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万見
- EMDB-31049: Cryo-EM structure of human GABA(B) receptor-Gi protein complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31049
タイトルCryo-EM structure of human GABA(B) receptor-Gi protein complex
マップデータLocal refinement composite map of GABAB-Gi complex
試料
  • 複合体: The GABAB-Gi1 complex
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • 複合体: ScFv16
      • タンパク質・ペプチド: ScFv16
    • 複合体: Gamma-aminobutyric acid type B receptor
      • タンパク質・ペプチド: Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 1
      • タンパク質・ペプチド: Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2
  • リガンド: baclofen
  • リガンド: (3S)-5,7-ditert-butyl-3-oxidanyl-3-(trifluoromethyl)-1-benzofuran-2-one
機能・相同性
機能・相同性情報


G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / GABA B receptor activation / G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / G protein-coupled GABA receptor complex / negative regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / neuron-glial cell signaling / G protein-coupled GABA receptor activity / G protein-coupled receptor heterodimeric complex / negative regulation of epinephrine secretion / negative regulation of dopamine secretion ...G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / GABA B receptor activation / G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / G protein-coupled GABA receptor complex / negative regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / neuron-glial cell signaling / G protein-coupled GABA receptor activity / G protein-coupled receptor heterodimeric complex / negative regulation of epinephrine secretion / negative regulation of dopamine secretion / positive regulation of growth hormone secretion / extracellular matrix protein binding / GABA receptor complex / negative regulation of adenylate cyclase activity / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / synaptic transmission, GABAergic / positive regulation of glutamate secretion / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / negative regulation of synaptic transmission / axolemma / GABA-ergic synapse / Adenylate cyclase inhibitory pathway / positive regulation of protein localization to cell cortex / regulation of cAMP-mediated signaling / D2 dopamine receptor binding / G protein-coupled serotonin receptor binding / regulation of mitotic spindle organization / cellular response to forskolin / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / dendritic shaft / Regulation of insulin secretion / G protein-coupled receptor binding / mitochondrial membrane / response to nicotine / Schaffer collateral - CA1 synapse / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G-protein activation / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G beta:gamma signalling through BTK / response to peptide hormone / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-type ligand receptors / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / osteoblast differentiation / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cellular response to prostaglandin E stimulus / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / transmembrane signaling receptor activity / GPER1 signaling / GDP binding / G-protein beta-subunit binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / synaptic vesicle / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / GTPase binding / retina development in camera-type eye / presynaptic membrane / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Ca2+ pathway / cell cortex / midbody / G alpha (i) signalling events / fibroblast proliferation / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / response to ethanol / cell population proliferation / Ras protein signal transduction / dendritic spine / Extra-nuclear estrogen signaling / neuron projection / cell cycle
類似検索 - 分子機能
GPCR family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B2 / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2, coiled-coil domain / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2 coiled-coil domain / GPCR family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B1 / GPCR family 3, GABA-B receptor / GPCR, family 3, conserved site / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3 / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal ...GPCR family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B2 / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2, coiled-coil domain / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2 coiled-coil domain / GPCR family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B1 / GPCR family 3, GABA-B receptor / GPCR, family 3, conserved site / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3 / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / G-protein alpha subunit, group I / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / Periplasmic binding protein-like I / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / GGL domain / G-protein gamma-like domain superfamily / G-protein gamma-like domain / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Shen C / Mao C / Xu C / Jin N / Zhang H / Shen D / Shen Q / Wang X / Hou T / Rondard P ...Shen C / Mao C / Xu C / Jin N / Zhang H / Shen D / Shen Q / Wang X / Hou T / Rondard P / Chen Z / Pin J / Zhang Y / Liu J
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Structural basis of GABA receptor-G protein coupling.
著者: Cangsong Shen / Chunyou Mao / Chanjuan Xu / Nan Jin / Huibing Zhang / Dan-Dan Shen / Qingya Shen / Xiaomei Wang / Tingjun Hou / Zhong Chen / Philippe Rondard / Jean-Philippe Pin / Yan Zhang / Jianfeng Liu /
要旨: G-protein-coupled receptors (GPCRs) have central roles in intercellular communication. Structural studies have revealed how GPCRs can activate G proteins. However, whether this mechanism is ...G-protein-coupled receptors (GPCRs) have central roles in intercellular communication. Structural studies have revealed how GPCRs can activate G proteins. However, whether this mechanism is conserved among all classes of GPCR remains unknown. Here we report the structure of the class-C heterodimeric GABA receptor, which is activated by the inhibitory transmitter GABA, in its active form complexed with G protein. We found that a single G protein interacts with the GB2 subunit of the GABA receptor at a site that mainly involves intracellular loop 2 on the side of the transmembrane domain. This is in contrast to the G protein binding in a central cavity, as has been observed with other classes of GPCR. This binding mode results from the active form of the transmembrane domain of this GABA receptor being different from that of other GPCRs, as it shows no outside movement of transmembrane helix 6. Our work also provides details of the inter- and intra-subunit changes that link agonist binding to G-protein activation in this heterodimeric complex.
履歴
登録2021年3月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年5月5日-
マップ公開2021年5月5日-
更新2021年7月7日-
現状2021年7月7日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.14
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.14
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7eb2
  • 表面レベル: 0.14
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_31049.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31049.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Local refinement composite map of GABAB-Gi complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.014 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.14 / ムービー #1: 0.14
最小 - 最大-0.0013632434 - 1.3784907
平均 (標準偏差)0.0015609758 (±0.019537399)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 324.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0141.0141.014
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z324.480324.480324.480
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0011.3780.002

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添付データ

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追加マップ: Local refinement map of GABAB receptor

ファイルemd_31049_additional_1.map
注釈Local refinement map of GABAB receptor
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Local refinement map of Gil protein

ファイルemd_31049_additional_2.map
注釈Local refinement map of Gil protein
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The GABAB-Gi1 complex

全体名称: The GABAB-Gi1 complex
要素
  • 複合体: The GABAB-Gi1 complex
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • 複合体: ScFv16
      • タンパク質・ペプチド: ScFv16
    • 複合体: Gamma-aminobutyric acid type B receptor
      • タンパク質・ペプチド: Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 1
      • タンパク質・ペプチド: Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2
  • リガンド: baclofen
  • リガンド: (3S)-5,7-ditert-butyl-3-oxidanyl-3-(trifluoromethyl)-1-benzofuran-2-one

+
超分子 #1: The GABAB-Gi1 complex

超分子名称: The GABAB-Gi1 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6

+
超分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein

超分子名称: Guanine nucleotide-binding protein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

+
超分子 #3: ScFv16

超分子名称: ScFv16 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

+
超分子 #4: Gamma-aminobutyric acid type B receptor

超分子名称: Gamma-aminobutyric acid type B receptor / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5-#6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK 293F

+
分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40.414047 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGCTLSAEDK AAVERSKMID RNLREDGEKA AREVKLLLLG AGESGKNTIV KQMKIIHEAG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI ...文字列:
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+
分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.418086 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MHHHHHHLEV LFQGPGSSGS ELDQLRQEAE QLKNQIRDAR KACADATLSQ ITNNIDPVGR IQMRTRRTLR GHLAKIYAMH WGTDSRLLV SASQDGKLII WDSYTTNKVH AIPLRSSWVM TCAYAPSGNY VACGGLDNIC SIYNLKTREG NVRVSRELAG H TGYLSCCR ...文字列:
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+
分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

+
分子 #4: ScFv16

分子名称: ScFv16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 28.813047 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS ...文字列:
DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS NGNTYLYWFL QRPGQSPQLL IYRMSNLASG VPDRFSGSGS GTAFTLTISR LEAEDVGVYY CMQHLEYPLT FG AGTKLEL KGSLEVLFQG PAAAHHHHHH HH

+
分子 #5: Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 1

分子名称: Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 105.976297 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKTIIALSYI FCLVFAPGAG GAQTPNATSE GCQIIHPPWE GGIRYRGLTR DQVKAINFLP VDYEIEYVCR GEREVVGPKV RKCLANGSW TDMDTPSRCV RICSKSYLTL ENGKVFLTGG DLPALDGARV DFRCDPDFHL VGSSRSICSQ GQWSTPKPHC Q VNRTPHSE ...文字列:
MKTIIALSYI FCLVFAPGAG GAQTPNATSE GCQIIHPPWE GGIRYRGLTR DQVKAINFLP VDYEIEYVCR GEREVVGPKV RKCLANGSW TDMDTPSRCV RICSKSYLTL ENGKVFLTGG DLPALDGARV DFRCDPDFHL VGSSRSICSQ GQWSTPKPHC Q VNRTPHSE RRAVYIGALF PMSGGWPGGQ ACQPAVEMAL EDVNSRRDIL PDYELKLIHH DSKCDPGQAT KYLYELLYND PI KIILMPG CSSVSTLVAE AARMWNLIVL SYGSSSPALS NRQRFPTFFR THPSATLHNP TRVKLFEKWG WKKIATIQQT TEV FTSTLD DLEERVKEAG IEITFRQSFF SDPAVPVKNL KRQDARIIVG LFYETEARKV FCEVYKERLF GKKYVWFLIG WYAD NWFKI YDPSINCTVD EMTEAVEGHI TTEIVMLNPA NTRSISNMTS QEFVEKLTKR LKRHPEETGG FQEAPLAYDA IWALA LALN KTSGGGGRSG VRLEDFNYNN QTITDQIYRA MNSSSFEGVS GHVVFDASGS RMAWTLIEQL QGGSYKKIGY YDSTKD DLS WSKTDKWIGG SPPADQTLVI KTFRFLSQKL FISVSVLSSL GIVLAVVCLS FNIYNSHVRY IQNSQPNLNN LTAVGCS LA LAAVFPLGLD GYHIGRNQFP FVCQARLWLL GLGFSLGYGS MFTKIWWVHT VFTKKEEKKE WRKTLEPWKL YATVGLLV G MDVLTLAIWQ IVDPLHRTIE TFAKEEPKED IDVSILPQLE HCSSRKMNTW LGIFYGYKGL LLLLGIFLAY ETKSVSTEK INDHRAVGMA IYNVAVLCLI TAPVTMILSS QQDAAFAFAS LAIVFSSYIT LVVLFVPKMR RLITRGEWQS EAQDTMKTGS STNNNEEEK SRLLEKENRE LEKIIAEKEE RVSELRHQLQ SRLEVLFQGP HHHHHHHH

