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万見
- EMDB-31420: Marburg virus nucleoprotein-RNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31420
タイトルMarburg virus nucleoprotein-RNA complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Marburgvirus nucleoprotein RNA complex
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoprotein
    • RNA: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
キーワードnucleoprotein / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


viral RNA genome packaging / helical viral capsid / viral budding via host ESCRT complex / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Ebola nucleoprotein / Ebola nucleoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト) / Lake Victoria marburgvirus (strain Angola/2005) (ウイルス) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Fujita FY / Sugita Y
資金援助 日本, 6件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H03494 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19K22529 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19H04831 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)19fk0108113 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)20fk0108270h0001 日本
Japan Science and TechnologyJPMJCR20HA 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural insight into Marburg virus nucleoprotein-RNA complex formation.
著者: Yoko Fujita-Fujiharu / Yukihiko Sugita / Yuki Takamatsu / Kazuya Houri / Manabu Igarashi / Yukiko Muramoto / Masahiro Nakano / Yugo Tsunoda / Ichiro Taniguchi / Stephan Becker / Takeshi Noda /
要旨: The nucleoprotein (NP) of Marburg virus (MARV), a close relative of Ebola virus (EBOV), encapsidates the single-stranded, negative-sense viral genomic RNA (vRNA) to form the helical NP-RNA complex. ...The nucleoprotein (NP) of Marburg virus (MARV), a close relative of Ebola virus (EBOV), encapsidates the single-stranded, negative-sense viral genomic RNA (vRNA) to form the helical NP-RNA complex. The NP-RNA complex constitutes the core structure for the assembly of the nucleocapsid that is responsible for viral RNA synthesis. Although appropriate interactions among NPs and RNA are required for the formation of nucleocapsid, the structural basis of the helical assembly remains largely elusive. Here, we show the structure of the MARV NP-RNA complex determined using cryo-electron microscopy at a resolution of 3.1 Å. The structures of the asymmetric unit, a complex of an NP and six RNA nucleotides, was very similar to that of EBOV, suggesting that both viruses share common mechanisms for the nucleocapsid formation. Structure-based mutational analysis of both MARV and EBOV NPs identified key residues for helical assembly and subsequent viral RNA synthesis. Importantly, most of the residues identified were conserved in both viruses. These findings provide a structural basis for understanding the nucleocapsid formation and contribute to the development of novel antivirals against MARV and EBOV.
履歴
登録2021年6月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月9日-
マップ公開2022年3月9日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7f1m
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7f1m
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_31420.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31420.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.13 Å/pix.
x 512 pix.
= 578.56 Å		1.13 Å/pix.
x 512 pix.
= 578.56 Å		1.13 Å/pix.
x 512 pix.
= 578.56 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.13 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.0 / ムービー #1: 3
最小 - 最大-2.03947 - 10.621826
平均 (標準偏差)0.000000000381426 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-255-255-255
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 578.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.131.131.13
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z578.560578.560578.560
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ330330330
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-255-255-255
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-2.03910.6220.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_31420_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #2

ファイルemd_31420_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_31420_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_31420_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Marburgvirus nucleoprotein RNA complex

全体名称: Marburgvirus nucleoprotein RNA complex
要素
  • 複合体: Marburgvirus nucleoprotein RNA complex
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoprotein
    • RNA: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')

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超分子 #1: Marburgvirus nucleoprotein RNA complex

超分子名称: Marburgvirus nucleoprotein RNA complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Nucleoprotein

分子名称: Nucleoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lake Victoria marburgvirus (strain Angola/2005) (ウイルス)
株: Angola/2005
分子量理論値: 44.165332 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDLHSLLELG TKPTAPHVRN KKVILFDTNH QVSICNQIID AINSGIDLGD LLEGGLLTLC VEHYYNSDKD KFNTSPIAKY LRDAGYEFD VIKNADATRF LDVIPNEPHY SPLILALKTL ESTESQRGRI GLFLSFCSLF LPKLVVGDRA SIEKALRQVT V HQEQGIVT ...文字列:
MDLHSLLELG TKPTAPHVRN KKVILFDTNH QVSICNQIID AINSGIDLGD LLEGGLLTLC VEHYYNSDKD KFNTSPIAKY LRDAGYEFD VIKNADATRF LDVIPNEPHY SPLILALKTL ESTESQRGRI GLFLSFCSLF LPKLVVGDRA SIEKALRQVT V HQEQGIVT YPNHWLTTGH MKVIFGILRS SFILKFVLIY QGVNLVTGHD AYDSIISNSV GQTRFSGLLI VKTVLEFILQ KT DSGVTLH PLVRTSKVKN EVASFKQALS NLARHGEYAP FARVLNLSGI NNLEHGLYPQ LSAIALGVAT AHGSTLAGVN VGE QYQQLR EAAYDAEVKL QRRHEHQEIQ AIAEDDEERK ILEQFHLQKT EITHSQTLAV LSQKREKLAR LAAEIENNI

UniProtKB: Nucleoprotein

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分子 #2: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3') / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 2
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 1.792037 KDa
配列文字列:
UUUUUU

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

濃度1.47 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium choloride
1.0 mMEDTA
10.0 mMTris-HCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Apply 1.25 micro littere of sample from each side of the grid and blot for 7 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2469 / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.5 µm / 倍率（補正後）: 59000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.25 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 30668
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: cylinder created by relion_helix_toolbox
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.0) / 使用した粒子像数: 23545
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.0) / 詳細: RELION 3D classification
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.0)
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 6096 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5z9w


Chain - Chain ID: A / Chain - Residue range: 19-405 / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7f1m:
Marburg virus nucleoprotein-RNA complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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