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万見
- EMDB-31056: EV-D68 in complex with 8F12 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31056
タイトルEV-D68 in complex with 8F12 Fab
マップデータ8f12
試料
  • 複合体: Enterovirus D68 in complex with 8F12 Fab
    • 複合体: 8F12 Fab
      • タンパク質・ペプチド: 8F12 Fab light chain
      • タンパク質・ペプチド: 8F12 Fab heavy chain
    • ウイルス: Enterovirus D68 (エンテロウイルス)
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP3
      • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP4
キーワードEnterovirus D68 / Monoclonal antibody / Uncoating / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity ...picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) ...Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Human enterovirus D68 (エンテロウイルス) / Enterovirus D68 (エンテロウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Xu C / Cong Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of Sciences 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Functional and structural characterization of a two-MAb cocktail for delayed treatment of enterovirus D68 infections.
著者: Chao Zhang / Cong Xu / Wenlong Dai / Yifan Wang / Zhi Liu / Xueyang Zhang / Xuesong Wang / Haikun Wang / Sitang Gong / Yao Cong / Zhong Huang /
要旨: Enterovirus D68 (EV-D68) is an emerging pathogen associated with respiratory diseases and/or acute flaccid myelitis. Here, two MAbs, 2H12 and 8F12, raised against EV-D68 virus-like particle (VLP), ...Enterovirus D68 (EV-D68) is an emerging pathogen associated with respiratory diseases and/or acute flaccid myelitis. Here, two MAbs, 2H12 and 8F12, raised against EV-D68 virus-like particle (VLP), show distinct preference in binding VLP and virion and in neutralizing different EV-D68 strains. A combination of 2H12 and 8F12 exhibits balanced and potent neutralization effects and confers broader protection in mice than single MAbs when given at onset of symptoms. Cryo-EM structures of EV-D68 virion complexed with 2H12 or 8F12 show that both antibodies bind to the canyon region of the virion, creating steric hindrance for sialic acid receptor binding. Additionally, 2H12 binding can impair virion integrity and trigger premature viral uncoating. We also capture an uncoating intermediate induced by 2H12 binding, not previously described for picornaviruses. Our study elucidates the structural basis and neutralizing mechanisms of the 2H12 and 8F12 MAbs and supports further development of the 2H12/8F12 cocktail as a broad-spectrum therapeutic agent against EV-D68 infections in humans.
履歴
登録2021年3月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月31日-
マップ公開2021年3月31日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7ec5
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7ec5
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_31056.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31056.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 307.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈8f12
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.32 Å/pix.
x 432 pix.
= 569.376 Å		1.32 Å/pix.
x 432 pix.
= 569.376 Å		1.32 Å/pix.
x 432 pix.
= 569.376 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.318 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.018 / ムービー #1: 0.018
最小 - 最大-0.08446543 - 0.13827081
平均 (標準偏差)-0.000011774724 (±0.0072561773)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ432432432
Spacing432432432
セルA=B=C: 569.376 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.3181.3181.318
M x/y/z432432432
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z569.376569.376569.376
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS432432432
D min/max/mean-0.0840.138-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Enterovirus D68 in complex with 8F12 Fab

全体名称: Enterovirus D68 in complex with 8F12 Fab
要素
  • 複合体: Enterovirus D68 in complex with 8F12 Fab
    • 複合体: 8F12 Fab
      • タンパク質・ペプチド: 8F12 Fab light chain
      • タンパク質・ペプチド: 8F12 Fab heavy chain
    • ウイルス: Enterovirus D68 (エンテロウイルス)
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP3
      • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP4

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超分子 #1: Enterovirus D68 in complex with 8F12 Fab

超分子名称: Enterovirus D68 in complex with 8F12 Fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: 8F12 Fab

超分子名称: 8F12 Fab / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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超分子 #3: Enterovirus D68

超分子名称: Enterovirus D68 / タイプ: virus / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#6 / NCBI-ID: 42789 / 生物種: Enterovirus D68 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: 8F12 Fab light chain

分子名称: 8F12 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.384848 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QIVLTQSPAA MSASPGEKVT MTCSASSSVI YMYWYQQKPG SSPRLLIYDT SNLASGVPVR FSGSGSGTSY SLTISRMEAE DAATYYCQQ WSSFPYTFGG GTKLEIKRAD AAPTVSIFPP SSEQLTSGGA SVVCFLNNFY PKDINVKWKI DGSERQNGVL N SWTDQDSK ...文字列:
QIVLTQSPAA MSASPGEKVT MTCSASSSVI YMYWYQQKPG SSPRLLIYDT SNLASGVPVR FSGSGSGTSY SLTISRMEAE DAATYYCQQ WSSFPYTFGG GTKLEIKRAD AAPTVSIFPP SSEQLTSGGA SVVCFLNNFY PKDINVKWKI DGSERQNGVL N SWTDQDSK DSTYSMSSTL TLTKDEYERH NSYTCEATHK TSTSPIVKSF NRNEC

