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- EMDB-31350: Barley photosystem I-LHCI-Lhca6 supercomplex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31350
タイトルBarley photosystem I-LHCI-Lhca6 supercomplex
マップデータPSI-LHCI-A6 supercomplex
試料
  • 複合体: PSI-LHCI-Lhca6 supercomplex of Barley
    • タンパク質・ペプチド: x 15種
  • リガンド: x 11種
キーワードPhotosystem I / Light-harvesting complex / Lhca6 / cyclic electron transport / Photosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity ...photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / electron transfer activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I PsaA ...Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
類似検索 - 構成要素
生物種Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ) / Hordeum vulgare (オオムギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.88 Å
データ登録者Wang WD / Shen L
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of SciencesQYZDY-SSW-SMC003 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Architecture of the chloroplast PSI-NDH supercomplex in Hordeum vulgare.
著者: Liangliang Shen / Kailu Tang / Wenda Wang / Chen Wang / Hangjun Wu / Zhiyuan Mao / Shaoya An / Shenghai Chang / Tingyun Kuang / Jian-Ren Shen / Guangye Han / Xing Zhang /
要旨: The chloroplast NADH dehydrogenase-like (NDH) complex is composed of at least 29 subunits and has an important role in mediating photosystem I (PSI) cyclic electron transport (CET). The NDH complex ...The chloroplast NADH dehydrogenase-like (NDH) complex is composed of at least 29 subunits and has an important role in mediating photosystem I (PSI) cyclic electron transport (CET). The NDH complex associates with PSI to form the PSI-NDH supercomplex and fulfil its function. Here, we report cryo-electron microscopy structures of a PSI-NDH supercomplex from barley (Hordeum vulgare). The structures reveal that PSI-NDH is composed of two copies of the PSI-light-harvesting complex I (LHCI) subcomplex and one NDH complex. Two monomeric LHCI proteins, Lhca5 and Lhca6, mediate the binding of two PSI complexes to NDH. Ten plant chloroplast-specific NDH subunits are presented and their exact positions as well as their interactions with other subunits in NDH are elucidated. In all, this study provides a structural basis for further investigations on the functions and regulation of PSI-NDH-dependent CET.
履歴
登録2021年5月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年1月12日-
マップ公開2022年1月12日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_31350.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31350.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈PSI-LHCI-A6 supercomplex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.307 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.43 / ムービー #1: 0.5
最小 - 最大-1.7327698 - 4.5609584
平均 (標準偏差)-0.0008927759 (±0.074390866)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 575.08 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.3071.3071.307
M x/y/z440440440
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z575.080575.080575.080
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS440440440
D min/max/mean-1.7334.561-0.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : PSI-LHCI-Lhca6 supercomplex of Barley

全体名称: PSI-LHCI-Lhca6 supercomplex of Barley
要素
  • 複合体: PSI-LHCI-Lhca6 supercomplex of Barley
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit D
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit E
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit F
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit H
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VIII
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit K
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit L
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein Lhca1
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein Lhca3
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein Lhca6
  • リガンド: CHLOROPHYLL A ISOMER
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: PHYLLOQUINONE
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: CHLOROPHYLL B
  • リガンド: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

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超分子 #1: PSI-LHCI-Lhca6 supercomplex of Barley

超分子名称: PSI-LHCI-Lhca6 supercomplex of Barley / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#15
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)

