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- EMDB-3143: Electron microscopy of flagellin/NAIP5/CARD-truncated NLRC4(R288A) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3143
タイトルElectron microscopy of flagellin/NAIP5/CARD-truncated NLRC4(R288A)
マップデータReconstruction of flagellin/NAIP5/CARD-truncated NLRC4(R288A)
試料
  • 試料: Flagellin/NAIP5/CARD-truncated NLRC4(R288A) inflammasome
  • タンパク質・ペプチド: NLRC4
  • タンパク質・ペプチド: Flagellinフラジェリン
  • タンパク質・ペプチド: NAIP5
キーワードinflammasome (インフラマソーム) / NLRC4 / NAIP
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.2 Å
データ登録者Hu ZH / Zhou Q / Zhang CL / Fan SL / Cheng W / Zhao Y / Shao F / Wang HW / Sui SF / Chai JJ
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Structural and biochemical basis for induced self-propagation of NLRC4.
著者: Zehan Hu / Qiang Zhou / Chenlu Zhang / Shilong Fan / Wei Cheng / Yue Zhao / Feng Shao / Hong-Wei Wang / Sen-Fang Sui / Jijie Chai /
要旨: Responding to stimuli, nucleotide-binding domain and leucine-rich repeat-containing proteins (NLRs) oligomerize into multiprotein complexes, termed inflammasomes, mediating innate immunity. ...Responding to stimuli, nucleotide-binding domain and leucine-rich repeat-containing proteins (NLRs) oligomerize into multiprotein complexes, termed inflammasomes, mediating innate immunity. Recognition of bacterial pathogens by NLR apoptosis inhibitory proteins (NAIPs) induces NLR family CARD domain-containing protein 4 (NLRC4) activation and formation of NAIP-NLRC4 inflammasomes. The wheel-like structure of a PrgJ-NAIP2-NLRC4 complex determined by cryogenic electron microscopy at 6.6 angstrom reveals that NLRC4 activation involves substantial structural reorganization that creates one oligomerization surface (catalytic surface). Once activated, NLRC4 uses this surface to catalyze the activation of an inactive NLRC4, self-propagating its active conformation to form the wheel-like architecture. NAIP proteins possess a catalytic surface matching the other oligomerization surface (receptor surface) of NLRC4 but not those of their own, ensuring that one NAIP is sufficient to initiate NLRC4 oligomerization.
履歴
登録2015年9月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年9月23日-
マップ公開2015年10月28日-
更新2015年10月28日-
現状2015年10月28日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3143.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3143.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 825.2 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of flagellin/NAIP5/CARD-truncated NLRC4(R288A)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.2 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.015 / ムービー #1: 0.12
最小 - 最大-0.17053986 - 0.43571782
平均 (標準偏差)-0.00008434 (±0.04080318)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ606060
Spacing606060
セルA=B=C: 251.99998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.24.24.2
M x/y/z606060
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z252.000252.000252.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS606060
D min/max/mean-0.1710.436-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Flagellin/NAIP5/CARD-truncated NLRC4(R288A) inflammasome

全体名称: Flagellin/NAIP5/CARD-truncated NLRC4(R288A) inflammasome
要素
  • 試料: Flagellin/NAIP5/CARD-truncated NLRC4(R288A) inflammasome
  • タンパク質・ペプチド: NLRC4
  • タンパク質・ペプチド: Flagellinフラジェリン
  • タンパク質・ペプチド: NAIP5

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超分子 #1000: Flagellin/NAIP5/CARD-truncated NLRC4(R288A) inflammasome

超分子名称: Flagellin/NAIP5/CARD-truncated NLRC4(R288A) inflammasome
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Flagellin:NAIP5:NLRC4 = 1:1:1 / Number unique components: 3
分子量実験値: 250 KDa / 理論値: 250 KDa

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分子 #1: NLRC4

分子名称: NLRC4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: IPAF / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 別称: mouse
分子量実験値: 100 KDa / 理論値: 100 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組換細胞: sf21 / 組換プラスミド: pFastBac 1

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分子 #2: Flagellin

分子名称: Flagellin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組換細胞: sf21 / 組換プラスミド: pFastBac 1

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分子 #3: NAIP5

分子名称: NAIP5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 別称: mouse
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組換細胞: sf21 / 組換プラスミド: pFastBac 1

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.05 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 25 mM Tris-HCl pH 8.0 and 150 mM NaCl
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Grids with adsorbed protein staind with 2% w/v uranyl acetate for 60 seconds.
グリッド詳細: 200 mesh copper grid with thin carbon film
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 133588 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 80000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
日付2014年12月22日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 106
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.2 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2, RELION1.3 / 使用した粒子像数: 2734
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4kxf

ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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