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- EMDB-31307: Chloroplast NDH complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31307
タイトルChloroplast NDH complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Chloroplast NDH complex of Barley
    • タンパク質・ペプチド: x 25種
  • リガンド: x 4種
機能・相同性
機能・相同性情報


NADH dehydrogenase complex / トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / ubiquinone binding / photosynthesis, light reaction / chloroplast thylakoid membrane / NADH dehydrogenase activity / respiratory chain complex I / electron transport coupled proton transport / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity ...NADH dehydrogenase complex / トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / ubiquinone binding / photosynthesis, light reaction / chloroplast thylakoid membrane / NADH dehydrogenase activity / respiratory chain complex I / electron transport coupled proton transport / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / ATP synthesis coupled electron transport / quinone binding / aerobic respiration / mitochondrial membrane / NAD binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
: / NADH-quinone oxidoreductase chain 4 / NADH-plastoquinone oxidoreductase, subunit I / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2, N-terminal / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2 N-terminal / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3, bacterial/plastid / NAD(P)H-quinone oxidoreductase, subunit N/subunit 2 / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6, subunit NuoJ / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6 / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6 ...: / NADH-quinone oxidoreductase chain 4 / NADH-plastoquinone oxidoreductase, subunit I / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2, N-terminal / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2 N-terminal / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3, bacterial/plastid / NAD(P)H-quinone oxidoreductase, subunit N/subunit 2 / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6, subunit NuoJ / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6 / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6 / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 20 Kd subunit signature. / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / NADH-quinone oxidoreductase, chain I / NADH-quinone oxidoreductase, chain M/4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/K / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit D/H / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 49kDa subunit, conserved site / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/Mnh complex subunit C1-like / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 4L / Respiratory chain NADH dehydrogenase 49 Kd subunit signature. / NADH-quinone oxidoreductase, subunit D / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 49 Kd subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, membrane subunit / Proton-conducting membrane transporter / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 3 superfamily / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 1. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 2. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1/F420H2 oxidoreductase subunit H / NADH dehydrogenase / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 4L, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 6, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 1, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit K, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit H, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase chain 4, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ) / Hordeum vulgare (オオムギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Wang WD / Shen L / Tang K / Han GY / Zhang X / Shen JR
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of SciencesQYZDY-SSW-SMC003 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Architecture of the chloroplast PSI-NDH supercomplex in Hordeum vulgare.
著者: Liangliang Shen / Kailu Tang / Wenda Wang / Chen Wang / Hangjun Wu / Zhiyuan Mao / Shaoya An / Shenghai Chang / Tingyun Kuang / Jian-Ren Shen / Guangye Han / Xing Zhang /
要旨: The chloroplast NADH dehydrogenase-like (NDH) complex is composed of at least 29 subunits and has an important role in mediating photosystem I (PSI) cyclic electron transport (CET). The NDH complex ...The chloroplast NADH dehydrogenase-like (NDH) complex is composed of at least 29 subunits and has an important role in mediating photosystem I (PSI) cyclic electron transport (CET). The NDH complex associates with PSI to form the PSI-NDH supercomplex and fulfil its function. Here, we report cryo-electron microscopy structures of a PSI-NDH supercomplex from barley (Hordeum vulgare). The structures reveal that PSI-NDH is composed of two copies of the PSI-light-harvesting complex I (LHCI) subcomplex and one NDH complex. Two monomeric LHCI proteins, Lhca5 and Lhca6, mediate the binding of two PSI complexes to NDH. Ten plant chloroplast-specific NDH subunits are presented and their exact positions as well as their interactions with other subunits in NDH are elucidated. In all, this study provides a structural basis for further investigations on the functions and regulation of PSI-NDH-dependent CET.
履歴
登録2021年5月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年12月29日-
マップ公開2021年12月29日-
更新2022年2月9日-
現状2022年2月9日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_31307.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31307.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.31 Å/pix.
x 440 pix.
= 575.08 Å		1.31 Å/pix.
x 440 pix.
= 575.08 Å		1.31 Å/pix.
x 440 pix.
= 575.08 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.307 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.3 / ムービー #1: 5
最小 - 最大-17.533674 - 38.92473
平均 (標準偏差)5.838137e-12 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 575.08 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.3071.3071.307
M x/y/z440440440
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z575.080575.080575.080
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ440440440
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS440440440
D min/max/mean-17.53438.9250.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Chloroplast NDH complex of Barley