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分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
分子量理論値: 82.29207 KDa
配列文字列: EVKIVVDRDP VKTSFEEWAR PGHFSRTLAK GPDTTTWIWN LHADAHDFDS HTGDLEEISR KVFSAHFGQL SIIFLWLSGM YFHGARFSN YEAWLSDPTH IGPSAQVVWP IVGQEILNGD VGGGFRGIQI TSGFFQLWRA SGITSELQLY CTAIGALVFA A LMLFAGWF ...文字列:
EVKIVVDRDP VKTSFEEWAR PGHFSRTLAK GPDTTTWIWN LHADAHDFDS HTGDLEEISR KVFSAHFGQL SIIFLWLSGM YFHGARFSN YEAWLSDPTH IGPSAQVVWP IVGQEILNGD VGGGFRGIQI TSGFFQLWRA SGITSELQLY CTAIGALVFA A LMLFAGWF HYHKAAPKLA WFQDVESMLN HHLAGLLGLG SLSWAGHQIH VSLPINQFLD AGVDPKEIPL PHEFILNRDL LA QLYPSFA EGATPFFTLN WSKYAEFLTF RGGLDPVTGG LWLTDIAHHH LAIAILFLIA GHMYRTNWGI GHGLKDILEA HKG PFTGQG HKGLYEILTT SWHAQLSLNL AMLGSTTIVV AHHMYSMPPY PYLATDYGTQ LSLFTHHMWI GGFLIVGAAA HAAI FMVRD YDPTTRYNDL LDRVLRHRDA IISHLNWVCI FLGFHSFGLY IHNDTMSALG RPQDMFSDTA IQLQPIFAQW VQNIH ATAP GVTAPGATTS TSLTWGGGEL VAVGGKVALL PIPLGTADFL VHHIHAFTIH VTVLILLKGV LFARSSRLIP DKANLG FRF PCDGPGRGGT CQVSAWDHVF LGLFWMYNAI SVVIFHFSWK MQSDVWGTIS DQGVVTHITG GNFAQSSITI NGWLRDF LW AQASQVIQSY GSSLSAYGLF FLGAHFVWAF SLMFLFSGRG YWQELIESIV WAHNKLKVAP ATQPRALSII QGRAVGVT H YLLGGIATTW AFFLARIIAV G

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

+
分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
分子量理論値: 82.562719 KDa
配列文字列: ELRFPRFSQG LAQDPTTRRI WFGIATAHDF ESHDDITEER LYQNIFASHF GQLAIIFLWT SGNLFHVAWQ GNFESWIQDP LHVRPIAHA IWDPHFGQPA VEAFTRGGAA GPVNIAYSGV YQWWYTIGLR TNEDLYTGAL FLLFLSTLSL IASWLHLQPK W KPSLSWFK ...文字列:
ELRFPRFSQG LAQDPTTRRI WFGIATAHDF ESHDDITEER LYQNIFASHF GQLAIIFLWT SGNLFHVAWQ GNFESWIQDP LHVRPIAHA IWDPHFGQPA VEAFTRGGAA GPVNIAYSGV YQWWYTIGLR TNEDLYTGAL FLLFLSTLSL IASWLHLQPK W KPSLSWFK NAESRLNHHL SGLFGVSSLA WTGHLVHVAI PASRGEYVRW NNFLDVLPYP QGLGPLLTGQ WNLYAQNPDS SN HLFGTAQ GAGTAILTLL GGFHPQTQSL WLTDMAHHHL AIAFIFLIAG HMYRTNFGIG HSIKDLLEAH TPPGGRLGRG HKG LYDTIN NSIHFQLGLA LASLGVITSL VAQHMYSLPP YAFIAQDFTT QAALYTHHQY IAGFIMTGAF AHGAIFFIRD YNPE QNEDN VLARMLDHKE AIISHLSWAS LFLGFHTLGL YVHNDVMLAF GTPEKQILIE PIFAQWIQSA HGKTTYGFDI LLSST NGPA FNAGRSLWLP GWLNAVNENS NSLFLTIGPG DFLVHHAIAL GLHTTTLILV KGALDARGSK LMPDKKDFGY SFPCDG PGR GGTCDISAWD AFYLAVFWML NTIGWVTFYW HWKHITLWQG NVSQFNESST YLMGWLRDYL WLNSSQLING YNPFGMN SL SVWAWMFLFG HLVWATGFMF LISWRGYWQE LIETLAWAHE RTPLANLIRW RDKPVALSIV QARLVGLAHF SVGYIFTY A AFLIASTSGK FG

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

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分子 #3: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
分子量理論値: 8.909345 KDa
配列文字列:
MSHSVKIYDT CIGCTQCVRA CPTDVLEMIP WDGCKAKQIA SAPRTEDCVG CKRCESACPT DFLSVRVYLG PETTRSMALS Y

+
分子 #4: Photosystem I reaction center subunit D

分子名称: Photosystem I reaction center subunit D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
分子量理論値: 15.801046 KDa
配列文字列:
GFVPPQLDPS TPSPIFGGST GGLLRKAQVE EFYVITWTSP KEQVFEMPTG GAAIMREGPN LLKLARKEQC LALGNRLRSK YKIAYQFYR VFPNGEVQYL HPKDGVYPEK VNAGRQGVGQ NFRSIGKNVS PIEVKFTGKN SFD

+
分子 #5: Photosystem I reaction center subunit E

分子名称: Photosystem I reaction center subunit E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
分子量理論値: 7.679707 KDa
配列文字列:
KPPPRGPKRG TKVKILRRES YWYNGTGSVV TVDQDPNTRY PVVVRFAKVN YAGVSTNNYA LDEIKEVA

+
分子 #6: Photosystem I reaction center subunit F

分子名称: Photosystem I reaction center subunit F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
分子量理論値: 17.488256 KDa
配列文字列:
DIAGLTPCKE SKAFAKREKQ SVKKLNSSLK KYAPDSAPAL AIQATIDKTK RRFENYGKFG LLCGSDGLPH LIVSGDQRHW GEFITPGVL FLYIAGWIGW VGRSYLIAVS GEKKPAMREI IIDVELAARI IPRGFIWPVA AYRELINGDL VVDDADIGY

+
分子 #7: Photosystem I reaction center subunit H

分子名称: Photosystem I reaction center subunit H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
分子量理論値: 6.431653 KDa
配列文字列:
LQSKFFNTFA APFTKRGLLL KFLLIGGGSL VAYVSASASP DLLPIKKGPQ LPPTPGPRGK I

+
分子 #8: Photosystem I reaction center subunit VIII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
分子量理論値: 3.338116 KDa
配列文字列:
NLPSIFVPLV GLVFPAIAMT SLFLYVQKKK

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit VIII

+
分子 #9: Photosystem I reaction center subunit IX

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
分子量理論値: 4.74762 KDa
配列文字列:
MRDIKTYLSV APVLSTLWFG ALAGLLIEIN RLFPDALSFP FF

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit IX

+
分子 #10: Photosystem I reaction center subunit K

分子名称: Photosystem I reaction center subunit K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
分子量理論値: 8.502845 KDa
配列文字列:
YIGSSTNLIM VTTTTLMLFA GRFGLAPSAN RKATAGLKLE ARESGLQTGD PAGFTLADTL ACGAVGHIMG VGIVLGLKNT GVLD

+
分子 #11: Photosystem I reaction center subunit L

分子名称: Photosystem I reaction center subunit L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
分子量理論値: 15.512774 KDa
配列文字列:
SLETPVTSSP LVAWYLSNLP AYRTAVSPLL RGIEVGLAHG YLLVGPFALT GPLRNTPVHG QAGTLGAIGL VSILSVCLTM YGVASFNEG EPSTAPVLTL TGRKKEADKL QTAEGWSQFT GGFFFGGVSG AVWAYFLLYV LDLPYFF

+
分子 #12: Chlorophyll a-b binding protein Lhca1

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein Lhca1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
分子量理論値: 21.278209 KDa
配列文字列: EWFPGQPRPA HLDGSSPGDF GFDPLGLATV PENFERFKES EIYHCRWAML CVPGVLVPEA LGLGNWVKAQ EWAALPDGQA TYLGNPVPW GNLPTILAIE FLAIAFAEQQ RTMEKDPEKK KYPGGAFDPL GFSKDPAKFE ELKLKEIKNG RLAMLAFVGF C VQQSAYPG ...文字列:
EWFPGQPRPA HLDGSSPGDF GFDPLGLATV PENFERFKES EIYHCRWAML CVPGVLVPEA LGLGNWVKAQ EWAALPDGQA TYLGNPVPW GNLPTILAIE FLAIAFAEQQ RTMEKDPEKK KYPGGAFDPL GFSKDPAKFE ELKLKEIKNG RLAMLAFVGF C VQQSAYPG TGPLENLATH LADPWHNNIG DIVIP

