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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31018 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of human Kv4.2-DPP6S-KChIP1 complex, extracellular region | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of potassium ion transmembrane transport / potassium channel regulator activity / voltage-gated potassium channel complex / serine-type peptidase activity / protein localization to plasma membrane / proteolysis / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Kise Y / Nureki O | |||||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2021 タイトル: Structural basis of gating modulation of Kv4 channel complexes. 著者: Yoshiaki Kise / Go Kasuya / Hiroyuki H Okamoto / Daichi Yamanouchi / Kan Kobayashi / Tsukasa Kusakizako / Tomohiro Nishizawa / Koichi Nakajo / Osamu Nureki / 要旨: Modulation of voltage-gated potassium (Kv) channels by auxiliary subunits is central to the physiological function of channels in the brain and heart. Native Kv4 tetrameric channels form ...Modulation of voltage-gated potassium (Kv) channels by auxiliary subunits is central to the physiological function of channels in the brain and heart. Native Kv4 tetrameric channels form macromolecular ternary complexes with two auxiliary β-subunits-intracellular Kv channel-interacting proteins (KChIPs) and transmembrane dipeptidyl peptidase-related proteins (DPPs)-to evoke rapidly activating and inactivating A-type currents, which prevent the backpropagation of action potentials. However, the modulatory mechanisms of Kv4 channel complexes remain largely unknown. Here we report cryo-electron microscopy structures of the Kv4.2-DPP6S-KChIP1 dodecamer complex, the Kv4.2-KChIP1 and Kv4.2-DPP6S octamer complexes, and Kv4.2 alone. The structure of the Kv4.2-KChIP1 complex reveals that the intracellular N terminus of Kv4.2 interacts with its C terminus that extends from the S6 gating helix of the neighbouring Kv4.2 subunit. KChIP1 captures both the N and the C terminus of Kv4.2. In consequence, KChIP1 would prevent N-type inactivation and stabilize the S6 conformation to modulate gating of the S6 helices within the tetramer. By contrast, unlike the reported auxiliary subunits of voltage-gated channel complexes, DPP6S interacts with the S1 and S2 helices of the Kv4.2 voltage-sensing domain, which suggests that DPP6S stabilizes the conformation of the S1-S2 helices. DPP6S may therefore accelerate the voltage-dependent movement of the S4 helices. KChIP1 and DPP6S do not directly interact with each other in the Kv4.2-KChIP1-DPP6S ternary complex. Thus, our data suggest that two distinct modes of modulation contribute in an additive manner to evoke A-type currents from the native Kv4 macromolecular complex. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31018.map.gz | 14.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-31018-v30.xml emd-31018.xml | 13.9 KB 13.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_31018_fsc.xml | 10.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_31018.png | 42.3 KB | ||
マスクデータ | emd_31018_msk_1.map | 101 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_31018_half_map_1.map.gz emd_31018_half_map_2.map.gz | 77.5 MB 77.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31018 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31018 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_31018_validation.pdf.gz | 625.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_31018_full_validation.pdf.gz | 624.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_31018_validation.xml.gz | 17.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_31018_validation.cif.gz | 22.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31018 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31018 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7e8gMC 7e7zC 7e83C 7e84C 7e87C 7e89C 7e8bC 7e8eC 7e8hC 7f0jC 7f3fC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31018.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 101 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.00268 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_31018_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_31018_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_31018_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : human Kv4.2-DPP6S-KChIP1 complex
全体 | 名称: human Kv4.2-DPP6S-KChIP1 complex |
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要素 |
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-超分子 #1: human Kv4.2-DPP6S-KChIP1 complex
超分子 | 名称: human Kv4.2-DPP6S-KChIP1 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Dipeptidyl aminopeptidase-like protein 6
分子 | 名称: Dipeptidyl aminopeptidase-like protein 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 83.476094 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EDNSLSQKKK VTVEDLFSED FKIHDPEAKW ISDTEFIYRE QKGTVRLWNV ETNTSTVLIE GKKIESLRAI RYEISPDREY ALFSYNVEP IYQHSYTGYY VLSKIPHGDP QSLDPPEVSN AKLQYAGWGP KGQQLIFIFE NNIYYCAHVG KQAIRVVSTG K EGVIYNGL ...文字列: EDNSLSQKKK VTVEDLFSED FKIHDPEAKW ISDTEFIYRE QKGTVRLWNV ETNTSTVLIE GKKIESLRAI RYEISPDREY ALFSYNVEP IYQHSYTGYY VLSKIPHGDP QSLDPPEVSN AKLQYAGWGP KGQQLIFIFE NNIYYCAHVG KQAIRVVSTG K EGVIYNGL SDWLYEEEIL KTHIAHWWSP DGTRLAYAAI NDSRVPIMEL PTYTGSIYPT VKPYHYPKAG SENPSISLHV IG LNGPTHD LEMMPPDDPR MREYYITMVK WATSTKVAVT WLNRAQNVSI LTLCDATTGV CTKKHEDESE AWLHRQNEEP VFS KDGRKF FFIRAIPQGG RGKFYHITVS SSQPNSSNDN IQSITSGDWD VTKILAYDEK GNKIYFLSTE DLPRRRQLYS ANTV GNFNR QCLSCDLVEN CTYFSASFSH SMDFFLLKCE GPGVPMVTVH NTTDKKKMFD LETNEHVKKA INDRQMPKVE YRDIE IDDY NLPMQILKPA TFTDTTHYPL LLVVDGTPGS QSVAEKFEVS WETVMVSSHG AVVVKCDGRG SGFQGTKLLH EVRRRL GLL EEKDQMEAVR TMLKEQYIDR TRVAVFGKDY GGYLSTYILP AKGENQGQTF TCGSALSPIT DFKLYASAFS ERYLGLH GL DNRAYEMTKV AHRVSALEEQ QFLIIHPTAD EKIHFQHTAE LITQLIRGKA NYSLQIYPDE SHYFTSSSLK QHLYRSII N FFVECFRI |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 48.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |