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基本情報
| 登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31371 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| タイトル | Lasmiditan-bound serotonin 1F (5-HT1F) receptor-Gi protein complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | GPCR / serotonin / Gi / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報Gi/o-coupled serotonin receptor activity / serotonin receptor activity / Serotonin receptors / G protein-coupled serotonin receptor activity / neurotransmitter receptor activity / serotonin binding / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / adenylate cyclase inhibitor activity / positive regulation of protein localization to cell cortex / T cell migration ...Gi/o-coupled serotonin receptor activity / serotonin receptor activity / Serotonin receptors / G protein-coupled serotonin receptor activity / neurotransmitter receptor activity / serotonin binding / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / adenylate cyclase inhibitor activity / positive regulation of protein localization to cell cortex / T cell migration / positive regulation of relaxation of smooth muscle / Adenylate cyclase inhibitory pathway / D2 dopamine receptor binding / adenylate cyclase-inhibiting serotonin receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor binding / cellular response to forskolin / regulation of mitotic spindle organization / chemokine-mediated signaling pathway / Regulation of insulin secretion / neuropeptide signaling pathway / response to prostaglandin E / electron transport chain / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / negative regulation of insulin secretion / G protein-coupled receptor binding / response to peptide hormone / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / centriolar satellite / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G-protein activation / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / photoreceptor disc membrane / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / GDP binding / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / cellular response to prostaglandin E stimulus / heterotrimeric G-protein complex / G-protein beta-subunit binding / G alpha (12/13) signalling events / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / extracellular vesicle / sensory perception of taste / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / sperm principal piece / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / signaling receptor complex adaptor activity / retina development in camera-type eye / GTPase binding / G protein activity / fibroblast proliferation / Ca2+ pathway / midbody / cell cortex / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / G alpha (i) signalling events / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (q) signalling events / chemical synaptic transmission / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / Ras protein signal transduction / periplasmic space / electron transfer activity / cell population proliferation / Extra-nuclear estrogen signaling / ciliary basal body / iron ion binding / G protein-coupled receptor signaling pathway / cell division / lysosomal membrane / GTPase activity / heme binding / centrosome / synapse / dendrite 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
| 生物種 | Homo sapiens (ヒト) / ![]() | |||||||||
| 手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Huang S / Xu P | |||||||||
| 資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2021タイトル: Structural basis for recognition of anti-migraine drug lasmiditan by the serotonin receptor 5-HT-G protein complex. 著者: Sijie Huang / Peiyu Xu / Yangxia Tan / Chongzhao You / Yumu Zhang / Yi Jiang / H Eric Xu / ![]() | |||||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| ムービー |
ムービービューア |
|---|---|
| 構造ビューア | EMマップ: SurfView Molmil Jmol/JSmol |
| 添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
| マップデータ | emd_31371.map.gz | 26.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
|---|---|---|---|---|
| ヘッダ (付随情報) | emd-31371-v30.xml emd-31371.xml | 16 KB 16 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
| 画像 | emd_31371.png | 77.7 KB | ||
| Filedesc metadata | emd-31371.cif.gz | 6.3 KB | ||
| アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31371 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31371 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
| EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
|---|---|
| 「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
| ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31371.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| 投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 密度 |
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| 対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Lasmiditan-bound serotonin 1F (5-HT1F) receptor-Gi protein complex
| 全体 | 名称: Lasmiditan-bound serotonin 1F (5-HT1F) receptor-Gi protein complex |
|---|---|
| 要素 |
|
-超分子 #1: Lasmiditan-bound serotonin 1F (5-HT1F) receptor-Gi protein complex
| 超分子 | 名称: Lasmiditan-bound serotonin 1F (5-HT1F) receptor-Gi protein complex タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 |
|---|
-超分子 #2: receptor-Gi protein complex
| 超分子 | 名称: receptor-Gi protein complex / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3, #5 |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: scFv16
| 超分子 | 名称: scFv16 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4 |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
| 分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
| 分子量 | 理論値: 40.414047 KDa |
| 組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
| 配列 | 文字列: MGCTLSAEDK AAVERSKMID RNLREDGEKA AREVKLLLLG AGESGKNTIV KQMKIIHEAG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI ...文字列: MGCTLSAEDK AAVERSKMID RNLREDGEKA AREVKLLLLG AGESGKNTIV KQMKIIHEAG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI PTQQDVLRTR VKTTGIVETH FTFKDLHFKM FDVGAQRSER KKWIHCFEGV TAIIFCVALS DYDLVLAEDE EM NRMHASM KLFDSICNNK WFTDTSIILF LNKKDLFEEK IKKSPLTICY PEYAGSNTYE EAAAYIQCQF EDLNKRKDTK EIY THFTCS TDTKNVQFVF DAVTDVIIKN NLKDCGLF UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 |
-分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
| 分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
| 分子量 | 理論値: 37.915496 KDa |
| 組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
| 配列 | 文字列: MGSLLQSELD QLRQEAEQLK NQIRDARKAC ADATLSQITN NIDPVGRIQM RTRRTLRGHL AKIYAMHWGT DSRLLVSASQ DGKLIIWDS YTTNKVHAIP LRSSWVMTCA YAPSGNYVAC GGLDNICSIY NLKTREGNVR VSRELAGHTG YLSCCRFLDD N QIVTSSGD ...文字列: MGSLLQSELD QLRQEAEQLK NQIRDARKAC ADATLSQITN NIDPVGRIQM RTRRTLRGHL AKIYAMHWGT DSRLLVSASQ DGKLIIWDS YTTNKVHAIP LRSSWVMTCA YAPSGNYVAC GGLDNICSIY NLKTREGNVR VSRELAGHTG YLSCCRFLDD N QIVTSSGD TTCALWDIET GQQTTTFTGH TGDVMSLSLA PDTRLFVSGA CDASAKLWDV REGMCRQTFT GHESDINAIC FF PNGNAFA TGSDDATCRL FDLRADQELM TYSHDNIICG ITSVSFSKSG RLLLAGYDDF NCNVWDALKA DRAGVLAGHD NRV SCLGVT DDGMAVATGS WDSFLKIWN UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 |
-分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
| 分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
| 分子量 | 理論値: 7.861143 KDa |
| 組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
| 配列 | 文字列: MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 |
-分子 #4: scFv16
| 分子 | 名称: scFv16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: ![]() |
| 分子量 | 理論値: 26.466486 KDa |
| 組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
| 配列 | 文字列: DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS ...文字列: DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS NGNTYLYWFL QRPGQSPQLL IYRMSNLASG VPDRFSGSGS GTAFTLTISR LEAEDVGVYY CMQHLEYPLT FG AGTKLEL K |
-分子 #5: Soluble cytochrome b562,5-hydroxytryptamine receptor 1F
| 分子 | 名称: Soluble cytochrome b562,5-hydroxytryptamine receptor 1F タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
| 分子量 | 理論値: 57.620457 KDa |
| 組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
| 配列 | 文字列: DYKDDDDAKL QTMHHHHHHH HHHADLEDNW ETLNDNLKVI EKADNAAQVK DALTKMRAAA LDAQKATPPK LEDKSPDSPE MKDFRHGFD ILVGQIDDAL KLANEGKVKE AQAAAEQLKT TRNAYIQKYL ASENLYFQGG TMDFLNSSDQ NLTSEELLNR M PSKILVSL ...文字列: DYKDDDDAKL QTMHHHHHHH HHHADLEDNW ETLNDNLKVI EKADNAAQVK DALTKMRAAA LDAQKATPPK LEDKSPDSPE MKDFRHGFD ILVGQIDDAL KLANEGKVKE AQAAAEQLKT TRNAYIQKYL ASENLYFQGG TMDFLNSSDQ NLTSEELLNR M PSKILVSL TLSGLALMTT TINSLVIAAI IVTRKLHHPA NYLICSLAVT DFLVAVLVMP FSIVYIVRES WIMGQVVCDI WL SVDITCC TCSILHLSAI ALDRYRAITD AVEYARKRTP KHAGIMITIV WIISVFISMP PLFWRHQGTS RDDECIIKHD HIV STIYST FGAFYIPLAL ILILYYKIYR AAKTLYHKRQ ASRIAKEEVN GQVLLESGEK STKSVSTSYV LEKSLSDPST DFDK IHSTV RSLRSEFKHE KSWRRQKISG TRERKAATTL GLILGAFVIC WLPFFVKELV VNVCDKCKIS EEMSNFLAWL GYLNS LINP LIYTIFNEDF KKAFQKLVRC RC UniProtKB: Soluble cytochrome b562, 5-hydroxytryptamine receptor 1F |
-分子 #6: 2,4,6-tris(fluoranyl)-N-[6-(1-methylpiperidin-4-yl)carbonylpyridi...
| 分子 | 名称: 2,4,6-tris(fluoranyl)-N-[6-(1-methylpiperidin-4-yl)carbonylpyridin-2-yl]benzamide タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: 05X |
|---|---|
| 分子量 | 理論値: 377.36 Da |
| Chemical component information | ![]() ChemComp-05X: |
-実験情報
-構造解析
| 手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
|---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
| 試料の集合状態 | particle |
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試料調製
| 緩衝液 | pH: 7.4 |
|---|---|
| 凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
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電子顕微鏡法
| 顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
|---|---|
| 撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 65.0 e/Å2 |
| 電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER |
| 電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER |
| 実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
| 初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
|---|---|
| 最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 263350 |
| 初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
| 最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
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万見について



キーワード
Homo sapiens (ヒト)
データ登録者
中国, 1件
引用
UCSF Chimera









































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Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

