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- EMDB-31163: Junin virus(JUNV) RNA polymerase L complexed with Z protein -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31163
タイトルJunin virus(JUNV) RNA polymerase L complexed with Z protein
マップデータcryo-EM map for Junin virus L and Z protein complex
試料
  • 複合体: Complex of L and Z proteins of Junin virus (JUNV)
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L
    • タンパク質・ペプチド: RING finger protein Z
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードJunin virus / RNA polymerase / L protein / Z protein / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative stranded viral RNA replication / viral budding via host ESCRT complex / cap snatching / viral budding from plasma membrane / virion component / host cell / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / hydrolase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm ...negative stranded viral RNA replication / viral budding via host ESCRT complex / cap snatching / viral budding from plasma membrane / virion component / host cell / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / hydrolase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase activity / nucleotide binding / host cell plasma membrane / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
RING finger protein Z, zinc finger / RING finger protein Z, arenaviridae / Protein Z, RING-type zinc finger superfamily / P-11 zinc finger / RNA polymerase, arenaviral / RNA endonuclease, cap-snatching / Arenavirus RNA polymerase / Arenavirus cap snatching domain / : / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-directed RNA polymerase L / RING finger protein Z
類似検索 - 構成要素
生物種Junin mammarenavirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Chen Y
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural basis for recognition and regulation of arenavirus polymerase L by Z protein.
著者: Huiling Kang / Jingyuan Cong / Chenlong Wang / Wenxin Ji / Yuhui Xin / Ying Qian / Xuemei Li / Yutao Chen / Zihe Rao /
要旨: Junin virus (JUNV) causes Argentine hemorrhagic fever, a debilitating human disease of high mortality rates and a great risk to public health worldwide. Studying the L protein that replicates and ...Junin virus (JUNV) causes Argentine hemorrhagic fever, a debilitating human disease of high mortality rates and a great risk to public health worldwide. Studying the L protein that replicates and transcribes the genome of JUNV, and its regulator Z protein should provide critical clues to identify therapeutic targets for disrupting the life cycle of JUNV. Here we report the 3.54 Å cryo-EM structure of the JUNV L protein complexed with regulator Z protein. JUNV L structure reveals a conserved architecture containing signature motifs found in other L proteins. Structural analysis shows that L protein is regulated by binding of Z protein at the RNA product exit site. Based on these findings, we propose a model for the role of Z protein as a switch to turn on/off the viral RNA synthesis via its interaction with L protein. Our work unveils the mechanism of JUNV transcription, replication and regulation, which provides a framework for the rational design of antivirals for combating viral infections.
履歴
登録2021年4月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年7月7日-
マップ公開2021年7月7日-
更新2025年6月18日-
現状2025年6月18日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7eju
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_31163.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31163.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈cryo-EM map for Junin virus L and Z protein complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.65 Å/pix.
x 256 pix.
= 166.4 Å		0.65 Å/pix.
x 256 pix.
= 166.4 Å		0.65 Å/pix.
x 256 pix.
= 166.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.65 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0123 / ムービー #1: 0.01
最小 - 最大-0.04761791 - 0.06704811
平均 (標準偏差)-0.000014322368 (±0.0029717598)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 166.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.650.650.65
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z166.400166.400166.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0480.067-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of L and Z proteins of Junin virus (JUNV)

全体名称: Complex of L and Z proteins of Junin virus (JUNV)
要素
  • 複合体: Complex of L and Z proteins of Junin virus (JUNV)
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L
    • タンパク質・ペプチド: RING finger protein Z
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Complex of L and Z proteins of Junin virus (JUNV)

超分子名称: Complex of L and Z proteins of Junin virus (JUNV) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
詳細: The RNA polymerase L protein complexed with a zinc-binding Z protein
由来(天然)生物種: Junin mammarenavirus (ウイルス)
分子量理論値: 250 KDa

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分子 #1: RNA-directed RNA polymerase L

分子名称: RNA-directed RNA polymerase L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Junin mammarenavirus (ウイルス)
分子量理論値: 253.499484 KDa
組換発現生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
配列文字列: MEESVNEIKT LIRKHFPERQ ELAYQRDIFL SQHHPSSLLL EGFKLLSSLV ELESCEAHAC QINSDQKFVD VILSDHGILC PTLPKVIPD GFKLTGKTLI LLETFVRVNP DEFERKWKSD MSKLLNLKSD LLRVGITLVP VVDGRSSYSN RFLADWVVER V RWLLIDIL ...文字列:
MEESVNEIKT LIRKHFPERQ ELAYQRDIFL SQHHPSSLLL EGFKLLSSLV ELESCEAHAC QINSDQKFVD VILSDHGILC PTLPKVIPD GFKLTGKTLI LLETFVRVNP DEFERKWKSD MSKLLNLKSD LLRVGITLVP VVDGRSSYSN RFLADWVVER V RWLLIDIL KKSKFMQEIN IEEQEYQRLI HSLSNTKNQS LGLENIECLK KNSLGYDERL NESLFVGVRG DIRESVIREE LI KLRFWFK KEIFDKQLGK FKFSQKSNLI NDLILLGSHK DSDVPSCPFC ANKLMDVVYS IALHPIDEVN MERQSDENST SID AVERCY LQALSVCNKV KGLKVFNTRR NTLLFLDLVL LNLLCDLFKT YDGAIVRLRN AGIVVGQMLM LVNDRLLDIL EAIK LIRKK LMTSPKWVQM CSRTLKNSHQ DLWLQLEKLI KHPDMDNLMI LAQVLVSDRP VMRYTIDREF EKICRHQPFS SLVEG EQKK LFRILSSISL ALVNSMKTSF SSRLLINERE YSRYFGNVRL RECYVQRFHL TKNTFGLLFY QKTGEKSRCY SIYLST NGV LEEQGSFYCD PKRFFLPIFS EDVLIEMCEE MTSWLDFSHE LMTMTRPILR LLVLAVLCSP SKRNQTFLQG LRYFLMA YA NQIHHVDLMS KLRVDCMSGS EVLIQRMAVE LFQIILSEGE DADLYFARRF KYLLNVSYLC HLVTKETPDR LTDQIKCF E KFVEPKVKFG CVVVNPPLNG SLTLEQEDTM IRGLDRFFSK EAKTSSDTQI PGVCKEILSF CISLFNRGRL KVTGELKSN PYRPNITSTA LDLSSNKSVV IPKLDELGNI LSVYDKEKLV STCVSTMAER FKTKGRYNLD PDSMDYLILK NLTGLVSTGS RTRTNQEEL SVMYESLTED QVRAFEGIRN DVQMTLAKMA NSEGSKVETS KLKSKNLSVD ERESLELLWA PFGVMREIKA E VSMHEVKD FDPDVFRSDV YKELCDTVYL SPYKLTYFLE APQDICPLGL LLKNLTTIAY QEEEFFECFK YLLIQGHYDQ KL GSYEHRS RSRLGFSSEV LKLKDEVRLS TRESNSEAIA DKLDKSYFTN AALRNLCFYS DDSPTEFTSI SSNTGNLKFG LSY KEQVGS NRELYVGDLN TKLMTRLVED FSEAVGSSMR YTCLNSEKEF ERAICDMKMA VNNGDLSCSY DHSKWGPTMS PALF LSFLH TLELKNPRDR TKVNLEPVMN ILKWHLHKVV EVPINVAEAY CVGKLKRSLG LMGCDCTSVG EEFFHQYLQS RDQVP SHIM SVLDMGQGIL HNTSDLYGLI TEQFLCYALD LLYDVIPVTY TSSDDQVSLI KIPCLSDEKC QDRTELLEMV CFHEFL SSK LNKFISPKSV IGTFVAEFKS RFFVMGEETP LLTKFVSAAL HNVKCKTPTQ LSETIDTICD QCIANGVSTH IVSKISI RV NQLIRYSGYR ETPFGAIEEQ DVKDWVDGSR GYRLQRKIEA IFSDDKETMF IRNCARKVFN DIKRGKIFEE NLINLISR G GDEALSGFLQ YAGCSEDEIR QTLDYRWVNL ASFGDLRLVL RTKLMTSRRV LEKEEMPTLI KTIQSRLSRN FTKGVKKIL AESINKSAFQ SSVASGFIGF CKSMGSKCVR DGKGGFLYIK DIFTRIIPCL CGICERKPKV IYCQKSLQEV NQFSKPILWD YFSLVLTNA CELGEWVFSA VKSPQAPLVL CNKNFFWAVK PKAVRQIEDQ LGMNHVLHSI RRNYPKLFEE HLAPFMNDLQ V NRSLDSGR LKFLDVCVAL DMMNENLGII SHLLKVRDNN VYIVKQSDCA SAHVRQSEYT NWEVGISPQQ VCRNFMVQVV LS SMINPLV MSTSCLKSFF WFNEVLDLED DSQVDLAELT DFTLSIKNNK VSRAMFVEDI AMGYVVSSFD NIKVFLESVS VDN ISLLPQ EDMMDLHTVL RNVACQEAVK LKLIIQVEHT RVSTKFKLRR KMVYSYTIVS SLRVDDVSTP ELELNVDTMS QCVS GSEGN HSLLDGALVI ASLPLFTGHE SFDLAGLFID AGYALTNDDN ILGHVKFNFG DFYSEISNKY AYDLIGPDNL GEPLV LKEG VFYRGNERLS TYRVELSGDV IVKAIGALED IDSVETLLSQ LWPYLKMTSQ TILFQQEDFV LIYDLHKEQL IRSLDK FGD WLEFSNFKVA FSRSLNDLLI SDPQGQFRLK GVTCRPLKHK VEIKDID

UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase L

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分子 #2: RING finger protein Z

分子名称: RING finger protein Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: matrix zinc binding protein of JUNV, which inactivates JUNV RNA polymerase
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Junin mammarenavirus (ウイルス)
分子量理論値: 10.542071 KDa
組換発現生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
配列文字列:
MGNCNGASKS NQPDSSRVTQ PAAEFRRVAH SSLYGRYNCK CCWFADTNLI TCNDHYLCLR CHQVMLRNSD LCNICWKPLP TTITVPVEP TAPPP

UniProtKB: RING finger protein Z

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分子 #3: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.8 mg/mL
緩衝液pH: 7.8
構成要素:
濃度式名称
500.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
1.0 mMC9H16ClO6PTris(2-carboxyethyl)phosphine(TCEP)

詳細: Solutions were made fresh.
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 50 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
詳細: Frozen sample preparation begins immediately after glow discharge
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細This sample was monodisperse.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 使用した粒子像数: 362657
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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