+
分子 #6: Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2

分子名称: Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 91.359445 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDKGSGGSG WARGAPRPPP SSPPLSIMGL MPLTKEVAKG SIGRGVLPAV ELAIEQIRNE SLLRPYFLD LRLYDTECDN AKGLKAFYDA IKYGPNHLMV FGGVCPSVTS IIAESLQGWN LVQLSFAATT PVLADKKKYP Y FFRTVPSD ...文字列:
MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDKGSGGSG WARGAPRPPP SSPPLSIMGL MPLTKEVAKG SIGRGVLPAV ELAIEQIRNE SLLRPYFLD LRLYDTECDN AKGLKAFYDA IKYGPNHLMV FGGVCPSVTS IIAESLQGWN LVQLSFAATT PVLADKKKYP Y FFRTVPSD NAVNPAILKL LKHYQWKRVG TLTQDVQRFS EVRNDLTGVL YGEDIEISDT ESFSNDPCTS VKKLKGNDVR II LGQFDQN MAAKVFCCAY EENMYGSKYQ WIIPGWYEPS WWEQVHTEAN SSRCLRKNLL AAMEGYIGVD FEPLSSKQIK TIS GKTPQQ YEREYNNKRS GVGPSKFHGY AYDGIWVIAK TLQRAMETLH ASSRHQRIQD FNYTDHTLGR IILNAMNETN FFGV TGQVV FRNGERMGTI KFTQFQDSRE VKVGEYNAVA DTLEIINDTI RFQGSEPPKD KTIILEQLRK ISLPLYSILS ALTIL GMIM ASAFLFFNIK NRNQKLIKMS SPYMNNLIIL GGMLSYASIF LFGLDGSFVS EKTFETLCTV RTWILTVGYT TAFGAM FAK TWRVHAIFKN VKMKKKIIKD QKLLVIVGGM LLIDLCILIC WQAVDPLRRT VEKYSMEPDP AGRDISIRPL LEHCENT HM TIWLGIVYAY KGLLMLFGCF LAWETRNVSI PALNDSKYIG MSVYNVGIMC IIGAAVSFLT RDQPNVQFCI VALVIIFC S TITLCLVFVP KLITLRTNPD AATQNRRFQF TQNQKKEDSK TSTSVTSVNQ ASTSRLEGLQ SENHRLRMKI TELDKDLEE VTMQLQDT

+
分子 #7: baclofen

分子名称: baclofen / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: 2C0
分子量理論値: 213.661 Da
Chemical component information

ChemComp-2C0:
baclofen / (-)-バクロフェン / 薬剤*YM

+
分子 #8: (3S)-5,7-ditert-butyl-3-oxidanyl-3-(trifluoromethyl)-1-benzofuran...

分子名称: (3S)-5,7-ditert-butyl-3-oxidanyl-3-(trifluoromethyl)-1-benzofuran-2-one
タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: FN0
分子量理論値: 330.342 Da
Chemical component information

ChemComp-FN0:
(3S)-5,7-ditert-butyl-3-oxidanyl-3-(trifluoromethyl)-1-benzofuran-2-one / (S)-BHFF

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1.8 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式
50.0 mMHEPES
150.0 mMNaCl
2.0 mMMgCl2
0.002 (w/v)%LMNG
0.0004 (w/v)%CHS
100.0 uMbaclofen
50.0 uMBHFF
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 実像数: 13843 / 平均電子線量: 64.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 49310 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 29000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 5889932
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. v1.18)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 275089
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

初期モデル(PDB ID:

7c7q

,

6pt0

)
得られたモデル

PDB-7eb2:
Cryo-EM structure of human GABA(B) receptor-Gi protein complex

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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