全体名称: Chloroplast NDH complex of Barley
要素
  • 複合体: Chloroplast NDH complex of Barley
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 1, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase chain 4, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 4L, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 6, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit H, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit J
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit K, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit L
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit M
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit N
    • タンパク質・ペプチド: Unidentified stromal protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex L1
    • タンパク質・ペプチド: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex L2
    • タンパク質・ペプチド: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex L3
    • タンパク質・ペプチド: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex L4
    • タンパク質・ペプチド: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex L5
    • タンパク質・ペプチド: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B1
    • タンパク質・ペプチド: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B2
    • タンパク質・ペプチド: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B3
    • タンパク質・ペプチド: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B4
    • タンパク質・ペプチド: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B5
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER

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超分子 #1: Chloroplast NDH complex of Barley

超分子名称: Chloroplast NDH complex of Barley / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#25
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)

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分子 #1: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 1, chloroplastic

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 1, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare (オオムギ)
分子量理論値: 38.544336 KDa
配列文字列: SKLELLKEVY GLISILPILT LLLGITIEVL VIVWLEREIS ASIQQRIGPE YAGPLGLLQA IADGTKLLFK EDILPSRGDI SLFSIGPSI AVISVLLSFL VIPLGYHFVL ADLSIGVFLW IAISSIAPIG LLMAGYSSNN KYSFLGGLRA AAQSISYEIP L TFCVLAIS ...文字列:
SKLELLKEVY GLISILPILT LLLGITIEVL VIVWLEREIS ASIQQRIGPE YAGPLGLLQA IADGTKLLFK EDILPSRGDI SLFSIGPSI AVISVLLSFL VIPLGYHFVL ADLSIGVFLW IAISSIAPIG LLMAGYSSNN KYSFLGGLRA AAQSISYEIP L TFCVLAIS LLSNSLSTVD IVEAQSKYGF FGWNIWRQPI GFLVFLISSL AECERLPFDL PEAEEELVAG YQTEYSGIKY GL FYLVSYL NLLVSSLFVT VLYLGGWNFS IPYISFFDFF QMNKAVGILE MTMGIFITLT KAYLFLFISI TIRWTLPRMR MDQ LLNLGW KFLLPISLGN LLLTTSFQLV

+
分子 #2: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2, chloroplastic

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
分子量理論値: 53.45232 KDa
配列文字列: NGSFIFPECI LIFGLILLLM IDSTSDQKDR PWFYFISSTS LVISITALLF RWREEPIISF SGNFQTNNFN EIFQFLILLC STLCIPLSV EYIECTEMAI TEFLLFVLTA TLGGMFLCGA NDLITIFVAP ECFSLCSYLL SGYTKRDLRS NEATMKYLLM G GASSSILV ...文字列:
NGSFIFPECI LIFGLILLLM IDSTSDQKDR PWFYFISSTS LVISITALLF RWREEPIISF SGNFQTNNFN EIFQFLILLC STLCIPLSV EYIECTEMAI TEFLLFVLTA TLGGMFLCGA NDLITIFVAP ECFSLCSYLL SGYTKRDLRS NEATMKYLLM G GASSSILV HGFSWLYGSS GGEIELQEIV NGLINTQMYN SPGISIALIS ITVGLGFKLS PAPFHQWTPD VYEGSPTPVV AF LSVTSKV AASASATRIL DIPFYFSSNE WHLLLEILAI LSMILGNLLA ITQTSMKRML AYSSIGQIGY VIIGIIVGDS NDG YASMIT YMLFYISMNL GTFACIVLFG LRTGTDNIRD YAGLYMKDPF LALSLALCLL SLGGLPPLAG FFGKLYLFWC GWQA GLYFL VSIGLLTSVL SIYYYLKIIK LLMTGRNQEI TPYVRNYRRS PLRSNNSIEL SMTVCVIAST IPGISMNPIL AIAQD TLF

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分子 #3: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3, chloroplastic

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
分子量理論値: 13.299608 KDa
配列文字列:
LHEYDIFWTF LIIASLIPIL AFSISGLLAP VSEGPEKLSS YESGIEPMGG AWVQFRIRYY MFALVFVVFD VETVFLYPWA MSFDVLGVS VFIEALIFVL ILVVGLVYAW RKGALEWS

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分子 #4: NAD(P)H-quinone oxidoreductase chain 4, chloroplastic

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase chain 4, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
分子量理論値: 56.222781 KDa
配列文字列: SYFPWLTILV VLPIFAGSLI FFLPHKGNKI VRWYTISICL LEFLLMTYAF CYHFQLEDPL IQLKEDYKWI DVFDFHWRLG IDGLSLGSI LLTGFITTLA TLAAWPITRN SRLFYFLMLA MYSGQIGLFS SRDLLLFFIM WELELIPVYL LLSMWGGKRR L YSATKFIL ...文字列:
SYFPWLTILV VLPIFAGSLI FFLPHKGNKI VRWYTISICL LEFLLMTYAF CYHFQLEDPL IQLKEDYKWI DVFDFHWRLG IDGLSLGSI LLTGFITTLA TLAAWPITRN SRLFYFLMLA MYSGQIGLFS SRDLLLFFIM WELELIPVYL LLSMWGGKRR L YSATKFIL YTAGGSIFFL IGVLGMGLYG SNEPGLDLER LINQSYPATL EILLYFGFLI AYAVKLPIIP LHTWLPDTHG EA HYSTCML LAGILLKMGA YGLIRINMEL LPHAHYLFSP WLVIIGAIQI IYAASTSLGQ RNFKKRIAYS SVSHMGFIII GIG SITNIG LNGAILQILS HGFIGATLFF LAGTASDRMR LVYLEELGGI SIPMPKIFTM FSSFSMASLA LPGMSGFVAE LVVF FGLIT SPKFLLMPKA LITFVMAIGM ILTPIYLLSM LRQMFYGYKL FNVPNANFVD SGPRELFILI CIFLPVIGIG IYPDF VLSL SVDRVEALLS NYYPK

+
分子 #5: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 4L, chloroplastic

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 4L, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare (オオムギ)
分子量理論値: 11.19919 KDa
配列文字列:
MMFEHVLFLS VYLFSIGIYG LITSRNMVRA LICLELILNS INLNLVTFSD LFDSRQLKGD IFAIFVIALA AAEAAIGLSI LSSIHRNRK STRINQSNLL N

+
分子 #6: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
分子量理論値: 87.55293 KDa
配列文字列: MKNSSIFSYS FYLFFQKEIR VGLVNRKQFY RKIEVKIAIS FLMEHTYQYA WVIPLLPLPV IMSMGFGLIL IPTATKNLRR IWAFPSVLL LSIAMVFSVQ LSIQQINGSS IYQYLWSWTV NNDFSLEFGY LIDPLTSIML ILITTVGILV LIYSDGYMSH D EGYLRFFV ...文字列:
MKNSSIFSYS FYLFFQKEIR VGLVNRKQFY RKIEVKIAIS FLMEHTYQYA WVIPLLPLPV IMSMGFGLIL IPTATKNLRR IWAFPSVLL LSIAMVFSVQ LSIQQINGSS IYQYLWSWTV NNDFSLEFGY LIDPLTSIML ILITTVGILV LIYSDGYMSH D EGYLRFFV YISFFNTSML GLVTSSNLIQ IYFFWELVGM CSYLLIGFWF TRPIAASACQ KAFVTNRVGD FGLLLGILGF FW ITGSLEF RDLFQIANNW IPNNGINSLL TTLCAFLLFL GAVAKSAQFP LHVWLPDAME GPTPISALIH AATMVAAGIF LLA RLLPLF ISLPLIMSFI SLVGTITLFL GATLALAQRD IKRSLAYSTM SQLGYMMLAL GIGSYQAALF HLITHAYSKA LLFL GSGSV IHSMEPLVGY SPDKSQNMVL MGGLRKYIPI TRTTFLWGTL SLCGIPPLAC FWSKDEILSN SWLYSPFFGI IASFT AGLT AFYMFRIYLL TFGGYLRVHF QNYSSTKESS LYSISLWGKR IPKGVNRDFV LSTTKSGVSF FSQNIPKIQG NTRNRI GSF TTSFGAKNTF AYPHETGNTM LFPLLILLLF TLFIGFIGIS FDNGGMDNGI AELTILSKWL TPSKNFTQES SNSFVNS YE FITNAISSVT LAIFGLFIAY IFYGSAYSFF QNLDLINSFV KRNPKKEFLD QVKKNIYSWS YNRGYIDIFY TRVFTLGI R GLTELTEFFD KGVIDGITNG VGLASFCIGE EIKYVGGGRI SSYLFFFLCY VSVFLF

+
分子 #7: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 6, chloroplastic

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 6, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
分子量理論値: 19.587109 KDa
配列文字列:
MDLPGPIHEI LMLFGEFILL LGGLGVVLLT NPIYSAFSLG LVLVCISLFY FLLNSYFVAV AQLLIYVGAI NVLIIFAVMF VNGSEWSKD KNYWTIGDGF TSLVCITFVF SLMTTIPDTS WYGILWTTRS NQIVEQGLIN NVQQIGIHLA TDFYLPFELI S IILLVSLI GAITMARQ

+
分子 #8: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit H, chloroplastic

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit H, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
分子量理論値: 44.563441 KDa
配列文字列: MIVNMGPQHP SMHGVLRLIV TLDGEDVIDC EPILGYLHRG MEKIAENRTI IQYLPYVTRW DYLATMFTEA ITVNAPEFLE NIQIPQRAS YIRVIMLELS RIASHLLWLG PFMADLGAQT PFFYIFRERE LIYDLFEAAT GMRMMHNYFR IGGVAADLPY G WIDKCLDF ...文字列:
MIVNMGPQHP SMHGVLRLIV TLDGEDVIDC EPILGYLHRG MEKIAENRTI IQYLPYVTRW DYLATMFTEA ITVNAPEFLE NIQIPQRAS YIRVIMLELS RIASHLLWLG PFMADLGAQT PFFYIFRERE LIYDLFEAAT GMRMMHNYFR IGGVAADLPY G WIDKCLDF CDYFLRGVVE YQQLITQNPI FLERVEGVGF ISGEEAVNWG LSGPMLRASG IQWDLRKVDP YESYNQFDWK VQ WQKEGDS LARYLVRVGE MSESIKIIQQ AIEKIPGGPY ENLEVRRFKK EKNSEWNDFE YKFLGKKPSP NFELSRQELY VRV EAPKGE LGIYLVGDDS LFPWRWKIRP PGFINLQILP QLVKKMKLAD IMTILGSIDI IMGEVDR

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分子 #9: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I, chloroplastic

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare (オオムギ)
分子量理論値: 19.271131 KDa
配列文字列:
PMVTGFMSYG QQTIRATRYI GQSFITTLSH TNRLPITIHY PYEKSITPER FRGRIHFEFD KCIACEVCVR VCPIDLPVVD WRFEKDIKR KQLLNYSIDF GVCIFCGNCV EYCPTSCLSM TEEYELSTYD RHELNYNQIA LSRLPISIMG DYTIQTIRNS S ESKIN

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分子 #10: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit J

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit J / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
分子量理論値: 18.733178 KDa
配列文字列:
MQQGWLSNWL VKHEVVHRSL GFDHRGIETL QIKAGDWDSI AVILYVYGYN YLRSQCAYDV APGGSLASVY HLTRIQYGID NPEEVCIKV FAQKDNPRIP SVFWIWRSAD FQERESYDMV GISYDNHPRL KRILMPESWI GWPLRKDYIT PNFYEIQDAH

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分子 #11: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit K, chloroplastic