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分子 #2: 8F12 Fab heavy chain

分子名称: 8F12 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.233893 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLQQPGTE LVRPGASVKL SCKASGYSFT SYWMNWVKQR PGQGLEWIGM IHPSDSETRL NQRFKDKATL TVDKSSNTAY MQLSSPTSE DSAVYYCARE GYDYDGFAYW GQGTLVTVSA AKTTPPSVYP LAPGCGDTTG SSVTLGCLVK GYFPESVTVT W NSGSLSSS ...文字列:
QVQLQQPGTE LVRPGASVKL SCKASGYSFT SYWMNWVKQR PGQGLEWIGM IHPSDSETRL NQRFKDKATL TVDKSSNTAY MQLSSPTSE DSAVYYCARE GYDYDGFAYW GQGTLVTVSA AKTTPPSVYP LAPGCGDTTG SSVTLGCLVK GYFPESVTVT W NSGSLSSS VHTFPALLQS GLYTMSSSVT VPSSTWPSQT VTCSVAHPAS STTVDKKL

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分子 #3: Capsid protein VP1

分子名称: Capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human enterovirus D68 (エンテロウイルス)
分子量理論値: 32.920309 KDa
配列文字列: IESIIKTATD TVKSEINAEL GVVPSLNAVE TGATSNTEPE EAIQTRTVIN QHGVSETLVE NFLSRAALVS KRSFEYKDHT SSTARADKN FFKWTINTRS FVQLRRKLEL FTYLRFDAEI TILTTVAVNG SGNNTYVGLP DLTLQAMFVP TGALTPEKQD S FHWQSGSN ...文字列:
IESIIKTATD TVKSEINAEL GVVPSLNAVE TGATSNTEPE EAIQTRTVIN QHGVSETLVE NFLSRAALVS KRSFEYKDHT SSTARADKN FFKWTINTRS FVQLRRKLEL FTYLRFDAEI TILTTVAVNG SGNNTYVGLP DLTLQAMFVP TGALTPEKQD S FHWQSGSN ASVFFKISDP PARITIPFMC INSAYSVFYD GFAGFEKNGL YGINPADTIG NLCVRIVNEH QPVGFTVTVR VY MKPKHIK AWAPRPPRTL PYMSIANANY KGKERAPNAL SAIIGNRDSV KTMPHNIVNT

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #4: Capsid protein VP3

分子名称: Capsid protein VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human enterovirus D68 (エンテロウイルス)
分子量理論値: 27.112814 KDa
配列文字列: GVPTYLLPGS GQFLTTDDHS SAPALPCFNP TPEMHIPGQV RNMLEVVQVE SMMEINNTES AVGMERLKVD ISALTDVDQL LFNIPLDIQ LDGPLRNTLV GNISRYYTHW SGSLEMTFMF CGSFMAAGKL ILCYTPPGGS CPTTRETAML GTHIVWDFGL Q SSVTLIIP ...文字列:
GVPTYLLPGS GQFLTTDDHS SAPALPCFNP TPEMHIPGQV RNMLEVVQVE SMMEINNTES AVGMERLKVD ISALTDVDQL LFNIPLDIQ LDGPLRNTLV GNISRYYTHW SGSLEMTFMF CGSFMAAGKL ILCYTPPGGS CPTTRETAML GTHIVWDFGL Q SSVTLIIP WISGSHYRMF NNDAKSTNAN VGYVTCFMQT NLIVPSESSD TCSLIGFIAA KDDFSLRLMR DSPDIGQLDH LH AAEAAYQ

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #5: Genome polyprotein

分子名称: Genome polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: picornain 2A
由来(天然)生物種: Human enterovirus D68 (エンテロウイルス)
分子量理論値: 27.567135 KDa
配列文字列: SPSAEACGYS DRVLQLKLGN SAIVTQEAAN YCCAYGEWPN YLPDHEAVAI DKPTQPETAT DRFYTLKSVK WETGSTGWWW KLPDALNNI GMFGQNVQHH YLYRSGFLIH VQCNATKFHQ GALLVVAIPE HQRGAHNTNT SPGFDDIMKG EEGGTFNHPY V LDDGTSLA ...文字列:
SPSAEACGYS DRVLQLKLGN SAIVTQEAAN YCCAYGEWPN YLPDHEAVAI DKPTQPETAT DRFYTLKSVK WETGSTGWWW KLPDALNNI GMFGQNVQHH YLYRSGFLIH VQCNATKFHQ GALLVVAIPE HQRGAHNTNT SPGFDDIMKG EEGGTFNHPY V LDDGTSLA CATIFPHQWI NLRTNNSATI VLPWMNAAPM DFPLRHNQWT LAIIPVVPLG TRTTSSMVPI TVSIAPMCCE FN GLRHAIT Q

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #6: Capsid protein VP4

分子名称: Capsid protein VP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human enterovirus D68 (エンテロウイルス)
分子量理論値: 7.33696 KDa
配列文字列:
GAQVTRQQTG THENANIATN GSHITYNQIN FYKDSYAASA SKQDFSQDPS KFTEPVVEGL KAGAPVLK

UniProtKB: Genome polyprotein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 38.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 30540
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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