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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3143 | |||||||||
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タイトル | Electron microscopy of flagellin/NAIP5/CARD-truncated NLRC4(R288A) | |||||||||
![]() | Reconstruction of flagellin/NAIP5/CARD-truncated NLRC4(R288A) | |||||||||
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![]() | inflammasome / NLRC4 / NAIP | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.2 Å | |||||||||
![]() | Hu ZH / Zhou Q / Zhang CL / Fan SL / Cheng W / Zhao Y / Shao F / Wang HW / Sui SF / Chai JJ | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and biochemical basis for induced self-propagation of NLRC4. 著者: Zehan Hu / Qiang Zhou / Chenlu Zhang / Shilong Fan / Wei Cheng / Yue Zhao / Feng Shao / Hong-Wei Wang / Sen-Fang Sui / Jijie Chai / ![]() 要旨: Responding to stimuli, nucleotide-binding domain and leucine-rich repeat-containing proteins (NLRs) oligomerize into multiprotein complexes, termed inflammasomes, mediating innate immunity. ...Responding to stimuli, nucleotide-binding domain and leucine-rich repeat-containing proteins (NLRs) oligomerize into multiprotein complexes, termed inflammasomes, mediating innate immunity. Recognition of bacterial pathogens by NLR apoptosis inhibitory proteins (NAIPs) induces NLR family CARD domain-containing protein 4 (NLRC4) activation and formation of NAIP-NLRC4 inflammasomes. The wheel-like structure of a PrgJ-NAIP2-NLRC4 complex determined by cryogenic electron microscopy at 6.6 angstrom reveals that NLRC4 activation involves substantial structural reorganization that creates one oligomerization surface (catalytic surface). Once activated, NLRC4 uses this surface to catalyze the activation of an inactive NLRC4, self-propagating its active conformation to form the wheel-like architecture. NAIP proteins possess a catalytic surface matching the other oligomerization surface (receptor surface) of NLRC4 but not those of their own, ensuring that one NAIP is sufficient to initiate NLRC4 oligomerization. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 788.3 KB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 10.9 KB 10.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 2.2 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 114.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 242.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 241.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.3 KB | 表示 | |
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-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of flagellin/NAIP5/CARD-truncated NLRC4(R288A) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Flagellin/NAIP5/CARD-truncated NLRC4(R288A) inflammasome
全体 | 名称: Flagellin/NAIP5/CARD-truncated NLRC4(R288A) inflammasome |
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要素 |
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-超分子 #1000: Flagellin/NAIP5/CARD-truncated NLRC4(R288A) inflammasome
超分子 | 名称: Flagellin/NAIP5/CARD-truncated NLRC4(R288A) inflammasome タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Flagellin:NAIP5:NLRC4 = 1:1:1 / Number unique components: 3 |
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分子量 | 実験値: 250 KDa / 理論値: 250 KDa |
-分子 #1: NLRC4
分子 | 名称: NLRC4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: IPAF / コピー数: 1 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 実験値: 100 KDa / 理論値: 100 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() 組換細胞: sf21 / 組換プラスミド: pFastBac 1 |
-分子 #2: Flagellin
分子 | 名称: Flagellin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() 組換細胞: sf21 / 組換プラスミド: pFastBac 1 |
-分子 #3: NAIP5
分子 | 名称: NAIP5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() 組換細胞: sf21 / 組換プラスミド: pFastBac 1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.05 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 25 mM Tris-HCl pH 8.0 and 150 mM NaCl |
染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: Grids with adsorbed protein staind with 2% w/v uranyl acetate for 60 seconds. |
グリッド | 詳細: 200 mesh copper grid with thin carbon film |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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日付 | 2014年12月22日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) 実像数: 106 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 倍率(補正後): 133588 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 80000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
CTF補正 | 詳細: Each micrograph |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.2 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2, RELION1.3 / 使用した粒子像数: 2734 |
FSC曲線 (解像度の算出) | ![]() |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: ![]() |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |