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- EMDB-31031: Cryo-EM structure of Gi-bound metabotropic glutamate receptor mGlu2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31031
タイトルCryo-EM structure of Gi-bound metabotropic glutamate receptor mGlu2
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of mGlu2 homodimer with heterotrimeric Gi1 protein in presence of antibodies
    • タンパク質・ペプチド: Metabotropic glutamate receptor 2
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: scFv16
    • タンパク質・ペプチド: DN13
  • リガンド: (1S,2S,5R,6S)-2-aminobicyclo[3.1.0]hexane-2,6-dicarboxylic acid
  • リガンド: 1-butyl-3-chloranyl-4-(4-phenylpiperidin-1-yl)pyridin-2-one
キーワードmGlu2 / GPCR / Cryo-EM / complex / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of response to drug / group II metabotropic glutamate receptor activity / intracellular glutamate homeostasis / behavioral response to nicotine / negative regulation of adenylate cyclase activity / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / glutamate receptor activity / glutamate secretion / long-term synaptic depression ...regulation of response to drug / group II metabotropic glutamate receptor activity / intracellular glutamate homeostasis / behavioral response to nicotine / negative regulation of adenylate cyclase activity / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / glutamate receptor activity / glutamate secretion / long-term synaptic depression / regulation of glutamate secretion / astrocyte projection / cellular response to stress / regulation of dopamine secretion / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / adenylate cyclase inhibitor activity / positive regulation of protein localization to cell cortex / Adenylate cyclase inhibitory pathway / T cell migration / D2 dopamine receptor binding / response to prostaglandin E / adenylate cyclase regulator activity / G protein-coupled serotonin receptor binding / adenylate cyclase-inhibiting serotonin receptor signaling pathway / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / cellular response to forskolin / regulation of mitotic spindle organization / response to cocaine / calcium channel regulator activity / Regulation of insulin secretion / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / negative regulation of insulin secretion / G protein-coupled receptor binding / G protein-coupled receptor activity / response to peptide hormone / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / centriolar satellite / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G-protein activation / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through CDC42 / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / photoreceptor disc membrane / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / GDP binding / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / sensory perception of taste / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / retina development in camera-type eye / G protein activity / presynaptic membrane / GTPase binding / Ca2+ pathway / fibroblast proliferation / scaffold protein binding / midbody / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / cell cortex / G alpha (i) signalling events / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (q) signalling events / chemical synaptic transmission / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / gene expression / Ras protein signal transduction / postsynaptic membrane / Extra-nuclear estrogen signaling / cell population proliferation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 2 / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor / : / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR / GPCR, family 3, conserved site ...GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 2 / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor / : / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR / GPCR, family 3, conserved site / GPCR, family 3 / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / G-protein alpha subunit, group I / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / G protein beta WD-40 repeat protein / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 / Metabotropic glutamate receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Lin S / Han S
資金援助 中国, 5件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, China)31825010 中国
National Science Foundation (NSF, China)81525024 中国
National Science Foundation (NSF, China)81872915 中国
National Science Foundation (NSF, China)81773792 中国
National Science Foundation (NSF, China)81973373 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Structures of G-bound metabotropic glutamate receptors mGlu2 and mGlu4.
著者: Shuling Lin / Shuo Han / Xiaoqing Cai / Qiuxiang Tan / Kexiu Zhou / Dejian Wang / Xinwei Wang / Juan Du / Cuiying Yi / Xiaojing Chu / Antao Dai / Yan Zhou / Yan Chen / Yu Zhou / Hong Liu / ...著者: Shuling Lin / Shuo Han / Xiaoqing Cai / Qiuxiang Tan / Kexiu Zhou / Dejian Wang / Xinwei Wang / Juan Du / Cuiying Yi / Xiaojing Chu / Antao Dai / Yan Zhou / Yan Chen / Yu Zhou / Hong Liu / Jianfeng Liu / Dehua Yang / Ming-Wei Wang / Qiang Zhao / Beili Wu /
要旨: The metabotropic glutamate receptors (mGlus) have key roles in modulating cell excitability and synaptic transmission in response to glutamate (the main excitatory neurotransmitter in the central ...The metabotropic glutamate receptors (mGlus) have key roles in modulating cell excitability and synaptic transmission in response to glutamate (the main excitatory neurotransmitter in the central nervous system). It has previously been suggested that only one receptor subunit within an mGlu homodimer is responsible for coupling to G protein during receptor activation. However, the molecular mechanism that underlies the asymmetric signalling of mGlus remains unknown. Here we report two cryo-electron microscopy structures of human mGlu2 and mGlu4 bound to heterotrimeric G protein. The structures reveal a G-protein-binding site formed by three intracellular loops and helices III and IV that is distinct from the corresponding binding site in all of the other G-protein-coupled receptor (GPCR) structures. Furthermore, we observed an asymmetric dimer interface of the transmembrane domain of the receptor in the two mGlu-G structures. We confirmed that the asymmetric dimerization is crucial for receptor activation, which was supported by functional data; this dimerization may provide a molecular basis for the asymmetric signal transduction of mGlus. These findings offer insights into receptor signalling of class C GPCRs.
履歴
登録2021年3月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年6月23日-
マップ公開2021年6月23日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.022
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.022
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7e9g
  • 表面レベル: 0.022
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_31031.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31031.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 220.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 388 pix.
= 405.46 Å		1.05 Å/pix.
x 382 pix.
= 399.19 Å		1.05 Å/pix.
x 390 pix.
= 407.55 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.045 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.022 / ムービー #1: 0.022
最小 - 最大-0.04291166 - 0.17656678
平均 (標準偏差)0.00041480578 (±0.0021717504)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ382390388
Spacing390382388
セルA: 407.55 Å / B: 399.18997 Å / C: 405.46 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0451.0451.045
M x/y/z390382388
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z407.550399.190405.460
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ192139186
NX/NY/NZ211274246
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS390382388
D min/max/mean-0.0430.1770.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of mGlu2 homodimer with heterotrimeric Gi1 protein in pre...

全体名称: Complex of mGlu2 homodimer with heterotrimeric Gi1 protein in presence of antibodies
要素
  • 複合体: Complex of mGlu2 homodimer with heterotrimeric Gi1 protein in presence of antibodies
    • タンパク質・ペプチド: Metabotropic glutamate receptor 2
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: scFv16
    • タンパク質・ペプチド: DN13
  • リガンド: (1S,2S,5R,6S)-2-aminobicyclo[3.1.0]hexane-2,6-dicarboxylic acid
  • リガンド: 1-butyl-3-chloranyl-4-(4-phenylpiperidin-1-yl)pyridin-2-one

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超分子 #1: Complex of mGlu2 homodimer with heterotrimeric Gi1 protein in pre...

超分子名称: Complex of mGlu2 homodimer with heterotrimeric Gi1 protein in presence of antibodies
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Metabotropic glutamate receptor 2

分子名称: Metabotropic glutamate receptor 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 90.240281 KDa
組換発現生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
配列文字列: DYKDDDDGAP EGPAKKVLTL EGDLVLGGLF PVHQKGGPAE DCGPVNEHRG IQRLEAMLFA LDRINRDPHL LPGVRLGAHI LDSCSKDTH ALEQALDFVR ASLSRGADGS RHICPDGSYA THGDAPTAIT GVIGGSYSDV SIQVANLLRL FQIPQISYAS T SAKLSDKS ...文字列:
DYKDDDDGAP EGPAKKVLTL EGDLVLGGLF PVHQKGGPAE DCGPVNEHRG IQRLEAMLFA LDRINRDPHL LPGVRLGAHI LDSCSKDTH ALEQALDFVR ASLSRGADGS RHICPDGSYA THGDAPTAIT GVIGGSYSDV SIQVANLLRL FQIPQISYAS T SAKLSDKS RYDYFARTVP PDFFQAKAMA EILRFFNWTY VSTVASEGDY GETGIEAFEL EARARNICVA TSEKVGRAMS RA AFEGVVR ALLQKPSARV AVLFTRSEDA RELLAASQRL NASFTWVASD GWGALESVVA GSEGAAEGAI TIELASYPIS DFA SYFQSL DPWNNSRNPW FREFWEQRFR CSFRQRDCAA HSLRAVPFEQ ESKIMFVVNA VYAMAHALHN MHRALCPNTT RLCD AMRPV NGRRLYKDFV LNVKFDAPFR PADTHNEVRF DRFGDGIGRY NIFTYLRAGS GRYRYQKVGY WAEGLTLDTS LIPWA SPSA GPLPASRCSE PCLQNEVKSV QPGEVCCWLC IPCQPYEYRL DEFTCADCGL GYWPNASLTG CFELPQEYIR WGDAWA VGP VTIACLGALA TLFVLGVFVR HNATPVVKAA GRELCYILLG GVFLCYCMTF IFIAKPSTAV CTLRRLGLGT AFSVCYS AL LTKTNRIARI FGGAREGAQR PRFISPASQV AICLALISGQ LLIVVAWLVV EAPGTGKETA PERREVVTLR CNHRDASM L GSLAYNVLLI ALCTLYAFKT RKCPENFNEA KFIGFTMYTT CIIWLAFLPI FYVTSSDYRV QTTTMCVSVS LSGSVVLGC LFAPKLHIIL FQPQKNV

