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.026 / ムービー #1: 0.026
最小 - 最大-0.05757904 - 0.08018699
平均 (標準偏差)-0.0008774695 (±0.0074919374)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ138138138
Spacing138138138
セルA=B=C: 712.07996 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.165.165.16
M x/y/z138138138
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z712.080712.080712.080
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ200200200
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS138138138
D min/max/mean-0.0580.080-0.001

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Negative stain map of chained F1-like ATPase complex of MYcoplasm...

全体名称: Negative stain map of chained F1-like ATPase complex of MYcoplasma mobile
要素
  • 複合体: Negative stain map of chained F1-like ATPase complex of MYcoplasma mobile

-
超分子 #1: Negative stain map of chained F1-like ATPase complex of MYcoplasm...

超分子名称: Negative stain map of chained F1-like ATPase complex of MYcoplasma mobile
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Mycoplasma mobile (バクテリア)

-
実験情報

-
構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

-
試料調製

緩衝液pH: 7.3
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate

-
電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 1010
撮影フィルム・検出器のモデル: OTHER / 平均電子線量: 100.0 e/Å2
電子線加速電圧: 80 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

-
画像解析

粒子像選択選択した数: 2127
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 29.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 1907
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る