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit K, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
分子量理論値: 27.568764 KDa
配列文字列: MVLTEYLDKK KEGKDSIETV MNLIEFPLLD QTSSNSVIST TLNDLSNWSR LSSLWPLLYG TSCCFIEFAS LIGSRFDFDR YGLVPRSSP RQADLILTAG TVTMKMAPSL VRLYEQMPEP KYVIAMGACT ITGGMFSTDS YSTVRGVDKL IPVDVYLPGC P PKPEAVID ...文字列:
MVLTEYLDKK KEGKDSIETV MNLIEFPLLD QTSSNSVIST TLNDLSNWSR LSSLWPLLYG TSCCFIEFAS LIGSRFDFDR YGLVPRSSP RQADLILTAG TVTMKMAPSL VRLYEQMPEP KYVIAMGACT ITGGMFSTDS YSTVRGVDKL IPVDVYLPGC P PKPEAVID ALTKLRKKIS REIVEDRTLS QNKKRCFTTS HKLYVRRSTH TGTYEQELLY QSPSTLDISS ETFLKSKSPV PS YKLVN

+
分子 #12: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit L

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
分子量理論値: 22.240281 KDa
配列文字列: MEITASWRFL PVASSLPPAL LLARRQASCP WSLQQPAISK SRILCRLHDK PFPTAQSSQL QKLASVLQCG AIWAAVQAPA ALATVSGEE DIDILGILPP VAAIAFFYLF VAPPIIMNWM RLRWFKRKFI ETYLQFMFTY LFFPGLMLWA PFVNFRKFPR D KTMKYPWS ...文字列:
MEITASWRFL PVASSLPPAL LLARRQASCP WSLQQPAISK SRILCRLHDK PFPTAQSSQL QKLASVLQCG AIWAAVQAPA ALATVSGEE DIDILGILPP VAAIAFFYLF VAPPIIMNWM RLRWFKRKFI ETYLQFMFTY LFFPGLMLWA PFVNFRKFPR D KTMKYPWS KPKEGTPLFK DRYPQIDSFK EKYF

+
分子 #13: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit M

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
分子量理論値: 24.051049 KDa
配列文字列: MATAAASSLL SPASKFALQS RRSSPKTAPR SVRFLPVRAQ QQVKEEEPAA TVPPPQEEGQ ATTAAAAKGP AQSLPRQPRA ESKNMGREY GSQWLSCTTR HVRIYAAYID PETNAFDQTQ TDKLTLMLDP TEEFVWTDET CQMVYNEFQD LVDHYEGAPL S EYTLRLIG ...文字列:
MATAAASSLL SPASKFALQS RRSSPKTAPR SVRFLPVRAQ QQVKEEEPAA TVPPPQEEGQ ATTAAAAKGP AQSLPRQPRA ESKNMGREY GSQWLSCTTR HVRIYAAYID PETNAFDQTQ TDKLTLMLDP TEEFVWTDET CQMVYNEFQD LVDHYEGAPL S EYTLRLIG SDLEHYIRKL LYDGEIKYNM RSRVLNFSMG KPRVKFNSSQ IPDVK

+
分子 #14: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit N

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit N / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
分子量理論値: 25.928014 KDa
配列文字列: MWSGAAAAVA ARSVSPPLHA PTSLTGRRGA GRPSTVSVRA GGGLMDFVGG DLVKPDLGRW LDDVEKHKAL AIYPPHEGGY EGRYLNRLR YQGYYFLDLS ARGLGDPEST LTKIHPVCPP SLGRQPVARW YFPPEVDYRL SLLHPDAKGL IVWVYEAKVS F RLSLAALT ...文字列:
MWSGAAAAVA ARSVSPPLHA PTSLTGRRGA GRPSTVSVRA GGGLMDFVGG DLVKPDLGRW LDDVEKHKAL AIYPPHEGGY EGRYLNRLR YQGYYFLDLS ARGLGDPEST LTKIHPVCPP SLGRQPVARW YFPPEVDYRL SLLHPDAKGL IVWVYEAKVS F RLSLAALT LNFLIVFPCS FRLQVLSKAE LQFLAMLPDL RPKVRVIAEC GNWRKFIWKP LKQISGLEPD PDAEE

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分子 #15: Unidentified stromal protein

分子名称: Unidentified stromal protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
分子量理論値: 5.209413 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

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分子 #16: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex L1

