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万見
- EMDB-31044: Echovirus3 empty compacted particle -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31044
タイトルEchovirus3 empty compacted particle
マップデータ
試料
  • ウイルス: Echovirus E3 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP0
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP3
  • リガンド: SPHINGOSINE
キーワードEchovirus3 / empty compacted particle / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / DNA replication / RNA helicase activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) ...Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Echovirus E3 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Feng R
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2021
タイトル: Structural basis for neutralization of an anicteric hepatitis associated echovirus by a potent neutralizing antibody.
著者: Rui Feng / Lei Wang / Dawei Shi / Binyang Zheng / Li Zhang / Hai Hou / Deju Xia / Lunbiao Cui / Xiangxi Wang / Sihong Xu / Kang Wang / Ling Zhu /
履歴
登録2021年3月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年7月14日-
マップ公開2021年7月14日-
更新2025年9月17日-
現状2025年9月17日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7eai
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7eai
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_31044.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31044.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.35 Å/pix.
x 320 pix.
= 431.04 Å		1.35 Å/pix.
x 320 pix.
= 431.04 Å		1.35 Å/pix.
x 320 pix.
= 431.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.347 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.06420568 - 0.12306498
平均 (標準偏差)0.0014883344 (±0.009967008)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 431.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.3471.3471.347
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z431.040431.040431.040
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ256256256
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0640.1230.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Echovirus E3

全体名称: Echovirus E3 (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Echovirus E3 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP0
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP3
  • リガンド: SPHINGOSINE

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超分子 #1: Echovirus E3

超分子名称: Echovirus E3 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 / NCBI-ID: 47516 / 生物種: Echovirus E3 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Capsid protein VP1

分子名称: Capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Echovirus E3 (ウイルス)
分子量理論値: 32.801801 KDa
配列文字列: GDVEEAIDRA VARVADTMPT GPRNTESVPA LTAVETGHTS QVVPGDTMQT RHVKNYHSRT ESSIENFLCR AACVYIATYK SAGGTPTER YASWRINTRQ MVQLRRKFEL FTYLRFDMEI TFVITSTQDP GTQLAQDMPV LTHQIMYIPP GGPVPNSATD F AWQSSTNP ...文字列:
GDVEEAIDRA VARVADTMPT GPRNTESVPA LTAVETGHTS QVVPGDTMQT RHVKNYHSRT ESSIENFLCR AACVYIATYK SAGGTPTER YASWRINTRQ MVQLRRKFEL FTYLRFDMEI TFVITSTQDP GTQLAQDMPV LTHQIMYIPP GGPVPNSATD F AWQSSTNP SIFWTEGCAP ARMSVPFISI GNAYSNFYDG WSHFTQEGVY GFNSLNNMGH IYVRHVNEQS LGVSTSTLRV YF KPKHVRA WVPRPPRLSP YVKSSNVNFK PTAVTTERKD INDVGTLRPV GYTNH

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #2: Capsid protein VP0

分子名称: Capsid protein VP0 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Echovirus E3 (ウイルス)
分子量理論値: 36.605734 KDa
配列文字列: GAQVSTQKTG AHETSLTASG NSTIHYTNIN YYKDAASNSA NRQDFTQDPS KFTEPMKDVM IKSLPALNSP TVEECGFSDR VRSITLGNS TITTQECANV VVGYGVWPSY LQDNEATAED QPTQPDVATC RFYTLDSIQW QKESDGWWWK FPEALKNMGL F GQNMEYHY ...文字列:
GAQVSTQKTG AHETSLTASG NSTIHYTNIN YYKDAASNSA NRQDFTQDPS KFTEPMKDVM IKSLPALNSP TVEECGFSDR VRSITLGNS TITTQECANV VVGYGVWPSY LQDNEATAED QPTQPDVATC RFYTLDSIQW QKESDGWWWK FPEALKNMGL F GQNMEYHY LGRSGYTIHV QCNASKFHQG CLLVVCVPEA EMGCSDVERE VVAASLSSED TAKSFSRTES NGQHTVQTVV YN AGMGVGV GNLTIFPHQW INLRTNNSAT IVMPYINSVP MDNMFRHYNF TLMIIPFAKL EYTEQASNYV PITVTVAPMC AEY NGLRLA SHQ

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #3: Capsid protein VP3

分子名称: Capsid protein VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Echovirus E3 (ウイルス)
分子量理論値: 26.264879 KDa
配列文字列: GLPTMLTPGS NQFLTSDDFQ SPSAMPQFDV TPEMKIPGEV HNLMEIAEVD SVVPVNNTKE NINSMEAYRI PVTGGDQLHT QVFGFQMQP GLNSVFKRTL LGEILNYYAH WSGSVKLTFV FCGSAMATGK FLLAYSPPGA SPPQNRKQAM LGTHVIWDVG L QSSCVLCI ...文字列:
GLPTMLTPGS NQFLTSDDFQ SPSAMPQFDV TPEMKIPGEV HNLMEIAEVD SVVPVNNTKE NINSMEAYRI PVTGGDQLHT QVFGFQMQP GLNSVFKRTL LGEILNYYAH WSGSVKLTFV FCGSAMATGK FLLAYSPPGA SPPQNRKQAM LGTHVIWDVG L QSSCVLCI PWISQTHYRL VQQDEYTSAG YVTCWYQTGL IVPPGAPPSC TILCFASACN DFSVRNLRDT PFIEQTQLLQ

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #4: SPHINGOSINE

分子名称: SPHINGOSINE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: SPH
分子量理論値: 299.492 Da
Chemical component information

ChemComp-SPH:
SPHINGOSINE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 2330
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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