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- EMDB-3148: Electron cryo-microscopy of chikungunya virus in complex with neu... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3148
タイトルElectron cryo-microscopy of chikungunya virus in complex with neutralizing antibody Fab 4J21
マップデータReconstruction of CHIKV VLP in complex with Fab molecules
試料
  • 試料: Electron Cryo-microscopy of Chikungunya VLP in complex with human neutralizing antibody Fab 4J21
  • ウイルス: Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
  • タンパク質・ペプチド: Fab 4J21
キーワードchikungunya virus / neutralizing antibody Fab
生物種Homo sapiens (ヒト) / Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.5 Å
データ登録者Long F / Fong RH / Austin SK / Chen Z / Klose T / Fokine A / Liu Y / Porta J / Sapparapu G / Akahata W ...Long F / Fong RH / Austin SK / Chen Z / Klose T / Fokine A / Liu Y / Porta J / Sapparapu G / Akahata W / Doranz BJ / Crowe JE / Diamond MS / Rossmann MG
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2015
タイトル: Cryo-EM structures elucidate neutralizing mechanisms of anti-chikungunya human monoclonal antibodies with therapeutic activity.
著者: Feng Long / Rachel H Fong / Stephen K Austin / Zhenguo Chen / Thomas Klose / Andrei Fokine / Yue Liu / Jason Porta / Gopal Sapparapu / Wataru Akahata / Benjamin J Doranz / James E Crowe / ...著者: Feng Long / Rachel H Fong / Stephen K Austin / Zhenguo Chen / Thomas Klose / Andrei Fokine / Yue Liu / Jason Porta / Gopal Sapparapu / Wataru Akahata / Benjamin J Doranz / James E Crowe / Michael S Diamond / Michael G Rossmann /
要旨: Chikungunya virus (CHIKV) is a mosquito-transmitted alphavirus that causes severe acute and chronic disease in humans. Although highly inhibitory murine and human monoclonal antibodies (mAbs) have ...Chikungunya virus (CHIKV) is a mosquito-transmitted alphavirus that causes severe acute and chronic disease in humans. Although highly inhibitory murine and human monoclonal antibodies (mAbs) have been generated, the structural basis of their neutralizing activity remains poorly characterized. Here, we determined the cryo-EM structures of chikungunya virus-like particles complexed with antibody fragments (Fab) of two highly protective human mAbs, 4J21 and 5M16, that block virus fusion with host membranes. Both mAbs bind primarily to sites within the A and B domains, as well as to the B domain's β-ribbon connector of the viral glycoprotein E2. The footprints of these antibodies on the viral surface were consistent with results from loss-of-binding studies using an alanine scanning mutagenesis-based epitope mapping approach. The Fab fragments stabilized the position of the B domain relative to the virus, particularly for the complex with 5M16. This finding is consistent with a mechanism of neutralization in which anti-CHIKV mAbs that bridge the A and B domains impede movement of the B domain away from the underlying fusion loop on the E1 glycoprotein and therefore block the requisite pH-dependent fusion of viral and host membranes.
履歴
登録2015年9月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年9月23日-
マップ公開2015年11月25日-
更新2015年11月25日-
現状2015年11月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd-3148-4J2...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3148.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 300.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of CHIKV VLP in complex with Fab molecules
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.39 Å/pix.
x 432 pix.
= 1032.48 Å		2.39 Å/pix.
x 432 pix.
= 1032.48 Å		2.39 Å/pix.
x 432 pix.
= 1032.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.39 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.5 / ムービー #1: 1.5
最小 - 最大-15.54661655 - 15.48305511
平均 (標準偏差)0.09012548 (±1.98130405)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-216-216-216
サイズ432432432
Spacing432432432
セルA=B=C: 1032.4801 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.392.392.39
M x/y/z432432432
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1032.4801032.4801032.480
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-216-216-216
NC/NR/NS432432432
D min/max/mean-15.54715.4830.090

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Electron Cryo-microscopy of Chikungunya VLP in complex with human...

全体名称: Electron Cryo-microscopy of Chikungunya VLP in complex with human neutralizing antibody Fab 4J21
要素
  • 試料: Electron Cryo-microscopy of Chikungunya VLP in complex with human neutralizing antibody Fab 4J21
  • ウイルス: Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
  • タンパク質・ペプチド: Fab 4J21

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超分子 #1000: Electron Cryo-microscopy of Chikungunya VLP in complex with human...

超分子名称: Electron Cryo-microscopy of Chikungunya VLP in complex with human neutralizing antibody Fab 4J21
タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: one Fab binds to one envelope protein on the surface of virus
Number unique components: 2

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超分子 #1: Chikungunya virus

超分子名称: Chikungunya virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Chikungunya VLP / NCBI-ID: 37124 / 生物種: Chikungunya virus / Sci species strain: strain 37997 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: Chikungunya VLP
宿主生物種: Aedes albopictus (ヒトスジシマカ) / 別称: INVERTEBRATES
Host system生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: FreeStyle 293-F
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 700 Å / T番号(三角分割数): 4

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分子 #1: Fab 4J21

分子名称: Fab 4J21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 240 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞: hybridoma
分子量実験値: 50 KDa / 理論値: 50 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.2 / 詳細: PBS
グリッド詳細: 400 mesh ultrathin holey carbon copper grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 110 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 手法: Blot for 6 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
日付2014年7月18日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 120 / 平均電子線量: 22 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 60553 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 37000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The particles were mannually selected using the program EMAN2.
CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: JSPR / 使用した粒子像数: 3149

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5cgy

ソフトウェア名称: EMFit
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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