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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30882 | |||||||||
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タイトル | Photosystem I from a chlorophyll d-containing cyanobacterium Acaryochloris marina | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / magnesium ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
![]() | Chen JH / Zhang X / Shen JR | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: A unique photosystem I reaction center from a chlorophyll d-containing cyanobacterium Acaryochloris marina. 著者: Caihuang Xu / Qingjun Zhu / Jing-Hua Chen / Liangliang Shen / Xiaohan Yi / Zihui Huang / Wenda Wang / Min Chen / Tingyun Kuang / Jian-Ren Shen / Xing Zhang / Guangye Han / ![]() ![]() ![]() 要旨: Photosystem I (PSI) is a large protein supercomplex that catalyzes the light-dependent oxidation of plastocyanin (or cytochrome c ) and the reduction of ferredoxin. This catalytic reaction is ...Photosystem I (PSI) is a large protein supercomplex that catalyzes the light-dependent oxidation of plastocyanin (or cytochrome c ) and the reduction of ferredoxin. This catalytic reaction is realized by a transmembrane electron transfer chain consisting of primary electron donor (a special chlorophyll (Chl) pair) and electron acceptors A , A , and three Fe S clusters, F , F , and F . Here we report the PSI structure from a Chl d-dominated cyanobacterium Acaryochloris marina at 3.3 Å resolution obtained by single-particle cryo-electron microscopy. The A. marina PSI exists as a trimer with three identical monomers. Surprisingly, the structure reveals a unique composition of electron transfer chain in which the primary electron acceptor A is composed of two pheophytin a rather than Chl a found in any other well-known PSI structures. A novel subunit Psa27 is observed in the A. marina PSI structure. In addition, 77 Chls, 13 α-carotenes, two phylloquinones, three Fe-S clusters, two phosphatidyl glycerols, and one monogalactosyl-diglyceride were identified in each PSI monomer. Our results provide a structural basis for deciphering the mechanism of photosynthesis in a PSI complex with Chl d as the dominating pigments and absorbing far-red light. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 230 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 24.5 KB 24.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 115.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 456.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 455.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.2 KB | 表示 | |
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-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.307 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
+全体 : Photosystem I from a chlorophyll d-containing cyanobacterium Acar...
+超分子 #1: Photosystem I from a chlorophyll d-containing cyanobacterium Acar...
+分子 #1: Photosystem I protein PsaD
+分子 #2: Photosystem I P740 chlorophyll a apoprotein A1
+分子 #3: Photosystem I P740 chlorophyll a apoprotein A2
+分子 #4: Photosystem I iron-sulfur center
+分子 #5: Photosystem I reaction center subunit IV
+分子 #6: Photosystem I protein PsaF
+分子 #7: Photosystem I reaction center subunit IX
+分子 #8: Photosystem I protein PsaL
+分子 #9: Photosystem I reaction center subunit XII
+分子 #10: Photosystem I protein Psa27
+分子 #11: CHLOROPHYLL D
+分子 #12: PHYLLOQUINONE
+分子 #13: IRON/SULFUR CLUSTER
+分子 #14: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
+分子 #15: CHLOROPHYLL D ISOMER
+分子 #16: PHEOPHYTIN A
+分子 #17: (6'R,11cis,11'cis,13cis,15cis)-4',5'-didehydro-5',6'-dihydro-beta...
+分子 #18: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 6.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 47.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 2.5 µm / 倍率(補正後): 38244 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 倍率(公称値): 22500 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |