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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3078 | |||||||||
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タイトル | Novel inter-subunit contacts in Barley Stripe Mosaic Virus revealed by cryo-EM | |||||||||
![]() | Reconstruction of the narrow Capsid of wild type BSMV | |||||||||
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![]() | BSMV / virus / helical / cryo-EM / image processing / MSA | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.1 Å | |||||||||
![]() | Clare DK / Pechnikova E / Skurat E / Makarov V / Sokolova OS / Solovyev AG / Orlova EV | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Novel Inter-Subunit Contacts in Barley Stripe Mosaic Virus Revealed by Cryo-Electron Microscopy. 著者: Daniel Kofi Clare / Eugenia V Pechnikova / Eugene V Skurat / Valentin V Makarov / Olga S Sokolova / Andrey G Solovyev / Elena V Orlova / ![]() ![]() 要旨: Barley stripe mosaic virus (BSMV, genus Hordeivirus) is a rod-shaped single-stranded RNA virus similar to viruses of the structurally characterized and well-studied genus Tobamovirus. Here we report ...Barley stripe mosaic virus (BSMV, genus Hordeivirus) is a rod-shaped single-stranded RNA virus similar to viruses of the structurally characterized and well-studied genus Tobamovirus. Here we report the first high-resolution structure of BSMV at 4.1 Å obtained by cryo-electron microscopy. We discovered that BSMV forms two types of virion that differ in the number of coat protein (CP) subunits per turn and interactions between the CP subunits. While BSMV and tobacco mosaic virus CP subunits have a similar fold and interact with RNA using conserved residues, the axial contacts between the CP of these two viral groups are considerably different. BSMV CP subunits lack substantial axial contacts and are held together by a previously unobserved lateral contact formed at the virion surface via an interacting loop, which protrudes from the CP hydrophobic core to the adjacent CP subunit. These data provide an insight into diversity in structural organization of helical viruses. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 63.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 12.3 KB 12.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 10 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 271.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 382.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 381.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
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注釈 | Reconstruction of the narrow Capsid of wild type BSMV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : wild type Barley Stripe Mosaic Virus narrow virion
全体 | 名称: wild type Barley Stripe Mosaic Virus narrow virion |
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要素 |
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-超分子 #1000: wild type Barley Stripe Mosaic Virus narrow virion
超分子 | 名称: wild type Barley Stripe Mosaic Virus narrow virion / タイプ: sample / ID: 1000 詳細: The sample is a helical virus with 106 copies of the capsid protein per helical repeat 集合状態: Helical, with 106 copies of the capsid protein per helical repeat Number unique components: 2 |
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分子量 | 実験値: 22.5 KDa / 理論値: 22.5 KDa |
-超分子 #1: Barley stripe mosaic virus
超分子 | 名称: Barley stripe mosaic virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: BSMV / 詳細: Has RNA bound / NCBI-ID: 12327 / 生物種: Barley stripe mosaic virus / Sci species strain: ND18 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: BSMV |
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宿主 | 生物種: ![]() ![]() |
Host system | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 実験値: 22.5 KDa / 理論値: 22.5 KDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: narrow virion / 直径: 216 Å |
-分子 #1: RNA
分子 | 名称: RNA / タイプ: rna / ID: 1 / Name.synonym: RNA / 分類: OTHER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: No |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
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試料調製
濃度 | 3 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 50mM Tris-HCL, 50mM KCl, 10mM MgCl2 |
グリッド | 詳細: c-flats r2/2 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 40 % / チャンバー内温度: 100 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER 手法: 3.5ul of sample was added to c-flat grids, blotted for 2 seconds and then plunged in liquid ethane |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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温度 | 最低: 80 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 150,000 times magnification |
日付 | 2011年9月15日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 330 / 平均電子線量: 25 e/Å2 / 詳細: each image was a 1 second low dose exposure / ビット/ピクセル: 16 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 倍率(補正後): 150000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.3 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.7 µm / 倍率(公称値): 150000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN HELIUM |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |