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- EMDB-30946: Staphylothermus marinus amylopullulanase -SmApu -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30946
タイトルStaphylothermus marinus amylopullulanase -SmApu
マップデータ
試料
  • 複合体: The octamer of glycoside hydrolase family 57.
    • タンパク質・ペプチド: Glycoside hydrolase, family 57
キーワードamylopullulanase / HYDROLASE
機能・相同性: / Glycoside hydrolase family 57, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 57 / Glycoside hydrolase 38, N-terminal domain superfamily / Glycoside hydrolase/deacetylase, beta/alpha-barrel / carbohydrate metabolic process / hydrolase activity / Glycoside hydrolase, family 57
機能・相同性情報
生物種Staphylothermus marinus (古細菌) / Staphylothermus marinus (strain ATCC 43588 / DSM 3639 / JCM 9404 / F1) (古細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Li D / Li X
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31671801 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Staphylothermus marinus amylopullulanase -SmApu
著者: Li D / Li X
履歴
登録2021年2月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年2月9日-
マップ公開2022年2月9日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7e1y
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7e1y
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30946.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30946.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.01 Å/pix.
x 300 pix.
= 304.2 Å		1.01 Å/pix.
x 300 pix.
= 304.2 Å		1.01 Å/pix.
x 300 pix.
= 304.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.014 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.025
最小 - 最大-0.08265567 - 0.16648026
平均 (標準偏差)0.0002937544 (±0.004722529)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 304.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0141.0141.014
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z304.200304.200304.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ256256256
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.0830.1660.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_30946_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_30946_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_30946_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The octamer of glycoside hydrolase family 57.

全体名称: The octamer of glycoside hydrolase family 57.
要素
  • 複合体: The octamer of glycoside hydrolase family 57.
    • タンパク質・ペプチド: Glycoside hydrolase, family 57

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超分子 #1: The octamer of glycoside hydrolase family 57.

超分子名称: The octamer of glycoside hydrolase family 57. / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Staphylothermus marinus (古細菌)

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分子 #1: Glycoside hydrolase, family 57

分子名称: Glycoside hydrolase, family 57 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylothermus marinus (strain ATCC 43588 / DSM 3639 / JCM 9404 / F1) (古細菌)
株: ATCC 43588 / DSM 3639 / JCM 9404 / F1
分子量理論値: 75.983641 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: LEVLDKYSSL IKPKLINNIE AYMVFDKPAH KPNAEAKIYV LLNNHGSRRD IHYKIVSIDR NREVFSKRIN VDEKKFLIET ISIETPDKP GRFCYKLFID NEQIDNTCFL VGDPSSREQM YFTIVWHHHQ APNYLPDGRI HGPWAYIYVW SDLLKPYGKG P YHYHSVML ...文字列:
LEVLDKYSSL IKPKLINNIE AYMVFDKPAH KPNAEAKIYV LLNNHGSRRD IHYKIVSIDR NREVFSKRIN VDEKKFLIET ISIETPDKP GRFCYKLFID NEQIDNTCFL VGDPSSREQM YFTIVWHHHQ APNYLPDGRI HGPWAYIYVW SDLLKPYGKG P YHYHSVML NIHPHFKATY NLSPSLLRQW QIAVEKGVEF VNGEKYDPNH EKIRLVEETL NNYREALFKG QIDVLTSIYA HT IGGFLTD VLGATNIVEE EIRYGKEVTS KIMGNNYNPQ GIWTPEMAFS MKLIPIYYDL DIKYTVLDDK FHFFHAEGNK DSQ YEPYMV IDTESKKYIT VFFRDHDLSD ILGFRNNFYS EPHAWRNAYE FALRVAEKWF DKNVKVLTIA LDGENWMSFS VNPP LTAYF LDKMIIYLET LSDNKFIKLS TLREIYNKVP ANRILTNIPT NSWLGTFRKW RGEVPQHEEY WIKTYSVYRK LLAYE EMIG GRDEFSNEAR WALWHALDSD YWWAEFWLPK IIDTWLSVAE NILNNRINKI QIIDVRPASE FYEDEKAGLV VTIRNQ LEK EIRVSFAIGG TGFSSVNNDL ETVKMNPNSS YTRIIPVKAK FIGKHKMVVS AISKGLIIDS KIIDINVKPK LLPNPRL EH HHHHH

UniProtKB: Glycoside hydrolase, family 57

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl acetate
グリッド材質: COPPER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 64.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio model from Relion
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 272770
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7e1y:
Staphylothermus marinus amylopullulanase -SmApu

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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