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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30862 | |||||||||
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タイトル | Unliganded EGFR averaged cluster 5 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 15.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Purba ER / Saita EI / Akhouri RR / Ofverstedt LG / Wilken G / Skoglund U / Maruyama IN | |||||||||
引用 | ジャーナル: Front Endocrinol (Lausanne) / 年: 2022 タイトル: Allosteric activation of preformed EGF receptor dimers by a single ligand binding event. 著者: Endang R Purba / Ei-Ichiro Saita / Reetesh R Akhouri / Lars-Goran Öfverstedt / Gunnar Wilken / Ulf Skoglund / Ichiro N Maruyama / 要旨: Aberrant activation of the epidermal growth factor receptor (EGFR) by mutations has been implicated in a variety of human cancers. Elucidation of the structure of the full-length receptor is ...Aberrant activation of the epidermal growth factor receptor (EGFR) by mutations has been implicated in a variety of human cancers. Elucidation of the structure of the full-length receptor is essential to understand the molecular mechanisms underlying its activation. Unlike previously anticipated, here, we report that purified full-length EGFR adopts a homodimeric form before and after ligand binding. Cryo-electron tomography analysis of the purified receptor also showed that the extracellular domains of the receptor dimer, which are conformationally flexible before activation, are stabilized by ligand binding. This conformational flexibility stabilization most likely accompanies rotation of the entire extracellular domain and the transmembrane domain, resulting in dissociation of the intracellular kinase dimer and, thus, rearranging it into an active form. Consistently, mutations of amino acid residues at the interface of the symmetric inactive kinase dimer spontaneously activate the receptor . Optical observation also indicated that binding of only one ligand activates the receptor dimer on the cell surface. Our results suggest how oncogenic mutations spontaneously activate the receptor and shed light on the development of novel cancer therapies. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30862.map.gz | 2.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30862-v30.xml emd-30862.xml | 12 KB 12 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_30862.png | 14.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30862 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30862 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_30862_validation.pdf.gz | 312.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_30862_full_validation.pdf.gz | 312.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_30862_validation.xml.gz | 5.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_30862_validation.cif.gz | 6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30862 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30862 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30862.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 5.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.258 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Unliganded EGFR averaged cluster 5
全体 | 名称: Unliganded EGFR averaged cluster 5 |
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要素 |
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-超分子 #1: Unliganded EGFR averaged cluster 5
超分子 | 名称: Unliganded EGFR averaged cluster 5 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: DH5a / 細胞中の位置: cellular membrane |
分子量 | 理論値: 300 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL | ||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. | ||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 277.0 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | ||||||||
詳細 | the sample was monodisperse | ||||||||
Cryo protectant | No | ||||||||
切片作成 | その他: NO SECTIONING |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 70.0 K / 最高: 70.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 134 / 平均露光時間: 1.8 sec. / 平均電子線量: 90.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.0 µm / 倍率(補正後): 37000 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 37000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / 使用した粒子像数: 134 |
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