+
分子 #13: Chlorophyll a-b binding protein Lhca3

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein Lhca3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
分子量理論値: 24.395947 KDa
配列文字列: RQLWFASKQS LTYLDGTLPG DFGFDPLGLS DPEGTGGFIE PRWLAYGEIF NGRTAMMGVV GMIAPEALGK VGLVPPETAI PWFQAGAIP PAGTYQYWAD PYTLFVFEMA LIGFAEHRRL QDWYNPGSMG KQYFLGLEKY LGGSGDPAYP GGPIFNPLGF G TKSEKEMK ...文字列:
RQLWFASKQS LTYLDGTLPG DFGFDPLGLS DPEGTGGFIE PRWLAYGEIF NGRTAMMGVV GMIAPEALGK VGLVPPETAI PWFQAGAIP PAGTYQYWAD PYTLFVFEMA LIGFAEHRRL QDWYNPGSMG KQYFLGLEKY LGGSGDPAYP GGPIFNPLGF G TKSEKEMK ELKLKEIKNG RLAMLAFLGM SLQAIFTGVG PFQNLLDHLS DPVNNNILTS LKFH

+
分子 #14: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare (オオムギ)
分子量理論値: 21.97685 KDa
配列文字列: KGSWLPGLQS PAYLDGSLAG DNGFDPLALA EDPEDLRWFV QAELVNGRWA MLGVAGMLIP EVLTKAGLLN APEWYDAGKE TYFASSSTL FVIEFILFHY VEIRRWQDIK NPGSVNQDPI FKSYSLPPHE CGYPGSVFNP LNFAPTLENK EKELANGRLA M LAFLGFLV ...文字列:
KGSWLPGLQS PAYLDGSLAG DNGFDPLALA EDPEDLRWFV QAELVNGRWA MLGVAGMLIP EVLTKAGLLN APEWYDAGKE TYFASSSTL FVIEFILFHY VEIRRWQDIK NPGSVNQDPI FKSYSLPPHE CGYPGSVFNP LNFAPTLENK EKELANGRLA M LAFLGFLV QHNVTGKGPF ENLQQHLADP WHNTIIQTI

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #15: Chlorophyll a-b binding protein Lhca6

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein Lhca6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
分子量理論値: 23.90416 KDa
配列文字列: TVCEPLGPDR PVWFPGTAPP PWLDGSLPGD FGFDPLGFGS EPESLRWFAQ AELMHGRWAM LAVAGILIPE ILQKWGFMEE FSWYTAGER EYFADPWTLF VTQMALMGWV EGRRWMDYLN PGSVDIEPRF PNRKNPTPDV GYPGGLWFDW GNWGRGSPEP V MVLRTKEI ...文字列:
TVCEPLGPDR PVWFPGTAPP PWLDGSLPGD FGFDPLGFGS EPESLRWFAQ AELMHGRWAM LAVAGILIPE ILQKWGFMEE FSWYTAGER EYFADPWTLF VTQMALMGWV EGRRWMDYLN PGSVDIEPRF PNRKNPTPDV GYPGGLWFDW GNWGRGSPEP V MVLRTKEI KNGRLAMLAF VGFWFQVVYT GQGPLDNLFA HLADPGHCNI FSA

+
分子 #16: CHLOROPHYLL A ISOMER

分子名称: CHLOROPHYLL A ISOMER / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 1 / 式: CL0
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CL0:
CHLOROPHYLL A ISOMER

+
分子 #17: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 137 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #18: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 2 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン

+
分子 #19: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 5 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #20: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 25 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン

+
分子 #21: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #22: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 2 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #23: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 2 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #24: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

分子名称: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 6 / 式: LUT
分子量理論値: 568.871 Da
Chemical component information

ChemComp-LUT:
(3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

+
分子 #25: CHLOROPHYLL B

分子名称: CHLOROPHYLL B / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 11 / 式: CHL
分子量理論値: 907.472 Da
Chemical component information

ChemComp-CHL:
CHLOROPHYLL B

+
分子 #26: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BE...

分子名称: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 2 / 式: XAT
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-XAT:
(3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / 13-cis-ビオラキサンチン

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.88 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 103844
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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