分子名称: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex L1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
分子量理論値: 17.835777 KDa
配列文字列:
NYRSYVDAND GYSYLYPADW RDFDFLGHDS AFKDRNVQLQ SVRVAFIPTQ KTDIRDLGPM DEAIFNLVNE VYAAPNQIPT IYEMQERTV DGRNYWTFEY DLEAPGYGVS AFATIAIGNG RYYTLIVTAN ERRWSRLRNK LKVVADSFKI SDLNA

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分子 #17: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex L2

分子名称: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex L2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
分子量理論値: 23.946465 KDa
配列文字列: MATLVKHLIL CSSTTTSSSA TPSPSNRRPP SSPDGADKRA HLTQSSTRRL AVAASTAMVA TAALSARRPA APPPAMAAEA AAVRLPVPP GTVPRWGTRS YVRERFFEPG LTTEEAAARI RQTAEGMRTL RPMLETMSWK YVLFYVRLKS KYLDLDLTTA M AGVPEPRR ...文字列:
MATLVKHLIL CSSTTTSSSA TPSPSNRRPP SSPDGADKRA HLTQSSTRRL AVAASTAMVA TAALSARRPA APPPAMAAEA AAVRLPVPP GTVPRWGTRS YVRERFFEPG LTTEEAAARI RQTAEGMRTL RPMLETMSWK YVLFYVRLKS KYLDLDLTTA M AGVPEPRR PEYVLVANEL VDNMTEFDRF VRTPKVYESY LYYEKTLKSL DDVAEFLG

+
分子 #18: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex L3

分子名称: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
分子量理論値: 24.733996 KDa
配列文字列: MASTYLSSFQ AAAAATSGGA STRPRPRPRP RVVTCHTSEP SGRRSACLSL GLGLATAAVL HTTPARAIAD GDEEPEPANN GWWLTEFPL PVPKIRNKEI NNGETGTRSF VKNGIYMADI GPSFAAHAYR VRSSAFDLLA LEDLLGKEAS NYVNKYLRLK A TFIYYDFD ...文字列:
MASTYLSSFQ AAAAATSGGA STRPRPRPRP RVVTCHTSEP SGRRSACLSL GLGLATAAVL HTTPARAIAD GDEEPEPANN GWWLTEFPL PVPKIRNKEI NNGETGTRSF VKNGIYMADI GPSFAAHAYR VRSSAFDLLA LEDLLGKEAS NYVNKYLRLK A TFIYYDFD KLITAADPDA KPPLLDLANR LFDSFEKLQA AVTTKDDTDI GSCYADTKLI LQEVMTRMA

+
分子 #19: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex L4

分子名称: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex L4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
分子量理論値: 13.95436 KDa
配列文字列:
ARAALELHRS LCPLLVSPRE LEFLQVRDPS FCSVSMVVTQ IHYTARFPDG TVFDSSYKRG RPLTMRIGAG KILRGLQQGI GGGGGVTPM LVGGKRKLMI PPILAYGPEP AGCFSEAVFA QAEMNFCALA A

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分子 #20: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex L5

分子名称: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex L5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
分子量理論値: 25.818414 KDa
配列文字列: MAAATSSFAT LAVARPAAAA QRALLAAKAP SSALSLRGVG RVASPALSVS LQTRARFVAS ASAEPYAPEL QSKVTNKVYF DINIGNPVG KNVGRIVIGL YGDDVPQTVE NFRALCTGEK GFGYKGSSFH RVIKDFMIQG GDFDKGNGTG GKSIYGRTFK D ENFQLVHT ...文字列:
MAAATSSFAT LAVARPAAAA QRALLAAKAP SSALSLRGVG RVASPALSVS LQTRARFVAS ASAEPYAPEL QSKVTNKVYF DINIGNPVG KNVGRIVIGL YGDDVPQTVE NFRALCTGEK GFGYKGSSFH RVIKDFMIQG GDFDKGNGTG GKSIYGRTFK D ENFQLVHT GPGVLSMANA GPNTNGSQFF ICTVKTPWLD GRHVVFGQVL EGMDIVRMIE SSETDRGDRP KKKVVISECG EL PVV

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分子 #21: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B1