UniProtKB: Metabotropic glutamate receptor 2

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40.414047 KDa
組換発現生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
配列文字列: MGCTLSAEDK AAVERSKMID RNLREDGEKA AREVKLLLLG AGESGKNTIV KQMKIIHEAG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI ...文字列:
MGCTLSAEDK AAVERSKMID RNLREDGEKA AREVKLLLLG AGESGKNTIV KQMKIIHEAG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI PTQQDVLRTR VKTTGIVETH FTFKDLHFKM FDVGAQRSER KKWIHCFEGV TAIIFCVALS DYDLVLAEDE EM NRMHASM KLFDSICNNK WFTDTSIILF LNKKDLFEEK IKKSPLTICY PEYAGSNTYE EAAAYIQCQF EDLNKRKDTK EIY THFTCS TDTKNVQFVF DAVTDVIIKN NLKDCGLF

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1

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分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 38.744371 KDa
組換発現生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
配列文字列: MHHHHHHGSL LQSELDQLRQ EAEQLKNQIR DARKACADAT LSQITNNIDP VGRIQMRTRR TLRGHLAKIY AMHWGTDSRL LVSASQDGK LIIWDSYTTN KVHAIPLRSS WVMTCAYAPS GNYVACGGLD NICSIYNLKT REGNVRVSRE LAGHTGYLSC C RFLDDNQI ...文字列:
MHHHHHHGSL LQSELDQLRQ EAEQLKNQIR DARKACADAT LSQITNNIDP VGRIQMRTRR TLRGHLAKIY AMHWGTDSRL LVSASQDGK LIIWDSYTTN KVHAIPLRSS WVMTCAYAPS GNYVACGGLD NICSIYNLKT REGNVRVSRE LAGHTGYLSC C RFLDDNQI VTSSGDTTCA LWDIETGQQT TTFTGHTGDV MSLSLAPDTR LFVSGACDAS AKLWDVREGM CRQTFTGHES DI NAICFFP NGNAFATGSD DATCRLFDLR ADQELMTYSH DNIICGITSV SFSKSGRLLL AGYDDFNCNV WDALKADRAG VLA GHDNRV SCLGVTDDGM AVATGSWDSF LKIWN

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

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分子 #4: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

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分子 #5: scFv16

分子名称: scFv16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27.409588 KDa
組換発現生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
配列文字列: DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS ...文字列:
DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS NGNTYLYWFL QRPGQSPQLL IYRMSNLASG VPDRFSGSGS GTAFTLTISR LEAEDVGVYY CMQHLEYPLT FG AGTKLEL KAAALEVLFQ

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分子 #6: DN13

分子名称: DN13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 13.637166 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
QVQLVQSGGG LVQAGGSLRL SCAASVRFFS INTMGWYRQA PGKQRELVAD ITSSGSTNYA DSGKGRFTIS RDNAKNTVYL QMNRLKPED TAVYYCHADY KYTTHNTAWG QGTQVTVSSL EVLFQ

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分子 #7: (1S,2S,5R,6S)-2-aminobicyclo[3.1.0]hexane-2,6-dicarboxylic acid

分子名称: (1S,2S,5R,6S)-2-aminobicyclo[3.1.0]hexane-2,6-dicarboxylic acid
タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: 40F
分子量理論値: 185.177 Da
Chemical component information

ChemComp-40F:
(1S,2S,5R,6S)-2-aminobicyclo[3.1.0]hexane-2,6-dicarboxylic acid

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分子 #8: 1-butyl-3-chloranyl-4-(4-phenylpiperidin-1-yl)pyridin-2-one

分子名称: 1-butyl-3-chloranyl-4-(4-phenylpiperidin-1-yl)pyridin-2-one
タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: HZR
分子量理論値: 344.878 Da
Chemical component information

ChemComp-HZR:
1-butyl-3-chloranyl-4-(4-phenylpiperidin-1-yl)pyridin-2-one

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 70.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 850700
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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