分子名称: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
分子量理論値: 51.675945 KDa
配列文字列: MQTPTMPTPM AARPTSTMAT KLPAPSATPR QCHLLPGRRV AGLARASSKK RNPWLDPFDD GPDEEFDYTG VYSGGKQEED PRPPEDAEN PYGFLRFPMG YMPELDSLAS KVRGDVRRVC CVVSGGVYEN VLFFPVVQML KDRYPGVLVD VVASARGKQV Y EMCKNVRY ...文字列:
MQTPTMPTPM AARPTSTMAT KLPAPSATPR QCHLLPGRRV AGLARASSKK RNPWLDPFDD GPDEEFDYTG VYSGGKQEED PRPPEDAEN PYGFLRFPMG YMPELDSLAS KVRGDVRRVC CVVSGGVYEN VLFFPVVQML KDRYPGVLVD VVASARGKQV Y EMCKNVRY ANVYDPDDEW PEPAEYTHQL GVMKNRYYDM VLSTKLAGTG HALFLFMSSA REKVGYVYPN VNGAGAGLFL TE MFKPATT NLADGGYNMY QDMLEWLGRP AKGVPQQPIP PLRVSISKKL RAVVEDKYNR AGVEKGKYVV IHGIESDSVA NMK SRGDDD CLLPLELWAE IAKEISSGGN GLRPLFVMPH ERHREEIEEI VGEETAYLFI TTPGQLTCLI NDSAGVVATN TAAV QLANA RDKPCVALFS SKEKARLFLP YVEERKSCTV VASATGKLAG IDIEAVKKAV KDLEPAPSFA LAQT

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分子 #22: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B2

分子名称: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
分子量理論値: 38.079977 KDa
配列文字列: MAAASFLPLH LPASPRPATV AARAASGVAS MVPAQASQLE EAFGRKGLRF GTDATGAPTA ELSVRNGSSL QLRLNDGLVT SYRPKVSWE GGDGCRELLH TVVGAGAGAV RGGVGLVLNE AASSSSSSSP LLGASEWSVA DVDSDSYDAV QVELGCVASK L EVSYVVTL ...文字列:
MAAASFLPLH LPASPRPATV AARAASGVAS MVPAQASQLE EAFGRKGLRF GTDATGAPTA ELSVRNGSSL QLRLNDGLVT SYRPKVSWE GGDGCRELLH TVVGAGAGAV RGGVGLVLNE AASSSSSSSP LLGASEWSVA DVDSDSYDAV QVELGCVASK L EVSYVVTL YPLSMATAVI VKNNGARPVE LTAAVLSHIK FDKRRGTAVE GLRGCPYCSH PPPASGFALL TPAEAMKREE SG WFGGGGG EEPRQGAWTV EENLYTILKK KVSRVYAAPP EERKKRIYNT APSKFTTIDQ SSGLGFRLVR MGFEDMYLGS PGG MYDKFG NDYFLCTGPA SILVPVVVGP GEEWRGAQVI EHDNL

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分子 #23: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B3

分子名称: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
分子量理論値: 13.313331 KDa
配列文字列:
FAFVSPRLLP DGTPDVHYRT ACGGQKLRDI MLDAYIDLYG PYDKLLLNCS GGGECGTCIV EVVEGGEMLS PKNEVEKEKL KRKPKSWRL ACQATVGNPD STGQMVIQQL PEWKVHKWDK

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分子 #24: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B4

分子名称: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
分子量理論値: 9.75681 KDa
配列文字列:
NQRDWVVTKS IWHLSDTAIK SFYTFYAMFT VWGVCFFASM KASMADPFYD SEHYRGQGGD GTVHWYYDRQ EDIEATARGD LLR

+
分子 #25: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B5

分子名称: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
分子量理論値: 18.146125 KDa
配列文字列:
GPLTEIEPDL QEDPIDKWRT NGVSPEDFVY GVYDGHHTYD EGQEKKGFWE DVSEWYQEAE PPQGFQALIS WSFPPAVILG MAFDVPGEY LYIGAAIFIV VFCIIEMDKP DKPHNFEPEI YMMERSKRDK LIADYNSMDI WDFNEKYGEL WDFTVN

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分子 #26: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 1 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

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分子 #27: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 1 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン

+
分子 #28: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 2 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル

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分子 #29: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 1 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 103844
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る